洪武九年，“官吏有罪者，答以上悉谪之凤阳，至万数”，其中绝大多数是犯赃官吏。而对罪行严重的，则处以挑筋、挑膝盖、剁指、断手、刖足、抽肠、劓、阉割、凌迟、发配广西拿象、全家抄没发配远方为奴、株连九族等酷刑。户部尚书赵勉夫妻贪污，事发后夫妻二人同时被杀。工部侍郎韩铎上任不到半年，伙同本部官员先后卖放工匠二千五百五十名，得钱一万三千三百五十贯，克扣工匠伙食三千贯，盗卖芦柴二万八千捆，得钱一万四千贯，盗卖木炭八十万斤，私分入己，事发被杀。
同历代封建专制制度的通病一样，明代贪污受贿的官员腐败案并不少见。例如，大名府开州通判刘汝霖，追索该州官吏代犯人藏匿的赃款，逼令各乡村百姓代为赔纳，被判枭首；凤阳临淮知县张泰、县丞林渊、主簿陈日新、典史吴学文及河南嵩县知县牛承、县丞母亨、主簿李显名、典史赵容安等收逃兵贿赂，使令他人代充军役，案发后两县官吏尽行典刑；福建东流江口河泊所官陈克素勾结同业户人，侵吞鱼课一万贯，又勾结东流、建德两县官吏王文质等，敛钞数万，被杀身死；进士张子恭、王朴奉命到昆山查勘水灾接受昆山教谕漆居恭、酋径巡检姚诚宴请，收受缎匹、衣服等物及钞币一千三百贯，将他们的二万二千六百亩已成熟田地谎报为受灾农田，朱元璋查知后，命锦衣卫给他们送去兵刃、绳索，勒令自尽。当时官吏贪污到银六十两以上者，均处以枭首示众、剥皮楦草之刑。行刑多在各府州县及卫所衙门左首供祭祀的土地庙举行，因而当时土地庙得名为皮场庙。贪官被押至土地庙，枭首挂在旗杆上示众，再剥下尸身的皮，塞上稻草，做成皮人，摆在公座之右，以警戒后任。
在洪武年间，除了一些较小的惩贪案外，还有几次大规模地对贪官污吏的集中“清洗”，其中以空印案和郭桓案最为著名，声势也最为浩大，两案连坐被杀人数也最为惊人，累积共达七八万人。
明初整肃吏治的斗争前后延续二三十年之久，打击面极广，甚至一些皇亲国戚若是贪赃枉法，也在劫难逃。为了达成吏治清明的政局，朱元璋六亲不认。开国功臣华云龙、朱亮相便因以权谋私、贪污受贿死于整肃吏治的斗争中。朱元璋的亲侄儿朱文正因骄侈荒淫，搜罗强抢民女淫乐数十日后，将该民女坠井淹死，毁尸灭迹，也被朱元璋罢官安置凤阳守卫先人坟墓。后来朱文正逃跑，朱元璋终于将他杀了。驸马都尉欧阳伦是马皇后所生安庆公主的夫婿，指使家奴走私茶叶，牟取暴利，并纵容家奴胡作非为。朱元璋下令：“布政司官不言，并伦赐死，保等皆伏诛，茶货没入于官。”欧阳伦虽高攀为皇贵胄，玉叶金枝，终于还是保不住性命，和很多布政司官员一起身首异处。
明初整肃吏治的斗争是朱元璋出于集权专制的目的进行的，因而带有一定的残暴特征。打击面大，处死极多，因此有时也不免产生一些先入为主的冤假错案，枉杀了许多无辜官吏。在一些大小案件中，罪有应得者固然很多，可无辜被戮者也大有人在，甚至有很多官吏仅仅因为朱元璋看他不顺眼，便被杀了。朱元璋整肃吏治的手段虽雷厉风行，但由于自身性格缺陷的原因，在实际实行过程中往往存在着很多偏差和失误，付出的代价是沉重的。明初官吏戴镣铐上堂办事，就充分说明了这一点。
尽管如此，在无法解决制度问题的情况下，通过严酷手段整肃吏治、打击害群之马的斗争毕竟还是收到了前所未有的效果。朱元璋曾以元代法令过于宽纵以至人心懒散、江河日下，经过了半个世纪，人心都不畏法，所以他才主张峻法严纪。这一系列严法严刑确也使得贪官污吏望而止步。经过长期的严刑诛戮，做官的人终于认清了朱元璋立场的坚决，认清了本朝惩贪不贷敢动真格，世道已经变了，开始人人自危，不敢恣肆妄为——郡县之官虽居穷山绝塞之地，去京师万余里外，皆心震胆，如神明临其庭，不敢放肆。“或有毫发出法度，失礼仪，朝按而著罪之”官场风气在一连串严酷打击下，逐渐发生了改变，日趋清明——“一时守令畏法、洁己爱民，以当上指，吏治涣然不变矣。下逮仁堂抚绪休息，民人安乐，吏治澄清百余年”。后世清官海瑞由此而赞洪武朝：“数十年民得安生乐业，千载一时之盛也。”
朱元璋不细加斟酌、妄加屠戮的作风当然是不可取的，而且也只能归结于他独裁的残暴，但他整饬吏治以图国家安定、天下太平的坚决态度，却有值得后人学习之处。
【原典】
自天子以至于庶人①，壹是②皆以修身为本。
【注释】
①庶人：西周起称农业生产者。春秋时，其地位在士以下、工商皂隶之上。秦汉以后泛指没有官爵的平民。
②壹是：一。一切、一律、一概。
18从天子到庶人，都要以修身为根本
【译文】
从天子开始，一直到老百姓，一律都要以提高自身的品德修养为根本。
道德的修养是做人做事的根本
一个人无论是什么身份，也无论想要学什么、做什么，首先要在道德上立根基。这是人的根本，没有这个根本，再高的学问、再大的本事也是没有益处的。举个例子，警察和小偷之所学有许多相似、相通之处，但是同样的学却导致不同的结果，其原因就在于人之本。这就像今日所说的道德与科学的关系一样。如何运用科学技术，不是取决于科学技术本身而是取决于人的道德观念。总之，道德的修养是做人做事的根本，“本立而道生”，有了本，才可以言及其他。换言之，也就是先做人再为学再做事。
一个人有没有学问、学问的高低主要不是看他的文化知识，而是要看他能不能实行“孝”、“忠”、“信”等传统伦理道德。只要做到了这几点，他就已经摆脱自然本性的一些低级趣味和自私倾向。这样的人，即使他说自己没有学习过，但他已经是有道德的人了。在今天道德修养和文化知识同等重要，只有这样才能成为德才兼备的有用之人。
的确，一个人尽管学富五车、才高八斗，如果他的言谈举止、行为方式愚笨乖谬，不能解决一些实际问题，又有什么用呢？相反，一个人即使没有什么文凭，没有进过大学校门，但他言谈文雅、举止得体，行为方式正确，能够有所发明，有所创造，难道你能够说他没有学习过什么吗？
世间什么最难？做人最难，拼上三年两载做成一两件事不难，做人却是一辈子的事，弄不好一辈子也不会做人。不会做人怎么做事？一个人连人都不会做还能做什么？
有一个名叫公明宣的人在曾子门下学习，三年不读书。曾子说：“你在我家里，三年不学习，为什么？”公明宣说：“我哪敢不学习？我看见老师在家里，只要有长辈在，连牛马也没有训斥过，我很想学习您对长辈的态度，可惜还没有学好。我看见老师接待宾客，始终谨慎谦虚，从来没有松懈过，我很想学习您对朋友的态度，可惜还没有学好。我看见老师在朝廷办公事，对下属的要求很严格，但从来不伤害他们的自尊心，我很想学习您对下属的态度，可惜还没有学好。”曾子离开座位，向公明宣道歉说：“我不如你，我只会读书罢了！”
以往我们的教育偏重于告诉人们什么是好人、必须做好人。而对于教育学生怎样去做人重视不够，以致学生对于为人处世的原则、方法、技巧并不明了。因而不善应对，不善交际，不能协调好人际关系，不能较好地把内在的美德变成外在的美行，把个人体面地融入人群集体之中。
那么，一个人究竟该如何学做人呢？有人为此做出了如下几点说明：
其一，严于律己，宽以待人。这是做人的基本原则。以责人之心责己，以恕己之心恕人。
其二，与人为善，切忌骄横。众怒难犯，专欲难成。物极必反，器满则倾。肆无忌惮，焚己伤人。切勿恃强凌弱。倚势凌人，势败人凌我；穷巷追狗，巷穷狗咬人。
其三，谦和为美，多让少争。对人须有敬爱之心。相爱无隙，相敬如宾。荣辱毁誉，处之泰然。小不忍则乱大谋，不闹无原则的纷争。
其四，诚信待人，远离是非。君子重信诺，一字值千金。胸怀坦荡真君子，口蜜腹剑是小人。勿以己长而形人之短，勿因己拙而忌人之能。有言人前说，人后不说人。所谓：闲谈莫论人是非。
其五，仗义疏财，扶危济贫。钱财如粪土，仁义值千金，烈士让千乘，贪夫争一文。不因贫而舍，不以富为尊。
是以，做人决然是门大学问，绝对一言难尽，绝非一蹴而就。管窥蠡测，凭君撷取。
当然，《大学》并不是主张不会做人就不要学知识，而是要把做人的道德修养放在第一位，学习、做事放在第二位。因为，一个人如果连自己的道德底线都守不住，学再多的知识、做再多的事又有何意义呢？
【原典】
其本乱①，而末治②者，否矣。
【注释】
①本乱：乱，紊乱，破坏。本乱，意为本性败坏。
②末治：意指家齐、国治、天下平。
19基础打不好，做其他事就不可能成功
【译文】
一个人，如果他把自身的品德修养这个根本败坏了，那么，要想做成其他什么受人称颂、流芳百世的事，那是不可能的。
玩火自焚者多是因为道德基础败坏
自古邪不压正，那些缺乏品德修养的人，虽有可能一时风光，但终究成不了什么大气候，如果再有邪恶害人之心，那无异于玩火自焚，是不会有什么好下场的。
赵高作为历史上第一个最有权势同时也最阴险的太监，大半生都在玩国家权力于股掌之上，然而多行不义必自毙，到头来仍逃不过玩火自焚的命运，这实在是一种必然。
赵高害死李斯后，朝中再没有能妨碍他专权的人了，很快，他当上了中丞相。为了验证一下自己在朝中的权势，赵高“导演”了一幕“指鹿为马”的闹剧。
公元前209年（秦二世三年八月己亥），赵高趁群臣朝贺之机，命人牵来一头鹿献给秦二世，口里却说：“我把一匹好马献给陛下玩赏。”胡亥一看，失声笑道：“丞相说错了，这是鹿不是马。”他转过头去问左右的人道：“大家看，这是鹿还是马？我没有说错吧？”围观的人，有的慑于赵高的淫威，缄默不语；有的弄不清赵高这葫芦里卖的什么药，便说了真话；那些拍惯了赵高马屁的人，即使在皇帝面前也硬说是马。胡亥见众说不一，以为是自己害了什么病，因而把话说错了，便命大臣去算卦。在赵高的授意下，算卦的人也说道：“因为陛下祭祀时没有斋戒沐浴，才出现了这种认马为鹿的现象。”胡亥信以为真。便按赵高的意图，打着斋戒的幌子，躲进了上林苑。