经过近十年的投资建设，国家大型商品粮生产基地建设取得了显著成效，项目区的农业基础设施条件明显改善，粮食生产抗御自然灾害的能力有所增强，高产、优质粮食种植面积逐步扩大，种粮效益稳步提高。国家大型商品粮生产基地建设已成为保护和提高粮食综合生产能力，保证国家粮食安全，增加农民种粮收入，增强粮食生产发展后劲的有效措施。但从投入力度、建设规模、投资来源、建设内容等方面看，国家大型商品粮基地建设还存在着一些问题需要加以改进和完善。主要表现在：
（一）基地建设投资渠道单一，投入总量不足
目前，国家大型商品粮基地的投资主要依靠各级政府的财政资金特别是中央财政预算内基建投资。初步汇总，在整个基地建设投资中，中央投资约占总投资的66%，西部省区高达80%，其余投资基本上是省、市、县三级配套资金。由于国家大型商品粮生产基地大多侧重于良种繁育、小型农田水利工程、病虫害防治等公益性的基础设施建设，这些设施建设的投资回报率比较低，加上商品粮基地又以粮食生产为主，经济比较效益低于其它行业，因此，商业银行的资金不愿涉足基地建设，国家政策性银行也尚未顾及粮食产业。几乎没有信贷资金等其它投资来源，投资渠道比较单一。
从基地的投入水平看，受国家财力限制和投资来源单一等因素影响，国家大型商品粮基地的投入总量明显不足、力度偏小。从中央财政投入情况看，1996～2000年，国家用于大型商品粮基地的中央投资每年仅2亿元，平均每个基地安排1000万元，建设规模仅局限20万亩左右。2001年以后，国家用于商品粮基地建设的中央预算内基建投资增至4亿元，比2001年以前提高了一倍，但与基地建设投资需求相比，投入仍显不足。大型商品粮基地均为粮食主产区，所在地市的耕地面积大体在500——1000万亩之间，项目区亩均安排建设资金仅80元，对于集中连片的基地投资规模显然偏小，也无法满足保护和提高粮食综合生产能力的要求，无法大面积、根本上改变农业基础设施薄弱的状况。
（二）基地建设规模偏小，建设内容受到限制
由于基地投资数额有限、扶持力度不大，大型商品粮基地的建设规模偏小。从已建的基地情况看，各地规划建设的商品粮生产基地的面积较大，拟建的工程项目也比较多，但受到投资限制，仅能根据资金规模在地势相对平坦、有一定基础条件、集中连片的地方建设一些核心示范区，平均每个基地项目建设规模仅为30万亩左右，而基地所在的地市粮食种植面积一般在300～400万亩，建设规模仅占粮食种植面积的十分之一左右。从建设内容上看，受中央财政资金使用方向、资金规模等因素限制，基地建设只能重点选建良种繁育、小型农田水利工程和中低产田改造、病虫害防治、土肥检测等一些与粮食生产直接相关的基础设施建设，着重解决制约粮食生产的“卡脖子”工程，造成了部分基地工程项目不完善、不配套等问题，满足不了商品粮基地建设的需要。一些地区的农田灌排的骨干设施仍然主要依靠大型灌区改造投资，导致有效灌溉面积难以扩大，粮食生产的抗旱能力不强，单产潜力得不到充分发挥。并且，受财政资金使用方向限制，以及投入不足的制约，一些与粮食生产相关的粮食产后加工、销售等环节无法安排投资，银行贷款又没有及时跟进，制约了粮食产后加工等后续环节的发展，影响了商品粮基地的综合效益，也阻碍了整个粮食产业链条的建立、完善和效益的发挥。
（三）粮食加工、流通企业缺乏信贷资金支持，发展相对滞后
粮食生产的发展离不开加工、流通等后续环节的带动。由于国家大型商品粮基地投资属于国家财政资金，重点扶持良种繁育、农田水利、病虫害防治和土肥改良等公益性基础设施建设，不能安排粮食加工、储藏、销售等经营性项目建设，因此，基地项目区的粮食加工、流通等后续环节的发展主要依靠银行信贷资金的支持。另一方面，项目区的粮食加工、流通企业规模往往比较小，产品档次低，经济实力弱，抗风险能力差，往往满足不了商业银行的贷款要求。并且，粮食加工、流通企业的赢利水平不如其它行业，商业银行也不愿将信贷资金投向粮食领域。国家政策性银行贷款的重点侧重于能源、交通等大中型项目，对农业领域涉足不多，导致粮食加工、流通企业难以获得银行贷款支持，粮食加工、流通行业的发展滞后，在一定程度上制约了企业发挥对粮食生产的带动作用。
从近年来基地建设的实际情况看，由于企业贷款困难，收购资金紧张，技改资金不足，粮食加工、储藏、销售等环节发展相对缓慢。虽然通过大型商品粮基地建设提高了粮食产量和质量，但因后续环节没有相应跟上，进而形成完整的粮食产、加、销产业链条，使基地增产的粮食不能及时被企业收购，甚至一些地区一度出现卖粮难的现象，更谈不上实现优质优价、带动农民增产增收，挫伤了农民的种粮积极性，影响了当地粮食生产的健康发展。以陕西渭南市大型商品粮基地为例，在项目建设初期，由于当地面粉加工企业规模偏小、技术落后、产品质量低，没有形成自己的品牌，使基地生产出来的优质专用小麦不能及时就地加工转化，小麦产量和质量虽然上去了，但销售不畅，优质小麦卖不出好价钱。在经过各级政府的协调和努力下，当地的粮食加工企业迅速发展起来，企业规模得到扩大，产品质量得到提高，小麦收购数量稳步增加，从而形成了基地优质小麦稳定的销路，并成为当地财政收入一个增长点。
（四）地方财政比较困难，基地建设投资配套难度大
为调动地方各级政府支持粮食生产的积极性，加大对粮食生产的投入力度，大型商品粮生产基地采取中央和地方政府联合投资的方式进行建设。基地投资中除安排中央财政预算内基建投资外，还要求省、市、县三级地方政府按照一定的中央和地方1：1的比例配套投资，统筹安排使用，扩大基地的投资建设规模。由于大型商品粮基地大多位于粮食主产省区，这些省市的财政状况明显不如东部经济发达地区，地方财力较弱，特别是地、县两级财政大多是吃饭财政，一些粮食主产县往往是粮食大县、工业小县、财政穷县，无力按照要求及时、足额地安排财政资金用于大型商品粮基地建设，项目配套投资落实难度较大。近年来，为缓解地方政府的财政配套压力，按照实事求是、因地制宜的原则，国家大幅度调低了地方财政的配套比例，其中西部地区的基地建设地方配套投资比例仅为1：0.25.同时，根据地方省、市、县三级财政状况，强调以省级政府资金配套为主，要求省级财政的配套比例为全部地方配套资金的一半，大大减轻了地、县级财政配套的负担。但从目前粮食主产区地、县级经济发展状况来看，相当部分的粮食生产大县仍然缺乏稳定、足额的财政收入来源，而财政支出数量又比较大、负担沉重，地、县级财政的配套投资仍面临着较大的压力，容易导致配套不及时、不齐全问题的发生。
（五）非主产省的粮食生产缺乏有效扶持
2000年，针对当时中国农业发展进入新阶段，粮食供求总量基本平衡、丰年有余的形势，为优化区域布局和品种结构，支持一些地区特别是西部地区发挥区域比较优势增加粮食生产，实现口粮基本自给和粮食区域平衡，国家在基地建设过程除了继续安排大部分投资用于粮食主产省区生产基地建设的同时，安排了一部分资金用于贵州、云南、陕西等非主产省的粮食生产基地建设。进入2003年后，由于中国粮食供求形势发生变化，按照国务院的要求，大型商品粮基地建设资金全部集中在13个粮食主产省区，导致非粮食主产省特别是西部地区缺乏中央投资支持。而这些省区的自身财力有限，可用于粮食生产的财政资金不足，无法切实改善当地的粮食生产条件，提高粮食综合生产能力。另一方面，非粮食主产省特别是西部地区农业基础设施条件较差，粮食生产能力较弱，加上近年来实施退耕还林等生态环境建设，耕地面积有所减少，粮食产量相应下降，外调商品粮增加，运粮成本偏高，粮食区域平衡面临着较大压力，亟需国家在粮食生产方面给予扶持和帮助。
（六）粮食专业合作经济组织发育滞后，资金支持力度不足
粮食专业合作经济组织是连接生产和销售的重要桥梁，是实现一家一户的小生产与大市场有效对接的重要渠道。在中国国情和现行的农村生产经营制度下，建设粮食生产基地，增加粮食生产，实现规模化、专业化、标准化生产，还必须发展各类专业合作经济组织，提高粮食生产的组织化程度。特别是随着中国粮食市场全面放开，迫切需要建立健全各类粮食生产、加工专业合作经济组织，提高粮食生产、加工的组织化程度，促进粮食生产持续、健康、稳定发展。但目前中国粮食合作经济组织发展比较滞后，缺乏资金来源和支持，粮食合作组织不能突出主体地位，发挥改善粮食生产条件、加强小型农田水利建设的作用；不能组织农民在生产、加工和销售等一系列过程中的正常经营行为，尤其是不能引导粮食产区的农民，进行专业化生产和集约化经营，满足不了生产、加工、流通的需要。不仅如此，缺乏资金支持的粮食生产合作组织，不能很好的帮助农民实现粮食的产业化经营，致使优势产区的优势没有很好的显现出来。同时，粮食生产组织功能的弱化，不能很好地起到保护农民利益的作用，维护农民的合法权益。即使是已建立的专业合作组织，也往往由于缺少优惠贷款支持，资金实力弱，而面临着经营主体地位不明确，机制不健全，功能比较单一的局面。
（七）大型农业机械购置资金不足，影响农业机械化进程
在中国粮食生产的骨干力量中，有一批像黑龙江农垦那样的以粮食生产为主的国营大中型农场，在增加商品粮有效供给，稳定市场粮价，保障国家粮食安全发挥着举足轻重的作用。这些农场地域广阔，人均粮食种植面积大，粮食商品率高，组织化程度高，粮食种植规模效益显著，粮食生产优势比较明显。国营农场这种大规模的生产方式与人均1亩多地的一家一户小规模承包经营有着明显不同，其独特的生产经营形式决定了国营农场必须实行机械化生产，生产上自然离不开大马力拖拉机、大型农机具。但由于大马力拖拉机、大型农机具单机价格高，联户作业，具有一定程度的经营性色彩，大型商品粮基地建设资金用于购置大型机具补贴的不多。另一方面，国内金融机构从贷款收益、项目管理等因素考虑，不愿给国营农场购置所需要的农机具提供贷款，加上一些商业银行贷款手续繁杂、难度大、利率高，使农场大型农业机械购置资金缺乏来源渠道，农机具投资出现空白，企业原有的大中型生产机械设备逐渐老化失修，更新速度慢，直接影响了国营农场采用先进适用的农业机械，影响了农场粮食生产优势的充分发挥，影响了农场农业现代化建设步伐。近几年，黑龙江农垦等国营农场为了弥补大型农机具的资金缺口，不得不申请外国政府贷款来购置所需的各类大中型农业机械。