（一）改善了粮食生产条件，提高了综合生产能力
截止2004年，国家大型商品粮生产基地建设共涉及19个省（区）的51个地市、330多个县和22个农场，累计建成了55个大型商品粮生产基地。其中，有19个优质小麦生产基地，21个优质稻生产基地，8个优质专用玉米生产基地，6个优质大豆生产基地，以及优质啤酒大麦和藏区青稞生产基地等。这些大型商品粮生产基地在增加粮食产量，保障全国商品粮供给中发挥着重要作用。初步统计，上述大型商品粮生产基地耕地面积约4.5亿亩，约占全国的23%；粮食面积4.8亿亩，约占全国的30%；提供商品粮6000多万吨，约占全国的1/3以上。1996年以来，国家计委共计安排中央投资25亿元，累计建设良种繁育基地200万亩，晒场、种子库等设施30万平方米，改造中低产田300多万亩，新建、完善排灌站2000多座，修建各类渠系1.4万公里，发展节水灌溉面积1500多万亩。经过多年建设，大型商品粮生产基地项目区内良种繁育和统一供种体系逐步建立健全，小型农田水利等基础设施得到完善，粮食生产条件明显改善，抗御自然灾害的能力显著增强，粮食品种结构进一步优化，粮食综合生产能力和竞争力有了很大提高。已建国家大型商品粮生产基地的粮食产量达到1.7亿吨，比项目建设前增加2000多万吨；项目区粮食平均亩产达到400多公斤，比项目建设前提高100公斤左右。
（二）切实发挥粮食主产区的优势，起到了稳定粮食生产大局的重要作用
在近年农业结构调整中，由于项目区粮食种植效益的提高，调动了农民种粮积极性，粮食生产波动幅度较小。在全国粮食播种面积减少2亿亩的情况下，这些地市粮食播种面积减少不到2000万亩，约占全国面积减少的十分之一，减幅低于全国4个百分点，黑龙江、安徽、河南和黑龙江垦区项目区的粮食面积不但没有减少还有所增长。同时，项目区积极调整优化粮食品种结构，大力发展优质小麦、水稻、专用玉米和高油大豆生产，优良品种普及率达到90%以上。国家大型商品粮基地建设在提高中国粮食生产水平、增加商品粮有效供给、改变粮食供求紧张的状况、稳定市场粮食价格、增加农民种粮收入、促进国民经济的持续、快速发展等方面作出了积极的贡献。
（三）优化了品种结构，提高粮食品质和单产水平
从2000年开始，国家计委将农业科研院（所）作为基地的技术依托，从改善育种科研条件入手，为基地建设提供优良品种和技术支撑。累计安排资金4亿多元，用于河北、辽宁、黑龙江、吉林、山东、河南等20多个地方农科院（所）改造、完善育种实验室、品种试验田、种质资源保存库等设施。几年来，上述科研院所先后引进、培育了100多个适合当地特点和市场需求的粮食新品种。这些品种普遍表现出高产、稳产、优质、抗病性强、适应性广的性状。如陕西西北农林科技大学培育的陕253、陕麦150小麦新品种亩产400——500公斤，品质指标达到或超过国家一级面包麦标准；小偃22、西农2208等小麦新品种适应性较广，可在华北、黄淮海等麦区广泛种植。河北藁城农科所培育的藁优8901、9409等优质强筋小麦，单产水平达到500公斤/亩，面筋含量等内在品质指标均超过国家标准。辽宁水稻研究所在本溪市国家大型商品粮基地建设带动下，几年来育成了18个水稻新品种，比前三年平均每年多培育3个品种，其中特优质水稻品种——辽粳371各项品质指标均达到部颁一级优质米标准，成为项目区的主栽品种。该所还通过组装集成技术，形成了一套标准化栽培技术规程，水稻育苗亩用种量由7——10公斤减到4～5公斤，大大节约了种稻成本。黑龙江省农科院培育的绥农20、黑农46等一批高油大豆新品种，含油率接近或超过进口大豆。
（四）建立了科研与生产紧密结合的模式，加速了科技成果的转化
由于国家大型商品粮基地实现了科研与生产的紧密结合，使科研人员可以直接面向项目区，把这些新品种、新技术在第一时间推广、应用到田间地头，减少了中间环节，缩短了新品种、新技术的转化时间。而且，粮食生产条件的改善，也使广大农民乐于认可和接受这些新品种、新技术，优良品种和先进的栽培技术能够在项目区迅速大面积推广，项目区优良品种的普及率明显超出其它地区。如陕西渭南大型商品粮基地2004年优质小麦面积达到120多万亩，比2003年增加1倍，占全省优质麦面积的比重由15%升至22%。河北石家庄大型商品粮基地项目区的优质小麦面积增至300万亩，约占全市小麦面积70%左右，高出全省48个百分点。辽宁本溪大型商品粮基地项目区的良种普及率达到95%，比建设前提高了25个百分点。吉林省农科院培育的30多个优质专用玉米新品种（系）在项目区累计推广500万亩，占全省推广面积80%以上。黑龙江绥化大型商品粮基地的优质高油大豆比重达到98%左右，比项目建设前提高了42个百分点。同时，由于粮食生产实现了优质化、区域化、规模化种植，解决了分种、分收、分储造成的品种混杂、质量参差不齐、难以实行优质优价等问题，降低了用粮企业的生产成本。
（五）以加工企业为龙头，实现了粮食产业化经营
卖粮难是困扰主产区粮食发展的一个难题，为保证农民的种粮收益，原国家计委在安排商品粮基地布局中，打破以往就基地抓基地、就生产抓生产的模式，按照产业化经营的思路，围绕大中型粮食加工企业进行布点建设，促使基地与加工企业建立了长期的粮食产销协作关系，保证了基地生产出来的粮食有稳定的销路，能够卖出好价钱，避免了粮食积压，增加了农民务农收入，提高了种粮效益。项目区在龙头企业的带动下，农民按照企业要求的品种、技术和标准进行订单生产，加工企业凭订单收购，从而把千家万户分散的小规模的生产组织起来，形成了“小规模、大群体”的格局，提高了粮食生产的规模效益。如内蒙古巴盟优质小麦基地以恒丰面粉集团公司为龙头，公司按优质优价收购项目区的小麦，形成了公司+农户的产、加、销一体化产业链，项目区农民因此人均增收60元左右。吉林省玉米生产基地依托当地正大、德大、大成、黄龙等一批大中型饲料和玉米精深加工企业，按照企业的要求和产销订单发展优质专用玉米生产，仅此一项每年即加工转化项目区近300万吨玉米。河南新乡优质小麦基地通过与河南第二面粉厂等大中型面粉加工企业建立“公司+基地+农户”的模式，使项目区70%以上的优质小麦成为订单小麦，小麦收购价也高出市场平均价10%左右，实现了小麦优质优价，种植优质小麦比普通小麦平均每亩增收30元左右。辽宁本溪优质稻基地依托当地粮食加工企业，积极培育粮食品牌，开拓国内外市场，使当地的桓仁大米打入了日本市场，并吸引日本客商在当地设厂加工大米直销日本。
（六）统筹安排项目资金，避免了重复建设
国家对粮食的生产性投入，一是单个商品粮生产基地县建设为主，二是以地区（市）为单位集中连片的大型商品粮基地建设。对比两种不同模式的基地建设，以县为单位建设商品粮基地的管理模式普遍存在项目区布局分散、投资不能有效整合，项目内容类同，极易出现重复建设现象，不利于投资效益的发挥。而以地市为单位投资建设的国家大型商品粮生产基地，在项目区布局上，可以使一个地市内若干个县的项目区集中连片，扩大项目建设规模，提高规模效益；在项目投资安排上，可以在一个地市范围内充分发挥各个县的优势，统筹安排，合理布局，各有侧重，适合制种的项目县则重点建设良种繁育基地，适合大规模粮食生产的项目县则重点发展商品粮生产基地；在地方资金配套上，由于地市级财政情况好于县级财政，以地市为单位，可以使地市级承担更多的财政配套资金，有利于落实地方各级配套资金，发挥各方面积极性共同建设和管理商品粮基地；在产业化经营上，地市级政府具有调控辖区内的粮食加工企业的能力，可以有效地协调粮食产、加、销等环节主体关系，促使企业与生产基地建立紧密的购销关系，推动粮食产业化经营。