他跟胡克及莱尔确认他的理论之后，他们鼓励他把这些发现写出来公开发表。达尔文写得字斟句酌，结果，在1858年的夏天，他的书才写到一半的时候，收到由东印度糜鹿加群岛的特兰提，一个叫花勒斯的人写来的一篇文章，其中的概念正好跟他不谋而合。达尔文将他的窘境告诉了胡克与莱尔，他写道：“你们的话就像是预言成真——我该抢先行动的。”后来他们决定将他前一年所写的一封信，加上这位华勒斯的文章，合作出版了一份报告：《关于物种变型、永远变型与自然天择的倾向》。
1859年11月24日，《物种起源》问市了。第一版的1250本在出版当天就销售一空。人们围绕这本书展开了猛烈的论战，最高层次拉到了牛津的英国学会，赫胥黎与伟伯斯主教展开口头论战。达尔文在回应严苛的敌手的挑战之后，无法入睡，于是他接受了莱尔的建议，远离战火，以节省“时间与精力”。
然而，在他的工作上，他仍然集中于自己的主题。他将《物种起源》第一章有关物种的资料又延伸为一本书，《家养动物与植物的变异》。在《人类遗传与性选择关系》中，达尔文将《物种起源》论述进一步丰富起来，“将对人类与历史的起源提供一些新的解释”。另一本书《情感的表达》则就进化的观点很难解释的一种现象，做了自然的解释。他最后的作品则与植物的形状、演变、受粉有关。
达尔文在唐恩的生活，完全是为了适应他的需要，以保持他的精力，直接支配所有的活动。因为他长期的病痛，他的妻子小心翼翼地“保护他避免任何的干扰”。大约40年间，他都保持同样的生活模式。他的一天时间被仔细地区隔出一块块运动、轻松的阅读的时间，以便他能集中精力四个小时来投入他的工作。他的科学阅读与实验，被安排得极其精简有效。基本上与他主要工作无关的智力活动，都成了他所谓的“萎缩”状态，让他觉得“失去了快乐”。这些非科学的阅读对他来说，纯粹只是为了放松自己，因此他认为“应该立法”禁止悲剧结尾的小说。
对于他的妻子与七个孩子，他的态度是异常的“热情与愉悦”。他的儿子法兰西斯很惊讶他能保持这样的态度“跟我们这些没有示范性的人种在一起”。他在1882年4月19日去世时，他的家族希望他葬在唐恩，大众却觉得他应该葬在西敏寺大教堂，最后他就葬在艾塞克牛顿爵士的旁边。
《物种起源》的目录
绪论
（第一章）：
家养状况下的变异。变异性的诸原因
习性和器官的使用和不使用的效果
相关变异
遗传
家养变种的性状
区别物种和变种的困难
家养变种起源于一个或一个以上的物种
家鸽的种类，它们的差异和起源
古代所依据的选择原因及其效果
家养生的未知的起源
有计划的选择和无意识的选择
人工选择的有利条件
（第二章）：
自然状况下的变异。变异性
个体差异
可疑的物种
分布广的、分散大的和普遍的物种变异最多
各地大属的物种比小属的物种变异更频繁
大属里许多物种，正如变种那样，有很密切的、但不均等的相互关系，并且有受到限制的分布区域。
（第三章）：
生存斗争。生存斗争和自然选择的关系
当作广义用的生存斗争这一名词
按几何比率的增加
归化的动物和植物的迅速增加
抑制个体增加的性质
斗争的普遍性
气候的影响
个体数目的保护
一切动物和植物在自然界里的复杂关系
同种的个体间和变种间生存斗争最剧烈；同属的物种间的斗争也往往剧烈
生物和生物的关系是一切关系中最重要的。
（第四章）：
自然选择；即最适者生存。自然选择
它的力量和人工选择力量的比较
它对于不重要性状的力量
它对于各年龄和雌雄两性的力量
性选择
论同体间杂交的普遍性
对自然选择的结果有利和不利的诸条件，即杂交、隔离、个体数目
缓慢的作用
自然选择所引起的绝灭
性状的分歧，与任何小地区生物的分歧的关联以及与归化的关联
自然选择，通过性状的分歧和绝灭，对于一个共同祖先的后代的作用
一切生物分类的解释
生物体制的进步
下等类型的保存
性状的趋同
物种的无限繁生
提要。
（第五章）：
变异的法则。改变了外界条件的效果
与自然选择相结合的使用和不使用；飞翔器官和视觉器官气候驯化
相关变异
生长的补偿和节约
假相关
重复的、残迹的及低等体制的构造易生变异
发育异常的部分易于高度变异；物种的性状比属的性状更易变异；次级性征易生变异
同属的物种以类似的方式发生变异
长久亡失的性状的重现
提要。
（第六章）：
学说的难点。伴随着变异的生物由来学说的难点过度变种的不存在或稀有
生活习性的过度
同一物种中的分歧习性
具有与近似物种极其不同习性的物种
极端完善的器官
过度的方式
难点的事例
自然界没有飞跃
重要性小的器官
器官并不在一切情形下都是绝对完善的
自然选择学说所包括的模式统一法则和生存条件法则。
（第七章）：
对于自然选择学说的种种异议。长寿
变异不一定同时发生
表面上没有直接用处的变异
进步的发展
机能上不大重要的性状最稳定
关于所想象的自然选择无力说明有用构造的初期阶段干涉通过自然选择获得有用构造的原因
伴随着机能变化的构造诸级
同纲成员的大不相同的器官由一个相同的根源发展而来巨大而突然的变异之不可信的理由。
（第八章）：
本能。本能可以与习性比较，但它们的起源不同本能的级进
蚜虫和蚁
本能是变异的
家养的本能，它们的起源
杜鹃、牛鸟、鸵鸟以及寄生蜂的自然本能
养奴录的蚁
蜜蜂，它营造蜂房的本能
本能和构造的变化不必同时发生
自然选择学说应用于本能的难点
中性的或不育的昆虫
提要
（第九章）：
杂种性质。第一次杂交不育性和杂种不育性的区别不育性具有种种不同的程度，它不是普遍的，近亲交配对于它的影响，家养把它消除
支配杂种不育性的法则
不育性不是一种特别的禀赋，而是伴随不受自然选择累积作用的其他差异而起的
第一次杂交不育性和杂种不育性的原因
变化了的生活条件的效果和杂交的效果之间的平行现象二型性和三型性
变种杂交的能育性及混种后代的能育性不是普遍的除了能育性以外，杂种和混种的比较
提要
（第十章）：
论地质记录的不完全。今日中间变种的不存在绝灭的中间变种的性质以及它们的数量
从剥蚀的速率和沉积的速率来推算时间的经过从年代来估计时间的经过
古生物标本的贫乏
地质层的间断
花岗岩地域的剥蚀
在任何一个地质层中中间变种的缺乏
物种群的突然出现
物种群在已知的最下化石层中的突然出现
生物可居住的地球的远古时代
（第十一章）：
论生物在地质上的演替。新种慢慢地陆续出现它们的变化的不同速率
物种一旦灭亡即不再出现
在出现和消灭上物种群所遵循的一般规律与单一物种相同论
绝灭
全世界生物类型同时发生变化
绝灭物种相互间以及绝灭物种与现存物种相互间的亲缘古代类型的发展状况
同一区域内同一模式的演替
前章与本章提要
（第十二章）：
地理分布。今日的分布不能用物理条件的差别来解释障碍物的重要性
同一大陆上的生物的亲缘
创造的中心
由于气候的变化、土地高低的变化、以及偶然原因的散布方法
在冰期中的散布
南方北方的冰期交替
（第十三章）
地理分布（续前）。淡水生物的分布
论海洋岛上的生物
两栖类和陆栖哺乳类的不存在
岛屿生物与最近大陆上生物的关系
从最近原产地移来的生物及其以后的变化
前章与本章的提要
（第十四章）：
生物的相互亲缘关系：形态学、胚胎学、残迹器官。分类，群下有群
自然系统
分类中的规则和难点，依据伴随着变异的生物由来学说来解释
变种的分类
生物系统常用于分类
同功的或适应的性状
一般的、复杂的、放射状的亲缘关系
绝灭把生物群分开并决定它们的界限
同纲中诸成员之间的形态学，同一个体各部分之间的形态学
胚胎学的法则，依据不在幼小年龄发生的、而在相应年龄遗传的变异来解释
残迹器官；它们的起源的解释
提要
（第十五章）：
复述和结论。对自然选择学说的异议的复述
支持自然选择学说的一般情况和特殊情况的复述一般相信物种不变的原因
自然选择学产可以引伸到什么程度
自然选择学说的采用对于博物学研究的影响
结束语
测试五：达尔文的《物种起源》的问题
1.达尔文在《物种起源》中主要描述的是否是人类的原始与进化？
是否
2. 这本书区分为几章？
A.12B.15 C.19
3.这本书强调在自然选择中，家养的角色很重要？
是 否
4.达尔文坚持在同一种类之间的个体为生存挣扎，比起不同种类之间的个体为生存挣扎是：
A.更困难 B.较不困难
5. 达尔文并没有说明自己的困难，也没有回答别人对他理论的反驳。
是 否
6.达尔文没有完成《物种起源》这本书，所以本书缺乏对全书理论的总结与结论？
是 否
7. 达尔文喜欢争辩，争论最后便成为他的作品。
是 否
8. 在牛津那场有名的论点中， 赫胥黎与伟伯佛斯主教，谁在为达尔文的理论做辨论？
9. 达尔文形容那是“一生中最重要的事件”，指的是
A.他在阅读马尔萨斯的《人口论》
B.年轻时研读医学 C.“小猎犬号”之旅
10.达尔文认为应该“立法禁止”
A.小说 B.色情小说
C.以科学家为主角的小说
D.以悲剧结尾的小说
（答案请见本书第 页）
这些问题都很简单。现在再花二十分钟重新浏览一次《物种起源》的目录。然后我们要问一些比较困难的问题。
测试六：达尔文《物种起源》进一步的问题
1.达尔文尽量采用地质记录，他认为那些资料是
A.完整又令人满意的
B.并不完整，但却是物种源始的珍贵资料
2. 动植物的“种”比“属”要
A.低 B.高
3.分享相同的特质的同一物种，可以互相杂交，生育出同类的后代？
是 否
4.有相同特质的同一属的生物，并不必然能杂交，生育出相同的后代？
是 否
5. 以下的因素中， 哪一个在自然选择中占有重要角色，哪一个只扮演不重要的角色？
A.生存竞争 重要 不重要
B.个体的变异 重要 不重要
C.遗传的特征 重要 不重要
6.达尔文比较自然选择与人类的选择。他认为那一个比较伟大？
7. 第六章“自然界没有飞跃”这句话，你能解释意义吗？你能说明这句话对达尔文的理论有何意义？
8. 地理的分布与自然的障碍如海洋，对物种的进化有何特殊意义？
9. 在《物种起源》的引言中，达尔文谈到物种的起源“曾被我们最伟大的哲学家之一称为神秘而又神秘”你能清楚说明他的作品想要解决的是什么问题吗？你可以用一两句话来回答。
10.达尔文的理论是什么——简要说明？你能用一百字以内的篇幅做说明吗？
（答案请见本书第 页）
你已经完成了第二层次阅读中的两部分测试了。跟以前一样，你可能也注意到了，这些问题不只是从你读过的文章中出的，也是从历史或其他资料中出的。事实上，你可能觉得有些问题非常不公平。如果真的是重要的判断都得靠你自己的能力来下，那是不公平。不过当然并非如此。我们希望那些你不要为那些你不能回答，或是很难回答的问题而恼怒，相反地应该借此对全书做进一步的研究，那里的资料会比我们提供的资料更能回答这些问题。最好的答案就在书的本身。书还能回答更多更有趣的问题，或是我们没有时间与空间或智慧提出的问题。
第三层次阅读的练习与测试：分析阅读
这一部分的练习所使用的文章是这本书。我们情愿不是用这本书做例子。有很多书更好也更成功，更可以拿来做分析阅读之用。但是比起我们的情愿，还有一个更重要的考虑：那就是只有这本书是所有参加测试的人一定都读过的书。唯一的变更方法是再印一本书，跟着这本书一起发行，不过这用不着谈了。
你应该记得一个分析阅读的读者不论读什么书都要回答的四个问题：（1）整本书在谈些什么？（2）细节是些什么？如何说明的？（3）这本书讲的有没有道理？是整本都有？还是部分有？（4）这本书与我何干？本书第十二章结尾附近的分析阅读十五个规则就是要帮助读者回答这些问题。你能针对本书回答这些问题吗？
你自己能判断自己能不能回答这些问题。对这四个问题，我们在答案栏没有附上解答。答案在书的本身。
不只是因为我们已经尽力在书中将这些声明说清楚了，而且更重要的是，我们已经做得够多了，如果现在还要替你回答这些问题就不太恰当了。这不只是因为分析阅读是个工作，而且是个很孤独的工作。读者是一个人在阅读一本书，基本上，除了他自己的思想外，没有其他的帮助资源。除了他自己的头脑外，他没有办法到别处去寻找洞察与理解。
我们已经解释过为什么一定要回答这些问题，以及这些规则如何运用在不同种类的书本上。但我们没法说明这些规则如何运用在某一本书上，那是读者本身要做的工作。