摩诃末悔不当初，被哈亦儿汗裹挟，以致酿成大错。他对长子札兰丁说：“我死后，你就将我埋在这里，我没有脸面再回到玉龙杰赤。你一定不要重蹈覆辙，要带领花剌子模人民全力抵抗，以你的能力肯定会有一番作为。”套用陆游的一句诗，“王师北定中原日，家祭无忘告乃翁”，他将自己的全部愿望都寄托在札兰丁身上。
心力交瘁之下，摩诃末没有扛过这场大病，在里海的这个小岛上一命呜呼。虽然晚年凄惨，但也算是善终，有个全尸，否则落到成吉思汗手中，肯定会被虐待致死。
长子札兰丁继承了花剌子模的王位，暗中逃出小岛，逃回了旧都玉龙杰赤。
哲别和速不台听说摩诃末已经死在小岛上，决定回去复命，虽然没有抓到他，但是目的已经达到了。成吉思汗听到摩诃末死了的消息，叹了口气，说道：“早知今日，何必当初。如此下场，究竟是谁之错？”他没有让哲别和速不台回来，而是让他们继续向西北前进。
水淹花剌子模
成吉思汗的军队全部集结在玉龙杰赤城外，但是他不急于攻城，主要有两个原因。其一是因为天气炎热，蒙古人生活在草原，夏季凉爽舒适，但是花剌子模位于中亚，这里沙漠纵横，夏季炎热异常，对于习惯了凉爽的蒙古人来说，简直如地狱一般难熬。其二是蒙古军队持续进攻，未曾休整，全军普遍感到疲惫，加上损失的士兵数量还没有统计。因此，成吉思汗决定全军后撤，在一个绿洲城市扎营休整，而他自己则带着儿子们返回河谷之地避暑去了。
秋季来临，成吉思汗再次返回前线，休整的军队见到主帅归来，士气大振。成吉思汗派出自己的三个儿子术赤、察合台和窝阔台去攻城，同时还有大将博尔术、合答安等人辅助，他自己则坐镇大营，等待捷报。
术赤、察合台和窝阔台率领五万多人的大军再次包围了玉龙杰赤。与上一次围城战不同的是，玉龙杰赤的守军和百姓思想已经完全统一，他们不再去思考战败了会如何，因为讹答剌、不花剌、撒马尔罕都是前车之鉴。
现在城内可谓全民皆兵，没有人有投降的想法。因此当术赤试图让城内的人投降的时候，他派去的使者被杀掉了，这宣告了一个信息，宁可玉碎不为瓦全，蒙古军队要攻便攻，无须多言。
术赤无可奈何，只得与察合台发起进攻，然而守军的意志异常坚定，加上坚固的防御工事，蒙古军队接连几次均无功而返。术赤再次用屡试不爽的老战术，诈败引敌人出城决战，花剌子模的军队也真是配合，吃过几次亏了，仍然没有反思。
不过蒙古军队这一次有些心急，他们没有等到大部队出来，就歼灭了出城的部队。城内的士兵看到同胞被敌人无情地砍杀，义愤填膺，但是没人敢冲出城去，只是从这以后，不管蒙古人怎么挑衅，被骂成懦夫也好，无能也罢，花剌子模的守军再也没有主动出城追击。
这就难坏了城外的蒙古军队，不擅长攻城战的蒙古人一下子没有了办法，强攻不仅损耗士兵，而且对士气的消磨也是不可估量的。蒙古人打起了游击战，寻找着玉龙杰赤的漏洞，今天攻这一边，明天攻那一边，为了减少伤亡，均是点到为止，找不到突破口就撤退，一个多月下来，基本上是无功而返。
久久等不来捷报，成吉思汗在后方极为生气，他愤怒地对身边的失乞忽秃忽说：“都几个月了，怎么还没有攻下玉龙杰赤！这三个小子到底在搞什么鬼！这样拖下去，会进一步激发守军的士气。”
是什么原因使得之前一路奏凯的蒙古军队停下了脚步呢？玉龙杰赤城池坚固、军民同心都算是因素之一，但最重要的原因其实是蒙古军队内部的不和谐。术赤与察合台之间的矛盾再次激化，争执的焦点就是攻城的方式。
察合台主张强攻，既然找不到漏洞，那就玉石俱焚，运用攻城车和云梯强行攻城，将城池焚毁也在所不惜；但是术赤有自己的考虑，他觉得这些攻下来的地方将来就是他的领地，他要尽可能地保留这些财产，重建一座城池那可是个大工程，不如将原有的城池保存下来。两个人的争执也影响到下面的士兵，两方的亲兵内斗不断，整个军营纪律涣散，这才造成玉龙杰赤久攻不下的现状。
失乞忽秃忽也提醒成吉思汗，说：“大汗，依我之见，还是在于三个兄弟之间没有齐心协力，如果他们三个人拧成一股绳，那么我相信以蒙古军队的战斗力，玉龙杰赤绝非不可攻破之城。”
成吉思汗点点头，派人前去传达口信：“术赤、察合台你们二人若要继续内斗，我定不饶你们两个，如果再不能一致对外，我会将你们两个全都撤换，回到草原去思过！从现在开始，军队指挥权交给窝阔台，你们二人要听他指挥。”
果然，成吉思汗的命令一出，军营中的气氛顿时紧张起来，窝阔台重新整顿了纪律，凡是在营内斗殴的，一概军法处置，绝不姑息。这样一来，士兵们面貌一新，蒙古军队又变成了那支常胜之师。
窝阔台指挥攻城，不再留任何余地，直接用火攻。城内的守军和百姓也是万众一心，城门被攻破，百姓们坚持巷战，蒙古军队在玉龙杰赤城内苦战七天七夜，每一个房屋都仿佛堡垒一般，蒙古人的伤亡也在直线上升。终于窝阔台忍无可忍，引阿姆河水灌城，玉龙杰赤瞬间变为泽国，耗时几个月时间，玉龙杰赤宣告失守。
狡猾的札兰丁
时间稍稍往前回溯。札兰丁逃回玉龙杰赤以后，虽然名义上他是花剌子模的国王，但实际上号召力已不可同日而语，而玉龙杰赤城中几乎都是太后派，因此，札兰丁处处碰壁，没有人愿意辅佐他。
束手无策的札兰丁只好先蛰伏在玉龙杰赤城中，但是一丝不安始终挂在他的心头。原来札兰丁一直跟随父亲摩诃末，除了逃跑，还练就了更加敏锐的洞察力，他注意到自己的住处增加了很多监视的人，每日生活在这么多的人注视下，札兰丁感到自己像个被关在笼中的老虎，只能任人宰割。
札兰丁综合了各种因素，判断玉龙杰赤城中有人想要对他不利，于是，他第一时间做出了决定，与其在此坐以待毙，不如逃出去，寻求东山再起。
趁着夜色，札兰丁摆脱了监视的人，逃出了玉龙杰赤，一路向着哥疾宁（现在阿富汗东南部的加兹尼）方向奔去。正是因为札兰丁这个关键的决定，才没有让他葬身玉龙杰赤，使得花剌子模能够继续坚持抵抗一段时间。
出逃的札兰丁在路上巧遇帖木儿灭里，其实说是巧遇，帖木儿灭里在玉龙杰赤往哥疾宁方向上等了很久，他想等待一个可以振臂一呼带领花剌子模的人，没想到等到了札兰丁，于是二人结伴到哥疾宁，继续组织军队。
成吉思汗拿下了玉龙杰赤，这一年是1221年，继而派出幼子拖雷统率军队渡过阿姆河，进攻呼罗珊地区。呼罗珊大部分位于现在伊朗，东部位于阿富汗和土库曼斯坦境内。实际上，上一个年度哲别和速不台追击摩诃末的时候也经过了这一地区，当时这些地区的城市表面上都臣服于蒙古，但是因为没有受到攻击，所以当哲别和速不台继续远征之后，这些本来臣服的城市又出现了反复，拖雷率军迅速地平定了呼罗珊地区的反对势力，回师与成吉思汗一同继续进攻阿富汗东南部。
成吉思汗得到情报，札兰丁在哥疾宁重整旗鼓，汇集了六七万人的军队，为了早日将其铲除，他亲率大军南征。首先攻占了哥疾宁北部的大城市巴里黑，巴里黑是古时大夏（即巴克特里亚）的首都，防御措施也很健全，但是守将没做任何抵抗，主动投降了蒙古，成吉思汗担心城里的人叛乱，于是将所有居民屠杀。
在进攻要塞城市塔里寒时，蒙古军队遇到了顽强的阻击，守军拒绝了成吉思汗的劝降，一心抵抗到底。塔里寒要塞依山据险，蒙古骑兵失去优势，只得下马作战，即使这样，在围城战中也毫无优势。在守军的奋战之下，成吉思汗的军队六个月没有前进一步。
直到拖雷平定了呼罗珊，与成吉思汗会师以后，蒙古军队的进攻才有了一点起色。成吉思汗下令建造土城，与塔里寒要塞高度持平，然后驱使着俘虏冲入城中，守军抵挡不住，只好突围而出，骑兵依靠熟悉地形，成功逃遁，但是步兵没能这么幸运，全部被歼灭。至此，成吉思汗耗费了七个月的时间终于攻下了塔里寒要塞。不过，这一战给蒙古军队心理上带来了很大的震慑，他们习惯了草原游击作战，但是从进攻花剌子模的第一战开始，遇到的就是攻城战，加上地形不熟悉，气候炎热，各种困难接踵而至。
这时候，札兰丁已经在哥疾宁整顿好军队，以逸待劳，期待着与蒙古军队一战了。
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成吉思汗派出失乞忽秃忽担任先锋，向着哥疾宁方向进行侦察，自己率领大部队继后出发。失乞忽秃忽在喀布尔北部与札兰丁的军队狭路相逢，双方摆开阵势，几个回合下来，蒙古骑兵没有占到一点便宜，反而在敌人的进攻下有倒退的趋势。
失乞忽秃忽感觉大事不妙，他仔细观察了敌人，发现对方将士毫无畏惧，每个人都是拼命在战斗，勇猛异常。蒙古军队并没有想到会遇到这么猛烈的冲击，渐渐抵挡不住，失乞忽秃忽赶忙鸣金收兵。
当夜失乞忽秃忽想出了一条计策，第二天出战，他让所有将士把毡子捆绑成人的形状，然后绑缚在马匹上。因为本来蒙古的骑兵每个人都有好几匹马，这样一来，就好像一下子增加了许多士兵，造成夜间有援兵的假象，借此震慑对方，达到令札兰丁退兵的目的。
然而这毕竟只是瞒天过海之计，如果真的两方交战，很容易就被识破。果然，札兰丁的部下提议撤兵，蒙古骑兵的数量太多了，肯定难以招架。但是札兰丁跟他的父亲摩诃末不同，他不是一个只想着逃跑的人，如果能够一战，他绝不会放过机会。
札兰丁对士兵大吼道：“战士的最高荣誉就是战死沙场！敌人有没有援军都没关系，我们要相信我们自己的实力。所有人听我的命令，骑兵下马，把缰绳系在腰上，倒要看看蒙古人是怎么一夜之间变出那么多援军。”
失乞忽秃忽见札兰丁完全没有退兵的意思，感到很诧异，他想，难道是自己的计策被识破了？现在是骑虎难下了，如果不进攻就意味着援军是假象，可是进攻就会被识破。左右为难之际，失乞忽秃忽决定赌一把，趁着敌人还没有怀疑的时候，或许可以打乱敌人的节奏。
结果可想而知，等着失乞忽秃忽来攻的札兰丁，待蒙古骑兵一接近就发现了破绽。他大声地鼓励军队：“敌人的骑兵是假的，战士们，拿出你们的勇气，让蒙古人看看我们的实力。”札兰丁命令弓箭手等敌人再近一点就攻击，失乞忽秃忽的军队被箭雨打退了回去，第二次冲锋时，札兰丁的骑兵也冲了过来，蒙古军队在交战中被冲散了，失乞忽秃忽自己也险些失去性命，在随从的保护下才逃离了战场。
这一战，蒙古的损失很大，是开战至今最大的一次，活着回来的人寥寥无几。失乞忽秃忽向成吉思汗请罪，但是成吉思汗并没有过多地责怪他，而是反复向他询问札兰丁的作战方式和作战特点。成吉思汗不会让自己的士兵们二次犯险，如果不是胸有成竹，他宁可选择避其锋芒。
成吉思汗总结经验，下令全军轻装出发，以最快的速度出征哥疾宁。然而出乎意料的是，当成吉思汗到达哥疾宁城外的时候，听说札兰丁已经逃亡印度旁遮普。原来在战胜了失乞忽秃忽以后，札兰丁部队内部的不和谐就暴露了出来，他手下的阿富汗士兵和突厥雇佣兵之间互相看不惯对方，一拍两散。札兰丁的部队人数锐减，考虑到无法与成吉思汗正面交战，他便果断地撤退了。
成吉思汗对札兰丁充满了敬意，他是花剌子模唯一一个坚持同成吉思汗作战的人，也正因为如此，所以成吉思汗才不能留他的性命。成吉思汗命令部队绕过哥疾宁，目标是先消灭札兰丁。
札兰丁的部队正在印度河岸边休息，准备第二天早晨渡河。没想到当天夜里，成吉思汗的追兵已经赶到，札兰丁的部队仓促应战，不过因为成吉思汗下令活捉札兰丁，所以没有使用弓箭手，札兰丁的部队勉强坚持着。
天亮以后，札兰丁发起了一次冲锋，利用这次冲锋，札兰丁掉转马头，从悬崖上跃入印度河。蒙古的士兵也想要跟着跳下去，但被成吉思汗拦下了，他清楚地知道蒙古人不善水性，盲目跳下去只会丧失性命。
蒙古的军队几次都被河水拦截了去路，可见除了大江大河，没人能阻挡住蒙古骑兵前进的脚步。不过，不习水性的蒙古人始终没有主动去普及游泳，或许对他们来说，水战真的不需要那么重视吧。
逆我者亡
札兰丁跳入了印度河，扑腾了几下之后游到了对岸。悬崖上的蒙古士兵咬牙切齿，但是无计可施。不过，札兰丁只是孤身一人逃离了战场，他的部队和他的子嗣都没有逃脱成吉思汗的围捕。
成吉思汗对札兰丁很欣赏，他对窝阔台说：“如果札兰丁能够为我所用，那就再好不过了。他的勇气和他的智略都胜过你们，只可惜他生错了地方，遇到了摩诃末这么一个窝囊的父亲，没有发挥自己才能的空间。但是要是作为敌人，他就太危险了，决不能让他有东山再起的机会，否则他会成为我们蒙古人最头疼的人物。不过，你们还是要好好学习他的勇气和不屈。”正因此，札兰丁的子嗣一个不留都被成吉思汗杀掉了。
他派出大将八剌带领一支部队去进攻旁遮普，而这次只是为了找到札兰丁的试探性攻击，成吉思汗并没有准备全面进攻印度。
成吉思汗率军回身进攻哥疾宁，他将没有抓到札兰丁的怒火洒向了这座城市。守将早已逃之夭夭，拿下城池不费吹灰之力，继而蒙古军队开始了大屠杀。成吉思汗以清点人口为由，将所有居民赶到了城外，再对城内进行掠夺，并纵火焚烧了这座城市。城外的居民，所有工匠还是一如之前被编入成吉思汗的军中，剩下的人都没有逃脱被杀的噩运。
接着成吉思汗又将所有曾经响应过札兰丁的城市全部踏平，所有百姓全部屠杀，城市焚毁，以至于从此以后呼罗珊地区一蹶不振，哥疾宁等城更是荒无人烟，一派萧条。
发泄完怒火的成吉思汗率领部队度过阿姆河，回到了不花剌。一方面是因为部队难以忍受南部的炎热，需要回来避暑，另一方面，南部的战争已经告一段落，部队暂时撤回到河中地区，以研究下一步的作战。
持续了好几年的对花剌子模的战争已经告一段落，除了个别地区仍时有反抗之外，大部分地区都已经臣服于大蒙古国。虽然消灭了花剌子模近四十万人的部队，但是蒙古的损失也有近二十万，当中包括无法适应气候的非战争死亡，总之这场战争对蒙古来说也算不得大胜，尤其是战争中死去了很多跟随成吉思汗多年的老兵。
成吉思汗这时候也终于有时间来思考将来的人生和未来的作战计划，同时，他也在等待哲别和速不台的远征，以及八剌在印度的作战情况。
这一年是1222年，距离成吉思汗去世的1227年还有五年。