1893年（光绪十九年，癸巳），公三十五岁。
仍任康济练舰管带。
1894年（光绪二十年，甲午），公三十六岁。
仍任康济练舰管带。
晋副将衔，北洋海军精练左营游击。
五月，朝鲜东学党乱作。
七月，对日本宣战。[1]黄海中日海战时，公调守威海日岛炮台。
八月，日军以汉城为根据围攻平壤。清军由平壤溃退。丁汝昌率海军舰队十二艘与日本舰队遇于大东沟附近，苦战半日，仅存八艘，且受损伤，退归旅顺船坞修理，后移守威海卫。日军别队乃由山东荣城湾上陆进图威海卫。
1895年（光绪二十一年，乙未），公三十七岁。
仍守威海日岛炮台。
日军入据威海西岸。公延至最后，始发一信号致旗舰请示提督丁汝昌后，安全退出。是时西人之观战者，论公行事恒求不逾规矩，深为赞许。
二月，日军陷刘公岛，提督丁汝昌死之。[1]
派李鸿章为赴日议和全权大臣，订《马关条约》。[2]
台湾官民推台湾巡抚唐景崧为总统，宣布独立。
六月，日军攻陷台北；十月，日军攻陷台南。[3]
九月十一日，夫人陈氏卒，享年三十八岁。[4]
1896年（光绪二十二年，丙申），公三十八岁。
任吴淞炮台总台官。[5]
通济修竣北上，所有练习生及刘公岛、昆明湖各学堂生，均上船练习。
1897年（光绪二十三年，丁酉），公三十九岁。
任吴淞炮台总台官。
1898年（光绪二十四年，戊戌），公四十岁。
仍任吴淞炮台总台官。调任通济练舰管带。
八月，太后训政，置帝于南海之瀛台。
侍郎张荫桓、徐致靖，御史杨深秀，京卿杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第均下狱。杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第及康有为弟广仁被戮。
1899年（光绪二十五年，己亥），公四十一岁。
任通济兵舰管带。
开复前北洋海军副将叶祖珪革职处分，授为北洋水师统领；公以参将为帮统。
1900年（光绪二十六年，庚子），公四十二岁。
任北洋水师帮统，兼带海圻兵舰。
五月，京师义和团事作。日本使馆书记生杉山彬及德国公使克林德先后被戕。各国以保护使馆、教士为词，调舰增兵合谋。五月二十五日，联军力索大沽炮台，守者不从，遂开炮轰击，相持竟日，沽台不守。二十七日，下诏与各国宣战。时海军各舰均在登州一带操巡，惟龙、犀、青、华四舰在大沽修配机件。适叶祖珪奉命赴津承商机要，以将有战事，令四船归队以避其锋。未及行已为联军所夺，海华管带饶鸣衢殉职焉。
清廷宣战诏下，粤督李鸿章视为乱命，不奉诏。江督刘坤一、鄂督张之洞以公文通知上海领事团，为互保东南之约，鲁抚袁世凯附之。
公时率海圻兵舰泊登州。各国舰队监视我兵舰甚严。适美国铁甲舰“洛利浦”号[1]在庙岛附近触礁，海圻根据国际惯例驶往救援；一面电告上海美国领事馆赶派船只，前往拖带出险。美舰长深表感谢，即将经过情况报告美国政府，由是美国朝野无不重公为人。
八月，联军陷北京。西太后挈帝出奔西安。
闰八月，派奕劻为全权大臣与李鸿章会同妥商和议，并与刘坤一、张之洞会商办理。[1]
十一月，允奕劻、李鸿章所奏和议大纲，仍命妥商详细节目。
十二月，下诏变法，禁止仇视外国商民。
1901年（光绪二十七年，辛丑），公四十三岁。[2]
仍任北洋水师帮统兼带海圻兵舰。
七月二十五日（阳历九月七日），李鸿章代表清政府与德、奥、比、美、法、英、日、荷、俄等国公使签订辛丑条约。
时议和大臣建议将天、圻、容、筹、琛五舰撤售，事垂成，经叶祖珪力争，始寝。
十月，各国联军退出京师。
十一月，太后挈帝还京师。
1902年（光绪二十八年，壬寅），公四十四岁。
仍任北洋水师帮统兼带海圻兵舰。
1903年（光绪二十九年，癸卯），公四十五岁。
统领北洋水师兼带海圻兵舰。
公奏谓：雷艇为御敌利器，与其统领未成军之快船，不若统领已成军之雷艇，与敌相见较为有隙可乘。
十二月，日俄宣战。我国宣告中立。
1904年（光绪三十年，甲辰），公四十六岁。
仍统领北洋水师兼带海圻兵舰。
日俄战争。
1905年（光绪三十一年，乙巳），公四十七岁。
总理南北洋海军兼广东水师提督。[1]
叶祖珪卒于上海军次；公继其任，沈寿堃副之。
八月，日俄媾和条约成。
1906年（光绪三十二年，丙午），公四十八岁。
仍任总理南北洋海军兼广东水师提督。
1907年（光绪三十三年，丁未），公四十九岁。
仍任总理南北洋海军兼广东水师提督。
设海军处附于陆军部内，设正副二使、机要、船政、运筹、储备、医务、法务六司。
1908年（光绪三十四年，戊申），公五十岁。
仍任总理南北洋海军兼广东水师提督。
公请每年派船游历南洋，安抚华侨，朝议允行。
严复作《统领南北洋海军水师提督萨军门五十寿序》。[2]
秋，以美国舰队游历环球，将于十月间行抵厦门。廷旨派贝勒毓朗、外务右侍郎梁敦彦前往劳问，闽督松寿前往妥为照料。公率舰队先期赴厦门迎候。厦门南普陀有公石刻。
十月二十一日，光绪帝崩。遗诏以醇王载灃之子溥仪入承大统。翌日，太后亦崩。
1909年（宜统元年，己酉），公五十一岁。
正月，派耆善、载泽、铁良及公筹备海军。
闰五月，派载洵及公为筹备海军大臣，设立筹办海军事务处，度支部拨开办费七百万两，每年分筹海军费五百万两。以谭学衡为参赞。设八司：曰军制、军学、军枢、军防、军政、军医、军法、军储。南北洋收归统一，分为巡洋、长江两舰队。以程璧光统领巡洋舰队，沈寿堃统领长江舰队。
六月，以公为海军提督。
七月，载洵及公带同随员亲赴沿江、沿海各省调查，以象山为军港。会同闽浙督松寿、浙抚增蕴到象山，行开幕礼，礼毕返京。
八月，载洵及公复带随员赴欧洲各国，由英而法、而意、而奥、而德、而俄，遍阅各国海军学校及船炮厂、军港等处。十二月，取道西伯利亚铁路回京。
1910年（宣统二年，庚戌），公五十二岁。
六月，清政府命筹办海军事务大臣载洵充参务政务大臣。
七月，载洵及公往日、美两国考察海军；十月返京。计两度游历欧美各友邦，以中国特派亲贵专使调查，大有振兴海军之意，无不优加待遇；而我各省督、抚，亦分认海军经费。遂先后添置军舰，于英订造应瑞、肇和，于德订造建康、豫章、同安、江鲲、江犀，于日订造永丰、永翔。于江南船坞造永健、永绩，于杨子江造船公司造建中、拱辰、永安，于胶州船坞造舞凤各舰。此外，尚有在美订购飞鸿一艘。旋即出售其在意订造之鲸波、在奥订造之龙湍，皆因款项未交然。是时，海军颇有蒸蒸日上之望。
十月，以程允和为长江水师提督。
十一月，改筹办海军处为海军部，以载洵为海军大臣，谭学衡为副大臣，公为巡洋、长江两舰队统制。
《雁门萨氏族谱》，经公之族弟嘉曦扩充修辑，定为八卷，刊行。
1911年（宣统三年，辛亥），公五十三岁。
三月二十九日，黄兴等举事于广州。
五月，英皇加冕。驻华英使请中国派船前往与会，遂派协统程璧光乘海圻往贺。
六月，孙本远生。
八月十九日，武昌起革命。[1]
八月二十一日，清政府命陆军大臣荫昌亲率近畿新军两镇驰赴武昌；又命公率军舰，程允和率长江水师赴援。
革命军占领武昌后，新军协统黎元洪被推为鄂军都督。元洪字宋卿，黄陂人；北洋水师学堂学生，充定远船炮弁。甲午之败，元洪浮海遇救，转陆军。留学英国后，湖北筹练新军，任为协统。与公有师生之谊。公抵鄂时，有密扎往还。[2]
海容、海琛、海筹、江贞各舰，并鱼雷艇一艘，自九江来；商悬民国旗，武汉军人额手欢庆；北军不知有变，方用望远镜视察，四舰已驰过，最后雷艇驶至。北军炮台弹如雨下，鱼艇毁。海容、海筹猛攻三道桥，北军受创甚巨。[1]
福建九月十八日独立，推第十镇统制孙道仁为都督。清总督松寿自杀，将军朴寿擒杀。
九月二十六日，袁世凯组内阁成。以公为海军大臣，阁员梁东彦为外务大臣，赵秉钧为民政大臣，严修为度支大臣，唐景崇为学务大臣，王士珍为陆军大臣，沈家本为司法大臣，张謇为农工商大臣，杨士琦为邮传大臣，达寿为理藩大臣。
1912年（中华民国元年，壬子），公五十四岁。
元旦，孙文就任中华民国临时大总统于南京。改正朔以阳历纪年。一月一日，即清宣统三年辛亥十一月十三日。取五族共和主义，以红黄蓝白黑五色旗为中华民国国旗。以红旗右角镶青天白日，日有十二芒为海军旗。派黄钟瑛为海军总长，汤芗铭次之。
清帝逊位。孙大总统辞职。参议院举袁世凯为大总统，建共和政府于北京。二月十二日南北统一。
四月，特任刘冠雄为海军总长，汤芗铭为次长；以黄钟瑛为海军总司令，蓝建枢为左司令，吴应科为右司令。
任吴淞商船学校校长。
十二月，改海军左司令为第一舰队司令，以蓝建枢任之；改海军右司令为第二舰队司令，以徐振鹏任之。海军总司令黄钟瑛卒，以李鼎新继其任。
1913年（中华民国二年，癸丑），公五十五岁。
八月14日，任命公为督办淞沪水陆警察事宜。[1]
十月六日，国会选举正式大总统，袁世凯当选。十月七日，国会选举副总统，黎元洪当选。十月十日，正式大总统、副总统就职。
十二月，海军总长刘冠雄奉命兼领福建都督。
1914年（中华民国三年，甲寅），公五十六岁。
五月九日，特派公及荫昌、王士珍为海陆军大元帅统率办事处办事员。
五月二十六日，任命公为参政院参政员。按参政院院长为黎元洪，副院长为汪大燮，参政院参政员为汪大燮、陆征样、联芳、李家驹、张荫棠、李国杰、瞿鸿机、唐景崇、吕海寰、于式枚、熊希龄、王世征、严修、周学熙、梁士诒、梁启超、宝熙、王家襄、陈汉第、施愚、汪有龄、黎渊、陈国祥、邓镕、程树德、朱文邵、王印川、胡钧、荫昌、蔡锷、蒋尊簋、徐绍祯、王揖唐、赵尔巽、李经羲、丁振铎、锡良、袁树勋、冯煦、孙毓筠、赵惟熙、那彦图、朱小濂、李盛铎、樊增祥、姚锡光、毛庆藩、饶汉祥、阿穆尔灵圭、刘若曾、陈钰、李开侁、塔旺布鲁.克札勒、王闿运、杨守敬、劳乃宣、柯邵忞、王树枬、严复、马良、马其昶、张振勋、刘锦藻、宋炜臣、渠本翘、孙多森、李湛阳、冯麟霈、李士伟等。
刘冠雄请裁福建都督缺，奉准。旋即交卸兼领都督。
内阁改组，大总统特任刘冠雄仍为海军总长。
1915年（中华民国四年，乙卯），公五十七岁。
居北京。
五月二十五日，《中日条约》成立。[1]
十二月三十一日，改明年为洪宪元年。[2]
1916年（中华民国五年，丙辰），公五十八岁。
三月二十三日，废止洪宪年号。[3]
六月六日，袁世凯病故。七日，黎元洪就大总统任。
六月，海军总长刘冠雄辞职，特任程璧光为海军总长。
八月十一日，特派公为闽粤巡阅使。
1917年（中华民国六年，丁巳），公五十九岁。
任闽粤巡阅使，奉派兼海军临时总司令。[4]
六月，内阁改组，李经羲为总理。公为海军总长，程璧光调为海军总司令。时各督军要求解散国会，国会议员纷纷辞职。大总统因下令解散国会。长江巡阅使张勋乘机复辟。黎大总统避入法医院，密命段祺瑞为总理，并令以副总统冯国璋继任为大总统。冯副总统入京代理大总统，重组内阁。特任刘冠雄为海军总长，公为海疆巡阅使，以刘传绶为海军次长。年底，只准免公海疆巡阅使职。
八月十四日，我国对德、奥宣战。[1]
1918年（中华民国七年，戊午），公六十岁。
闽人议清乡谋督办，适林仲宜舰长战舰在马江，与船政局长陈铿臣，二人中推一人为正，一人副之，而二人互相让，改推公为之。由陈衍领衔用无线电达都，请派。未几，公入闽，以黄菊山副之。
五月十一日，闽粤发生战争。
九月，任福建清乡督办。
九月一日，北京国会选举徐世昌为大总统。
十一月十一日，协约各国与德国签定休战条约。
1919年（中华民国八年，己未），公六十一岁。
二月，各国设海陆军讨论会于巴黎。公奉派为大员，旋复作罢。
十二月三日，内阁改组，公任海军总长；外交为陆征祥，内务为田文烈，财政为李思浩，陆军为靳云鹏（兼），司法为朱文深，交通为曾毓隽，农商为田文烈（兼）；陆征样未到任前，陈箓暂代外长。
十二月二十八日，前代理总统冯国璋在京病故。
1920年（中华民国九年，庚申），公六十二岁。
五月十四日，特任公暂兼代理国务总理。内务为田文烈，交通为曾毓隽，海军为公自兼，外交由次长陈箓代，财政为李思浩，陆军由次长罗开榜代，司法为朱文深，教育由次长傅岳芬代，农商由次长江天铎代。
六月二十九日，我国加入国际联盟。
七月十四日，直皖战争开始。[2]
八月十二日，粤桂战争开始。[1]
八月，公辞海军总长兼代国务总理本兼各职。旋内阁改组，靳云鹏出任总理。公仍留任海军总长。时颜惠庆署外长，张志潭署内长，周自齐署财长，靳云鹏兼署陆军，董康署法长，范源濓署教长，王乃斌署农商，叶恭绰署交通。
十月十一日，林葆怿宣布南北海军统一。
1921年（中华民国十年，辛酉），公六十三岁。
五月，公卸海军总长职，以李鼎新继任。
五月五日，孙文就非常大总统职于广州。
九月，严复卒于福州。