改革开放以来，党和国家一直非常重视民办非企业单位的健康发展。党的十六届六中全会提出要鼓励社会力量在教育、科技、文化、卫生、体育和社会福利等方面兴办民办非企业单位，这有力地促进了民办非企业单位的发展。1998年国务院颁布实施了《民办非企业单位登记管理暂行条例》（以下简称《条例》），改善了民办非企业单位管理的无序状况。根据《条例》的规定，登记管理机关负责同级业务主管单位审查同意的民办非企业单位的登记管理。登记管理机关、业务主管单位与其管辖的民办非企业单位的住所不在一地的，可以委托民办非企业单位住所地的登记管理机关、业务主管单位负责委托范围内的监督管理工作。同时，登记管理机关履行下列监督管理职责：
（1）负责民办非企业单位的成立、变更、注销登记；
（2）对民办非企业单位实施年度检查；
（3）对民办非企业单位违反本条例的问题进行监督检查，对民办非企业单位违反本条例的行为给予行政处罚。业务主管单位履行下列监督管理职责：
（1）负责民办非企业单位成立、变更、注销登记前的审查；
（2）监督、指导民办非企业单位遵守宪法、法律、法规和国家政策，按照章程开展活动；
（3）负责民办非企业单位年度检查的初审；
（4）协助登记管理机关和其他有关部门查处民办非企业单位的违法行为；
（5）会同有关机关指导民办非企业单位的清算事宜。业务主管单位履行前款规定的职责，不得向民办非企业单位收取费用。
另外，《条例》还规定了对民办非企业单位违法行为的处罚措施，主要是民办非企业单位在申请登记时弄虚作假、骗取登记的，或者业务主管单位撤销批准的，由登记管理机关予以撤销登记。如果违反了该条例的相关规定，将由登记管理机关给予警告，责令改正，可以限期停止活动，并可以责令撤换直接负责的主管人员；情节严重的，予以撤销登记；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
对民办非企业单位的内部治理主要包括组织机构设置和组织机构的运行规范两方面。与社会团体相似，民办非企业单位也需要建立决策机关（如董事会、理事会）、执行管理机关和监察机关（监事会）来实现权力的相互制约。《民办非企业单位（法人）章程样本》规定民办非企业单位必须设立监事会，对单位的业务工作进行监督。
民办非企业单位治理的重点是对产权归属的清晰，规范出资人、举办者、民办非企业单位和国家等权利主体的行为，明确各行为主体的权利义务关系。（方文进，2010）2002年颁布的《民办教育促进法》规定了民办学校享有举办者投入民办学校的资产、国有资产、受赠的财产以及办学积累的法人财产权。这是建立健全和完善民办学校法人治理结构的前提。
民办非企业单位也要接受外在的监督，包括捐赠者、接受服务对象、业务主管部门和政府相关部门的监督。《公益事业捐赠法》就捐赠人的知情权作出了如下规定：“捐赠人有权向受赠人查询捐赠财产的使用、管理情况，并提出意见和建议，对于捐赠人的查询，受赠人应当如实答复。”如果民办非企业单位“未征得捐赠人的许可，擅自改变捐赠财产的性质、用途的，由县级以上人民政府有关部门责令改正，给予警告。拒不改正的，经征求捐赠人的意见，由县级以上人民政府将捐赠财产交由其宗旨相同或者公益性社会团体或者公益性非营利的事业单位管理”。《条例》第二十三条规定，民办非企业单位应当每年向业务主管单位提交工作报告，征得同意后报送登记机关接受检查。民政部在2005年还要求民办非企业单位在年检通过后，在指定的网站或者报刊上公布年度工作报告，接受公众和媒体的监督和评估。
（四）国家对基金会的治理
1986年颁布的《民法通则》中规定的法人只有企业、机关、事业单位和社会团体法人四种，客观上制约了基金会的合理定位。1988年，国务院出台了《基金会管理办法》，标志着国家对基金会的监督和管理工作步入了法制化轨道。该办法将基金会定义为“对国内外社会团体和其他组织以及个人自愿捐赠资金进行管理的民间非营利性组织”，归于社会团体法人。
《基金会管理办法》规定基金会需要接受归口管理部门、人民银行和民政部门的三重监督管理。如果要申请建立基金会，首先要由其归口管理的部门报经人民银行审查批准，再由民政部门登记注册发给许可证。1999年，中国人民银行、民政部联合发文，按照监管职责分工、上下分别、对口交接的方法，中国人民银行将基金会的审批和监管职责全部移交民政部，从而形成目前由归口管理部门和民政部门对基金会进行双重管理的模式。
2001年我国颁布《中华人民共和国信托法》，其中第六章专门对“公益信托”作出了规定，但这些规定没有与基金会管理体制发生联结，不足以形成基金会的公益信托制度。参见王名、贾西津：《试论基金会的产权与治理结构》，中国选举与治理网，2007年7月6日，链接：http：www.chinaelections.org/newsinfo.asp？newsid=112120。2004年，为更好地适应新形势的需要，促进基金会的健康发展，国务院颁布实施了《基金会管理条例》（以下简称《条例》）。《条例》的贯彻实施，对于加强基金会的治理和监管，更好地发挥基金会在社会公益事业当中的作用具有深远意义。
根据《条例》的规定，基金会登记管理机关履行下列监督管理职责：
（1）对基金会、境外基金会代表机构实施年度检查；
（2）对基金会、境外基金会代表机构依照本条例及其章程开展活动的情况进行日常监督管理；
（3）对基金会、境外基金会代表机构违反本条例的行为依法进行处罚。基金会业务主管单位履行下列监督管理职责：（4）指导、监督基金会、境外基金会代表机构依据法律和章程开展公益活动；
（5）负责基金会、境外基金会代表机构年度检查的初审；
（6）配合登记管理机关、其他执法部门查处基金会、境外基金会代表机构的违法行为。
《条例》还规定了基金会的法律责任，主要是未经登记或者被撤销登记后以基金会、基金会分支机构、基金会代表机构或者境外基金会代表机构名义开展活动的，由登记管理机关予以取缔，没收非法财产并向社会公告。基金会、基金会分支机构、基金会代表机构或者境外基金会代表机构如果有严重违反相关规定的行为，登记管理机关应当撤销登记。
（五）国家对社会组织的财税政策
社会组织一般从事的是社会公益性事业，国家给予一定的税收优惠和财政支持，可以促进民间公益事业的发展，与公共财政和公共税收的理念也是一致的。社会组织具有很强的独立性，但是并不等于社会组织在资金方面独立于政府，事实恰好相反，政府的资助是社会组织重要的资金来源。在许多国家，政府对社会组织的资金支持是法定的，政府有义务支持社会组织。（王名、刘培峰，2004）我国的财税政策对社会组织的发展具有非常重要的作用，成为社会组织健康发展的重要支撑。
艾金森的利他主义理论很好地解释了社会组织所享有的税收优惠政策。他指出，社会组织除了直接向社会提供本应该由政府提供的利于社会公众的公共物品外，还提供超越了这些直接的公共物品的更为高级的公共利益：一者，非营利组织在提供公共物品时能够弥补“市场失败”和“政府失败”的缺陷，比营利组织和政府组织更有效率和效益；二者，非营利组织的存在本身就表明了多元价值和多样性，有利于体现社会的民主自由价值。同时，非营利组织所创造的公共利益还促进了志愿精神和多元化，有助于思想创新和实践精神。所有这些都使非营利组织应该享受政府的财政资助和税收优惠政策。（金锦萍，2009）
具体来说，我国对社会组织的财税政策主要体现在： 第一，社会组织享有的财政支持，主要是指政府运用财政政策给予社会组织一定的资助。当前我国政府对社会组织的财政支持主要表现在两个方面：一是财政拨款，这主要是指政府对特定的社会团体直接给予资金支持，如自上而下建立的社会组织，其资金来源就主要是政府的财政拨款。这种方式可能导致社会组织对政府的依赖性，不利于其独立性的发挥，很可能成为政府的“附庸”。二是补助，主要是指政府对社会组织的捐赠者给予的资金补偿，它“一般先由中央政府规定某一类社会组织的补贴政策，再由地方政府逐级细化、实现”。（王名、董文琪，2010）
第二，社会组织享有的税收优惠政策，主要是指政府运用税收工具，鼓励社会组织的健康运作，更好地调动个人及组织对社会组织的支持。税收优惠不仅体现在所得税上，而且还体现在增值税、房产税、营业税等方面；不仅体现在对社会组织的税收优惠上，而且还体现在对捐赠主体的税收优惠上。我国对社会组织没有专门的税收法律制度，税收优惠主要散见于一些法律、法规和规章政策中。例如1999年颁布的《中华人民共和国公益事业捐赠法》规定，公司和其他企业及个人依照该法规定捐赠财产用于公益事业，依照法律、行政法规的规定享受所得税方面的优惠；财政部、国家税务总局1994年颁布的《关于金融、保险企业有关所得税问题的通知》规定，企业用于公益、救济性的捐赠支出应当符合国家有关规定，在不超过企业当年应纳所得税额1.5%的标准以内可据实列入营业外支出，计算缴纳企业所得税时准予扣除；《企业所得税法》规定，“符合条件的非营利组织的收入”为免税收入，“企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额扣除”。
（六）国家对社会组织的评估
改革开放三十多年来，社会组织在我国迅猛发展，在社会领域发挥着越来越重要的作用，社会组织被关注的程度越来越高，其公信力和透明度被逐渐提上议事日程。因此，开展对社会组织的评估工作显得尤为重要，它不仅有利于提高社会组织的透明度，增强其社会公信力，还能在评估的过程中发现其不足，加以改善，进而提高组织绩效。我国政府和部分民间组织已认识到加强评估的重要性，对民间组织的评估工作进行了积极探索和有益的尝试。如中国扶贫基金会委托中国农业大学人文与发展学院开展的“凉山彝族地区参与式综合发展与环境保护扶贫项目终期评估”、中国青少年发展基金会委托锐智阳光顾问公司所作的“共同关注，希望工程圆梦行动总和评估”。（陈金罗、刘培峰，2010）我国的一些省、市、自治区和行业主管部门对社会组织的评估也进行了试点，如山东、湖北、广东、浙江等，取得了积极的成果。
社会组织评估的制度建设最早是从基金会的试点评估开始的。2007年10月，民政部为提高基金会的社会公信力，增强基金会的社会服务功能，促进基金会健康持续发展，按照民间组织分类评定、循序渐进的评估工作原则，下发了《关于开展基金会评估工作的通知》，决定开展基金会评估工作。2008年7月，国家民间组织管理局局长孙伟在基金会暨社会组织评估工作座谈会上指出：“国家民政部高度重视社会组织评估工作，将其作为社会组织工作的重要生长点，作为科学管理的重要抓手和制度创新。民政部在全国倡导开展社会组织评估工作，各地要根据实际情况，积极创造条件，适时开展评估工作。要坚持政府主导、社会参与、独立运作的原则，要坚持不收费的原则，要坚持自愿参与的原则，在关键性问题和全局性问题上必须保持高度一致，从而积极有序推进评估工作。”2011年3月，民政部颁布实施了《社会组织评估管理办法》（以下简称《办法》）来规范社会组织的评估工作。根据《办法》的规定，申请参加评估的社会组织应当符合下列条件之一
（1）取得社会团体、基金会或者民办非企业单位登记证书满两个年度，未参加过社会组织评估的；
（2）获得的评估等级满五年有效期的。同时也规定了社会组织有下列情形之一的，评估机构不予评估：
（1）未参加上年度年度检查的；
（2）上年度年度检查不合格或者连续两年基本合格的；
（3）上年度受到有关政府部门行政处罚或者行政处罚尚未执行完毕的；
（4）正在被有关政府部门或者司法机关立案调查的；
（5）其他不符合评估条件的。
社会组织评估工作依照下列程序进行：
（1）发布评估通知或者公告；
（2）审核社会组织参加评估资格；
（3）组织实地考察并提出初步评估意见；
（4）审核初步评估意见并确定评估等级；
（5）公示评估结果并向社会组织送达通知书；
（6）受理复核申请和举报；
（7）民政部门确认社会组织评估等级、发布公告，并向获得3A以上评估等级的社会组织颁发证书和牌匾。
社会组织评估结果分为5个等级，由高至低依次为5A级（AAAAA）、4A级(AAAA)、3A级(AAA)、2A级(AA)、1A级(A)。获得评估等级的社会组织在开展对外活动和宣传时，可以将评估等级证书作为信誉证明出示。获得3A以上评估等级的社会组织，可以优先接受政府职能转移，可以优先获得政府购买服务，可以优先获得政府奖励。获得3A以上评估等级的基金会、慈善组织等公益性社会团体可以按照规定申请公益性捐赠税前扣除资格。获得4A以上评估等级的社会组织在年度检查时，可以简化年度检查程序。