安皇帝隆安二年（公元398年）
桓玄求为广州。会稽王道子忌玄，不欲使居荆州，因其所欲，以玄为督交、广二州军事，广州刺史；玄受命而不行。豫州刺史庾楷以道子割其四郡使王愉督之，上疏言：“江州内地，而西府北带寇戎，不应使愉分督。”朝廷不许。楷怒，遣其子鸿说王恭曰：“尚之兄弟复秉机权，过于国宝，欲假朝威削弱方镇，惩艾前事，为祸不测。今及其谋议未成，宜早图之。”恭以为然，以告殷仲堪、桓玄。仲堪、玄许之，推恭为盟主，刻期同趣京师。
东晋初期有两次“清君侧”运动，第一次是王敦发起的，针对的是元帝司马睿宠信的刘隗和刁协；第二次是苏峻、祖约发起的，针对的是明帝司马绍的舅哥、成帝司马衍的娘舅庾亮。都是藩镇反对中枢，地方抗拒中央；都是兴师动众大打出手，最后也都是经过一番动荡朝廷又控制了局面。
有某种对称性，东晋末期也发生过两次“清君侧”，一次是王恭发动，一次是桓玄发动，针对的对象都是执掌中枢的皇族丞相司马道子。
中央和地方博弈，藩镇和中枢争权，这事儿自古有之，而斗争的结果肯定“不是东西压倒西风，就是西风压倒东风”。一般来说，在中央弱势的情况下，对朝廷“失德”的宽忍度要小一些，因为你一浑蛋，就容易给本来就不服的地方留下口实。
东晋初期的两次清君侧，究其原因，还不能说中央失德，只能说举措失当，刘隗、刁协为强化皇帝集权做事狠了点，同样庾亮在消除藩镇威胁上也操之过急，但都给王敦、苏峻这样的地方实力派留下了攻击的理由，尽管这理由很勉强。
在皇帝弱势的情况下，尽管出现了非常“共和”的现象，如皇族与士族的共和，中央和地方的共和，但是这种制约平衡本质上是非常脆弱的。不论前面的王敦、苏峻还是后来的王恭、桓玄，包括中间似反非反的桓温，都没有“地方自治”的诉求，他们都想争取和把持一个更符合自己愿望的朝廷。地方实力派动不动就动用武力或以武力相威胁，贯穿于整个东晋王朝，这个劣质的专制时代为后来提供的历史经验就是：要想天下安定，必须中央集权，地方服从朝廷，全党服从中央。
中央集权的正当性在中国就这样被证明为真理，在中国文化的语境下，地方自治就等于地方割据，就等于内战不止。
王恭和司马道子的矛盾，其实是孝武帝与司马道子君相矛盾的继续，只是王恭后来出任方镇，这种矛盾被纳入“朝廷—藩镇”这个框架内了。王恭组织地方势力威胁中央，司马道子为了缓和局势，只好让王国宝自杀以谢王恭。一个是皇帝的舅舅，一个是皇帝的叔叔，这两部泥头车对撼，首先牺牲掉的是吨位比较小的王国宝。
王国宝被逼自杀并没有缓和双方的关系，司马道子一看缓和不能根本解决问题，引宗室司马尚之、司马休之兄弟为心腹，加上还有一个政治上早熟的儿子司马元显，决定排除王恭这个觊觎中枢的对头。
在这个时候，司马尚之出一昏招，让司马道子任命王国宝之兄、桓温女婿王愉（太原王氏王坦之之后）为江州刺史、都督江州及豫州之四郡诸军事，穿插在京口王恭和上游殷仲堪中间，用来藩卫建康。江州和豫州这块地盘，本来分别在王凝之和庾楷的手上，王凝之是王羲之之子，王导从孙（琅邪王氏）；庾楷是庾羲之子，庾亮之孙。这一下把几大士族集团共和共享的局面打破了，本来庾楷还和司马道子暗通款曲反对王恭这一派，这样一来，庾楷便掉头倒向王恭。王恭一看团结起来的力量还不小，当仁不让担任盟主，再次约大伙儿到京师喝茶。
东晋初期，晋元帝司马睿、明帝司马绍父子尚有恢复皇家绝对权威的心思，也做过一些努力，但是北有胡人的军事压迫，自己的政权又是侨居南方，所以不得不依赖士族，“王与马共天下”就是一种历史选择。从元帝公元317年登基即位到现在七八十年过去了，琅邪王氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏、太原王氏（又分两支），都有主导中枢的风光时期，都与司马家共天下，都有一番兴替，但是有意思的是，他们兴替之余失势之后都没有遭到彻底的清算，都还继续保持存在。桓温想除掉庾氏，但庾氏仍有人典兵方镇；桓氏篡迹昭著，但桓氏势力一直盘踞在长江上游地区。经过几十年几代人在权力场上的摸爬滚打，各家各户都明白，家族存续是硬道理，为了家族的利益，该隐就隐，该仕就仕，该翻脸就翻脸，该结亲就结亲，练就了高超的生存术。这种凑合的政治格局居然凑合了一百年。