但是，异种移植中的伦理问题又成为人们不得不考虑的问题：一是受者及社会公众能否从观念到行为上接受人体内移植动物器官？ 受者会不会遭受歧视？ 另外，移植后人体会不会产生变化？ 动物属性或习性会不会传染给人？ 二是异种移植后，一些原本只在动物群体内播散的疾病是否会因此在人群中传播，并因此给人群带来灾难性的后果？ 三是一些动物权利保护者反对移植动物器官，他们认为人没有移植动物器官的权利。而且，由于异种器官移植会使一个动物失去生命，那么也会有下面的疑问：当牺牲一个动物而又没有把握救活一个人时，这种手术是否应该进行？
对于异种器官移植，医师救治病人的动机是没有问题的，但是不可否认，在一项技术尚不成熟的情况下，医师还有救人以外的动机，比如研究的动机等。在技术不成熟的情况下，医师的动机应该受到严格审查。
（四）治疗性克隆——人工复制器官利用的道德问题如何既得到大量可供移植的器官，又能解决移植后的排异问题，人们从医学发育生物学出发，提出了治疗性克隆的方法。所谓”治疗性克隆“，即把病人的体细胞移植到去除遗传物质的卵母细胞内，经过一定的处理使其发育成囊胚，再利用囊胚建立胚胎干细胞，在体外进行诱导，分化成特定的组织或器官，如皮肤、软骨、心脏、肝脏、肾脏、膀胱等，再将组织或器官移植到病人身上。
可以预测，随着医学科学的进步，治疗性克隆技术将为广大病人造福，但同时会面临许多道德选择的难题：一是必须严格用于医学治疗的目的，因为治疗性克隆技术涉及人类体细胞核转移和人类胚胎干细胞的扩增，若有失误，将会给人类社会带来难以挽回的结果。例如，如果将人类体细胞核转移或将人类干细胞扩增到动物身上，则可能产生既非人又非动物的”怪物“。二是治疗性克隆的出现，标志着医学将走出传统器官移植的范畴，步入制造组织和器官的新时代。那么，将来医院会像一个人体配件工厂一样，为患者更换组织和器官。这在提高患者生命质量的同时，也会带来一些问题，如人们能否接受越来越多的人工复制器官，人毕竟不是机器，人工复制器官的大量出现和应用，会不会触及到人的尊严问题，更换了多个器官的个体是否还是原来的那个个体等等。
三、人体器官资源分配及其伦理问题
由于移植器官供不应求，使医生面临受体选择的难题。用什么标准来分配器官？ 对于等待做移植术的受体用什么标准来判定先后顺序呢？ 为此，卫生部于2010年12月27日通过了《中国人体器官分配与共享基本原则和肝脏与肾脏移植核心政策》，2013年8月国家卫生和计划生育委员会颁布了《中国人体器官获取与分配管理规定》，这两个文件规定了捐献器官必须通过中国人体器官分配与共享计算机系统进行分配。任何机构、组织和个人不得在器官分配系统外擅自分配捐献器官。对于未通过器官分配系统擅自分配捐献器官的，依法给予处罚，涉嫌买卖捐献器官的，移交公安机关和司法部门查处。并鼓励有条件的省（区、市）实施辖区内统一等待名单的器官分配。为此，医疗机构在采集加入等待名单患者的情况时更应严格掌握以下标准。
（一）医学标准
医学标准所重视的是尽量降低移植等待名单上患者的死亡率；提高移植受者的术后生存率；使珍贵的移植物最大限度地发挥功能，避免丢失。
1.对手术适应症的把握
在分配器官时一定要严格掌握手术适应症。包括一般情况、营养、体质和各系统的功能，尤其是心血管系统的功能。通常选择受者年龄在60岁以下、一般状况较好、无致命性并发症患者，且没有如全身性感染、活动性结核病、肝炎、消化道溃疡等影响移植成功的疾病。对于那些长期受慢性病变的损害、身体各系统器官的功能均受到不同程度影响的患者，必须考虑其能否耐受移植手术的打击，包括麻醉的打击等。因此，必须对患者进行综合评估和论证，做出科学决策。切忌由于适应症掌握不准导致受者最终未收到满意治疗效果，也造成了移植物的丢失。以肝移植为例，国际上早有公认，肝癌肿瘤过大、过多，或是门静脉已有癌栓的中晚期肝癌患者，应为手术禁忌，因为移植术后抗排异药物的使用将为肿瘤的复发创造条件。但有些医疗机构并未充分认识到这一点，甚至在大肝癌患者身上多次换肝，最终导致移植物随着受者的死亡也一并丢失的结局。
此外，患者的一些个人行为方式直接关系到健康，如由酗酒成性造成的慢性酒精性肝硬化、嗜烟引起的肺功能损害及药瘾引起的肝损害等患者都不能列为移植对象。
2.对原发疾病紧急程度的选择
以原发病的角度考虑需接受器官移植的疾病分为致命性疾病和非致命性疾病。致命性疾病如慢性肾炎、肾衰竭、尿毒症（肾移植）；先天性胆道闭锁、晚期肝硬化（肝移植）；中末期心功能衰竭（心脏移植）；晚期肺纤维化（肺移植）等。这些疾病用现行常规的治疗方法不能治愈，患者如不进行器官移植，很快就会死亡。非致命性疾病如重型血友病甲（脾移植）；双侧睾丸损伤（睾丸移植）；甲状旁腺被误切（甲状旁腺移植）；细胞免疫低下（胚胎胸腺移植）等。这些疾病用常规治疗也可缓解，但生活质量不高，对这类患者进行移植，目的在于提高生活质量。
因此，以原发病紧急程度角度考虑应优先选择那些致命性疾病、紧急患者，以挽救他们的生命，其次才是那些非致命性疾病的患者。
3.免疫学的选择
主要指受者与供者的免疫学配合。常用的有ABO 血型、淋巴细胞毒交叉配合试验及HLA 的组织配型。总的原则要求是受者与供者的ABO血型相同或相容，淋巴细胞毒交叉配合试验为阴性（<；10%），HLA 位点相配越多越好。
（二）非医学标准
1.公平、公正标准
《中国人体器官获取与分配管理规定》实施后，人体器官分配将按照器官移植等候名单的排序先后进行分配。排序主要参照等待者的医疗紧急度评分，移植等待时间长短由分配系统自动输出，移植机构必须严格执行器官分配结果。但是在具体某一病例列入移植等待名单之前如何判定其医疗紧急度评分就需要医生信守公平公正原则，坚持从对病人忠诚的角度去考虑，在尽量降低移植等待者死亡率的前提下，优化器官移植等待者的匹配质量，提高移植受者的术后生存率和生存质量，排除一切可能的干扰，包括因生理、病理、地理和来自上司、金钱、亲情等的干扰而造成器官分配不公的情况。
2.供者及其直系亲属优先标准
《规定》为鼓励器官捐献，弘扬器官捐献者挽救他人生命的奉献精神，尸体器官捐献者的直系亲属或活体器官捐献者接受移植手术排序时将获得合理的优先权。