清代初期，统治者对士人的思想控制较严，把学校教育和书院教育都纳入控制范畴。顺治九年（1652），清世祖福临曾立“卧牌”于各地官学的明伦堂，申令：“军民一切利病，不许生员上书陈言，如有人一言建白，以违制论，黜革治罪。”“生员不许纠党多人，立盟结社，把持官府，武断乡曲。所正文字，不许妄行刊刻，违者听提调官治罪。”同时还申令：“不许别创书院，群聚结党，及号召地方游食之徒，空谈废业。”这一切都是为了维护清代统治者的利益，使知识分子不敢乱说乱动，否则就要严加惩处。对书院只是维持，严格控制。
清顺治三年（1646），南康知府是李长春，四年（1647）李长春升迁。此时白鹿洞书院由于尚在开办，没有受到什么损失。李长春的继任者为聂应井。李长春迁升前，倡议并捐俸修葺白鹿洞书院。因南昌金声桓举行反清复明起义，白鹿洞书院生员吴江也参加起义，起义军与清军战于星子，故维修事项暂停。顺治七年（1650），前任南康知府聂应井与现任南康知府徐士仪、司马黎民贵、星子县令薛胤隆商议李长春提出的维修白鹿洞书院事，大家都表示同意。陈谟具体负责维修，由他采购木材、青砖及建筑用料，先维修礼圣殿，再建文会堂、讲修堂等，数月完工。参加维修的人认为此次维修是李长春所倡，而此时李长春已在福建福宁道为官，他们就千里去书请李长春作记。记成后刻石。
蔡士英是清代首位振兴白鹿洞书院的要员。他是汉军正白旗人，顺治间为江西巡抚。他到任时，白鹿洞书院虽然经过李长春的维修，但由于无人管理，主洞教师、生员都已散去，院内杂草丛生，宫墙及部分建筑摇摇欲坠。蔡士英向聂应井详细地询问了白鹿洞书院的情况，虽然聂应井在维修后又有一段时间没有去过白鹿洞书院，但他还是知道书院的损坏情况，只好详细进行了汇报。蔡士英听了聂应井的汇报后即要求南康府县清理洞田，重新维修房舍，增加书院田租。他还多次写信给熊维典，聘他为白鹿洞书院主洞。但不巧的是，李长春升任行郡司理，到淮河监督粮运，星子县令又去世，以至振兴白鹿洞书院之事中途耽搁，生徒又散去。不久，蔡士英奉命督漕，在星子等待上任时，又到白鹿洞书院视察，参拜礼圣殿，游览旧址，看见书院径荒不扫，尘莓满院，询问在院留守人员，为什么管理得这样不好。留守人员告知书院的经费被人侵吞，租谷无人交纳。他认为这不是洞主的过错，是因为没有规章制度管理，于是又亲自主持恢复白鹿洞书院的工作，建立规条，对那些侵吞书院财产的人进行处罚，并贴出告示：
照得江右夙称人文名区，理学渊薮，所赖境内祠宇书院，钟鼓式依，故代多传人，复先辉映。今查有白鹿洞，坐落在星子县地方，古迹炳然，照著传志。数年以来，缘惊心于赤白，遂谢事于铅椠，以致门无负笈，室鲜传薪，因而垣颓砌断，鸟宇虫封，樵竖丐僧，潜藏溷厕。夫有事斯土者，既不能鼓吹圣道，表彰绝学，而一二旧址，且使榱题不保，俎豆无光，不几有司者之耻，而豫章之士之羞也！本部院念切在兹，未忍陨坠，除清查学田、聚徒课讲，另文申饬外，合行严禁。为此示仰该县印捕，并地方人等知悉，嗣后，即将白鹿洞书院扫除洁净，内外肃清，仍委附近居民常川看管，不许容留闲杂人等在内混扰。其圮毁倾败者，量行修葺。如有好义士民，乐输鼎新，许即申报本部院，以凭奖励。如果宿儒硕士，往来辐辏，继先启后，再成盛举，未尝不以一日廓清之功，为斯文之未坠之幸也。特示。
为了振兴白鹿洞书院，杜绝一切有损书院财产的行为，维护书院的秩序，蔡士英特制定洞规，以供在院人员及与书院有联系的人员和单位遵守。《巡抚蔡士院示定洞规》内容如下：
照得白鹿洞原系先贤旧迹。前人捐置洞田，收租征银，以为讲学之资。嗣因兵火之余，尽行废弛，洞租银两，俱为无名费用支销。今本部院力为请出，延请洞主，振起文风，仍复如故，开讲理学。每年费用不足，会用前任李臬司，暨学道馆县捐资六百二十一两一钱八分零。复买吴苏子田六百余亩，入洞收租。计本洞原田及新置田除完粮外，每年共收洞租银九百三十八两零。除七百八十六两相应派定支销款目，其余之银以为大修先贤祠宇及书廨等需。除檄行道、府遵照处，示仰儒官，诸生一体知照。
一、主洞公费每月支银九两，一年共银一百零八两。
一、副讲每月支银四两五钱，一年共银五十四两。
一、每月会课诸生约计六十名，供给六两，一年共支银七十二两。
一、实住洞生十名，每名每年给银七两二钱。共银七十二两。
一、每月二次大会，一等一十五名，每名赏银三钱，二等约取三十名，每名赏银一钱五分。每月二会，共银一十八两，一年共银二百一十六两。
一、公费银一百两，以备贤士大夫、远方游士往来供应，每年终呈报细数开销。
一、修理三十两。
一、每年约刊会文十篇，共费银三两，每年共银三十六两。外刷印纸张银十两，二项共费银四十六两。
一、督洞儒官一员，每年支公费银一十四两。
一、会文小纸，每会约费银一两，每月二会，一年共银二十四两。
一、本洞并颜鲁公祀春秋二祭银五十两。
一、集远儒，书院聚四方之俊彦，非仅取材于一域也，或有远朋，闻风慕道，欲问业于此中者，义不可却。副洞长先与接谈，观其人果为有道之士，或才学迈众者，引见主洞，再加质难。品行灼然可见，当留住洞中，以资切磋。其供给照常额宜加每季三两，示优隆远客之意，会课赏格，仍照例颁给。
这时候，李长春又来到九江，蔡士英非常高兴，用快艇前往迎接。李长春听说蔡士英在书院，也非常高兴。两人很快在书院见面，书院的师生更是高兴得像过节一般，白鹿洞书院一片喜庆气氛。李长春称赞蔡巡抚为书院作出了巨大贡献，蔡士英称赞李长春出力不少。“洞中规划，灿然明备，彬彬秩序，方隆未艾，庶几千余年，明道之区不坠于今日矣。”蔡士英谦虚地说：“明道之责，主洞者之教也，余何敢参。”李长春等请蔡士英将此次重修白鹿洞书院作记，蔡士英也欣然答应了。蔡士英的记被刻在一块碑石上，此碑石尚在书院，保存完好。
蔡士英身为要员，不能长住鹿洞，但他仍关心书院的日常事务，经常向书院主持人及南康的官员打听白鹿洞书院的情况。他在《淮上与司理范礽言洞事书》云：“门下种德降祉，宏德垂风，明形弼教于青山绿水中，作川岳主人。”“白鹿在望。”“自移淮海，鞭长莫及，然每饭不忘此地也。”龚军厅至云：“门下锐意斯道，鸠工文殿，崇樊师儒。”“闻星子县令亦属同心。”“儒官余保定勤恪可嘉。”“当用鼓吹致之，以欣其任事之志。”对关心白鹿洞书院的人和事颇为赞赏。
蔡士英在《三与范礽书》中说：“近闻圣殿修未竟，庑殿仍旧倾颓，诸生托足无所，殊为愁然。向时储留经费，并当时所入，销归何处？门下耳目最近，清核宜勤。其中兴造若何，支销若何，祈面谕督洞官余保定，程其及时调理，速速竣工。至于主洞先生升座敷讲，应有定期，副主讲统率诸生，日有程，月有课，尤不可废弛。”蔡士英对书院的一切都很关心。
蔡士英对破坏书院的行为很恼火，颇多谴责。他在《寄司理朱雅淳书》中提到：“近闻有无赖生员，视岁租为奇货，攘臂拘讼，侵肥瓜分，致使养士之公粒，竟充蠹衿之私囊，坐令俎豆无光，名区藏秽，此实官地方之责也。”他认为书院产生此类事情，地方官是有责任的。他提出了解决办法：“门下志存远大，当以此事自任，力请逋租，驱逐匪类，斯为急着。不侫向年所委任耆民余保定，因公举能堪，故令料理洞租，近知亦为诸生所逐，门下幸亦察之。果亦不能任事，则另择有品行之人督理洞事，如其可任，仍令董之。”他认为地方官应该任人唯贤，不要不分青红皂白，不分好歹用人。
蔡士英认为白鹿洞书院为海内书院之望，朱熹则为古今理学之宗，一定要发扬白鹿精神，弘扬朱熹的理学。重要的是择一学识渊博、品德端正之人主持洞务，良师开讲。他听说建昌（今永修）的熊维典堪当此任，遂致书李长春：“惟熊维老冠冕江州，先达名儒，多士所共尊，敬奉牛耳以人。”要求李长春聘请熊维典，“统惟台下委曲达之”，“肃备安轮布席以俟”。
熊维典对到白鹿洞书院主洞有些犹豫。蔡士英即写《与熊维典书》劝之：“天下重望在白鹿，百世之道统在紫阳。”“为天下百世而屈老先生，即不为一人一时计，宁不为天下百世俯从耶？”“谨命地方有司躬迓德舆，昌胜颙企。”在蔡士英和李长春多次书信的劝说下，熊维典任教白鹿洞书院，主讲两年，后以老辞归。
在请到熊维典为白鹿洞书院主讲后，熊维典提出还要另聘副讲。于是李长春又致书何孝先，他在《请瑞昌明经何孝先副讲书》云：“门下夙负名誉，丰彩在人耳目间久矣，愿借绛账，已荷鼎诺。顷到白鹿洞书院，而文旌犹未光贲，景行饥渴，梦寐为劳。”“纯祈速驾临洞，冀与熊约老先生光复濂、洛、关、闽之化，庶几正学可兴，人材蔚起，大同之风尚可见诸今日。”白鹿洞书院有了主讲熊维典，又有了副讲何孝先，白鹿洞书院一派欣欣向荣的景象。