明嘉靖九年（1530），南康知府王溱巡视白鹿洞书院，时任白鹿洞书院山长刘世扬迎接王溱至延宾馆休息。然后，刘世扬引王溱巡视了白鹿洞周围的环境，看了书院的设施。当没有看见鹿洞及白鹿，王溱大为扫兴。他立即向刘世扬提出凿建鹿洞之事。王溱说：“刘洞主，此处名为白鹿洞，现在既缺鹿又无洞，能否开山凿洞？”刘世扬听说要开山凿洞，也非常赞成，说：“当然可以，那是再好不过的了。”于是，他们商量择良日开山凿洞，并进行了祭山凿洞的仪式。刘世扬主祭。祭山开始，先奏乐，再放鞭炮。王溱读祭文：“乾坤萃秀兮，山水钟灵。厥有匡庐兮，争高嵩（山）衡（山），大江练纡兮，彭蠡带横。胜迹擅于九土兮，福地控乎入纮。白鹿开先而为号兮，紫阳相后以道鸣。遂有闻于天下兮，旷百世而驰声。岁月推移兮，世变山倾。问旧洞而不知其处兮，慨名存而未称厥情。余虚薄以辱守兮，得采涧藻而歌野萍。修予祀事兮，仲月次丁。假寝斋宫兮，梦栩栩兮窹惊。若有人兮，视前迹之何经营。乃卜日肇修兮，开云根而敞其故扃。仰赖神功兮，愿默默相成。窃闻之师曰：大道以合一宗兮，学在并进乎知行。圣贤贵全其体用兮，其要在兼得乎明诚。谓德业、举业不可支离兮，在立我以合并。世纷纷为朱、陆之辨兮，启多歧而惑群生。吾徒当以孔、孟为期兮，由正途以崇《六经》。神之听之兮，介福于斯文之宗盟。千秋万岁兮，护此嘉名。”王溱在祭文中提到“问旧洞不知其处兮，慨名存而未称厥情”，这是他要凿洞的主要原因。他因为没有看见白鹿洞之“洞”，“假寐宫兮，梦栩栩兮窹惊”，梦中还要为白鹿向他问休息之地而“窹惊”，所以“乃卜日肇修兮，开云根而敞其故扃”。他希望仰赖神功，帮助他早日凿成鹿洞。祭山仪式结束后，王溱先铲土开工，刘世扬及诸生也跟着铲土，以示凿洞开始。
刘世扬还为《新辟鹿洞铭》作序。他在“序”中提到：“郡大夫玉溪王子公济，辟山为洞，既得太史泾野吕子仲木记之矣。复嘱世扬言。扬怯夫多言塞道，洞复湮也。夫王子之志，非为夫洞也，为夫学也。慨古不存，是故立洞以表之。斯洞也，非为夫观也，为夫道也。”“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”鸢飞鱼跃，两间惟洞，“神而明之，存乎其人”。他指出王溱不光是为了辟“鹿洞”，而是关心白鹿洞的“学”和“道”，点出了王溱辟洞的用意。刘世扬之铭曰：“有鹿伎伎石岩岩，山为洞矣洞为山。古迹湮微作者难，邈矣唐贤莫可攀。兴学垂规洞以完，有宋大儒功不刊。至今讲习萃衣冠，昭兹君侯溯其澜。厥初开辟洞两间，于惟人心宇宙涵。世伪滋蔽生冥顽，东鲁素王拯时艰。手揭日月垂贞观，照见天地人为三。群圣瑞冕前相参，万物万化如循环，达之无门亦无樊。百里匡庐陟巉岏，未若洞中躬自反。草木翳翳歧路漫，举踵趋舍惟其端。一几未决徒盘桓，高者苍冥下潺湲。洞兮洞兮孰闭关，终日乾坤夕惕看。”对王溱凿山开洞之功大加赞扬。
洞呈券拱状，用花岗岩长方形条石砌成。洞高4米，宽415米，深635米。洞中更雕刻了灰色花岗岩石鹿。石鹿后有清顺治十一年（1672）白鹿洞山长熊维典撰《大司马大中丞蔡公重兴白鹿洞碑记》，洞正壁有明嘉靖十年（1531）王溱撰书《鹿洞记》，左右两壁有王凤池所书的石刻残碑。洞外有青石板额，上书“白鹿洞”三字。洞前两壁是呈八字形花岗岩壁，鹿洞前为一坪地，以花岗岩石和鹅卵石铺地。左右花坛中种植桂花树，鹿洞右侧有花岗岩石阶通往思贤台。
何岩命工琢石鹿
嘉靖十四年（1535），何岩任南康知府。他在公余视察白鹿洞，看见洞壁刻有湛若水的《心性图说》《四勿总箴》、吕柟所作的《新辟白鹿洞记》和《礼教节》，但洞中间却空荡荡的，于是征求山长刘世扬的意见，能否雕一石鹿置于洞中。刘世扬高兴地同意了。何岩自作《石鹿记》。他在记中提到：“自唐以来，白鹿洞名天下久矣，然历世既远，则鹿弗存而洞亦圮，是诚有名而无实也。”他提到郡守石鹿像王溱，“改筑是洞于书院明伦堂后，虽规模仿象图莹可观，然特有洞而无鹿也”。嘉靖十四年（1535）秋祭时谒白鹿洞，“觉得寥寥无意趣，乃命工琢石鹿于内，攸伏厥状，凡游观斯者，因鹿以知洞，因洞以思古，鹿乎先哲之遗迹不泯，而后人之景仰愈久而愈切也。”何岩琢石鹿置于洞中是“因鹿以知洞，因洞而思古”，使后人可以怀念先哲留下的遗迹。万历四十二年（1614），这时离何岩置石鹿于洞中已四十多年了，九江分守参议葛寅亮来到白鹿洞，见到王溱所开之洞很不顺眼，看见何岩所凿的石鹿更为恼火。他认为：白鹿洞没有洞也就算了，何以再开洞，开了洞又琢石鹿于洞中就更不合适了，认为这是弄巧成拙，画蛇添足，于是命人把石鹿撤出并埋在地下。1982年，庐山文教处在维修礼圣殿时，在地下一米余深处挖出了一只白鹿，与何岩《石鹿记》所述石鹿完全吻合，说明它就是何岩命工所琢的石鹿，非常珍贵。
清光绪九年（1883），南康知府刘钖鸣撰文提到：“咸丰六年兵燹以后，石鹿亦弗存，而董事者以木为之。”“今春余权斯郡，往来书院，恭行典礼，见鹿身损坏，置之洞旁，深为感叹，爰命石工复凿一鹿安置洞中，以增其实，用垂永久。”刘钖鸣所提到的石鹿非现在所见到的石鹿，应为明代以后之人所琢，而非嘉靖时所琢。作者在新中国成立之初曾见过木鹿，但雕的技术很差，刘钖鸣所琢石鹿及所提到的木鹿今已不知去向。
即事
王溱
古洞今谁在，春郊此并行。
遥看青嶂外，忽有白云生。
路阻悬崖暗，溪回漱石清。
向来枸薄领，何日须间情。
白鹿洞
上虞徐有常
古洞郁苍苍，春风旧讲堂。
披径研露冷，流翰染溪香。
地回羹墙近，山深岁月长。
昔贤遗泽在，道气满松篁。
白鹿洞
会稽吴爚文
昔贤教学地，古洞閟淳风。
草野尊师道，规模俨泮宫。
水流春树净，云散讲堂空。
遥想注书日，落花溪面红。
白鹿洞书院记事
查慎行
古洞盘旋路欲封，到门无处不乔松。
阴森前后三重殿，突兀西南五老峰。
兵火纵教仇典籍，虫鱼何敢触蛟龙。
睢阳岳麓全荒弃，留得宫墙俨辟雍。
鹿眠场
查慎行
山人陈迹久荒唐，石洞新移近讲堂。
町疃年年青花没，儿童偏指鹿眠场。
曹汴建思贤亭
嘉靖二十八年（1549），江南巡按御史曹汴视察南康府，又与兵宪马孔养、史文直、牟于海、佥宪许应鲁、颜子亨及诸从官视察白鹿洞书院。此时正值春天，繁花似锦，绿草铺茵，鸟鸣树间，蛙声共鸣。到了白鹿洞书院，似仙境一般的环境使一行人欢欣不已。此时的白鹿洞主为安吉（在浙江境内）教授范荞，他热情地接待了省里来的上司。范荞领他们参谒了礼圣殿、先贤祠，并招呼大家在文会堂休息。在文会堂，曹汴一面品味庐山云雾茶，一面沉思静想，精神清爽，仿佛先圣先哲就在他的身边。他又高兴地游览了棂星门、钓台亭、六合亭，观览了朱子遗墨“枕流”“漱石”“敕白鹿洞书院”等。他还观看了洞中的石碑，在明伦堂后见到了鹿洞及石鹿，石鹿凝视前方，仿佛在向曹汴点头致意。他们从鹿洞右侧石阶登上洞顶，洞顶为书院最高处，在此远眺可以观看五老峰的雄姿，近览则可见书院规模宏大的建筑。洞顶有一平地，长宽各丈许，曹汴想到了白鹿与先贤的关系，心想如在洞顶建一亭，这样就可构成下洞上亭一组完美的建筑。曹汴向洞主范荞提出了在洞顶建亭的建议。范洞主也非常赞同。南康知府刘廷诰、推官任誏经理建亭之事。嘉靖二十九年（1550）春天开工，次年亭成。大家问曹汴取什么名字为好，曹汴说：“仰止高山，景行先哲，安得弗思，名曰‘思贤’可乎？”大家都表示赞同。曹汴自为记。他在记中提到参谒白鹿洞、提议建亭的情况；又回顾了李渤隐居白鹿洞，“是不过为使游宴乐之计耳”；述及李善道建白鹿国学，“江州周述奏赐《九经》”、“郎中孙琛增置学舍”。“考亭夫子淳熙中来守南康”，“崇建书院”，“请额颁经”，一时名贤“相与从游诗论磨切其间”。他认为，这些名贤主要研究的是“致知以明理，力行以践实，知行并进，体用一原，明人伦而察事物，非有高远难行之事”。“故名亭以思贤者，谓考亭为大贤也，儒之崇也，履斯地，登斯亭，学斯洞者而思其贤。”有人说：“周（敦颐）、张（横渠）、二程（颐、灏），皆大贤也。”宗儒祠中并祠“周、朱”。曹汴说：“考亭夫子集大成者也，考亭之于周、张、二程，犹孔子之于尧、舜、禹、汤、文、武、周公也。思考亭，即思周、张、二程也。而况身为洞教主，所过者化，没世不忘者哉。”有人说：“学以志乎圣人之道，思圣可也，何贤乎？不亦志卑耶？”曹汴说：“考亭夫子圣学之传也，志考亭即愿学孔子之意也，不此之思而妄意高远，凿洞超悟之说，反之身心，茫无所归，着其肆为浮议，而訾为支离，正东莱所谓‘未窥周，张之门庭，而先有王氏高自圣贤之病，’其流其弊必且相趋于伪，而于世道风教岂云小哉？”曹汴的目的要大家去思朱熹，“故余名亭之义独有在于考亭，而愿履斯也，登斯亭，学斯洞者，将朱学之是明而昌大之，共肆力于践履笃实之学，以驯至乎美大神圣之域，不必远有所慕而厌旧喜新，操戈入室也”。
这时江西提学副使郑廷鹄到白鹿洞书院视察，看见曹汴所建的亭与鹿洞相融为一景，很是高兴，即赋《白鹿洞新成》诗：
窈窕见深谷，山门欲穹窿。
高台何崔嵬，翠壁鸣长松。
攀萝一登眺，新亭报成功。
嗟余始行役，夙心寄雕珑。
徘徊咏高调，千载同清风。
绮构青云上，烟光动窗户。
万簌生阴谷，孤禽隐深树。
亭亭百尺台，松声自朝暮。
谁识亢化理，究此无言趣。
悠悠千古心，端居有良悟。
咏思贤亭的诗作还有：
登思贤台
李淳
此日凭高处，天风吹我襟。
鹤盘松露重，鹿隐洞云深。
象气开前代，弦歌续旧音。
举头看五老，幽意欲投簪。
思贤亭课文因示诸生
刘廷鹄
孤亭揽结青山胜，古洞流传白鹿名。
日射香炉烟欲动，云开屏石锦初明。
谈经须解思贤意，较艺真怀报主情。
岩穴庙廊元咫尺，不知何以答平生。
思贤亭
邹元标
芳兰不可握，翠竹映楼台。
隐几焚香坐，清风扑面来。