《诗古微》和《书古微》，是魏源治今文经学的思想结晶，是他在经学方面的代表作。
二书均成稿于道光初年。《诗古微》约在道光二年（1822）便有修吉堂的刻本，道光二十年（1840）又有二十卷刻本，并写了《诗古微序》。时已四十七岁。
魏源称其书曰“古微”，本意是要发掘、阐释古人在《诗》、《书》中寄托的微言大义。故他于《诗》，属意于齐、鲁、韩三家；于《书》，属意于伏胜、欧阳。可是，三家诗及伏胜等所传《尚书》，早已亡佚，魏源只能从其他古籍中拾零辑逸，故他要在废墟上重建今文《诗三百》和《尚书》，虽筚路蓝缕，也难启山林。
秦火之后，西汉有齐人辕固所传《齐诗》，鲁人申培所传《鲁诗》，燕人韩婴所传《韩诗》，平帝时均分立博士，授诸学宫；另有自称子夏所传之《毛诗》，则为私学。但自古文经学兴起后，《齐诗》亡于魏，《鲁诗》亡于西晋，《韩诗》《两汉经师今、古文家法考叙》。
亡于北宋。三家诗本有三百五十七卷，仅《韩诗外传》留存至今。
魏源作《诗古微》的用意是：“所以发挥齐、鲁、韩三家《诗》之微言大谊，补苴其罅漏，张皇其幽渺，以豁除《毛诗》美、刺、正、变之滞例，而揭周公、孔子制礼正乐之用心于来世也。”他是要继绝学，光古义，同时剔除《毛传》及《大序》、《小序》的不通不妥处。他的导师刘逢禄为此书作序，说：“邵阳魏君默深，治经好求微言大义……于《诗》则表章鲁、韩坠绪，以匡[毛]传[郑]笺，既与予说重规叠矩；其所排难解剥，钩沉起废，则又皆足干城大道，张皇幽渺，申先师败绩失据之谤，箴后汉好异矫诬之疾，使遗文湮而复出，绝学幽而复明。其志大，其思深，其用力勤矣！”他的好友李兆洛也为此书作序，说：“自汉以来之治《诗》者，未有如默深者也。榛荆灌莽之蹊，一旦挈而还之康庄，其为乐孰大于是？”梁启超也说：“魏源着《诗古微》，始大攻《毛传》及《大小序》，谓为晚出伪作，其言博辨，比于阎氏之《书疏证》，且亦时有新理解。”他们都认为魏源做了件好事：使三家诗“幽而复明”，“还之康庄”。
其实，自三家诗逐渐亡佚以后，早就有人在辑佚、阐释参见《汉书·艺文志》和《隋书·经籍志》。
三家诗方面做了大量工作。东汉大儒谢曼卿、卫宏、郑玄、马融等均倡举《毛诗》，卫宏作《毛诗序》，马融作《毛诗传》，郑玄作《毛诗笺》，于是，《毛诗》日盛，成为正统的《诗》学。其中，郑玄的《笺》，以《毛序》为主，亦间采《鲁诗》、《韩诗》之说。但是，至宋，学风一变，疑古之风大兴。欧阳修最早发难，说：“使徒抱焚馀残脱之经，伥伥于去圣千百年后，不见先儒之说，而欲特立一家之学者，果有能哉？吾未之信也。”因作《毛诗本义》十六卷，不再确守毛、郑旧说。苏辙作《诗集传》十九卷，认为《毛序》“反复繁重，类非一人之词，不可尽信，故惟取《小序》之首句，而删其以下之馀文”。其后，郑樵作《诗辨妄》、王质作《诗总论》、杨简作《慈湖诗传》，力诋《毛序》和《郑笺》。朱熹本推崇《小序》，后来读了郑樵的《诗辨妄》，改变了观点，基本上抛弃了《小序》，杂采三家诗遗说和《郑笺》，成《诗集传》，对后世影响很大。
在破除对《毛序》的迷信的同时，宋代开始注意对三家诗的辑佚工作，最早有王应麟作《诗考》一卷，“采掇诸书所引，以存梗概。齐、鲁二家，寥寥数条，惟《韩诗》较伙”。至明，季本作《诗说解》，李先芳作《读诗私记》，何楷作《诗经世本古义》，朱谋玮作《诗故》，兼采汉、宋，均有助于三家诗坠绪的发扬。清代，更有范家相纂《三家诗拾遗》、徐璈纂《诗经广诂》、丁晏纂《三家诗补注》和《诗补《四库全书总目提要》引《六艺论》：郑玄“注《诗》，宗毛为主。毛义若隐略，则更表明，如有不同，即下己意，使可识别”。《四库全书总目提要》。
考》、冯登府纂《三家异文疏证》及《三家诗集注》、阮元纂《三家诗补遗》。惠周惕的《诗说》、庄存与的《毛诗说》，亦舍训诂而研究微言大义，张大了今文《诗》学。魏源的《诗古微》，大体上是在范家相、徐璈的基础上有所增益，使三家诗更为完备，更有系统。在魏源之后，陈乔枞撰《三家诗遗说考》、《四家诗异文考》、《齐诗翼氏学疏证》，迮鹤寿作《齐诗翼氏学》，王先谦作《诗三家义集疏》，更大振三家诗说。
关于《诗古微》的内容，魏源自述道：“上编六卷，并卷首一卷，通语全经大谊；中编十卷，答问逐章疑难；下编五卷，其一辑古序，其二演外传。”从这些内容，可见魏源对三家诗用功之勤。
但是，魏源治三家诗，并不完全遵循三家诗家法。《诗古微》征引繁富，包括经、史、子、集、词书、类书及金石碑刻，达七十四种。他以古文经学派所推崇的《周礼》、《左传》的经解来证《诗》，又常以宋人之说来驳《毛传》，这些，都被前人讥为变乱家法。古文经学家章太炎笑他“不知师法略例，一切掍合，殊无条理”。今文经学家皮锡瑞则责备他“明引三家之诗，而与三家相反对”，“诬三家而创新解。解《关雎》一诗即大误”。真是古文和今文两边都不讨好。
尤其是，魏源把三家诗混为一谈。他说：“三家遗说，凡《鲁诗》如此者，《韩》必同之；《韩诗》如此者，《鲁》必同之；《齐诗》存什一于千百，而《鲁》、《韩》必同之。苟非同出一原，安能重规叠矩？”他甚至直截了当地声称：“始于碍者卒于通，三家实则一家。”《齐》、《鲁》、《韩》在西汉既为三家，分立三博士，自然因为各有其不同处。《史记·儒林传》云：“申公独以《诗》经为训以教，无传，疑者则阙不传”；“齐言《诗》皆本辕固生也”；“韩生推《诗》之意而为《内外传》数万言，其语颇与《鲁》、《齐》间殊，然其归一也”；“韩赵间言《诗》者由韩生”。这些记载说明：三家诗，不但传授的人不同，传授的地点不同，而且内容也不尽同；但是，“其归一也”，大旨是相同的。故皮锡瑞说：“以《史记》之说推之，可见齐、鲁、韩三家《诗》大同小异。惟其小异，故须分立三家；若全无异，则立一家已足，而不必分立矣。惟其大同，故可并立三家；若全不同，则如《毛诗》大异，而不可并立矣。”魏源把三家混合为一，就不免张冠李戴。如《王风·黍离》，《鲁诗》认为是“为卫宣公子寿所作”，《韩诗》认为是尹吉甫杀孝子伯奇以后，其弟伯封所作。魏源则合两人为一人，认为伯封是卫寿之字。当然，这种笑话在整部《诗古微》中是极个别的。
其实，魏源治《诗》，只是为三家诗争得一个应有的地位，发掘《诗》义，以纳于礼、乐，充分发挥《诗》作为诗《诗古微·齐鲁韩毛异同论上》。
教的教材作用。他说：“自四始之例明，而后周公制礼作乐之情得；明乎礼乐，而后可以读《雅》、《颂》；自迹熄《诗》亡之谊明，而后夫子《春秋》继《诗》之谊章；明乎《春秋》，而后可以读《国风》。”“《诗》之道，必上明乎礼乐，下明乎《春秋》，而后古圣忧患天下来世之心，不绝于天下。”又说：“无声之礼乐志气塞乎天地，此所谓兴、观、群、怨可以起之《诗》，而非徒章句之《诗》也。”从这种传统的诗教观和对《诗三百》的教化作用的认识出发，他认为，只有三家诗的微言大义，才能担负这个重任。正因为魏源不把精力放在《诗》的章句上，而重在疏通《诗》义，认为“未有离礼乐以为诗者”，所以，他破除了门户之见，以三家诗为依托，吸收了《毛诗》及其他古文经学派的一些见解和例证。
‘为了给自己的这种做法披上一件合理的外衣，他提出了写诗者、采诗者、用诗者的诗义三不同的说法：“夫诗，有作诗者之心，而又有采诗、编诗者之心焉；有说诗者之义，而又有赋诗、引诗者之义焉。”他解释说：“作诗者，自道其情，情达而止，不计闻者之如何也；即事而咏，不求致此者之何自也；讽上而作，但蕲上寤，不为他人劝惩也。至太师采之以贡于天子，则以作者之词而谕乎闻者之志，以即事之咏而推其致此之由，则一时赏罚黜陟兴焉。国史编之以备蒙诵、教国子，则以讽此人之诗，存为讽人人之诗，又存为处《古诗微序》。此境而咏己咏人之法，而百世劝惩观感兴焉。”诗，一般地说，语言简练，跳跃性强，形象性浓，意旨幽隐。故写诗者的思想，与采诗者、编诗者的理解，可以相同，或相似，也可能完全不同。所以，魏源把写诗者的本意，与采诗者的目的、引诗者的意图分为三个层次，是有一定道理的。梁启超评论说：“其论诗不为美刺而作……此深合为文艺而作文艺之旨，直破二千年来文家之束缚。”’
魏源进一步说：“《毛》以《二南》皆美文王后妃之化，而《韩》则以《汉广》为说人、《汝坟》为辞家、《芣苡》伤夫有恶疾。《毛》以变雅皆刺幽、厉，而《鲁》、《韩》则以《抑》及《宾筳》为卫武自儆、《白驹》为贤者招隐。是三家诗特主于作诗之意，而《毛序》主于采诗、编诗之意，似不同而实未尝不同也。”魏源以“似不同而实未尝不同”一句话，泯灭了各家解《诗》在美、刺问题上的千古争论。他又举例说：“周大夫感贤才幽隐而弦《鹿鸣》，召穆公闵周公不穆而奏《常棣》，虽非诗人言志之初心，适符国史美、刺之通例。此则《齐》、《鲁》、《韩》、《毛》各有所得。观其会通，以逆其志，未尝不殊途同归也。三诗之得者，在原诗人之本旨。”而《毛诗》则是“执采诗者之意为作诗者之意”。他同时说：“三家虽主作诗之意，而亦间及编诗、奏诗之意”，而“《毛序》虽以采诗、编诗之意为主……而推其《诗古微·齐鲁韩毛异同论中》。义例，可见序诗者与作诗者之意，绝不相蒙。作诗者，意尽于篇中；序诗者，事征于篇外”。
魏源又归纳说：“《风》之美、刺，出于王朝之庆让，《雅》之美、刺，别于王政之隆替，非必诗人之意，篇篇此美此刺也。”虽然对同一首诗，写诗者、采诗者和编诗者的理解，各不相同，是常符合事实的，但魏源在这里强调三者的不同，目的却在调和《诗》的古文和今文的歧义。
对《诗》中每首诗的不同理解，除了各家有自己的家法外，还有诠释者的学风因素及时代因素在起作用。以《周南·芣苡》为例，全诗三段，每段四句：
采采芣苡，薄言采之。采采芣苡，薄言有之。
采采芣苡，薄言掇之。采采芣苡，薄言捋之。
采采芣苡，薄言袺之。采采芣苡，薄言之。
芣苡，即车前草，可以治病，包括治难产。故《韩诗》认为，作此诗，是“伤夫有恶疾也”，采芣苡以治恶疾。这，或许近于写诗者的本意。但《毛序》云：“《芣苡》，后妃之美也，和平则妇人乐有子矣。”郑玄笺：“天下和，政教平也。”这样一来，一首劳动时的歌词，变成了“美”后妃之德。魏源驳斥说：“苟以诗在《周南》，必美文德，则《汉广》、《芣苡》，又何词颂上耶？”到了宋代，朱熹则说：
“化行俗美，家室和平，妇人无事，相与采此芣苡，而赋其事以相乐也。采之，未详何用。或曰，其子治难产。”这样的解释，虽然仍有“化行俗事，家室和平”这类“美”统治者的言辞，但已比较朴实，比较贴近诗意。今人李长之则就诗说诗：“这是从事采集劳动的妇女们的歌唱，可能原是合唱的。从那字句里，我们仿佛看到集体舞蹈的形象似的，劳动热情在那里洋溢而出。”余冠英解释说：“这篇似是妇女采芣苡子时所唱的歌。开始是泛言往取，最后是满载而归，欢乐之情可以从这历程见出来。”
虽然魏源还不可能像今人这样就诗说诗，但他在破除《诗》的“美刺说”方面所采取的兼容并蓄的态度，却是大可称道的。
所以，我们说，《诗古微》并不是纯粹的今文经学着作。
《诗古微》的初刻本只上、下两卷，二刻本成于“道光二十载，岁次庚子”，曾收入《皇清经解续编》，两相比较，二刻本内容更为充实，但删去了初刻本中李元洛写的序和书的卷首。为什么会这样？龚自珍于道光十一年（1831）九月十五日写的一封信，透露了一点信息。龚自珍写道：魏源“所着《诗古微》，颇悔少年未定之论，闻不复示人”。
所谓“少年未定之论”，指初刻本“高言西汉，说《诗》欲排毛公，理三家遗绪”。
51《诗》有《毛诗》存在的理由，说：“以汉人分立博士之制，则《毛诗》自不可废，当以《齐》、《鲁》、《韩》与《毛》并行，颁诸学宫，是所望于主持功令者。”这种四家诗并行、沟通今、古文经学的差别的主张，正是他从写诗者与采诗者、编诗者的意旨不同这个观点出发，取兼容并蓄的态度而作出的结论。后来，刘师培评论说：“魏源作《诗古微》，斥《毛诗》而宗三家诗。”梁启超评论说：“魏源着《诗古微》，始大攻《毛传》及《大小序》，谓为晚出伪作。”这些评论是片面的，是不知魏源对《诗》的态度有前后变化。