宝玉是不容易一下子被认识的。卞和献璞，两次被认为以伪邀赏，双脚被刖，到第三次，人们才认出是一块宝玉。鸦片战争之后，魏源忧国之深，谋政之忠，献策之勤，足可抗古人《默觚下·治篇七》。
而励来者，称为“国士”，誉为“无双”，绝不为过。他的着作也是时代之宝。但在他生前却没有引起当权者的重视。
虽然《圣武记》和《海国图志》出版后，友人赞扬的诗书纷至沓来，如陈岱霖诗云：
惊人每忆纵谈初，拄腹撑肠万卷书。
直与乾坤开奥窔（原注：君近着《圣武记》，一时纸贵），岂徒笺注到虫鱼。
草元杨子垂垂老，闭户虞卿寂寂馀。
若使承明专着作，文章今日果谁如。
又如陆嵩诗云：
开篇什读发感喟，论着深切悲鬼神。
造船铸炮有原委，重洋指画如躬亲。
宣室倘蒙召夜半，班超西域功休论。
当时重寄叹谁屈，拊膺扼腕生酸辛。
空言徒托总可补，孰与笑注虫鱼勤。
献诸廊庙备乙览，采择要可垂千春。
纷纷防海议当局，读此那句渐逡巡。
虽然御史朱琦在赠诗中传达了这样重要的信息：
况闻兹出书，市贾纷雕镌。
辇下诸要人，争买不计钱。
虽然梁章钜认为：
此才合台省，优为国羽仪。
但是，这位“国士”魏源“晚达遇仍穷”，不仅以试卷文字草率，被罚停殿试一年，而且当了几年地方官，又以“于江南文报，并不绕道递送”的莫须有的罪名，被革去高邮州知州的职务。更严重的是，魏源的种种呕心沥血之作，“所惜身卑微，无由达天关”，他希望御史朱琦代为呈献朝廷，朱琦大概也是力所难为，只幻想“天聪倘易达，无俟予小臣”。这正如左宗棠所说，“魏子数以其说干当事，不应”。“当事”，当然不是指朱琦，而是指朝廷大吏和决断一切的皇帝。故有友人设身处地为魏源吟叹道：
苦心岂好辨，念欲献丹宸。
宣室未召见，负鼎犹逡巡。
满腔热血，化为缕缕轻烟，这当是人世间的最大悲哀。魏源晚年，沉重地经历着这样的悲哀。
魏源死后一段时间，他的着述才在国内逐渐引起了一些执政者的注意。例如，兵部左侍郎王茂荫曾上过这样的奏折：“臣所见有《海国图志》一书，计五十卷，于海外诸国，疆域形势，风土人情，详悉备载，而于英吉利为尤详。且慨前此办理之未得法，为后此设种种法。于守之法，战之法，款之法，无不特详。战法虽较需时，守法颇为易办。果能如法以守各口，英夷似不敢近，未审曾否得邀御览？如或未曾，乞饬左右，购以进呈。闻其书本故大臣林则徐在广东办夷务时所采辑。罢官后，为已故知州魏源取而成之。其书版在京，如蒙皇上许有可采，请饬重为刻印，使亲王大臣家置一编，并令宗室八旗以是教，以是学，以知夷难御，而非竟无法之可御。人明抵制之术，而日怀奋励之思，则是书之法出，而其法之或有未备者，天下亦必争出备用，可以免无法之患。”咸丰帝是否“御览”过《海国图志》暂且勿论，至少他没有“重为刻印，使亲王大臣家置一编，并令宗室八旗以是教，以是学”，没有把《海国图志》所提出的种种建议定为国策。然而，不管怎样，有大臣如此重视，如此慎重地写进奏折，魏源也足可宽慰了。王茂荫的奏折，写于咸丰八年五月二十九日，可惜，魏源已于先年三月辞世，他没能得到这来之不易的评价的宽慰。
黄懋材叙述道：“魏氏《海国图志》百卷，首以《筹海》”。
四篇，曰议守、议战、议款。其《议战篇》云：既款之后，《筹办夷务始末》卷二八。
宜师夷长技以制夷；又欲立译馆、翻夷书，以求熟悉夷情。
“兹数者，近二十年执政诸臣，皆欲藉此为富强之图，备边驭敌之长计也。”可惜，魏源在生时并未见到执政诸臣将自己所筹诸策视为“富强之图，备边驭敌之长计”。他死后哀荣，却生前孤寂，缺少知音，尤无执政者的赏识！何况“近二十年”虽然执政诸臣对魏源之策颇有认识，却“卒未足争强外洋”！黄懋材写至此，反问道：“何哉？”原因很简单：魏源之策，没有被清朝廷所真正重视。《海国图志》引发了日本的一个新时代，成就了日本的明治维新，而在中国国内，它依然困在尘埃中，日与书蠹为伍。真是俗话所说，“墙内开花墙外香”。故梁启超评述道：“不龟手之药，一也，或以霜，或不免于洴澼。岂不然哉！”梁启超引用《庄子·逍遥游》的这句话，并略加改造，用意是很明显的，即庄子所说：“所用之异也。”为什么所用各异？因为在当时中国，如庄子所说：“夫子犹有蓬之心也夫！”茅塞不通，正是咸丰帝和其大部分执政大臣的共同状况。
然而，思想的光芒是不灭的。
魏源的思想，在他死后影响了中国的几代人。
他的“变易”的哲学思想，他的利用私人资本以进行漕运和盐政改革的思想，他的师夷制夷的思想，他的重视乡勇以改造陆军的思想，他的设局造船制炮以兴建海军的思想，他的诱敌深入的战略思想，他的“以实事程实功”的功利思想，他的才、能、情并重的人才思想，等等，都是19世纪中叶中国思想库中最先进的“成品”。
这些“成品”，对自后的洋务运动和维新运动，都有过深刻的影响，在辛亥革命中，还可见到他的思想力荡起的馀波。梁启超1924年在其《中国近三百年学术史》中评论《海国图志》说：“其论实支配百年来之人心。直至今日，犹未脱离净尽，则其在历史上关系，不得谓细也。”魏源思想，在中国近代史上所显示出的原始动力，是如此明显而巨大，几乎是有口皆碑的。
湘军的头面人物曾国藩、左宗棠、郭嵩焘等人既是镇压太平天国革命运动的元凶，也是洋务运动的发轫者。魏源比曾国藩年长十七岁（曾1811年生），比左宗棠年长十八岁（左1812年生），比郭嵩焘年长二十四岁（郭1818年生），似乎与他们都未谋一面。他们都是同时代人，但就年龄说，魏源是长辈。鸦片战争中和战后，在魏源为国家被欺凌而无限忧愤，折节着书，以竭力唤醒国人的时候，曾国藩还沉浸在制艺诗文中，为考取一名进士而奋发、而兴奋。他暗于对战事的了解，更暗于对侵略者的了解，寄诗给郭嵩焘说：“螳螂竟欲当车辙，髋髀安能抚斧斤。”存在着清朝廷官僚们共有的盲目自大的心境。他在家书中写道：“京城人心安静如无事时，想不日可殄灭也。”“天不降灾，圣人在上，故京师人心镇定。”存在着官僚们共有的麻木不仁的心境。
他甚至歌颂丧权辱国的《南京条约》的签订，是“以大事小，乐天之道，孰不以为上策哉”。但是，当曾国藩结束在翰林院、詹事府的“养望”生活，开始关心和从事实际政事活动的时候，就很自然地注意魏源的着述了。他在咸丰元年七月自述道：“经济之学，吾之从事者二书焉，曰《会典》、曰《皇朝经世文编》。”同治六年十二月十八日记：“《圣武记》又阅一遍毕。中有嘉庆川、湖、陕靖寇记八篇未阅，以昔年在京阅过，嫌此八篇叙事冗乱也。”他还看过徐继畲的《瀛环志略》。他发议论说：“欲求自强之道，总以修政事、求贤才为急务，以学作炸炮、学造轮舟等具为下手工夫，但使彼之所长，我皆有之。”曾国藩的这一见解，与魏源的思想是一脉相通的。很难说曾国藩没有从魏源这里得到启发。
魏源曾是陶澍、贺长龄的重要幕僚，而左宗棠是贺长龄之弟贺熙龄任长沙城南书院山长时的学生，是陶澍的儿子陶桄的塾师，在陶家达八年，后又收陶桄为女婿。他对魏源甚为敬重，曾对魏源代贺长龄编纂的《皇朝经世文编》“满纸丹黄地圈读过”。光绪元年（1875），魏源的族孙魏光焘任甘肃平庆泾固道道员时，重刻《海国图志》。左宗棠在《重刻〈海国图志〉序》中，自认自办的一些洋务企业是对魏源平生最大愿望的继承。他写道：“魏子殁廿馀载，事局如故。”
然同光间福建设局造轮船，陇中用华匠制枪炮，其长亦与西人等。艺事，末也，有迹可寻，有数可推，因者易于创也。
“器之精光，淬厉愈出；人之心思，专一则灵，久者进于渐也。此魏子所谓师其长技以制之也。”曾国藩、李鸿章在上海创建江南机器制造总局，左宗棠在福建马尾创建造船厂、在西安创建机器厂等，都是师夷长技的坚实步履。这是魏源期望“见诸实行”，自己却无力实行，而曾、左等以封疆大吏之力才实现了的。但它们的创建都距《海国图志》五十卷本出版已二十年或更长时间了。正如郭嵩焘所说：魏氏《海国图志》“征引浩繁”，“其论以互市议款，及师夷长技以制夷，言之始通商之日，无不笑且骇者。历十馀年而其言皆验”。
至于将民族工业逐步由军用工业扩展到民用工业的洋务运动主将张之洞，更是对魏源推崇备至。他在其着名的《劝学篇》中写道：“近人邵阳魏源，于道光之季译外国各书各新闻纸为《海国图志》，是为中国知西政之始……洵皆所谓豪杰之士也。”
由曾、左发轫的洋务运动，是林则徐、魏源的“师夷长技”思想的践履与发扬，是推进近代中国向前发展的一个重要阶梯。但，由于洋务运动是封建官僚推动的，虽然在客观上提高了社会生产力，却没有触动封建生产关系一根毫毛，封建生产关系必然桎梏着生产力的进一步发展，洋务运动遇到了重重困难与阻力。于是，由经济变革发展到政治变革，成为了近代中国历史发展的必然，维新运动因此应运而生。
戊戌维新运动的领袖康有为（1858-1927）、梁启超（1873-1929）、谭嗣同（1865-1898）及鼓吹变法维新的思想家冯桂芬（1809-1874）、王韬（1827-1897）、薛福成（1838-1894）、郑观应（1842-1921）、陈虬（1851-1903）等，都比魏源晚出二十年至七十年。他们对西方世界的了解与分析，对中国救亡图存的认识与主张，自然都比魏源全面而深刻得多。但，他们无一例外地阅读和研究过《圣武记》和《海国图志》，并深受其影响。例如，康有为在其《自编年谱》中写道：薄游香港，以为西人治国有法度，“乃复阅《海国图志》、《瀛环志略》等书，购地球图，渐收西学之书，为讲西学之基矣”。
他们根据自己对世界的认识与自己的政治主见，对《海国图志》等常有批评。例如，冯桂芬在《海国图志·跋》中，对《海国图志》的史地记载，提出了一些该订正的地方。王韬更直截了当地说：“默深所着《海国图志》等书，仆亦尝一再读之，其忧国之心，深矣！然于海外情形，未能洞若蓍龟。”又说：“当默深先生时，与洋人交际未深，未能洞见其肺腑。”
说：“邵阳魏默深先生源，着作等身，所着《圣武记》、《海国图志》尤风行海内。然《海国图志》采辑虽博，未经剪裁，尚不及《圣武记》熔化之精。”对于魏源的“守外洋不如守海口，守海口不如守内河”的战略，陈虬认为：“此亦淮阴侯背水阵、张仁愿受降城之遗意也。不善用之，则自决藩篱，能无开门揖盗之虑邪？”郑观应进一步说：“若不守外洋，则为敌人封口，水路不通；若不守海口，为敌人所据，施放桅炮，四乡遭毁，彼必得步进步，大势危矣。”可见魏源的后继者们对魏源的思想时有补充和完善。其实，魏源提出这一战略，完全是根据敌强我弱、清政府尚无近代海军的情势设计的，而陈虬、郑观应的担忧，则是从海防大局出发的，他们的担忧，正说明清政府建立近代海军的重要性与迫切性。
不管如何后出转优，魏源的变易改革的思想、师夷长技融合外来文化的思想、重视商品经济的作用的思想、“鼻息”思想、不拘一格起用人才的思想等等，无不对维新派有着重大的启迪作用，成为了维新思想的重要渊源之一。即使是维新派喜谈的政治改革，《海国图志》也有过大量的记述。例如，魏源赞赏弥利坚“一变古今官家之局”的“公”，又赞赏弥利坚“众可可之，众否否之，众好好之，众恶恶之”的“周”，这与清政府的封建专制的现状，是迥然不同的。魏源虽然没有在这方面提出“师夷”，但，他的介绍，他流淌在笔端的向往激情，怎能不感染维新志士？例如，郑观应便提出：“富强之本，不尽在船坚炮利，而在设议院，上下同心，教养得法。”梁启超概括地说：“数新思想之蘖，其因缘故不得不远溯龚[自珍]、魏[源]。”魏源身前孤寂，死后荣耀，标志着时代在缓慢前进。
中国的戊戌维新，只存在了一百天，因封建阻力过大而失败，日本的明治维新却顺利地推翻了幕府统治，促使整个社会逐步走向资本主义。魏源的思想，影响了中国的维新派，也影响了日本的维新派。
《圣武记》传至日本，在道光二十四年（1844），其时《圣武记》在国内出版仅一年多。《海国图志》传至日本，在咸丰元年（1850），其时距《海国图志》五十卷本的出版（1842）不过八年，距六十卷本的出版（1847）不过三年。增补的百卷本也在咸丰四年（1854）传至日本。其后，至1856年，日本先后出版了二十一种不同版本的《海国图志》的选本，占日本在同一时期出版的世界史地着作的一半，形成了日本的一个“《海国图志》时代”。秦翰才写道：“据说这部书传入日本，为明治维新诸要人奉为枕中鸿宝。”最初，在日本的幕府末年，《海国图志》被列为禁书，嘉永三年（1850）传入的三部，均被幕府官员没收；嘉永六年（1853）传入的一部，也受到检查；直到嘉永七年（1854）传入的十五部，才有八部在书市出售。由于《海国图志》正符合闭关锁国时代之日本的进步人士了解外部世界之急需，翻刻、选注《海国图志》的，在日本逐渐增多。翻刻和选注者，大都是日本的儒学家士人，他们笃信中国的儒家学说，对中国的传统文化有着特殊的情感，其中包括着名的儒学家河田八之助、盐谷宕阴、盐谷甲藏、赖子春、广濑达、正本笃、大槻祯、小野元济等，只有注释某些专有名词的箕作阮甫是兰学家。儒学家成为了《海国图志》在日本的最有力的传播者，是日本的“《海国图志》时代”的最早的推动者。
所谓日本的“《海国图志》时代”，是日本的知识界和政界，以《海国图志》的传播为契机，逐步走出闭关锁国的阴影，睁眼看世界的时代。统治日本达二百六十多年的德川幕府，对内是以农耕自然经济为基础的封建主义的总代表，对外与当时的中国一样，实行严格的闭关政策，排斥西方文化（曾于1613年下令禁止天主教的流行），允许与之通商的仅限于中国与西欧的荷兰，舶来的文化主要是中国的儒、释思想，和从荷兰传入的知识[当时被称为“兰学”]。但是，在中国的鸦片战争以后，西方列强并没有忘记对这个岛国的侵夺，军舰开进了琉球等门户。1854年3月，日本被迫签订了丧权辱国的《日美亲善条约》以后，英、法、俄、波兰等国接踵来日，纷纷攫取利益。《海国图志》和徐继畲的《瀛环志略》，正好部分地满足了日本人重新认识世界的需要，以至被神户等地的学校列为教材。“幕末时期的日本学者、文化人等，经由中国输入的文献所学到的西学情形与一般近代文化，并不比经过荷兰所学到的有何逊色。”这是对《海国图志》在日本的影响的准确评述。德川幕府一方面面临着列强的侵略，一方面又坐在国内各种矛盾的火山口上，幕府内部及全国政界、知识界于是爆发了“开国论”者与“锁国论”者的尖锐对立。经过斗争，要救国必须倒幕，倒幕方能维新的呼声，日渐高涨。日本当时的现实与未来的前途的强烈碰撞，便是1868年德川幕府的坍塌，明治维新的一举成功。当时维新派的主要人物在桥本佐内、梅田云滨、赖三树三郎、吉田松阴等人相继牺牲后，则有平（佐之间）象山、吉田松阴、西乡隆盛等。梁启超评述道：“《海国图志》奖励国民对外之观念，其书在今日，不过束阁覆瓿之价值。然日本之平象山、吉田松阴、西乡隆盛辈，皆为其书所激刺，间接以演尊攘维新之活剧。”钱基博评述说：“日本之平象山、吉田松阴、西乡隆盛辈，无不得《海国图志》读之而愤焉悱焉，攘臂而起，遂以成明治尊攘维新之大业，则源有以发具机也。”