道光二十年五月（1840年6月），英国“旨在维护鸦片贸易而发动和进行的对华战争”的炮声，震撼着中国大地，林则徐、邓廷桢在广州和福建的坚决抵抗，唤醒了中国人民的民族精神，激起了中国人民的爱国热情。
这个时候，魏源正奉命在江苏镇江疏浚徒阳河。一日，友人黄冕邀他去浙江宁波伊里布大营。先前，英国侵略者见广东戒备甚严，无隙可乘，于是北上福建、浙江，于六月七日攻陷舟山岛上的定海，两江总督伊里布以钦差大臣身份赴浙江督办军事。魏源到达伊里布大营后，审讯了英国俘虏安突德，了解了不少英国的情况。后来，魏源又“旁采他闻”，于道光二十一年（1841）写成《英吉利小记》。
为了魏源广泛关注世界地理的契机。
这年，魏源住在扬州的絜园，最后完成了《诗古微》的定稿，并作叙。但他没有沉湎在古籍里，而是密切关注着“海风惊鲸鳄”这样的头等大事，关注着前方的战事，作《寰海》十一首。开篇便忧叹道：“寰海蚨飞尚未知，江河蚁溃起何时？”他歌颂英勇抗战的将士们：“阴疑阳战玄黄血，电挟雷攻水火并。鼓角岂真天上降，琛珠合向海王倾。全凭宝气销兵气，此夕蛟宫万丈明。”但是，道光帝听信投降派的话，下诏将林则徐、邓廷桢撤职查办，“不诛夏览惩贪帅，枉罢朱纨谢岛夷”。道光帝一时议战，一时主和，举棋不定，魏源对这样的时局一时也大惑不解：“功罪三朝云变幻，战和两议镬冰汤”，“七擒七纵谈何易，三覆三翻局愈奇”。如何对付侵略军？魏源提出了自己的见解，即一是师夷技，一是选将才：“欲师夷技收夷用，上策惟当选节旄。”诗中，他更直截了当地说：“安邦只是诸刘事，绛灌何能赞塞防！”完全寄希望于道光帝。
但，道光帝胸中并无成算。在琦善奉旨妥协，而侵略者贪得无厌，割地赔款的要求超过道光帝可以忍受的程度的情况下，又于道光二十一年正月下诏抗击侵略者，派靖逆将军奕山抵广州主持军务，两江总督裕谦以钦差身份督师浙江。
魏源应邀出佐裕谦幕，到达抗战前线。是时，侵略军早已退出定海。裕谦议如何守定海计。魏源认为，“浙海岛屿林立，而舟山居其一，以险则非门户，以富则非沃壤，以大则仅弹丸”；“定海孤悬海外，本不必守之地，徒分兵力”，不如专守海岸。但，他的建议不被采纳。“主兵者”令总兵王锡朋、郑国鸿、葛云飞领兵五千守定海，并拟修城加固工事。定海三面环山，一面临海，临海边有海市商埠。葛云飞欲新筑外城，把海市包括在内，城墙左右抵山，其三面以山为城。魏源又切谏，认为：“守舟山已为下策，况所筑者，又必不可守之城乎？天下无一面之城，此乃海塘耳，非外城也。贼左右翻山入，即在城内矣。备多则力分，山峻则师劳。”他建议：“但环内城为新郛，勿包外埠，勿倚外山，庶城足卫兵，兵足守城，犹得下策。”但，裕谦派任的随营知府黄冕和署定海同知舒恭寿，“皆吏才而非边才”，黄冕最初还同意魏源的建议，“既而挠于群咻，遂不力持”；裕谦本人也不“渡海亲勘”，但据图指挥，偏听葛云飞等人的意见。从八月十二日开始，侵略军白天登岸攻击，夜间归海休息，而清兵“昼夜防闲，山峻路险，登降力竭”。十七日，“贼乘我守疲”，分兵三路，“登晓峰岭入城，三总兵相继战死”，定海于八月二十九日（1841年10月1日）复陷。魏源遂知事难有为，辞去幕府差事，卷铺盖走人。不久，侵略军攻定海对岸的镇海，浙江提督余步云临阵弃炮西逃，裕谦力战后自杀，镇海亦失守。
魏源有诗叹曰：
三面因山一面墉，筑城竟与海塘同。
地遥守有鞭长虑，敌越山成腹背攻。
倒马关前常色变，钓鱼矶上识形雄。
当时聚米画沙客，重向寒涛吊朔风。
幕客魏源，满腔热忱，“画沙”献策，但决定权在“主兵者”手中。建议不被采纳，魏源自然只能“重向寒涛吊朔风”了。回到扬州，魏源为抒发内心的积感，乃发愤着述，其中一篇为《夷艘寇海记》。
《夷艘寇海记》是继司马迁撰《今上本纪》之后的又一部当代人写的当代史。
它详尽地记述了鸦片战争的八个小阶段[魏源称为“八转机”]的全过程，是一部最早的、最有史料价值的鸦片战争史，诸如战争的起因、进程、清朝廷的对策、边臣的抵抗与投降、人民的义愤与抗争，以及丧权辱国的结局，无不包举在内。它有四点值得特别注意：
一、充分阐述了这场抗英战争的正义性。
它写明了一些基本事实：在“乾隆三十年以前，每年[鸦片进口]不过二百箱”；及嘉庆元年，“始禁其入口”；但“总督阮元密奏，请暂事羁縻，徐图驱逐，于是因循日甚”。至道光十八年（1838年），走私入口的鸦片竟达四万多箱。
十九年，光林则徐勒令缴获并在穿鼻附近陈口村销毁的鸦片烟，即达二万零二百九十一箱，计二百三十七万多斤。鸦片入境，导致白银外流。到道光二十年（1840）的二十九年中，鸦片贩子从中国夺走了三四亿银两的财富。白银外流，又导致银贵钱贱，乾隆五十九年（1794），一两白银换铜钱一千文，道光十八年（1838）“每两兑至千有六百”。银贵钱贱，则使农民和手工生产者负担加重，因为民间实际使用的是铜钱，而赋税须交白银。这样，便破坏了社会的经济，加深了清廷的政治危机。魏源引述鸿胪寺卿黄爵滋的奏折说：“近年各省盐务、漕务之疲累，官吏之亏空，商民之交困，皆由银价昂，钱价贱。”正如马克思所指出的：“因鸦片的输入而引起的白银不断外流，开始破坏天朝的国库收支和货币流通。”鸦片的不断输入，不但使中国在经济上遭受严重损失，而且在政治上、国民素质上遭受了前所未有的伤害。
载道：“道光六年，两广总督李鸿宾设巡船，巡船每月受[英夷]规银三万六千两，私放入口”；官员既被腐化，乃“包庇贩私”。更有水师副将韩肇庆“端以护私渔利，与夷船约，每万箱许送数百箱与水师报功”，甚至水师的船只代运进口。而韩肇庆反以获烟功保擢总兵，赏戴孔雀翎。“水师兵人人充橐，而鸦片遂岁至四五万箱矣。”自鸦片泛滥于中国境内以后，吸食者日众，“槁人形骸，蛊人心志，丧人身家，实生民以来未有之大患，其祸烈于洪水猛兽”。魏源引林则徐的话作总结道：“烟不禁绝，国日贫，民日弱，十馀年后，岂惟无可筹之饷，抑且无可用之兵。”魏源详细记述这些史事，将禁烟抗英的正义性与重要性，清晰地呈现在道光时期的世人面前。
二、深刻地分析了鸦片战争爆发的近因和远因。
当时，有一种议论，把鸦片战争爆发的原因归咎于林则徐的“勒夷缴烟”。魏源批驳道：“其深悉夷情者，则知其不由缴烟，而由于闭市。其闭市之故，一由[英夷]不肯具结，二由不缴夷烟。”侵略者不肯具结，又不肯缴烟，清廷因而“闭市”，与英商停止一切贸易，也不能说全无理由。但他们不知道，“闭市”，必然引起侵略者的反弹，因为英国资本主义的发展此时早已进入海外贸易、海外掠夺的重商主义时期，停止贸易，等于切断了它的国家经济的一根血管。
魏源认为，应“勿骤停贸易”，“以自修自强”。不过，魏源说的“勿骤停贸易”是指勿停在严禁鸦片入口的前提下的正常贸易，与世俗所说的不计鸦片入口的“不当停贸易”，天壤胡越。
林则徐是反对与英商停止贸易的。当大理寺卿曾望颜奏请“封关禁海”时，林则徐力陈不可。魏源在文中记述道，林则徐后来又命令与英商停止一切贸易，是因为奉有御旨。道光帝于二十年十一月初八日下诏说：“英吉利国夷人自议禁烟之后，反覆无常，若仍准通商，殊属不成事体。至区区关税，何足计论？我朝抚绥外夷，恩泽极厚。英夷不如[原文如此。似当为”知“]感戴，反肆鸱张，是彼曲我直，中外咸知。自外生成，尚何足惜？其将英吉利国贸易停止！”同时，道光帝在林则徐、邓廷桢奏折中的“夷船遵守者保护之，桀骜者惩拒之”语句边批道：“同是一国之人，办理两歧，未免自相矛盾”，从而否定了林、邓的分别对待的正确决策。魏源在实录了上述御旨后，写道：“此因禁烟而并绝断英夷贸易之本末也。”这就彻底攻破了鸦片战争肇启于林则徐“勒夷缴烟”的邪说，也曲折地指出了道光帝指责林则徐禁烟“措置不当”，“必须逐细查明，重治其罪”的诏书的无理。魏源还进一步指出，如此是非颠倒，产生了严重恶果：“今但归咎割痈之人，而养痈、溃痈者不问，故至今益以养痈为得计。”由“闭市”而引发侵略者动武，这只是历史的偶然性；
不“闭市”，鸦片战争也必然会爆发的。魏源后来在《海国图志》中深刻地指出：“自意大利裂为数国，教虽存而富强不竞。于是，佛郎机、英吉利代兴，而英吉利尤炽，不务行教，而专行贾，且佐行贾以行兵，兵贾相资，遂雄岛夷。”“佐行贾以行兵，兵贾相资”，魏源把殖民主义者的特征和它们的侵略手段，勾画得很清晰，也很准确。他还记述道：
“英吉利夐然三岛，不过西海一卷石。揆其幅员，与闽、广之台湾、琼州相若，即使尽为沃土，而地力之产能几何？所以骤致富强、纵横于数万里外者，由于西得亚墨利加，东得印度诸部也……英人既得五印度，渐拓而东……阿喀剌、达歪取之缅甸，麻喇甲、息力[即新加坡]易之荷兰，小西洋[即印度海]利权，归掌握者八九矣。再东，则中国之南洋诸岛国……盖四海之内，其帆樯无所不到，凡有土有人之处，无不睥睨相度，思朘削其精华。”魏源描述的，是英殖民主义者由印度“渐拓而东”的咄咄逼人的形势，是鸦片战争必然爆发的根本原因。
三、秉笔直书，对鸦片战争中的有关人员褒贬分明，绝无含糊。
魏源记述了林则徐、邓廷桢等名臣的抗英举措，记述了张朝发、姚怀祥、全福、陈连升父子、关天培、祥福、林大椿、王定国、王锡朋、郑国鸿、葛云飞、谢朝恩、裕谦、陈化成、杨庆恩等一大批死难者的事迹，他们或英勇战死，或兵败后自裁以明心志。魏源更是将三元里人民英勇的抗英斗争载入史册的第一人。他写道：“夷兵至是乃日肆淫掠，与粤民结怨。及讲和次日，夷兵千馀自四方炮台回至泥城，于是三元里人民愤起，倡义报复，号召各乡壮勇云集枪械，四面设伏，截其归路，夷兵终日突围不出，死者二百，殪其渠帅曰伯麦、曰霞华，首大如斗，夺其调兵令符、黄金宝刺及双头守炮。而三山村亦击杀夷兵百馀，夺得二炮及洋枪、洋刀九百馀件。异律驰赴三元里救应，复被重围，乡民愈聚愈众，至数万。”梁廷枬《夷氛闻记》也记载道：三元里附近一百零三乡的人民，“老弱馈食，丁壮赴战，一时义愤同赴，不呼而集者数万人”。这是何等义愤填膺的英勇壮举！
魏源的文章还引用了广州人民一段抗英檄文：“尔自谓船炮无敌，何不于林制府任内攻犯广东？尔前日被围时，何不能力战自拔，而求救于首府？此次由无识大吏受尔笼络，主款撤防，故得乘虚深入。倘尔后日再入内河，我百姓若不云集十万众，各出草筏，沉沙石，整枪炮，截尔首尾，火尔船艘，歼尔丑类者，我等即非大清国之子民！”何等义正辞严、气壮山河！何等伟大的中华民族精神！魏源评论此次抗英斗争道：“福建水勇是日亦至，倘令乘机，应援夹攻，围歼夷兵，生获夷首，挟以为质，令其退出虎门，而后徐与之讲款，可一切惟我所欲。此粤事第四转机。”可惜，奕山等人不知也不敢借用民气民力，一举而伸大清正义，“反遣[知府]余保纯驰往，解劝竟日，始翼异律出围回船”。一场轰轰烈烈的人民斗争，便如此被妥协投降派扼杀。
在《夷艘寇海记》中，魏源无情地揭露了投降派琦善、耆英、奕山、奕经等人的嘴脸。琦善于道光二十年十月到达广州，与林则徐积极备战应战相反，“开门揖盗，自溃藩篱”。他“撤散壮丁数千，于是水勇失业，变为汉奸，英夷抚而用之，翻为戎首矣”。又“撤横挡水中暗柱，屡会异律于虎门左右，夷船得以探水志，察径路，而情形虚实尽泄矣”。他还“尽屏广东文武，专用汉奸鲍鹏，往来传信。其人故奸夷颠地之嬖仆，异律所奴视，并轻视中国无人矣”。
尤其是，他竟质问“劫船之役，何人先开炮，欲斩副将以谢夷”，于是“兵心解体矣”。“凡有报缉汉奸者，辄呵曰：‘汝即汉奸’。”更为荒谬的是，“有探报夷情者，则拒曰：‘我不似林总督，以天朝大吏，终日刺探外夷情事。’”总之，他“一切力反前任所为，谓可得夷欢心”。水师提督密请增兵，他“固拒不许”。十二月，侵略者再次攻虎门，关天培派游击李廷钰“回至省城，哭求增兵，阖省文武亦皆力求，琦善初仅允二百，继增至五百”，致使“人心愤愤”。魏源的揭露，可谓淋漓尽致！有如此卑鄙的钦差大臣，那些软骨将领的丑恶表演便可想而知了。例如，守厦门的“水师提督陈阶平，平日讲火药，刊兵书，贼至先告病，贼退复视事”。又如，守镇江招宝山的浙江提督余步云，在侵略军刚刚由山麓攀援登岸时，“即率兵弃炮台西走”，还无耻地说：“贼炮未向招宝山，我兵亦何必开炮向贼？”临阵逃亡，竟还振振有其词，何其丑恶！对于与自己同在抗战前线的臣僚，魏源也毫无隐晦。他是钦差大臣裕谦的幕府随员，却依然直书“裕谦任事刚锐，而不娴武备”，对如何防守定海，“裕谦未渡海亲勘，但据图指挥”。又说：“颜伯焘、裕谦、朱鉴不择地而守，是浪守也。”他与黄冕同是裕谦的幕友，但他同样直书黄冕有“吏才而非边才”。如此等等，说明魏源为存真史，不避权贵，也不问亲友，是非分明。
四、慷慨陈词，论述了林则徐等人禁烟失败的原因。
魏源写道：“夫勘天下之大难者，每身蹈天下之至危；犯天下之至危者，必预筹天下之至安。古君子非常举事，内审诸己，又必内[原文如此。似当为‘外’]审诸时。同时，人材尽堪艰巨则为之，国家武力有馀则为之，事权皆自我操则为之。”然而，现实恰恰相反：朝廷上下，多为庸劣之辈；国家武备，历年废弛；林公事权，左右掣肘。结果，举国“承平恬嬉，不知修攘为何事，破一岛一省震，骚一省各省震，抱头鼠窜者胆裂之不暇，冯河暴虎者虚骄而无实。如此而欲静镇固守，严断接济，内俟船械之集，外联属国之师，必沿海守臣皆林公而后可，必秉钧当轴皆林公而后可。始既以中国之法令望诸外夷，继又以豪杰之猷为望诸庸众，其于救弊，不亦辽乎！”魏源既为林则徐叹，也为腐败的时势叹，为沿海守臣叹，为秉钧当轴者叹！魏源的上述政治见解，即使从今天来看，也是明晰正确的。
魏源还说：“驰峻坂，则群儆善御之衔绥；犯骇涛，则群戒舵师之针向。”这里的“衔绥”、“针向”，明显地隐喻道光帝。“衔绥”不善，群马焉能“驰峻坂”？“针向”不明，众舟焉能“犯骇涛”？一年前，魏源还在高唱“安邦只是诸刘事”，写《夷艘寇海记》时，则已在忧虑中存悲伤了。另本《夷舶入寇记》在这大段议论之后，最后一句作“故吾于林公而外无责焉”，这正是正话反说，显露出一种“无可奈何花落去”的心境。
魏源主张：“功则功，罪则罪，胜则胜，负则负，纪事之文贵从实，所以垂法成也。”“从实”，是他对自司马迁《史记》“其文直，其事核，不虚美，不隐恶”的“实录”史学传统的继承。《夷艘寇海记》，则是他“纪事之文贵从实”的一次成功的实践。
正因为如此，此文于道光二十二年（1842）写成后，魏源没有把它作为《圣武记》的一篇同时刊布，而是另印别行，且未署名。到道光二十六年（1846），他在扬州第三次修订《圣武记》时，目录卷十中却赫然有此文的题目，并加“补刊”二字，但仍然有目无文。
为什么会如此？或许是，他认为如此窝囊的鸦片战争绝不能称为“圣武”，不能与其他“圣武”事业并列同篇；或许是，他“恐遭时讳”；或许是二者兼而有之。司马迁虽写过《今上本纪》，但有目无文。现在的《史记》中的《今上本纪》，全是抄录《封禅书》，以敷衍成文，与《太史公自序》中说的“汉兴五世，隆在建元，外攘夷狄，内修法度，封禅，改正朔，易服色”这样的写作意图，了不相涉。为什么会如此呢？司马迁生活在汉武帝当权时期，仅因替李陵喊了几句冤，就被撵入蚕室遭受腐刑，他写的《今上本纪》，定是“实录”体，不免对武帝有非议处，他敢“藏之名山”吗？故尔亡佚。魏源生活在文字狱惊心动魄的清代，他的《夷艘寇海记》又直言不讳，文笔锋利，直指当朝权贵和道光帝，他自然不敢把此文收入《圣武记》中，公开发行，公开署名，自触罗网，自受斧钺。可见，当代人写当代史，或称“写活历史”，自古都是一道难题。
直到魏源死后二十二年的光绪四年（1878），上海申报馆出版《圣武记》，《夷艘寇海记》才以《道光洋艘征抚记》的篇名，第一次排印在内。