吉藏继承了中观学派对二谛的解释，把它作为把握诸法实相的方法与途径，并对二谛义作出了进一步的发展。他认为，“十方诸佛，常依二谛说法，故众经莫出二谛。众经既不出二谛，二谛若明，故众经皆了也。”这是把二谛视为众经的纲要。为了破除对二谛本身的执着而令众生通过真俗二谛去把握超越言教的诸法实相，吉藏特别地强调二谛属于言教，只有假名，并无实体。他说：“二谛者，盖是言教之通诠，相待之假称，虚寂之妙实，穷中道之极号，明如来常依二谛说法，一者世谛，二者第一义谛，故二谛唯是教门，不关境理。而学者有其巧拙，遂有得失之异。”为了破当时的各种师说，吉藏将二谛发展为“四重二谛说”。他说：他但以有为世谛，空为真谛。今明若有若空，皆是世谛，非空非有，始名真谛。三者，空有为二，非空有为不二，二与不二，皆是世谛，非二非不二，名为真谛。四者，此三种二谛，皆是教门，说此三门，为令悟不三，无所依得，始名为理。这就是说，以有为俗谛，说空是真谛，此为第一重；以亦有亦空为俗谛，说非有非空是真谛，此为第二重；以空有为二，非空非有为不二，这是俗谛，非二非不二，这是真谛，此为第三重；以上三种二谛，皆是俗谛，言忘虑绝，无所依得，方是真谛，此为第四重。这里，每一重的真谛皆否定其俗谛，而后一重的真谛又否定前一重的二谛，若用语言概念来表述，其实还可以继续“重”下去，就在这重重否定之中去体悟“忘言绝虑”的无所得的诸法实相之理。吉藏四重二谛义是针对当时不同师说的观念执着提出的，其第一重二谛义批判的对象是毗昙师；第二重二谛义批判的对象是成实师；第三重二谛义批判的对象是地论师；第四重二谛义批判的对象是摄论师。通过对不同佛教学说的层层批判，三论宗肯定了不同师说在特定层面的相对真理性，并从“无得正观”的高度融摄贯通了不同师说的佛学思想。因此，三论宗的“四重二谛义”不仅体现了浓厚的思辨精神，而且体现了很强的理论圆融精神。
吉藏对二谛所作的发挥，从根本上说还是为了论证真俗不二，不可执着。而通过真俗不二，他实际上也就把世间的“俗”化为“真”了：“俗非真则不俗，真非俗则不真。非真则不俗，俗不碍真；非俗则不真，真不碍俗。俗不碍真，俗以真为义；真不碍俗，真以俗为义。若言俗，浮虚义，真，真实义，此是凡夫二乘有得解义，今明菩萨无得无碍义故，明俗是真义，真是俗义。他家无此义。”吉藏认为只有真不离俗，俗不离真，真即是俗，俗即是真，才是“菩萨无得无碍义”，而他所说的俗，包括“一切国土，各有风俗”和“君臣父子，忠孝之道”。在他看来，“为制戒令佛法久信住故，所以不得明物浮虚无所有，但明国土风俗不同也。”可见，吉藏所发挥的并非是“他家无此义”的独家之说，而就是“世间法出世间法不二”的大乘佛教精神。要说他的独特之处，那就是他结合了中国的社会现实，而为佛法在中土的入世发挥作用进一步开拓了道路，体现了中国佛学的入世趋向，吉藏三论宗的这种思想特色在中国禅宗中得到了更大的发展。
第三节八不中道与二藏三法轮吉藏还发挥了“八不中道”说，并进一步以八不中道来明二谛义。
“八不”也是龙树中观学派的重要理论之一。龙树在《中论》中提出：“不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦不出（去）。能说是因缘，善灭诸戏论。我稽首礼佛，诸说中第一。”中观学派用“八不”来说明万法性空的道理，以显不偏不倚之中道。他们认为，生灭、常断、一异、来去这四对范畴是概括一切存在的基本范畴，也是我们认识之所以成立的根据。在这些范畴前冠之以“不”字加以否定，那就能“总破一切法”，即否定我们主观上的一切认识和客观上的一切存在，从而显示万法无自性、一切皆空的真理。青目在解释“八不”时曾有这样一段问答：“问曰：诸法无量，何故但以此八事破？答曰：法虽无量，略说八事，则为总破一切法。”在他们看来，真正的缘起说应该是对生灭、常断、一异、来去等八个方面都无所执着。例如万法由因缘聚散而有生灭，实则无生无灭，不能误解为有实在的生灭，只有通过否定生灭才能显示出缘起说的真正本意。
由否定生灭，进而否定常断、一异和来去，即克服八种偏见，离开八个极端，就是八不缘起，亦称八不中道。
吉藏对此作了进一步的发挥。他一方面抬高“八不”，认为“八不”是“众经大意”，“为众教之宗归，群圣之原本”，并把“八不”与“中道佛性”联系在一起，认为“八不即是中道佛性”，“中道佛性，不生不灭，不常不断，即是八不”，另一方面他又认为，“八不”的宗旨，“略释难明，广敷乃现”，因而他又结合四谛、十二因缘等对“八不”作了“广敷”。例如他说：苦、集即是相生，故名为“生”。灭、道为明还灭，故是“灭”义。三谛并是有为故，入无余时悉舍，故是“断”。灭谛是无为，称之为“常”。三谛有差别，名之为“异”。灭谛无差别，故称为“一”。苦、集是生死法，故名为“来”。灭、道为欲反原，称之为“出”。故灭谛名灭止妙出。四谛既尔，十二因缘亦然。十二相生为“生”。十二还灭为“灭”。灭十二为“断”。得无为曰“常”。十二三世因果不同，名之为“异”。灭十二无三世因果，名之为“一”。七果从五因而来，目之为“来”。灭十二出生死故，称之为“出”。
吉藏自己解释了这样广敷“八不”的目的是为了破除对四谛等法的执着：“今欲简异小乘生灭论，明大乘无生灭论。诸法本自不生，故非苦，非集，今亦无灭，故非道。本自无生，岂有苦、集可断？今亦无灭，岂有无为之常？”吉藏还强调，通过“八不”四对范畴，就能破除一切执着，显明中道，达到圆满的佛教之义旨。他说：
八事四对，一一相对，病无不破，中无不显，即义无不足。但以四对，历破众计，历明中道，于义略圆，故但说“八”也。正如郭朋先生所说的，吉藏在这里将八不与圆教联系在一起，显然受了天台宗的影响。“在《三论》思想体系里，讲二谛，讲中道，讲一切皆空，却没有讲什么圆的。圆教这个范畴，是天台宗的东西（以后，贤首宗也袭用了）。”这表明吉藏的“新”三论对传统的三论思想确实是有所发挥的，他的诸法性空论并不满足于只是“破”，而是希望充分地彰显佛教的“圆义”。这与前面提到的吉藏把“八不”与“中道佛性”联系在一起正好相互呼应。“八不即是中道佛性”的说法显示了吉藏在涅盘佛性思想的影响下，希望以空显有，以中观般若思想来会通佛性论思想的一种企图，表明理论思维的圆融性已成为隋唐宗派佛学的共同追求。正是在这样的背景下，吉藏一方面破佛性论，强调“般若广破有所得，明无依无得为正宗，佛性一乘为其傍义”，另一方面又说“二乘之人，但见于空，不见不空，不见佛性……若于无所得人，不但空为佛性，一切草木并是佛性也”。关键并不在于何者为佛性，而在于不执着，无所得，于无所得中体证佛法真谛的微妙圆义。
吉藏还联系二谛义把“八不”发展为“五句三中道”，即以“八不”结合“二谛”来讲中道。例如就生灭而言：认为生灭为实，这是单执俗谛（第一句）；认为不生不灭为实，这是单执真谛（第二句）；认为只有假的生灭，这是俗谛中道（第三句）；认为只有假的不生不灭，这是真谛中道（第四句）；超越以上这些，把真、俗二谛中道结合起来讲非生灭非不生灭，即是二谛合明中道（第五句）。由此层层否定而显无所得的中道实相。其他如常断，一异等也可以依此类推。
吉藏认为，由此才能真正把握“八不”的真谛，显诸法性空的中道实相。
正是根据诸法性空的中道实相理论，三论宗提出了它的解脱修行论。它认为，诸法性空，一切皆不可得，因而一切众生，无生无灭，无迷无悟，既无众生可度，亦无佛道可成，但若依俗谛假名立言，则众生为无明烦恼所障而不明中道实相之理，妄执万法为实有，故沉沦生死流转而不得解脱，若能了悟诸法性空之实相，歇无明烦恼，除颠倒妄想，便能显自身本有佛性，众生也就成佛了。
因此，三论宗不但主张一切众生皆有佛性，皆得成佛，而且认为一切众生本来是佛，众生与佛的差别只是在于迷与悟的不同，这与后世禅宗所说的迷即众生悟即佛，是有相通之处的。
吉藏所创三论宗与其他宗派一样，也是在判教的过程中建立自己思想学说的，其“二藏三法轮”的判教理论突出地表现了它对各家学说调和融会的理论特色。
“二藏三法轮”是三论宗对释迦一代教法所作的判释。三论宗依据言教二谛和实相无得的观点，强调“大小乘经，同明一道，故以无得正观为宗”，认为佛为化导众生而说的一切言教都不过是随机施教、因病与药的方便法门而已，众生的根机各不相同，佛的说教也就有所差别，例如“小乘教者，正观犹远，故就四谛教为宗，大乘正明正观，故诸大乘经同以不二正观为宗，但约方便用异，故有诸部差别”。
但言教虽异，义旨无二，百千法门同会归佛教的真理，大乘小乘，皆为佛说，三乘同归于一乘。据此，三论宗提出了所谓的“二藏三法轮”的判教思想。
“二藏”，指的是声闻藏（小乘）和菩萨藏（大乘）。吉藏在《法华游意》中说：“佛教虽复尘沙，今以二意往收则事无不尽。一者赴小机说名曰小乘，二者赴大机说称为大乘。而佛灭度后结集法藏人摄佛一切时说小乘名声闻藏，一切时说大乘者名菩萨藏，则大小义分，浅深教别也。”三论宗认为，本宗乃属菩萨藏。为了避免对二藏判教的执着，从而堕入有所得，三论宗又立“三轮”的判教。
“三轮”意谓三种佛法，故又称“三法轮”，指的是：（１）根本法轮，即佛成道之初为菩萨说所证一因一果之佛乘的《华严经》；（２）枝末法轮，指《华严经》之后、《法华经》之前的一切大小乘经典，因“薄福钝根”之人不理解佛所说的一佛乘法，故佛开一乘为三乘，为之分别说；（３）摄末归本法轮，指会三归一的《法华经》，三乘的枝末法又会归于根本的一乘法。
按照“三法轮”的判教，三论宗所依据的《般若经》当属枝末法轮，但吉藏认为，佛开一乘为三乘时，《般若经》仍属三乘法中的大乘教，最后又与其他二乘同会归一佛乘，故《般若经》仍属根本法轮，这与《阿含经》本身为权教而被判为枝末是不一样的。因此，三论宗的判教是以二藏教判为主，以三法轮教判为辅。这种判教理论虽然也有将《般若经》判为大乘而抬高三论宗地位的意味，但与其他宗派完全以抬高本宗出发的判教是有所不同的，它会通佛教诸说的特色反映了隋唐佛教走向融合统一的时代需要，体现了隋唐时期中国佛学圆融精神的趋于成熟。
三论宗继承了大乘般若学的思辨特征，吸收融合了传统文化的入世观念，同时，在隋唐宗派佛学批判、总结、会通南北朝学派佛学不同学说的文化氛围中，三论宗也濡染、造就了中国佛学的圆融精神，这种精神渗透到了其思想的许多方面。三论宗虽然流传的时间不长，但它的思想和方法却对中国佛教各宗派都有较大的影响，诸法性空的中道实相论并没有因为三论宗的衰歇而退隐，相反，它以不同的方式融入了其他宗派的思想学说中去，对中国佛学产生着持久而深远的影响。