由于“江东佛法，弘重义门”，南朝还出现了大量在佛教史上产生很大影响的中国僧人的佛教着述，其中不少已经佚失，现存最值得重视的有梁代僧佑为“订正经译”而作的《出三藏记集》十五卷和为“护持正化”而集的《弘明集》十四卷，以及梁代慧皎编撰的《高僧传》十四卷。《出三藏记集》是我国现存最古的佛教经录，《弘明集》则是僧佑站在佛教的立场上，面对儒、道两教对佛教的攻击，为护持正法、驳斥异教而编集的，其中既搜集了大量颂佛护教的文章，也保存了一些反佛的史料，如范缜的《神灭论》等，弥足珍贵。慧皎所作的《高僧传》，通过为僧人立传，为我们保留了大量可贵的佛教史料。全书共收录从佛教初传到梁天监年间中国佛教着名僧人近五百人的生平事迹，成为我们了解并研究汉魏六朝佛教传播发展情况不可多得的重要参考书。
相比之下，北朝佛教却呈现出了另一种景象。北朝佛教虽然也译出了一些佛典，但数量远不及南朝。据《大唐内典录》，北朝共有译者二十七人，译出了佛经一百二十七部，三百九十五卷；据《开元释教录》，则有译者十八人，共译佛经一百零五部，三百五十五卷。
其中最重要的译者是北魏的“译经元匠”菩提流支和在北凉译出大本《涅盘经》的昙无谶。
北方少数民族统治者虽然也重视佛教，但他们大都崇尚武功，没有玄学清谈的传统，他们比较重视修福、修禅等实际的活动，例如建寺、度僧、凿石窟、造佛像等，对空谈玄理不怎么感兴趣。与南方佛教崇尚玄理相比，北方佛教更偏重修习实践，因而禅学、律学和净土信仰比较盛行，尤其重视禅观。当时统治者对禅定的倡导和社会上对“讲经”的不重视，导致了北朝的义学高僧不多见，却相继出现了许多着名的禅师，例如北魏时佛陀跋陀罗的弟子玄高，专精禅律，妙通禅法；北齐时传佛陀禅师禅法的僧稠，被誉为“自葱岭以东，禅学之最”；北周时传勒那摩提的僧实，名重一时。特别是南天竺僧人菩提达摩禅师东来，渡江北上至魏，广传“南天竺一乘宗”，在北方逐渐形成规模，乃至“在世学流，归仰如市”，最终形成了中国的禅宗。天台宗的先驱慧文、慧思也都曾是北方着名的禅师。
由于南北政治文化背景的不同，因而佛教与王权以及佛教与儒道的关系在南方和北方的情况也有所不同。南朝帝王在崇佛的同时，一般对儒道仍加以利用，儒佛道三教皆有助于王化的思想在南朝基本上占主导地位。即使出于现实政治的需要，帝王对过分发展的佛教采取某些限制措施，其手段一般也比较温和，结果还往往未能实行。儒道对佛教的批评攻击有时虽然很激烈，但也仅停留在理论的论争上。正因为如此，南方才有夷夏之辨、佛法与名教之辨以及神灭与神不灭等理论上的大论战，也才会有释慧远为“沙门不敬王者”所作的辩解。南朝虽有反佛之声，却未能阻止佛教的进一步发展，社会中反而出现了“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的佛寺遍布的兴盛景象。
在北方的情况却不太一样。由于与南朝相比，北朝的君权更为集中，因而在北朝出现了帝王利用政治力量灭佛的流血事件。佛教与儒道之间的争论，特别是佛道之争，也与南方的理论争论不同，往往更多的是借助于帝王的势力来打击对方。北方两次较大规模的灭佛事件，即北魏太武帝和北周武帝的灭佛，其实都与佛道之争有关，而两次灭佛最终也都以流血而告结束。正因为如此，所以在北方非但没有出现沙门该不该礼敬王者的争论，反而出现了拜天子即为礼佛的说法。据《魏书·释老志》载，北魏道武帝时曾为道人统的沙门法果就认为，“太祖明睿好道，即是当今如来，沙门宜应尽礼”。他不但自己“常致拜”，而且还对人说：“我非拜天子，乃是礼佛耳。”南北佛教对帝王的不同态度从一个侧面反映了佛教的发展及其特点的形成受社会历史条件的影响。
南北佛教的不同特点和学风，给我们留下了不同特色的文化遗产。在南方出现《弘明集》、《高僧传》等大量佛教着述的同时，北方社会中却出现了大量的石窟艺术珍品，如世界着名的云冈石窟和龙门石窟等都始凿于北魏，这些文化遗产，至今依然熠熠生辉。
２．佛教学派的林立
南北朝时期，在佛教经论继续译出的同时，中国僧人开始倾心于对佛教义理的探究，特别是在南朝，经论的讲习之风大盛。僧人务期兼通众经，广访众师听讲，一些人也渐以讲经知名，并各有所专精。由于讲习经论的不同，逐渐形成了以弘传某部经论为主的不同的学派，如毗昙学派、涅盘学派等，其学者也相应地被称为“毗昙师”、“涅盘师”等，这些学派虽也有称其为“宗”的，其实尚不能算是真正的宗派，但它们为隋唐佛教宗派的创立准备了理论条件。当时的佛教界对涅盘佛性义、真俗二谛义等佛学的基本理论，都曾进行过激烈的争辩。有的即使是讲解同一经论的学者，见解也往往有所不同。南北朝时期佛学上的争论最后表现为传法定祖的问题，学派遂逐渐有了教派的性质。在义理纷争的情况下开始出现了判释佛说经教的“判教”。判教的方法非中土所创，但中土的判教在佛教学派向佛教宗派的演进中起了特别重要的作用。到隋唐时，随着封建统一王朝的建立和佛教寺院经济的进一步发展，中国化的佛教宗派相继形成，学派林立的南北朝佛教也就过渡到了宗派并存的隋唐佛教。可见，众多的学派的出现也是佛教中国化进程中的一道特殊的风景线，它们从不同的理论方向推动了中国佛学的完形。
当时的佛教学派主要有如下一些：毗昙学派和俱舍宗 毗昙学派是专门研习并弘传小乘说一切有部论书《阿毗昙》的佛教学派，主要通过对佛教法相的分析来表述“四谛”等基本思想，论证解脱的必要性和可能性。毗昙学自东晋道安和慧远的提倡而开始在南北同时流传，至刘宋时形成了学派。着名的学者很多，南方有昙机、僧镜、僧韶、法护、慧集等，其中以慧集为最。在北方，最着名的则首推慧嵩，元魏、高齐之时，他活跃于邺洛彭沛之间，大弘毗昙之学，世称“毗昙孔子”。他的弟子道猷、智洪以及再传弟子靖嵩、辩义等也都是北方着名的毗昙师。值得一提的是，当时的毗昙学者，一般都兼传《涅盘经》、《成实论》等其他佛典，例如慧嵩就同时是北方着名的成实论师。至于当时其他论师兼习毗昙的就更多，着名的义学僧人大都对毗昙学有所涉猎，这可能与他们视毗昙学为佛学之基础有关。
南朝末年真谛初译《俱舍论》（称《阿毗达磨俱舍释论》）。由于此论在诸阿毗昙中体系特别完整，名相解说也最为简明，因而受到欢迎，毗昙学派的一些学者也逐渐转向对《俱舍论》的研究，成为俱舍师。例如真谛的弟子慧恺及其再传道岳等皆大力弘传俱舍学。俱舍学以“五位七十五法”来概括世界诸法，主张我空法有，对三世实有、法体恒有等作了系统的论证。唐初，玄奘再译《俱舍论》（称《阿毗达磨俱舍论》），掀起了对此论的研习高潮，玄奘的门人普光、法宝、神泰分别作疏记，世称“俱舍三大家”。而旧译毗昙学则随之而渐趋衰歇，许多毗昙师的着作都没有留传下来。日本僧人智通、智达和道昭等来华从玄奘学法，同时传回了法相和俱舍教义，以俱舍宗作为法相宗的附宗，在日本有一定的影响。
涅盘学派 涅盘学派是以研习并弘传大乘《涅盘经》而得名的佛教学派。《涅盘经》的主要思想是“泥洹不灭，佛有真我，一切众生，皆有佛性”。涅盘佛性问题曾是南朝佛教理论的中心问题。南方涅盘学派的重要代表人物是晋宋时的竺道生，他曾根据自己研习经论的体悟，大胆提出了一阐提也有佛性、亦得成佛的主张，并倡立“顿悟成佛”义以反对当时流行的渐悟成佛说，与持渐悟说的慧观形成了南方涅盘学派的两大系。慧观也十分看重《涅盘经》，曾立二教五时的判教，把《涅盘经》视为如来说法的归结，一般认为，此为中土判教之始，对后来的各种判教学说，影响很大。当时在南方，着名的涅盘学者很多，梁代宝唱等所撰的《大般涅盘经集解》为南朝涅盘学说的集大成之作，其中收录了宋齐梁时僧亮、宝亮等十多家涅盘师说，从中可见当时南方研习《涅盘经》盛况之一斑。北方的涅盘师，则有慧嵩、道朗等。慧嵩作《涅盘义记》，道朗作《涅盘义疏》，阐发《涅盘经》的奥旨，推进了北方涅盘学的盛行。特别是道朗，提倡以非真非俗的中道为佛性，成为北方涅盘师的重要代表。其他如昙准、昙无最、圆通、道安、道凭等，也都以研习《涅盘》而知名。另外，当时的成论师、地论师等，也大都兼善涅盘学。
南北涅盘师曾围绕着《涅盘经》中有关佛性的问题展开过长期的争论，并形成多家异说。隋吉藏在《大乘玄论》卷三中曾将他以前的各种佛性学说归纳为十一家，再加上他自己所赞同的，共列出对佛性的解释有十二家之多。涅盘学至梁代而达极盛，入陈以后，由于三论学、唯识学的渐兴而趋衰微，但至隋代仍有这方面的研究和争论。
摄论学派 摄论学派是以研习弘传真谛所译的《摄大乘论》而得名的佛教学派。《摄大乘论》为古印度无着所造，是瑜伽行派的重要代表作之一。它比较集中地阐述了瑜伽行派所主张的唯识学说，特别是对三性说和阿赖耶说等作了细致的论述，奠定了大乘瑜伽行派的理论基础。《摄大乘论》传入我国后，最早由北魏佛陀扇多译出，但未得广传。真谛在重译此论的同时，还首译了世亲的《摄大乘论释》，系统介绍瑜伽行派的唯识学说，在中土形成了摄论学派。
其主要理论是在第八识“阿梨耶识”之外另立纯粹清净的第九识“阿摩罗识”，肯定人人皆有佛性。真谛门下的慧恺、道尼、法泰等均大力弘传真谛的摄论之学。
法泰曾协助真谛翻译《摄大乘论》，真谛以后，屡讲《摄论》，但并不为时人所重。
曾从其受学的靖嵩弘传摄论，却知名一时。其弟子智凝、道基等，都有《摄论》的章疏传世。另有昙迁一系，也盛弘真谛《摄论》之学于北方。至唐代时，玄奘重译《摄大乘论》，视“阿摩罗识”为转染成净的第八识而非另有第九识，并将《摄大乘论》作为瑜伽行派的典据之一而并不独尊，从而使摄论学派趋于衰歇。
成实学派 成实学派是研习并弘传《成实论》的佛教学派。《成实论》的作者诃梨跋摩，原为印度说一切有部的僧人，后受大众部的影响而着此论批判有部的理论。“成实”，意为成立“四谛”真实的道理。其主要思想是人法两空，反对说一切有部“诸法实有”的观点，并在有部对世界万法分析的基础上提出了“五位八十四法”。此论被认为是由小乘向大乘空宗过渡的重要着作，也有人称此论为“小乘空宗”的论典。鸠摩罗什为助初学佛者而译出此论后，其门下刘宋僧导和北魏僧嵩对此深加研究并作注疏，此论遂成为南北朝时期最流行的佛典之一。僧导在寿春（今安徽寿县），僧嵩在彭城（今江苏徐州），分别形成了成实学派的南北两大系统，世称寿春系和彭城系。南方着名的成实论师有宋代的昙济、道猛、僧钟等，齐代有慧次和僧柔。至梁代，成实学趋于大盛，“梁代三大家”智藏、法云和僧旻，皆为着名的成实论师。陈代的成实论师明显减少，但出现了值得重视的变化，即发挥《成实论》的“新”义，有所谓“新成实论师”之称，其代表人物有智皭及其弟子智脱。北方着名的成实论师有僧嵩的弟子僧渊，僧渊的弟子昙度、慧纪、道登，另外还有慧嵩、灵珣、道凭、道纪等，都知名于一时。
成实师讲《成实论》，或兼弘“三论”，或调和《涅盘》，曾对各家学说产生过广泛的影响。到隋代吉藏创三论宗，判《成实论》为小乘后，成实学派逐渐衰微。唐代唯识学兴起，成实学虽仍有余波，但学派已不复存在。
地论学派 地论学派是研习并弘传《十地经论》的佛教学派，为北朝所特有，且对北朝佛教影响最大。古印度世亲的《十地经论》原是对《华严经·十地品》所说菩萨修行的十个阶位（十地）和教义作的解释，由于它特别发挥了“三界唯心”和“唯识”等理论，因而成为瑜伽行派早期的代表作之一。译出此论的北魏僧人菩提流支和勒那摩提对论中所论的“阿梨耶识”和佛性的解释各不相同，其徒遂分为地论学派的南北两道，佛教史上称其为相州南道和相州北道。
相州南道和相州北道曾围绕着当常、现常（即佛性的本有、始有）问题进行过长期的争论，并在判教问题上有过四宗五宗之争。
地论学派的南北两道，以南道为盛。北道道宠门下着名的地论师有僧休、法继、诞礼、牢宜、儒果、志念等，但除志念外，其他人的情况都没有记载流传下来。有关《地论》方面的着作，现也几乎无存。南道慧光所传的《地论》之学，在当时北方就是一代显学。慧光门下知名者极多，最突出的有法上和道凭等。