印度佛教与儒家和道家等为代表的中国传统思想文化属于不同的思想体系，它们的宇宙观、社会观和人生观等都有很大的不同，佛教与中国本土的宗教信仰也有着很大差异。因此，当佛教传入中土后，社会上许多人对外来的佛教表示出种种的疑虑，有的甚至对佛教在中土的传播持强烈的反对态度。这是不同的文化接触与碰撞伊始必然出现的情况。佛教要在中土扎根，就必须从根本上打消人们的种种疑虑。成书于东汉末三国时的牟子的《理惑论》就集中反映了佛教初传中土而引起的种种疑虑及反对意见，同时以佛教为基点而提出了最早的儒佛道三教一致论。《理惑论》采用了问答的形式，问者代表当时社会上对外来佛教表示怀疑和反对的人，牟子则站在佛教的立场上作答。
问答主要集中在对佛、佛教教义和佛教的出家修行生活等三个问题的看法上。牟子在回答中广泛引证老子、孔子等人的话语来为佛教辩护，论证佛教与传统儒、道思想并无二致，努力弥合外来佛教与中国传统文化的差异。如果实在难以弥合，就强调三教虽然表现形式不同，但在本质上都是一样的，都有助于王道教化，有助于社会的安定和人生的幸福。牟子《理惑论》提出的佛道儒三教一致论，不仅迎合了生活在痛苦之中的芸芸众生的心理渴求，而且在一定程度上打消了人们对外来佛教的拒斥心理。这也从一个侧面说明，佛教是非常懂得“随乡入俗”的重要性的，为了要在中土扎根、传播和发展，就必须与中国传统的宗教观念、社会伦理和思辨哲学相适应。为此，佛教有时甚至不惜改变自己以迎合中土文化的特点和中土人士的心理需求，以争取王公贵族的支持和民众的容受。三教一致论的提出，为佛教在两晋时的广泛传播提供了思想基础。而两晋时玄学的盛行，则直接为佛学在中土的广泛传播提供了契机。正是在众多因缘的和合下，佛教最终得以正式登上了中国学术思想的舞台。
佛学登上中国学术思想舞台是通过依附并吸收融合传统儒道思想进行的，魏晋佛学对儒道思想的吸收和融合，以及对三教一致的论述，是中国佛学圆融精神的最初体现。而《维摩诘经》的翻译则为中国佛学沟通传统文化的入世趋向提供了经典依据和思想前提。
２．玄佛合流与六家七宗
两晋时期，社会动荡不安。“八王之乱”、五胡十六国的大混战，在给百姓带来深重灾难的同时，也为佛教的进一步传播提供了良好的土壤。两晋时佛教的规模较之以前有了很大的发展。据唐法琳的《辩正论》卷三的记载，西晋时两京（洛阳、长安）共有寺院一百八十所，僧尼三千七百余人。东晋时则有寺院一千七百六十八所，僧尼两万四千人。这虽是后世的记载，数字不一定十分可靠，但两晋时期佛教在社会上的流传已相当普遍，这却是事实。两晋时佛教的译经也比以前有了较大的发展，不仅内容广泛，包括了大小二乘，空有两宗，经律论三藏，还有禅经和密教经典等，而且，数量也大大增加。这个时期最重要的译经大师有竺法护和鸠摩罗什等。
在思想文化领域，两晋时由于老庄玄学盛行，清谈玄风大畅，因而为佛学的兴盛提供了契机。汉末支谶传入的大乘般若学以假有本无（性空）来论证发挥“一切皆空”的思想，既适应了当时社会上人人朝不保夕、普遍关注个人的生死祸福等问题的精神需要，也与当时社会上流行的谈无说有的老庄玄学有相契合之处，“故因风易行”（道安语），并与玄学合流而蔚为一代显学。当时的佛教般若学者，往往同是清谈人物，他们兼通内外之学，尤其熟悉老庄玄学。僧人的立身行事，言谈风姿，皆酷似清谈之流，像活动于江浙一带的着名僧人支遁，不仅以般若“即色义”来贯通禅法，而且引般若佛学来发挥庄子逍遥义，即为当时的清谈名士所推崇。名僧名士，志趣相投，风好相同，这在客观上推动了佛教依附于玄学而得以大兴。于是，社会上出现了盛行一时的“玄佛合流”思潮，佛教般若学在玄学的影响下逐渐形成了众多的学派，其中主要的就是所谓的“六家七宗”。“六家”指本无宗、即色宗、识含宗、幻化宗、心无宗、缘会宗。
后其中的第一家分为本无和本无异二宗，故称“七宗”。
六家七宗虽然从不同的侧面对佛教般若学的“空”义有所理解，却都未能准确而全面地加以把握。其较为普遍的倾向有二：一是割裂有和无，将有无对立起来，离开假有来谈空，不懂得从非有非无中来把握空义；二是在否定万法的同时保留了对“心识”、“心神”的肯定。这显然是受到传统思想中老庄玄学谈无说有和灵魂不灭等宗教观念的影响。六家七宗在两晋时出现，既是传统思想，特别是玄学影响的结果，同时也反映了当时中国佛教徒对般若思想的探索和企图摆脱对玄学的依附而建立自己的思想体系的尝试。
在玄佛合流的思潮中，一批中国佛教学者脱颖而出，标志着佛教在中国的发展进入了一个新的历史时期。一代高僧道安及其高足慧远就是当时崛起的中国第一代佛教学者中的佼佼者，他们都是东晋时期着名的佛教学者，先后成为当时佛教界的领袖人物。道安对中国佛学的发展影响甚大，他不仅在组织佛经的翻译、整理和介绍等方面作出了十分重要的贡献，而且集汉魏以来小乘禅学和大乘般若学这两大系思想之大成，并培养了许多弟子。他的着名弟子慧远长期高居庐山之上，聚徒讲学，培养弟子；撰写文章，阐发佛理；组织译经，弘律传禅；建斋立寺，倡导念佛。其所着《沙门袒服论》、《沙门不敬王者论》等文，努力调和佛法与名教的矛盾，为佛教赢得了统治者更多的支持。他还通过与关中鸠摩罗什的往来，促进了南北佛教的学术交流。东晋以来佛教的兴盛与江南佛教的流行，与慧远等人的努力是分不开的。
两晋时期玄佛合流与六家七宗的形成，客观上促进了中国佛学对老庄玄学自然精神的吸收和融合，到唐代惠能禅宗从心性论、修行观、境界论广泛吸收融合道家自然观念，中国佛学的自然精神即得到了充分的体现。
３．罗什关中之学
如果说道安、慧远等人的弘法传教对佛教的理论学说正式登上中国学术思想的舞台起了巨大的推动作用，那么，鸠摩罗什及其弟子则以译经和对佛理的阐发，为中国佛学的发展及其特点的形成奠定了重要的理论基础。
鸠摩罗什，略称罗什，祖籍天竺，生于龟兹，精通佛教大小乘经典，名闻西域诸国。后秦弘始三年（４０１年），后秦主姚兴将其迎至长安，待以国师之礼，并使沙门八百多人前往受学，协助译经。姚兴自己也曾亲临听讲，甚至参与译校佛经。在最高统治者的支持下，长安形成了一个以罗什为中心的庞大的佛教僧团，沙门自远而至者多达三五千人。
罗什在长安的十多年时间里，共译出佛经三十余部三百余卷，其中重要的有《法华经》、《维摩经》、《阿弥陀经》、《坐禅三昧经》、《十诵律》、《梵网经》、《金刚经》、大小品《般若经》和“四论”（即《中论》、《百论》、《十二门论》、《大智度论》）等。这些经论的译出对中国佛学产生了极其重大的影响。罗什译经，仍然承汉魏以来的传统，在译经同时便行开讲，因此，他在译经过程中培养了一大批弟子，形成了在中国佛学史上具有重要地位的关中学派。
罗什译经虽多，但他所宗则为般若三论之学，即用“非有非无”的“毕竟空”来破斥一切执着，这也成为关中学派的主要理论特色。罗什基本上是一个“译而不作”的译师，他所译介的般若三论之学之所以能在中土产生广泛而深远的影响，全赖其弟子们的努力。在其众多的弟子中，最着名和最有影响的有僧叡、僧肇和竺道生等，他们都对中国佛学的理论建设作出过巨大的贡献。
僧叡的佛学思想主要继承了罗什所传的般若三论系的学说。他在罗什门下多年，是罗什译经的主要助手，担任笔受和参正者，曾实际参与了《般若经》
和“三论”的翻译与修订，因而对中观般若思想有比较全面而准确的认识，并结合自己对佛教“唯心”观点的理解而有自己独到的体悟。同时，他也十分关注佛教解脱的主体，亦即佛性问题，并努力把涅盘佛性与般若性空结合起来理解，为中国佛学的重心逐渐由般若性空过渡到涅盘妙有提供了理论依据。涅盘佛性论后来经“涅盘圣”竺道生的倡导在南北朝时作为“显学”而盛极一时。
晋宋以后，中国佛学的一大特点就是对空、有思想的融会，般若学与佛性论逐渐作为中国佛学的两大理论主干，同时渗透到了佛教各派的理论学说中去，这与僧叡等人的努力是分不开的。
罗什的另一个弟子僧肇，是罗什众多弟子中佛学造诣最出类拔萃者。他借助于罗什译出的经论，着《般若无知论》、《不真空论》和《物不迁论》等，以“非有非无”的哲学思辨，比较完整而准确地阐发了般若性空学说，不仅克服了六家七宗时代般若学解空的种种局限性，而且在融会中外思想的基础上围绕着般若空义构建了中国佛教史上第一个比较完整的中国化的佛教哲学体系，把般若学说在中土的发展推到了顶峰，为佛学结束对传统思想的依附而走上相对独立发展的道路作出了重要的贡献。隋唐时的吉藏正是在继承罗什、僧肇之学的基础上创立了中国佛教宗派“三论宗”。
竺道生是晋宋时期的着名佛学家，他曾与僧肇、僧叡等人一起协助罗什译经，成为罗什的高足之一。他对毗昙、般若和涅盘三学都有研究，尤精涅盘，是南方涅盘佛性论的主要代表人物。竺道生为学能够领宗得意，彻悟言外。他根据自己的体悟而提出的“顿悟成佛”等新说，曾在当时的佛教界引起了激烈的争辩，他的一阐提人皆得成佛说，更是在佛教界掀起了轩然大波。他在精通般若空义的同时，又用这种空的学说去融会贯通涅盘佛性“有”的理论，在中国佛学重心由般若之真空转向涅盘之妙有的过程中，成为开风气的重要人物。
禅学与玄学化的般若学相结合是魏晋佛学的重要内容。禅学经过与玄学化的般若学相结合，摆脱了早期小乘禅学形式化的倾向，突出了主观精神的修炼，注重般若的空观。同时，由于魏晋般若学的老庄化倾向，也使这个时期的禅学打上了老庄玄学的烙印。魏晋佛教禅学与般若学及老庄玄学的融合，对后世中国佛学的发展具有导向作用，对中国佛学圆融精神的形成具有重要意义。魏晋后期，适应中土社会文化环境的需要，涅盘佛性论逐渐引起思想文化界的关注，中国佛学的重心逐渐由般若真空转向涅盘妙有，融合空有成为中国佛学发展的主旋律。中国佛学关注现实社会、现实人生的人文精神，以及对内融合佛教不同思想学说、对外吸收融合传统儒道思想的圆融精神初步孕育成形。
三、南北朝佛教学派
东晋以后，中国社会经历了一百多年的南北朝分裂时期。由于社会动荡，战乱不止，政权交替频繁，百姓苦难深重，因而为佛教的传播和发展提供了良好的土壤。这个时期，在帝王的直接支持下，佛教寺院和僧尼激增，僧官制度得到了确立，寺院经济有了很大的发展，随着大量经论的进一步译出，对佛典的研究也日益深入，并逐渐形成了许多以弘传某一部经论为主的不同学派。
由于南北社会政治条件的不同，地域文化传统的差异，因而南北佛教也形成了不同的特点和学风。
１．南北佛教的不同特点
魏晋以来，北方战乱不止。随着晋王室的南迁，一大批文人学士和义学沙门也相继南渡，学术重心逐渐南移。到南北朝时，由于南北政治、经济和文化的不同，更促使南北佛教呈现出了不同的特点。
南朝宋齐梁陈各代皇帝，大都崇信并提倡佛教，其主要目的乃是希望“神道助教”，“坐致太平”，因此，他们或设斋供僧，或修建寺庙，或资助译经，或学习佛理，对佛教给予了多方面的支持。在帝王的支持下，南朝时继续译出了大量佛典。据《大唐内典录》的有关记载，南朝共有译者六十八人，译出佛经三百八十七部，一千九百六十三卷；而据《开元释教录》，则有译者四十人，共译出佛经五百六十三部，一千零八十四卷。这个时期最重要的译者有晋末宋初的佛陀跋陀罗及稍后的求那跋陀罗，还有梁代的真谛。佛陀跋陀罗所译的《大方广佛华严经》和《大般泥洹经》、求那跋陀罗所译的《胜曼狮子吼一乘大方便方广经》和《楞伽阿跋多罗宝经》及真谛所译的《摄大乘论》等，从不同的方面为南朝佛教的持续发展提供了理论基础。
从总体上看，南方佛教继承了东晋以来玄学化佛教的传统，偏重玄远的清谈与义理的探讨，在帝王的直接倡导下，讲论佛法成为时尚。因此，围绕着涅盘佛性义、真俗二谛义、神灭与神不灭等，当时都展开过激烈的论争，般若三论等学说也十分流行。这反映了南方佛教既摆脱了魏晋佛教对于玄学的依附，走上了相对独立的发展道路，却又仍然深受魏晋以来清谈之风的影响。