利益冲突、目标冲突、观念冲突，这是产生渠道冲突的三大根源。
利益冲突是最根本、最敏感、最难于调和的矛盾和冲突，因为每个组织或成员都是独立的经济利益体。尤其是在总体资源有限的情况下，往往一个群体的获益只能通过牺牲其他群体的利益为代价，由于牵涉利益冲突，总是体现为群体间的直接对抗。比如，渠道产生的费用由谁支付或者怎么分担，就会直接关系双方利益，可能产生冲突；又如，某连锁企业开业，是由经销商负责还是厂家直接管理，又会产生渠道势力范围的冲突。
因为渠道成员利益出发点不同，因此在营销渠道运作中，会对同样一个事情存在感知差异，其实质是价值观、利益观的差异。比如，在旺季促销折扣时，生产厂商可能觉得3%的折扣应当是合适的，因为该折扣率已经占到生产厂家销售毛利的20%，但作为购买者的经销商或零售商则觉得3%的折扣太低，不能充分弥补他们在组织商品销售中所付出的宣传和促销费用。反过来，生产厂商可能认为分销商在商品销售中的宣传和促销都是分销商应该做的，费用不能由厂家的来负担。这里可以看到，生产厂家与分销商就商业折扣率高低的决策存在不同的意见。这样的观点差异也是一种冲突，它将影响其中一方参与合作的积极性。
每一个渠道成员都是独立的经济实体，都有各自不同的利益目标。如代理商的目标是希望厂家有更多的存货支持、更多的促销广告支出、更高的佣金；而零售商的目标则是更高的毛利、更快的周转、更低的促销支出。当厂家与商家的目标值超出对方可接受的范围时，就会产生不和谐，冲突就有可能产生。
广州某企业集团公司在上海有一家经销商，生意做得相当不错，该企业的罐头食品在上海市场每年的销售额达到600万元。经销商对此业绩很满意，但厂家有些不满，因为该企业拳头产品“鲮鱼罐头”出厂价6.8元，但在上海的超市零售价卖到12.8元，厂家认为经销商加价太高，影响销售量，而经销商不以为然，感觉这个销量可以了，主要是有丰厚的利润可赚。厂家多次要求经销商调低渠道加价率，以便进一步提高销量和市场占有率，但经销商不从，由此产生冲突。
问题出在哪里呢？经销商追求的是“利润”，厂家更关注“销量”，由于目标不同故很难一致。
再如，生产企业希望占有更大的市场，获得更多的销售增长额及市场份额，因而希望分销商薄利多销，但大多数经销商、零售商追求的是利润最大化，不赞同薄利多销，往往加上较高的毛利，而价格高则会影响销量；制造商希望中间商只销售自己的产品，但中间商只要有钱赚就不关心销售哪种品牌；制造商希望中间商将折扣让给下游买家或消费者，而中间商却宁愿将折扣留给自己；制造商希望中间商为它的产品做推广，而中间商则要求制造商负担广告费用。同时，每一个渠道成员都希望自己的库存和资金少占用一些，都希望对方多付一些。如此种种，因目标不一致的渠道冲突在所难免。
由于渠道成员对经济形势的预测、市场发展、客户经营效果的预期不同，也会导致冲突。例如，制造商预测近期经济形势比较乐观，希望分销商经营高档新产品，但分销商对经济形势的预期却并不乐观，拒绝销售高档商品，而主要销售传统中档产品。又如，经销商可能认为厂家所定的销量目标过高，导致自己无法获得期望的返利额而不满，而厂家则认为经销商对目标的重视和努力程度不够，因此对经销商采取惩罚性措施。
还有很多冲突是由于非利益因素而引起的，如渠道成员的固执己见、误解、沟通渠道不畅，等等。一旦在观念上产生了冲突，调和起来就相当困难了。利益上的纠纷可以通过谈判来解决，而群体间如果观念上有分歧，短期内是很难愈合的。比如，对目标市场的开拓或产品推广，厂家希望采用“人海战术”，利用促销员在终端进行强力推广，配合特价或抽奖等方式进行，比较节约费用，但经销商可能觉得那样影响小、效果不好又烦琐难以操作，主张采用在小区域投入广告的方式推广，这样当然省事，但费用较高，厂家不乐意。
战术解说
渠道成员之间的有效沟通对于保证渠道合作、减少渠道冲突具有重要的作用。不少渠道成员之间的信息传递存在障碍，或者非常迟缓，有的信息内容不清晰，甚至出现发布虚假信息的情况，导致沟通障碍，从而导致渠道行动不协调的情况，影响渠道效率。