脂肪肝的诊断主要依靠病史、临床表现和实验室检查，特别是B超和CT，但确切的诊断还是有赖于肝的活体组织学检查。对于脂肪肝的诊断可遵循以下原则：首先应根据B超、CT或MRI等影像学结果判断是否有脂肪肝；其次根据实验室检查及肝活体病理组织学检查判断是单纯脂肪肝还是脂肪性肝炎；第三，需要详细询问病史，有无饮酒、糖尿病、高血脂及药物或毒物接触史，体重如何，从而明确病因；第四，脂肪肝的诊断应排除其他疾病，如HCV（丙型肝炎病毒）感染、Wilson病（常染色体隐性遗传性疾病）、血液病及自身免疫性肝炎。非均匀型脂肪肝还应与占位性病变相鉴别。
1.影像学诊断影像学是诊断脂肪肝的重要而实用的手段。脂肪肝B超检查可见肝实质呈微细致密的强反射光点，深部组织回声减弱；超声波对重度脂肪肝的诊断率达95％；CT扫描示肝脏密度比其他脏器（如正常脾脏、血管）低下，一般认为其准确性优于B超。有专家对根据CT和B超判断脂肪肝程度的准确性进行了比较，以CT值为标准的正确率为65.9％，而以B超为标准的正确率为93.1％。一般认为MRI对于脂肪肝的诊断价值较小，且价格昂贵，但其对于显示肿瘤与血管的关系，可能有助于鉴别诊断。
2.病史与实验室检查
（1）病史：脂肪肝无特异性症状。约半数患者无明显自觉症状，部分患者有易疲劳、食欲降低、腹胀、肝区不适或隐痛、恶心、嗳气等症状；患者可能有长期饮酒史或患有糖尿病、肥胖、营养不良及中毒性肝损伤等病史；部分患者可触及肝大，并可有轻度压痛。
（2）实验室检查：可有血浆球蛋白变化，特别是α1、α2及β脂蛋白增高，血清GGT、ALT、AST活性轻度增高或正常。但这些均为非特异性的变化。
有人经常问为何脂肪肝患者的肝功能异常？这是因为脂肪肝是多种原因引起的脂肪组织在肝细胞内堆积的一个综合征。由于肝细胞内脂肪过度地堆积，引起肝细胞的代谢障碍，继而损伤肝细胞，使肝细胞发生坏死而引起肝功能异常，表现为谷丙转氨酶和谷草转氨酶轻度升高，但很少超过正常值的4倍。脂肪肝也可引起胆红素和碱性磷酸酶的升高，随着脂肪肝的好转，转氨酶、胆红素及碱性磷酸酶也逐渐降至正常。
3.肝活体组织学检查诊断获取肝组织进行组织学观察，可对脂肪肝做出确诊。肝组织病理学检查对于明确诊断和判断病变程度、了解病因、估计预后均十分重要。在组织学上将脂肪肝分为轻、中、重3级，脂肪变性的肝细胞轻度占30％～50％，中度占50％～75％，重度占75％以上。