对于各游击区的留守人员和武装，国民党是不能容忍的，他们想方设法“消灭”之，决定“除新四军收编者外，其余残匪应继续搜剿”。但是各游击区克服种种困难，制定了正确的工作方针和斗争策略，在中共中央的领导下，顽强地坚持下来，工作得到很大发展。有些游击区一直坚持到1949年全国解放。
（三）新四军开赴敌后战场
新四军军部移驻南昌后，立即组织南方各省游击区红军游击队的改编，人事调整，装备补充以及确定集中的时间、地点和路线。为了便于开展抗日民族统一战线工作，接洽红军游击队改编的具体事宜，根据中共中央的指示，各游击区和国民党当局商定，在南昌、福州、龙岩、温州、上饶、赣州、池江、吉安、景德镇、瑞金、莲花、平江、七里坪等地，设立新四军的办事处或留守处、通讯处。这些机构是各地区共产党的对外联络机关，一方面联络和帮助红军游击队集结下山整训、扩军、改编，一方面进行抗日救亡的宣传和组织工作。在中共中央和新四军军部等指示和领导下，各游击队的改编和整训工作进展顺利，抗日宣传工作搞得轰轰烈烈。
1938年1月15日，中共中央长江局复电项英，同意部队立即向皖南集中。2月14日，叶挺与陈毅、李一氓同去第三战区长官部驻地皖南屯溪，向顾祝同交涉新四军集中驻地及增加经费等事项。根据商议的意见，各地由红军游击队改编而成的新四军部队陆续开赴歙县岩寺集中。2月20日，国民政府军事委员会正式发布命令，要求新四军集中皖南歙县岩寺整训。
为了完成集中整编和整训的任务，军部命令新四军各支队分头并进，兼程前往，赣粤边、浙南、闽西南、湘南、闽粤边等地的游击部队向岩寺集中；江北鄂豫皖及鄂豫边游击队分别向合肥、舒城、无为地区集中。为了迅速集中部队开往前线抗战，东南分局派陈毅到皖浙赣动员部队并传达分局给他们的指示；项英与曾山到湘赣、赣粤边等地，传达分局指示和集中部队开往前线；派张云逸到闽赣、闽东及闽西南集中部队，并委托闽西南派来的温仰春及闽北黄道、闽东叶飞回去传达中央及长江局与东南分局给他们的指示；2月28日又派曾山往浙南游击区刘英处，动员部队与传达东南分局给他们指示。由于各个游击区的游击队都经过系统的思想政治教育，已经充分理解了党的抗日民族统一战线政策，因此对于军部要求迅速集中的命令，都能较好地执行。
经过一个多月的行军，各支队于1938年三四月间，分别到达歙县岩寺和皖北霍山县的流波疃。军部亦于4月4日由南昌迁往岩寺。
在新四军组建工作中，叶挺军长和项英副军长殚精竭虑，作出了重大贡献。叶挺在《纪念新四军成立三周年》一文中，谦逊地写道：“特别项英同志，起着领导的决定的作用。所以我明知道有很多困难而为了促进团结，想对于国内团结与抗战，尽我自己的力量，我接受了我现在的职务（新四军军长）。”陈毅曾说：叶挺同志是过去北伐时期老四军的领导人，没有叶军长出来调停奔走，会增加成立新四军的困难，叶军长为本军的保持发展，尽了最大的力量，这是叶军长的功绩。陈毅评价项英说：项副军长“以其历史地位在全党的威信，使南方七、八省游击队造成铁的力量。以后跟叶军长合作，使改编成功，这就是本军成立的关键”。
南方8省14个地区的红军游击队改编成新四军，这是党的抗日民族统一战线在南方实现的一个重大成果。根据国共双方达成的协议，设立了新四军驻南昌办事处。黄道任办事处主任。在福州、龙岩、崇安、宁德、大余、池江、赣州、思顺、吉安、黄岗、慈化、铅山、景德镇、瑶里、修水、都昌、婺源、袁州等地，也设立了新四军办事处、留守处或通讯处。留下了一些领导干部和武装。这些办事机构，在当地党组织的领导下，以公开合法的身份，在国民党统治区开展抗日救亡活动，恢复和发展党的组织，保卫群众既得利益，抚慰烈军属，营救被捕同志，保持前方与后方的联系，为新四军动员补充兵员，发动群众支援前线，领导群众同国民党顽固派进行反摩擦斗争，为抗日民族解放事业作出了重要贡献。
至此，南方八省红军游击队，结束了三年艰难的游击斗争，从深山密林里走出，汇集成抗日的铁流，高举起新四军的旗帜，高唱着抗敌战歌，奔赴大江南北的抗日前线，开创了抗日战争的新局面。
位于江西省南昌市三眼井的新四军军部旧址。
（1938年1月—5月）
红军游击队集结地区
参加南方三年游击战争的部分干部于江西南昌合影。前排左起：×××、黄道、项英、陈毅、叶飞；后排左起：李步新、曾昭铭、温仰春、沈冠国、顾玉良；前排右一为中共中央派到新四军工作的张云逸。
1938年3月，到闽浙边传达中央指示的曾山与浙南坚持3年游击战的部分同志在平阳山门街的合影。
红军游击队开进路线
游击区域
陈丕显：《赣粤边三年游击战争·赣粤边游击区》，第215—216页；刘建华：《难忘的三年》，《赣粤边三年游击战争·赣粤边游击区》，第284页。
陈丕显：《赣粤边三年游击战争·赣粤边游击区》，第219页。
杨尚奎：《艰难的岁月》，《星火燎原》第4辑，第194页。
《杨尚奎关于赣粤边三年游击战争情况给中共中央的报告》（1940年2月），《赣粤边三年游击战争·赣粤边游击区》，第143页。
《闽西南军政委员会关于和国民党谈判情况及游击队改编问题给张云逸、南委的报告》（1937年9月12日），《南方三年游击战争？闽西游击区》，第259页。
张鼎丞、邓子恢、谭震林：《闽西三年游击战争》，《星火燎原》第4辑，第230页。
《中共南委代表关于往赣粤边游击区联络的情况给中共南委的报告》（1937年10月），《南方三年游击战争·赣粤边游击区》，第57—58页。
张鼎丞、邓子恢、谭震林：《闽西三年游击战争》，《星火燎原》第4辑，第230页。
李珊：《对湘赣边三年游击战争的回忆》，《回忆湘赣苏区》，第204页。
④刘建华：《难忘的三年》，《赣粤边三年游击战争·赣粤边游击区》，第284—285页。
1938年1月5日，中共闽浙边临时省委在浙江省平阳县山门街畴溪小学，创办了闽浙边抗日救亡干部学校。干部学校旧址。
《陈绍禹、周恩来、叶剑英关于何应钦已核定新四军编制致毛泽东电》（1938年1月8日），《新四军文献（1）》，第70页。
刘勉玉：《中央苏区三年游击战争史》，第210页。
刘勉玉：《中央苏区三年游击战争史》，第208页。
《访问周恩来》，转引自刘勉玉：《中央苏区三年游击战争史》，第209页。
《中央关于南方各游击区工作方针的指示》（1937年10月1日），《南方三年游击战争·综合篇》，第424—425页。
《张闻天、毛泽东关于速电项英来中央致秦邦宪、叶剑英电》（1937年10月2日），《新四军文献（1）》，第41页。
《张闻天、毛泽东关于速派人传达党对游击队的改编方针致张文彬电》（1937年10月3日），《新四军文献（1）》，第43页。
④《秦邦宪、叶剑英、董必武对南方游击队集中改编的建议》（1937年10月8日），《新四军文献（1）》，第46—47页。
《张闻天、毛泽东关于叶挺指挥闽粤边游击队诸问题致潘汉年等电》（1937年10月15日），《新四军文献（1）》，第51页。
《张闻天、毛泽东询问新四军隶属关系及叶挺情况致秦邦宪、叶剑英电》（1937年10月19日），《新四军文献（1）》，第53页。
《秦邦宪、董必武、叶剑英关于叶挺声明完全接受党领导致张闻天等电》（1937年10月21日），《新四军文献（1）》，第54页。
《张闻天、毛泽东关于南方游击队集中改编的有关问题致秦邦宪等电》（1937年10月30日），《新四军文献（1）》，第56页。
《毛泽东关于叶挺已到延安致周恩来电》（1937年11月3日），《新四军文献（1）》，第57页。
《叶剑英、李克农关于叶剑英、叶挺见蒋介石情形致林伯渠、秦邦宪电》（1937年11月21日），《新四军文献（1）》，第60页。
《抗敌》1940年第二卷第五期。
《中共中央东南分局关于两个月来工作情况和目前工作意见的报告》（1938年3月25日），《新四军文献（1）》，第91页。
《何成浚就高敬亭、傅秋涛部后方留守机关的处置问题给蒋介石的报告》（1938年3月14日），《南方三年游击战争·综合篇》，第1459页。
《国民政府军事委员会就处置红军游击队留守人员问题给何成浚的复示》，（1938年3月），《南方三年游击战争·综合篇》，第1460页。
项英：《新四军的昨天和今天》（1938年6月15日），《新四军文献（1）》，第99页。
项英给党中央作了《三年来坚持的游击战争》的报告，主要陈述了原中央苏区和赣粤边游击战争的情况和经验教训。同时汇报了南方红军游击队改编为新四军的筹备情况。项英的报告为中共中央了解南方游击区，全面考虑南方游击队改编问题提供了重要的依据。
《中共中央东南分局关于两个月来工作情况和目前工作意见的报告》（1938年3月25日），《新四军文献（1）》，第89—90页。