由此可见，这段时期中共中央的态度是将五分之三的游击队编为新四军，受八路军节制；有条件地同意叶挺任军长，并提出了中共方面的新四军领导人选，决定由项英任副军长，陈毅或刘英为参谋长。
叶挺于11月3日到达延安，向中共中央面陈有关新四军的组建工作。叶挺受到了党中央和毛泽东等人的亲切接见。毛泽东向他说明共产党掌握人民军队的必要性以及抗日民族统一战线的原则性，并询问叶挺是否愿意恢复党籍。叶挺考虑到无党派的身份便于他与国民党交涉，调解国共两党矛盾，向蒋介石要军费，不恢复党籍对党更有利。但毛泽东等人的真诚使叶挺深受感动，当即明确表态，“表示在党的组织外，但愿在党领导下进行工作。”项英按照中共中央书记处的指示，于11月7日到达延安，与叶挺会面，一起商议了新四军组建的具体问题。
叶挺的表现使中共中央打消了对他的疑虑，同意叶挺作为新四军的军长。11月6日，毛泽东就新四军编制与领导干部配备问题致电博古，决定新四军隶属八路军，编两师四旅八团，拟定项英为副军长，陈毅为政治部主任，周子昆为参谋长。军队暂驻武汉，南昌、福州设办事处。毛泽东同时还决定第一步把新四军军部设在南昌。
11月中旬，叶挺从延安回到武汉，开始着手筹建新四军军部。11月21日，叶挺与叶剑英等在南京会见了蒋介石，就新四军组建的具体问题进行商谈。蒋介石申明：各游击队不能照八路军的办法进行改编，延安提出的干部名单不能同意，反对游击队留在江南一带。叶挺强调将南方游击队开到前方打日本才是主要问题，可以增加抗日力量，其他为人事问题容易解决。蒋介石不同意叶挺的看法，甚至威胁叶挺说：“你不是共产党，将来你有性命危险。”叶挺提出增加军费，蒋不同意，叶挺气愤地向蒋介石提出辞职，蒋不允，要叶挺与陈诚商量，后来军费由6.5万元增加到9万元。
此时，项英仍然留在延安。12月7日，项英给党中央作了《三年来坚持的游击战争》的报告，主要陈述了原中央苏区和赣粤边游击战争的情况和经验教训。同时汇报了南方红军游击队改编为新四军的筹备情况。项英的报告为中共中央了解南方游击区，全面考虑南方游击队改编问题提供了重要的依据。13日，中共中央政治局作出了《对于南方游击区工作的决议》，对南方三年游击战争给予高度评价。
12月14日，毛泽东、项英联名就新四军编制及领导人选等问题致电叶挺，认为新四军原则上可照何应钦提议作进一步磋商，各支队以上最好能争取成为两纵队，纵队长——陈毅、张鼎丞；万一两纵队不能成立，则陈毅可改为政治部主任。与此同时，为了加强共产党对新四军的领导，同日，中共中央政治局作出决定，成立中共中央东南分局和中共中央革命军事委员会新四军分会。以项英、曾山、陈毅、方方、涂振农（后增加黄道）为中共东南分局委员，项英为书记，曾山为副书记；新四军分会以项英、陈毅、张鼎丞、曾山、黄道为委员，以项英为主席，陈毅为副主席。
项英在接受党中央的新任务后，于12月23日到达武汉，同叶挺商谈组建新四军的具体事务。他们同各地的红军游击队联系，动员了一批有爱国心的知识分子、医务人员等加入革命队伍。
12月25日，新四军军部在汉口正式成立。
为了尽快落实新四军的主要领导干部人选，项英于12月27日就新四军的编制和主要干部的配备致电毛泽东、张闻天。28日，毛泽东复电项英，同意将新四军编为4个支队和部分干部人选。
经过国共双方的反复协商，中共方面在部队编制、薪饷方面作出了一定的让步，最后同意新四军不隶属八路军，由所在战区管辖，归战区司令长官指导，军以下不设师、旅，直辖4个支队；此外，在南方各地只设立留守处、办事处，部队全部开往前线。而国民党在南方游击队单独改编为一个军、新四军的领导权等问题上也作出了妥协。
1938年1月8日，经国民政府军事委员会总参谋长何应钦正式核定：（1）新四军编为第一、第二、第三、第四共四个支队，每月发给经费15000元及军部经费等每月共16000元；（2）所请以陈毅、张鼎丞、张云逸、高敬亭分任第一、二、三、四游击支队司令一节，准与照委。继而由中共中央提名，经国民党军事委员会核定，任命项英为副军长、张云逸为参谋长，袁国平为政治部主任，邓子恢为副主任。
至此，新四军组建顺利完成，同时也标志着抗日民族统一战线在南方的实现。南方8省14个游击区的红军游击队成为新四军的重要组成部分，新四军的正式组建成为国共两党合作政策的又一重大成果。
1938年1月6日，新四军军部由汉口迁移到南昌，设在三眼井高升巷“张勋公馆”，开始了对各游击区红军游击队的编组和整训工作。
新四军4个支队的编组及其主要领导人的具体情况是：
（1）第一支队由赣粤边、湘鄂赣边、湘赣边、皖浙赣、湘南等游击区的红军游击队编成，司令员陈毅，副司令员傅秋涛，参谋长胡发坚，政治部主任刘炎，下辖第一团、第二团。第一团由湘鄂赣边红军游击队编成，团长傅秋涛兼，副团长张玉坤（先）、江渭清（后），参谋长王怀生，政治部主任钟期光；第二团由粤赣边、湘赣边、皖浙赣、湘南的红军游击队编成，团长张正坤，副团长刘培善，参谋长王必成，政治部主任萧国生。
（2）第二支队由闽西、闽赣边、闽粤边、浙南等游击区的红军游击队编成。司令员张鼎丞，副司令员粟裕，参谋长罗忠毅，政治部主任王集成，下辖第三团、第四团。第三团由闽西、闽赣边的红军游击队编成，团长黄火星，副团长邱金声，参谋长熊梦辉，政治部主任钟国楚；第四团，由闽粤边、浙南的红军游击队编成，团长卢胜，副团长叶道之，参谋长王胜，政治部主任廖海涛。
（3）第三支队由闽北、闽东游击区的红军游击队编成，司令员张云逸兼，副司令员谭震林，参谋长赵凌波，政治部主任胡荣，下辖第五团、第六团。第五团由闽北红军游击队编成，团长饶守坤，副团长曾昭铭，参谋长桂逢州，政治部主任刘文学；第六团由闽东红军游击队编成，团长叶飞，副团长阮英平（先）、吴焜（后），参谋长黄元庆，政治部主任阮英平。
（4）第四支队由鄂豫皖和鄂豫边游击区的红军游击队编成，司令员高敬亭，参谋长林维先，政治部主任萧望东，下辖第七团、第八团、第九团、手枪团、一个直属队。第七团由红二十八军第二四四团第一营和部分便衣队编成，团长杨克志，政委曹玉福，参谋长林英坚，政治部主任胡继亭；第八团由鄂豫边红军游击队编成，团长周骏鸣，政委胡龙奎（先）林凯（后），参谋长赵启民，政治主任徐祥亨；第九团由鄂东北独立团、红二十八军第八十二师特务营编成，团长顾士多，政委高志荣，参谋长唐绍田，政治主任郑重；手枪团由红二十八军手枪团和部分便衣队编成，团长詹化雨，政委汪少川。
此外，由闽中和湘南部分的红军游击队编为新四军特务营。新四军成立时，共辖4个支队10个团（包括手枪团），1个教导队，1个特务营，共有10300余人，6200余支枪。虽然人数不多，但大部分人都经历过艰苦卓绝的三年游击战争，具有丰富的游击战争经验和灵活的统一战线策略，他们革命立场坚定，不怕吃苦，不怕牺牲，是一支久经考验的革命劲旅。在共产党的领导下，新四军成为抗日战争中重要的武装力量。
在各地区红军游击队改编成新四军后，中共中央十分重视南方各游击区的安全和巩固问题，一再强调要保存这些“南方革命运动的重要战略支点”。根据中共中央的指示精神，为了防止国民党当局再次背信弃义，保护红军游击队家属和革命群众的利益，继续开展革命斗争，以及巩固和发展党的组织，做好统一战线工作，开展抗日救亡运动，各游击区都留下了部分领导人和革命武装。
各地留下的主要负责人有，赣粤边：杨尚奎、刘新潮（即刘建华）；闽赣边：刘国兴；闽粤边：何浚；闽西：方方、谢育才；浙南：刘英；闽北：曾镜冰；闽东：范式人；湘鄂赣：涂正坤；湘赣边：谭余保；湘南：周礼；鄂豫皖边：何耀榜；鄂豫边：仝中玉等。各游击区均留有相当枪支，湘赣、闽北、浙江、闽东均有两班人以上，其他特委都留自卫枪支，但未留部队。鄂豫皖边游击区在七里坪一带设立政治宣传部、军官大队及各宣传队、便衣队约共500余人，湘鄂赣边游击区在平江嘉义留有办事处、休养连、修械处、合作社等数百人，并在各地积极活动。