经过了长时期的战乱和动荡，端木蕻良和当时的许多知识分子一样，对于漂泊和流浪已经厌倦了，他们向往和平安定的环境和新生活。怀着这样的心情，端木蕻良在1949年中华人民共和国成立的前夕，满腔热情地回到了中国大陆，并参加了新中国庆祝大典。
回到中国以后，端木蕻良先是谢绝了桂林时代的好友马思聪邀请他前往当时在天津的中央音乐学院任教的机会；又谢绝了王统照邀请他前往山东大学任教的机会，而是接受了他南开中学时代的老同学王松声的建议，留在北京市文联工作。看来，端木蕻良在教职与专业写作之间作选择时还是更倾向于专业写作。据说端木蕻良是这样出现在他的新同事的面前的：他“身穿又肥又大，新买乍做的干部服； 脚上却蹬着质高色亮，尖头刻花港式皮鞋。不洋不土，又洋又土。赵树理一说他的名字，大家惊喜地叫着站起来欢迎，他有点手足无措。开会时还有点拘束，坐在一边点头，捡笑，却不发言。有人请他发言，他说：‘刚回来，听什么都新鲜，很兴奋。先听吧，熟悉了才有话说。’”
由此看来，初来乍到的端木蕻良的举止相当谨慎。新政权对他来说，似乎是既熟悉又陌生。此时此刻的他，也许会联想到自己所经历的那段难忘的临汾—西安时代，那种热火朝天的革命景象似乎再次呈现在眼前，他当然不会忘记丁玲及其他的同志们对自己的非议排斥。虽然丁玲事后对他的评论是他当时未必知道的，但端木蕻良是个聪明人，他不会不感觉到临汾的丁玲并没有把他当成自己人。现在的端木蕻良既不是当年南开—清华时代满腔热情的学生端木蕻良了，也不是临汾时代自由懒散的文人端木蕻良了。自从端木蕻良决定离开香港回到大陆这一时刻，他就决心要再做一次新人。其实这个“新人”的形象是他在心中酝酿已久的，梦寐以求的理想。正如前文所说，早在他的中学时代，他和他的朋友们所创办的第一份杂志就是《新人》。他一直在追寻这个“新人”的形象。但是究竟如何变成一个“新人"呢，这对端木蕻良来说，已经有过一次临汾时代的失败尝试。因此，当他再次进入这个“新人”的国度的时候，他实在是有些手脚也不知道放在哪里的窘迫感。“新人”的概念在端木蕻良的眼睛里是模糊不清的，其实，对每一个新公民来说，这都是一个不大不小的新问题，新挑战。
当然，作为一个新人，端木蕻良又是十分兴奋的。他有了一个新的头衔——北京市文联创作研究部的副部长，他还参加了北京地区的土地改革工作。当时虽然也有人建议他这个“草原之子”回到东北家乡参加土改，但他完全被首都的新气象吸引了，他急迫地想了解这个新成立的共和国。于是这个破落地主的后代，在当时大气候的渲染之下，当年学生时代的革命激情又被激发出来，他兴致勃勃地来到北京郊区南园，深入北京农民的生活，和农民们同吃同住，参加农村的土改运动。后来根据这段生活的经验他写了一个短篇《钟》，说的是以前农民没有时间概念，从天桥买回来了一个会响的钟。结果兴奋过头出了差错，有人就说他是对翻身农民进行歪曲，吓得端木蕻良赶快作了修改。不久，参加了土地改革的端木蕻良，又从农村回到北京市区，前往石景山钢铁厂(现首都钢铁公司)体验生活。以后端木蕻良长期以石景山钢铁厂为生活基地，和工人一起“战高温”，汗流浃背地守候在炼钢炉旁。这是端木蕻良以前从来也没有过的经验。此外，他还参与了撰写厂史的工作，发表一些歌颂新中国的文章。在高炉旁他有时感到头昏，他不知道自己已经得了高血压病，为以后的“中风”埋下了病灶。
端木蕻良在北京文联的这段时间里，交游不广，没有多少人来看他，他也很少到显赫的高门大宅人家走动，不习惯拉帮结伙，空闲的时候便在他的单身宿舍里伏案临帖、看书、哼桂剧。连茅盾这样过去比较熟悉但此时当了大官的朋友，他也不常联系。50年代初期，端木蕻良一度主编《北京文艺》，倒是常常和老舍在一起，商量有关组稿编辑等公务。他们的私人关系也相当不错，因为他们有些共同的爱好。老舍买到什么老古董，就让端木蕻良一起观赏，有时发现什么特别的好吃东西，也介绍给端木蕻良。端木蕻良还是好逛书店和寻旧书。后来他回忆起那段时间的生活说：他逛书店、书摊成癖，经常涉足于琉璃厂、书摊、庙会、夜市之间。因此，每次的“生活小组会”上都有一条“玩物丧志”等待着他检查。不过检查归检查，“癖”却改不了。有一次端木蕻良在中国书店购到一本晁补之的《琴趣外篇》，他惊喜地发现这是曹寅的藏书，上面有“楝亭曹氏藏书”的图章，端木蕻良把这本书视之为自己的镇书架之宝。另外，曾有很长一段时间，端木蕻良“和陈迩冬、萧乃吉等几位朋友闹玉癖。大家琢磨旧玉，偶有所得，便由萧乃吉去作卡片。他费了许多心血，不管严冬酷暑，用蝇头小字积累了数百张卡片”。总的来说，那一时期的端木蕻良在北京心情还是相当愉快的。
但是到了1951年，毫无政治经验的端木蕻良曾经与杨毓民联名发表了一篇赞扬电影《武训传》的文章，不料正撞到枪口。于是，在批判电影《武训传》的运动中他受到了批判。文联开座谈会要他检讨过关，据说这是端木蕻良有生以来第一次当众检讨，所以格外结结巴巴。“他声音压得很低，充满自责却说不清错在哪里，为什么会错！有人问他：‘写这篇文章的动机是什么？’他瞠目结舌，摊开两手像回答别人又像是责问自己：‘除了想做点工作，还能有别的动机吗？真不可解！真不可解！’”他困惑，他自责。从此以后，他就变得愈加小心翼翼，甚至不断向党组织写信，递交思想汇报。1952年，端木蕻良经北京市文联的王松声、曹菲亚介绍加入了中国共产党。据说，他是新从海外回归的驻北京作家当中最早入党的一位。
加入了共产党以后的端木蕻良，自己对自己严格约束，处世待人加倍小心谨慎。他配合政府的宣传工作改编和合编了一些戏剧，他大概以为这样可以高枕无忧了。万万没料到，政治运动接二连三，他根本无法逃脱。先是在镇压反革命运动的后期，端木蕻良的三哥家里抄查出一支手枪；加上这个三哥又被冤枉说是在浙江的一个国民党的乡公所办过事，于是“历史”加“现行”，这个三哥就被当地政府从北京押回浙江，镇压枪毙了。这件事当然要牵连到端木蕻良。接着“胡风事件”运动爆发，由于当年胡风曾经与端木蕻良、萧红有过较为密切的交往，端木蕻良就理所当然地被怀疑为胡风“反党集团”成员之一。甚至端木蕻良的家因此而受牵连被查抄。
那时候，有位文联的领导多次找端木蕻良谈话，要他揭发胡风，尽管端木蕻良和胡风早有芥蒂，但在胡风遇难的时候，端木蕻良决不落井下石，始终保持沉默。实在挨不过“抗拒运动”的罪名，只得无可奈何地先自责一番，不料当场被告知：“这是过不了关的！”接着，那位领导又说：“很清楚，萧红就是胡风分子，你还能逃脱吗？”一听到这句话，这位平时谨慎胆小的端木蕻良神态骤变，顿时被痛苦扭曲的面孔涨得通红，嘴唇颤动着，讲话像陶瓷碎裂的声音，刺耳惊人：“鞭尸是封建帝王的做法！我自己，无论是坐牢、枪毙，由你处置。但我决不许诬蔑萧红！”说完，端木蕻良猛地站起来，浑身索索发抖，不顾那位领导怎样吼叫，头也不回地径直走出办公室。在场者无不暗暗为端木蕻良的举动捏一把冷汗。这种态度当然会成为端木蕻良对待“胡风事件”运动态度问题的把柄。幸好，后来在抄查华岗家的时候，当局发现了一批端木蕻良和萧红在香港写给华岗的信。萧红曾在信中描写了他们两人和胡风私人之间的矛盾。更让人无法想到的是，萧红的亲笔书信居然在几十年以后拯救了端木蕻良。不过，这个事实是在80年代以后，为端木蕻良平反的时候才被披露出来的。而在当时虽然没有公开把端木蕻良定为胡风分子，但在端木蕻良的档案里却没有得到他本人的认可，就塞进了他作为“胡风反党集团”成员的资料。这个资料一直跟随端木蕻良几十年，以至以后的每次政治运动，端木蕻良都要被拉出来当靶子。
经历了一次又一次的政治运动，端木蕻良变得“聪明”起来，他很少创作，只是专心种花养草。同事们笑他，种的花不开花，养的盆景不死不活，没有一点生气。他倒也不泄气，仍旧一如既往。除了种花养草之外，端木蕻良热衷于临帖写字，他写字的名气一度比他写作的名气还大，当人们想起端木蕻良的时候，多数是请他为自己的作品题个字，或者写个报头。对此，端木蕻良来者不拒。一次，一位以专家自居的初学画者画了一幅红牡丹，无人敢恭维，却请端木蕻良题字。端木蕻良斟酌了一番以后，一题数行，大意是：“人说洛阳有白牡丹，色如何纯洁，形如何完美，堪称盖世绝伦。”乍一看完全是在夸好，有人提出疑义。端木蕻良却淡然一笑地说：“你没看明白，我夸的洛阳白牡丹，他这画的是红牡丹……”如此“聪明”，既完成了题字，又不失自己不说假话的准则，也只有端木蕻良才想得出来。不过端木蕻良的“聪明”也有失误的时候，1957年反右前夕，北京文联开展“大鸣大放”，有人出了张墙报叫“仙人掌”，请端木蕻良题写报头，端木蕻良答应了，却又想到仙人掌浑身是刺，有点犯忌。于是灵机一动，在仙人掌上加了一朵花，变成：仙人掌上玉芙蓉，结果照样擦了“右”的边。这次端木蕻良虽然逃过了“右派”的帽子，但也少不了要检查，虽然现在的端木蕻良已经是“老检查员”了，但当众检查仍旧是令人胆战心惊的。
可以说端木蕻良是从“胡风事件”运动以后，便一直被放在不被信任的地位上的。他几乎没有能过上几天太平的日子，逆境多于顺境，甚至连“谈情说爱”的权力也没有。据说那个时期端木蕻良曾经有过一次恋爱的经验，“二人已到谈婚论嫁的程度，不幸上了三次申请结婚的报告都没得批准，端木因为不便说出真相，自己作了负心人，就让那段爱情无声的死去，至今也没有向现在已为他人妇的作家解释”。
端木蕻良非但没有“谈情说爱”的权力，而且连1957年萧红的迁墓仪式都不能自由参加。众所周知，萧红逝世以后，其骨灰由端木蕻良分别埋在两处，准备日后有机会迁回大陆。其中在香港浅水湾的坟墓，经过十多年的战乱，竟然奇迹一般保留了下来。那是因为当年浅水湾位处日本人的军事要地，长期封锁，一般人不得入内，反而相对安全。然而50年代的初期，情况发生变化，原本矗立在萧红墓旁的一棵一丈多高的大树被人砍伐，只剩下一片杂乱的野草。1956年年底，香港的陈凡在中国《人民日报》副刊上发表题为《萧红墓近况》的短诗附短文，呼吁为萧红迁墓。文中详细地描写了萧红墓在几年内的变化，他说：“那坟地竟被人填平，上面搭了帆布棚，作为卖汽水的摊子，天天任人践踏，杂垢遍地。”到了1957年的7月初，萧红墓受到新的威胁：坟墓所在地段的承租人——香港大酒店决定要把这片土地重新修整，另作其他用途。于是香港的中英学会便写信给端木蕻良，“征求他对于如何保存萧红的意见”。端木蕻良收到此信的时候正在接受各种审查，不可能随随便便就到香港处理具体事宜，只好立即复信一封，还不便直接寄到香港，而是寄到广州作家协会，并附当时的墓地照片一张，通过“组织”表示希望萧红墓能早日迁返回国。
得到了萧红家属端木蕻良的许可，1957年7月22日早上，香港中英学会以及有关热心人士这才在市政局的批准和协助下，把萧红的骨灰从浅水滩发掘出来，并于8月3日在九龙红永别亭举行了送别会，然后由马鉴、叶灵凤、陈君宝、陈凡等“香港文艺界代表送萧红骨灰至深圳，数十人位文艺界人士送至火车站及上水”。这天下午，“广州市文化艺术界在别有天殡仪馆举行萧红同志的迁葬悼念仪式，参加悼念仪式的有广东省人民委员娄光琦、省文化局副局长华嘉、苏怡、李门……迁葬悼念仪式举行完毕，随即将骨灰安葬于广州郊区的银河公墓”。陈残云、秦牧、黄谷柳等三十余位萧红的生前好友也参加了安葬仪式。可是作为萧红丈夫的端木蕻良却远在北京。“他身陷囹圄”，只能在心里对那些帮助发掘、迁墓的认识和不认识的热心人士们充满感激，并遥望南方为萧红默哀。