9时0分0秒：“神舟六号”航天员费俊龙、聂海胜在太空中已经飞行约68万千米，超过了杨利伟上次飞行的60万千米，成为中国日行最远的人。
9时15分：飞船进入我国“远望一号”船测量弧段，飞越乌鲁木齐。
9时17分：费俊龙坐在返回舱的舷窗边，从一个绿色帆布包里面拿出一张湿纸巾，把包装袋撕开，取出里面的纸巾开始洗脸。
9时47分：飞船进入我国“远望二号”船测量弧段。费俊龙拿起一个血压计，准备测血压。
10时：正在进行在轨干扰力试验的两名航天员，在舱内加大了动作幅度。
10时47分：飞船飞行第18圈，进入我国喀什测控站测控弧段，飞越了我国喀什、成都、重庆、衡阳、厦门、香港、澳门等地。费俊龙独自在返回舱中记录飞行日志。
11时左右：西安卫星测控中心计算出14日凌晨飞船第30圈的轨道维持控制参数，并验证计算结果的正确性。参数于上午11时向北京飞控中心传送，并进行比对，最终产生向飞船发送的轨道维持参数。同时继续通过各种遥测数据，监视飞船的工作状态。
11时21分：飞船进入我国“远望二号”测量船测量弧段，费俊龙的画面再次出现在大屏幕上。费俊龙正在用耳麦与地面通话，神态自若。
12时15分：“神舟六号”飞船从珠穆朗玛峰上空飞过。
13时05分：“神舟六号”飞船进入“远望二号”测量船测控范围。
13时05分：航天员聂海胜经过大约7个多小时的睡眠后，两位航天员分别进入轨道舱进行科学试验。航天员和地面科技人员对各项试验获取的数据作了详细的记录。
14时25分：在飞船绕地球飞行第20圈时，航天员进行了3次穿舱试验，试验表明航天员的活动对飞船姿态影响很小，飞船可保持正常飞行，不需纠正飞船姿态。
14时45分：主着陆场的各项准备正有序进行，各种设备运行正常。参加“神舟六号”返回搜救任务的所有人员和装备已全部进场完毕，已先后进行了3次演练。
15点45分：“神舟六号”飞船进入位于大西洋的“远望四号”测量船测控范围。两名航天员身着蓝色工作服，在轨道舱里，侧躺在座位上记录飞行日志。
18时25分：最后一次夜间搜索救援演练在“神舟六号”飞船主着陆场拉开序幕。为提高搜救能力和确保航天员安全，主着陆场此前已进行了3次演练。
18时40分：参加主着陆场夜间搜救演练的4架直升机发出巨大的轰鸣，从着陆场站临时停机坪上依次起飞，卷起阵阵沙尘，很快消失在夜空中。
19时：“神舟六号”飞船已按预定轨道环绕地球23圈，飞行34小时。从飞控大厅大屏幕上显示的飞船返回舱内的画面上看到，费俊龙和聂海胜身着蓝色工作服，神情专注地监视着飞船的工作状况。飞船舱内图像清晰，飞船数字电视图像传输正常。
19时以后：航天员费俊龙将结束今天的工作，进入轨道舱进行大约7小时35分钟的睡眠。
20时17分：飞船进入“远望三号”测控段。航天员费俊龙已按规定进入轨道舱休息，聂海胜在轨道舱中阅读飞行手册。
20时23分：航天员聂海胜在返回舱中手持摄像机拍摄他面前的仪表盘和显示屏。
20时32分：参加主着陆场夜间搜救演练的两名“航天员”分别搭乘两架直升机飞往转运机场……主着陆场最后一次夜间搜救演练成功结束。
10月14日（第三天）
2时30分：费俊龙休息结束，起床，清洁口腔牙齿，修整胡须。
3时许：两名航天员在太空进餐。
5时56分：“神舟六号”飞船在第30圈的飞行中，飞船发动机点火，进行变轨后的首次轨道维持。“神舟六号”飞船飞行近两天，轨道高度会衰减。轨道维持是根据轨道精测参数进行微量调整，使飞船回到预定的正常轨道。
6时19分：航天员报告和地面监测表明，轨道维持获得圆满成功。
9时02分：“神舟六号”飞船制定了在轨运行时的150余种故障模式和对策。
9时12分：从12日9时12分飞船正常入轨起，“神舟六号”飞船已经在太空飞行48小时。
9时26分：北京航天飞控中心介绍，“神舟六号”飞船发射升空以来，船上各种仪器设备工作正常，两位航天员先后在轨道舱和返回舱中于失重条件下进行了多项空间科学试验，各项试验均进展顺利。
9时35分：费俊龙在返回舱内记录完飞行日志后，忙里偷闲，把玩手中的笔，让其在空中翻滚飘浮，享受太空生活。
9时43分：费俊龙、聂海胜两人各自通过返回舱的舷窗对地观测，用手中的数码相机拍照。儿子曾要求费俊龙多拍些地球的照片，给他带回来欣赏。
9时55分：“神舟六号”飞船已进入围绕地球第33圈飞行。
10时许：担负“神舟六号”返回舱回收任务的一条专用公路正式通车。这条公路位于内蒙古中部草原四子王旗境内，连接飞船着陆场，总长64.96千米。
10时10分：费俊龙与地面人员通话，对着摄像头挥手致意。
11时20分：“神舟六号”飞船从中国南海上空飞过。
14时36分：航天员正手持摄像机透过飞船舷窗拍摄地球，通过摄像机可以看见蔚蓝色的地球。
14时54分：两名航天员正在返回舱内查看飞行手册，此时飞船正飞过“远望二号”测量船测控区，飞船已围绕地球飞行到第36圈。
15时30分：主着陆场首次使用了LAP－3000风廓线雷达和102米高的测风塔，大大提高了对浅层风的预报精度。
15时34分：据预报，16日至17日，内蒙古中部四子王旗主着陆区气温将有所下降。
16时04分：“神舟六号”飞船已在太空飞行两天多。航天员费俊龙、聂海胜已经受了飞行上升段、上升段到轨道运行段交替期间、在轨运行初期和失重初期等多种太空生理考验。
16时08分：遨游太空的“神舟六号”飞船，并非形单影只。我国研制发射的“风云二号C”气象卫星正为飞行中的“神舟六号”观风测云、保驾护航。
16时30分：航天员费俊龙在舱内连做了4个“前滚翻”，用时约3分钟。以飞船每秒7.8千米飞行速度计算，费俊龙一个“筋斗”就飞了约351千米。
16时48分：从北京时间12日9时“神舟六号”飞船发射升空以来，两名航天员已各自经历了两次太空睡眠，健康状况良好。
17时26分：截至14日16时，“神舟六号”飞船已进入太空55小时，两名航天员在太空目睹了36次日出日落，飞行约151万千米。
10月15日（第四天）
9时10分：从12日北京航天飞行控制中心宣布“神舟六号”正常入轨起，飞船已在太空中正常运行三昼夜，两名航天员在太空目睹了48次日升日落，飞行约202万千米。
9时10分：“神舟六号”进入太空三昼夜来，航天员费俊龙、聂海胜没有出现任何空间运动病的症状，身体健康状况良好。
9时56分：飞船飞行第49圈。航天员费俊龙在返回舱中与在轨道舱的聂海龙对话，还不时往舷窗外观看，并用相机拍照。此时飞船正飞经我国青藏高原上空。
10时02分：费俊龙连续向镜头挥了两次手。
11时16分：截至此时，北京航天飞行控制中心及其协调指挥的国内外13个测控站点，工作正常有序。科技人员工作认真细致，飞行控制各项工作进展顺利。
11时25分：“神舟六号”飞船进入第50圈飞行。飞船推进、电源、环境控制和生命保障、制导导航与控制、测控与通信等各分系统数百台设备工作状态良好。
11时32分：主着陆场气象预报组组长李永辉介绍，随着“神舟六号”飞船返回时间的临近，着陆场各项准备工作进展良好。
14时58分：中国卫星海上测控部主任简仕龙说，“远望一号”“远望二号”“远望三号”测量船已有效应对太平洋、大西洋的恶劣海况，船上测控设备状况正常。
15时15分：北京航天飞控中心向记者开通放音系统，现场记者将可清楚听见地面与航天员对话。从显示屏上可看到两名航天员已安然就座，正调试他们面前的显示屏。
15时24分：“远望三号”测量船预定海域处于高压边缘，最大风力8级，最大浪高4米。“远望三号”借助减摇鳍和船姿船位系统来保持船体的相对平衡和测控数据的精度。中国卫星海上测控部主任简仕龙说，3艘“远望号”测量船尽管遭遇了恶劣海况，但所有测控设备均能及时捕获并稳定跟踪“神舟六号”飞船，接收到的图像和话音清晰，遥控发令准确无误。
16时：“神舟六号”飞船飞过非洲上空，开始进入位于南印度洋的“远望四号”测量船测控区。
16时10分：从“神舟六号”飞船上传回的航天员费俊龙、聂海胜在返回舱内的图像，清晰地显示在北京飞控中心指挥大厅的大屏幕上。
16时28分：胡锦涛总书记与“神舟六号”航天员费俊龙、聂海胜开始实时通话。航天员表示：“衷心感谢总书记的关怀。衷心感谢祖国人民的支持。我们一定圆满完成任务。”
16时32分：与航天员通话结束后，胡锦涛与现场指挥、技术人员一一握手，询问有关情况，并在北京航天飞控中心发表了简短讲话。
18时05分：航天员费俊龙和聂海胜向北京航天飞控中心传送他们拍摄的飞船太阳能帆板的数字图像。
20时36分：航天员先后开展了在轨试验、工效学评价试验等活动，获取了大量空间科学试验数据，为后续载人航天飞行提供了重要经验和改进依据。
20时59分：“神舟六号”飞船进入位于南大西洋的“远望三号”测控范围。费俊龙在返回舱中一边记录飞行日志，一边与轨道舱中的聂海胜通话。
10月16日（第五天）
3时10分：“神舟六号”飞船已经正常飞行60圈，两位航天员目睹了60次日升日落，飞行90小时，行程约256万千米。
3时50分：正在太空遨游的“神舟六号”飞船再次光临内蒙古主着陆场上空。着陆场站成功对飞船实施连续跟踪测控。
8时33分：“神舟六号”再次飞临喀什测控区。飞船各种飞行参数正常，舱内温度、湿度及氧气、二氧化碳浓度等各项环境指数十分理想。
8时43分：着陆场系统总指挥隋起胜接受新华社记者采访时说，着陆场系统全部就位完毕，通信畅通。各种设备状态良好、运行正常。
8时53分：载人航天工程着陆场系统总设计师侯鹰接受记者采访时说，着陆场系统有能力及时发现、安全回收飞船。
11时22分：中央气象台高级工程师杨贵名说，未来两天，主着陆场地区的天空状况良好，能见度高，低层风力比较小，整个高空风向稳定。
13时10分：“神舟六号”飞船已经安全飞行100个小时。
15时13分：北京航天飞控中心主任席政在接受新华社记者采访时说，由于成功地将最优控制理论用于实践，“神舟六号”飞船的实际运行轨迹与理论轨迹实现吻合。
20时00分：“神舟六号”第70次飞过祖国上空，其中，多次从台湾、香港、澳门上空飞过。航天员费俊龙、聂海胜从太空向全国各族人民问好，向港澳同胞、台湾同胞和海外侨胞问好，并报告说飞船工作正常，太空生活愉快。
21时04分：中国载人航天工程指挥部负责人在此间宣布，“神舟六号”载人飞船将于10月17日凌晨按计划实施返回。
21时57分：在太空飞行近109个小时的航天员费俊龙、聂海胜向北京航天飞行控制中心报告，“神舟六号”开始进行返回准备。
23时30分左右：飞船飞行第74圈，返回舱舱门已经关闭，检漏正常，航天员已经更换舱内压力服，感觉良好。
23时56分：喀什测控站已按计划圆满完成“神舟六号”运行段的测控任务，在“神舟六号”飞行期间共进行了22个圈次的测控，成功率达100%。
10月17日（第六天）
0时03分：喀什测控站对“神舟六号”分离后轨道舱的测控准备工作已经就绪，设备运转良好。
1时36分：飞船主着陆场四子王旗地区目前天气良好，风力一至二级，月明星稀，比较适合降落。
1时50分：执行“神舟六号”飞船返回搜救任务的地面搜救分队出发。14辆特种车辆组成的搜救车队离开着陆场站，前往飞船预定着陆点。
2时40分许：“神舟六号”飞船返回指令解锁，即将结束5天的太空之旅，踏上返乡路程。
3时许：吴邦国、贾庆林、黄菊、吴官正等陆续来到北京航天飞控中心，观看“神舟六号”飞船载人航天飞行回收实况。
3时18分：飞船飞行第76圈，飞船推进舱太阳帆板垂直归零。
3时42分：“远望三号”发现“神舟六号”。
3时43分：第一次调姿开始。
3时44分：轨道舱返回舱分离解锁，航天员报告轨返分离。10秒后，第二次调姿开始。
四子王旗地区3时44分许，记者从北京航天飞控中心获悉，“神舟六号”正式踏上返乡征程。轨道舱将再留轨工作六个月，北京航天飞控中心将继续对其进行全程管理。
3时45分：“神舟六号”开始返回。
4时07分：密封板分离手控指令发出，推进舱和返回舱分离。
4时08分：飞船飞入祖国上空，喀什测控站捕获目标。
4时13分：飞船进入黑障区。
4时19分：主伞舱盖弹开。
4时20分：脱减速伞，主伞打开。直升机目视到目标。