然而，他不能这样做。那样一来，这皇宫禁苑、长安城内，立时便会血流成河，火海一片。战争、杀戮甚至很快便蔓延全国。而到头来，很可能还是秦王取胜，因为这些年，他的实力早已能够左右整个大唐的主要军事力量。到那时，父子反目成仇，自己将不得善终。而世民虽然争得了皇权，也会落个弑父篡位的千秋骂名。这又何苦呢？我们毕竟是父子，再不能做这样的傻事了。
想到这里，他慢慢地睁开眼睛，赞赏地看看陈叔达，说道：“爱卿之言甚善，此亦正是朕之夙志”。
见皇上这样说，尉迟敬德一颗悬着的心放了下来。他立刻进一步提出要求：“请皇上速降手敕，令诸军一律停止厮杀，一切听从秦王督帅。”
这个要求是合理的。既然自己已表态支持世民，宫掖之内便不应该再继续流血。尽管尉迟敬德的语气里有一种不容商量的味道，但高祖还是欣然从之，立即命人取来纸笔，疾速书写手敕。
他命宇文士及拿着手敕，登上太极殿的东上阁门，向宫掖禁军的所有将士宣读，令他们停止抵抗，一切服从秦王世民的调遣。
与此同时，高祖又命裴寂急赴东宫，哓谕太子建成的部属将卒，并将他们暂时解散，各自回家，听候秦王处置。
其实，高祖此时的敕命，并没有多大意义。整个兵变，仅仅在玄武门内发生了一点小小的对抗和流血，待张亮率军赶到之后，动乱已得以迅速平息。在宫掖之内和长安城的其他地方，并没有发生任何骚乱。人们都知道，秦王要杀的，只是建成和元吉，其他人用不着惊慌失措。
而高祖的手敕一到，则说明皇上与秦王已达成了一致，更给秦王的行动披上了合法的外衣，京师驻军的任何一方，都没有理由再做毫无意义的对抗。于是人心安定，各处秩序很快恢复如初。
秦王命部下打扫战场，将玄武门前的几具尸体收敛，把血迹清理干净，便准备前往海池参见父皇。这时，侯君集来到秦王身边，低声说道：。秦王，末将已派人马将东宫和齐王府围住，该怎么办，请殿下明示。”
“能怎么办？既然已无人反抗，便不可再行杀戮，把人马撤了吧。”
侯君集深感不解，自古以来，哪有这样的兵变？如此心慈手软，是要误大事的。
“殿下，太子府中尚有其亲信谋臣武将百余人，其中不乏助纣为虐的首恶巨奸，这些人该一律杀死。今若撤围，令其逃窜，他日必为祸根。”
侯君集刚说完，恰逢尉迟敬德从海池赶回来，一听此言，立时急了，忙劝止道：“罪在二凶，既已伏诛，若再杀其余党，实非求安之策。”
秦王看看尉迟敬德，欣慰地笑了。这个看似鲁莽的黑汉子，在关键时刻总是这么深明大义。他重重地点点头，对侯君集说道：“就按尉迟将军说的办，不要难为他们，大局已定，这几个人掀不起大浪头”，说完，抬腿欲走。
侯君集突然高声说道：“秦王，这些人纵然可以不究，那，太子和齐王的儿子们怎么办？”
秦王一下子止了步，像钉在那里一样。是啊，他们的儿子怎么办？这可是摆在他面前的一个大难题。他其实已经在心里反来复去地不知想了多少遍：怎么办？怎么办？！
他看看侯君集，无奈地摇摇头，喃喃说道：“罪不及妻孥，算了吧，他们还是些孩子，最大的不过十六七岁”。
“不，殿下，不能算了，必须斩草除根。不错，他们现在还是些孩子，但十年以后，二十年以后呢？建成有四个儿子，元吉有五个儿子。到了那个时候，便是九个李建成，九个李元吉。倘若他们联起手来报杀父之仇，大唐江山还有宁日吗？后果不堪设想啊！殿下一世英明，万不可一失足成千古恨”。
秦王心里“格登”一下。不能不承认，侯君集说得甚为有理。留下他们，无疑于给大唐朝廷留下了九座随时可能爆发的火山。在自己的有生之年，他们或许成不了什么大气候，可在自己百年之后，当自己的子孙们掌管江山社稷的时候，谁能保证他们不报这血海深仇呢？
他求助似的看看尉迟敬德，尉迟敬德却深深地低着头，不敢看他。显然，对于这个难题，他也不知所措了。
秦王紧皱着眉头，突然把心一横：为了万里江山，为了千秋帝业，就是亲生儿子该杀也得杀，何况是侄子？对不起了，侄子们。
他突然抬起头来，狰狞地看着侯君集，闷声说道：“此事就由将军去处置——记住，只诛其子，其他眷属、奴婢、僚属等，一个不准株连。否则，必唯你是问”。
看着侯君集向东官方向走去，秦王木然地站在那里。忽然，他想起了齐王妃杨氏。当初齐王在府中设伏谋杀，是她第一个向长孙氏报信。这是个善良人，可别在这场变乱中遭池鱼之殃。
一念及此，他急忙带上几名兵弁，向齐王府走去。干脆，元吉的几个小儿子，就由这几个名不见经传的士卒来处置。也免得让自己的那些爱将们名声受玷。
齐王府的前后大门，早已被数百名军士围的风雨不透。一个个荷刀持剑，杀气腾腾，如临大敌一般。
秦王走进府中，院子里再无人影，死一般寂静。当他来到李元吉平日所住的武德殿，这里却挤满了人。一个个惊慌无度，如丧考妣。女眷在哀哀饮泣，男仆则蹲在殿外，双手抱着脑袋。
见秦王进来，都睁大了眼睛看着他。那眼神有惊恐，有哀怨，有愤怒，有仇恨，唯独没有平日的那种友好和尊敬。
秦王在人群中搜寻着，但女眷们都背对着他，并分不出哪个是杨氏。他只好问道：“齐王的世子们呢？”
轻轻地一句话，不亚于万钧雷霆。殿内的人们都知道，元吉的几个儿子再也免不了颈上这一刀，至于其他人，恐怕也都在劫难逃。
一个大胆的奴仆走进内室，将元吉的五个儿子领了出来，排成一溜，齐刷刷地跪在秦王面前。大的十二三岁，小的只不足两岁。一个个脸色惨白，泪流满面，浑身簌簌抖颤，像是凛冽寒风中几片哆嗦着的树叶。不，不是树叶，树叶是没有头脑，没有感情的。应该说，这是几只匍匐在狼的利牙尖爪下的羔羊，是被狸猫逮住就要吃掉的几只小鼠，是被从天而降的老鹰突然攫住的一群绒球般的鸡雏。
“伯父，别杀我们，都是父王不好，我们知罪了，求伯父饶命。”那个最大的孩子一边不停地磕头，一边哭喊着求饶。而那个不到两岁的小侄子，却扑闪着一双啥事也不懂的大眼睛，看着秦王，还在不时地冲他笑呢。
秦王如万箭穿心，一阵阵绞疼。他突然觉得鼻子发酸，一股热辣辣的东西涌进双眶。他急忙掉转身，带着兵士们，逃跑似地冲出了大殿，冲出了齐王府。
然而，他走着走着，头脑又渐趋冷静。路两边，花木茂盛，碧草从生。这些草木，到秋冬之后，都会枯萎凋零，但到了明年春上，又会茁壮藏蕤，蓬蓬勃勃。它们的生命力是极为强大的，因为它们的根埋在泥土的深层。
“必须斩草除根……十年、二十年以后，他们便又是九个李建成，九个李元吉……”他又想起了侯君集的话，不禁停住了脚步。
这时候，却见侯君集带着几个兵士匆匆赶了过来，衣袖上，袍衫上沾满了血迹，满脸杀气。
“秦王，东宫那边都了结了”。侯君集向秦王禀报着。
秦王阴沉着脸，没有看他。迟疑片刻，终于横下了心，挥挥手道：“去吧，齐王府也由你处置”。
侯君集走了。秦王世民却感到头晕目眩，一阵阵恶心。他身子摇晃了几下，急忙扶住了路边的一棵大树。
他的耳廓里，分明响起了孩子们凄厉的哭喊惨叫。他的眼前，分明映现着那些毫无反抗力的孩子，被锋利的刀剑砍去了脑袋，戮进了前胸。小腿在无力地扑棱着，抽搐着，然后慢慢地躺倒在血泊中，一动也不动了……
黑红色的血浆在他的眼前流淌、漶漫涌动。鲜红的血花在他眼前飞溅，飘散……
这当然是他的幻觉，可是他知道，片刻之后，这一切将都是现实。
他的心紧缩着，像被一只无形的大手在狠狠地撕扯着……天那，事情为什么会是这样？这样的人间惨剧，自己为什么不去制止？自己完全能够制止，这个世界上唯有自己可以制止。然而，自己应该制止吗？真的可以制止吗？