尽管捉住了“9·11”空袭嫌犯，公众的质疑却从没停止过。他们的目光始终盯着事件发生以来一直对案情遮遮掩掩、没有一点透明度的美国当局，他们需要知道，布什政府在整个事件中应该负什么责任？美国的相关安全和情报部门有没有渎职嫌疑？面对不堪回首的历史，公众需要政府给他们一个合理的解释。
首先，布什总统事先是否知道“9·11”事件即将发生？美国情报系统是否收到过“9·11”恐怖袭击的警告？有人从内部得到消息，称布什早在2001年8月6日就收到了赖斯的一份“分析报告”，上面警告说美国可能会受到恐怖分子的攻击。但是，布什并没有终止他的假期，那份报告细节也没被披露。美国国家安全局事后也承认，他们在事件发生前一天从恐怖分子手中截获了两份信息，暗示9月11日恐怖分子将采取重大攻击行动。不幸的是，这些信息直到袭击发生后才受到重视。
其次，北美防空司令部和美国空军为什么没能阻止或击落“人弹攻击”？按照北美防空司令部掌握的时间，他们完全有能力调集美国空军快速反应，击落被劫飞机。虽然这会造成人员伤亡，但是与“9·11”事件导致的严重后果相比，无疑是值得的。然而，这片自称世界上监视最严密、保卫最严格的领空，怎么连一点反应都没有呢？
美国政府声讨本·拉登的理由，很大程度上是因为“基地”组织“不小心”丢下的录像带。可是，公众对于政府提供的所谓证据一直持怀疑态度，试想，恐怖分子会愚蠢到把犯罪证据乱扔的地步吗？何况，在这盘录像带里，本·拉登在用右手写字，而且还戴着金戒指。众所周知，本·拉登惯用左手，而且从来不戴任何饰品……
来自社会各界的质疑让布什政府备感压力。为了给公众一个交待，2002年底，他宣布成立美国“9·11”事件独立调查委员会，针对恐怖袭击前后美国外交、情报、移民、商业飞行以及恐怖组织的资金流动等方面进行调查。
2004年7月22日，这个调查委员会在耗时20个月、翻阅200多万份文件、询问1 000多位证人后，终于形成了一份沉重的调查报告。这份长达560多页的报告指出，两届美国政府（包括克林顿政府）都没有对“基地”组织的威胁给予足够重视，美国国防部和中央情报局在情报分享和分析方面存在一定失误，美国国会在监督情报部门工作时失职，这是导致劫机者阴谋得逞的重要原因。
报告中说，前克林顿政府和布什政府面对日益增长的“基地”威胁，没有采用更有效的军事打击，尤其在90年代末，美国中情局曾经错过几次杀死本·拉登的机会。
“9·11”事件发生当天，劫机者出示的护照有明显的被改动的痕迹，却没能引起美国移民和入境部门的重视，19个劫机者中，两人已经上了政府的黑名单，但是航空公司并不知情，最后他们轻松地登上了飞机。在随后的过程中，美国联邦航空管理局和军事官员间出现了管理混乱，因为航空管理局的任务是应对飞机劫持，而不是自杀性袭击，所以他们没有及时向军事官员发出警报。
报告中，美国独立调查委员会还排除了沙特官员资助“基地”组织的可能性，另外，也没有确凿可信的证据表明伊拉克和“基地”组织联手袭击了美国。让人啼笑皆非的是，这份报告最后的结论是：“劫机者利用美国政府机构长期存在的漏洞发动了恐怖袭击，责任不在布什总统，也不在克林顿总统。”一句话，使两位总统轻松地逃脱了责任，美国政府和相关机构中也没有一个人因为“9·11”事件受到处分或引咎辞职。
政府的“阴谋”？
对于调查结果的轻描淡写，公众并不认同。不仅美国，就连一些欧洲国家都对恐怖袭击暴露的反常现象表示怀疑。2004年8月，据国际民意调查结果显示，大约49%的纽约居民认为，美国领导人事先知道恐怖袭击，但是没有采取行动。甚至一部分人认为，“9·11”事件是美国政府自编自演的苦肉计，目的是为入侵和占领一些阿拉伯石油国家寻找借口。
这个不寻常的声音一经传播，举世哗然。“9·11”事件的背后，难道真的隐藏着惊天阴谋？
2006年8月，一个由75名科学家和大学教授组成的美国学术组织经过调查，宣称美国白宫和五角大楼的某些战争贩子在“9·11”事件中扮演了不光彩的角色。
首先，针对世贸大厦的倒塌原因，美国国家标准与技术研究所提交了一份一万页的调查报告，声称喷气式客机燃料燃烧产生的火焰破坏了世贸双塔的结构，导致它们最后坍塌。琼斯教授对此不以为然，他认为，世贸中心的两座摩天大楼可以承受地震、飓风和大型飞机撞击，没有理由那么轻易地垮塌。即使被航空燃料浸透，引起的大火也不足以熔化世贸大厦的钢柱，大楼的崩溃显然来自成功的定向爆破。
另外，邻近世贸中心北侧塔楼的七号大楼没有受到撞击，却在案发当晚神秘倒塌。据美国国家标准与技术研究所调查，它是因为火灾持续燃烧所致。可是，什么力量才能使这座高达47层的钢骨结构大楼毁于一旦呢？
琼斯教授称，七号大楼倒塌前，已经有多位目击者看到疑似爆炸的闪光点。另外，作为驻有美国秘勤局、中情局、国防部和紧急应变管理局等机关的政府要地，却如此不堪一击，让人难以置信。最让人怀疑的是，事件发生后，大楼内部数万吨钢材被迅速运到海外熔化回收，这么重要的证物竟然被匆匆销毁，这又究竟想隐藏什么？
还有更加令人匪夷所思的现象：“9·11”事件发生前一个半月，世贸中心租用者突然为大厦投下35亿美元的巨额保险，赔付条款中有一项就是“恐怖主义”，事后，他获得了70多亿美元的赔偿。这笔意外之财的归属者是谁？难道这是一次单纯的巧合吗？
据学术组织调查，9月10日，很多美国高官取消了第二天的飞行计划，这里面，包括刚刚准备出差的旧金山市市长。他被要求不能在9月11日乘坐飞机，打电话的人正是美国国务卿赖斯。如果不是事先知情，他们从哪来的避险意识？
科学家们最后认为，是一个名叫“美国新世纪计划”的亲保守派秘密组织策划了“9·11”事件，本·拉登和穆罕默德只是他们的替罪羊。因此这个学术组织敦促美国国会重新对“9·11”事件展开调查。
最后的证言
种种疑点让本来就对政府结论不满的民众越加迷惑，整个事件的真相究竟是什么？正当布什的支持率每况愈下的时候，2007年3月14日，从古巴关塔那摩湾美国海军基地监狱突然传来穆罕默德认罪的消息。他通过代理人宣布：“我全程参与了这起袭击事件，从酝酿、策划、组织到实施，每个步骤我都在场，我是本·拉登思想的实践者，是具体执行拉登行动的负责人！我为‘9·11’事件承担责任，承担全部的责任。”
这个消息让风雨飘摇的美国政府松了一口气。实际上，早在2006年9月，穆罕默德就已经进入中央情报局的秘密拘留体系，和13名恐怖嫌犯一起转移到美国海军基地监狱。在这里，美国军方召开了听证会，决定他们是否应该作为“敌方武装人员”而被无限期拘押，并在军事法庭上接受审讯。
在当天的审讯记录中，穆罕默德承认他策划和制造过29起恐怖袭击。除了全程参与“9·11”事件，他还表示，1993年世贸中心袭击事件、2002年巴厘岛夜总会爆炸事件都和他有关。
就在穆罕默德全面认罪前夕，美国军事法庭宣称，他们在关塔那摩监狱发现一份文件，五名囚犯表示，要对“9·11”事件和在袭击中丧生的大约3 000条生命负责。这其中，就包括哈里德·谢赫·穆罕默德。
2008年6月5日，穆罕默德和这四名“基地”成员一同出庭受审，除了大约3 000项谋杀指控外，他们还被控参与谋杀平民、破坏财产和开展恐怖主义活动。法庭上，蓄着胡须的穆罕默德戴着一副大眼镜，显得十分傲慢。面对法官，他还当众吟唱了一段《古兰经》。
开庭后，法官警告穆罕默德很有可能因为策划“9·11”恐怖袭击而被判处死刑。对此，穆罕默德显得毫不在乎，他拒绝了法庭指派的律师，亲自为自己辩护。穆罕默德甚至扬言，如果能被美军处决，那将是他最大的荣耀：“对于我们而言，这些行为并不构成指控，它们是荣誉的见证，我们以此为荣。”
由于听证会是秘密进行的，没有口供录音和影像材料，军方又不允许记者和其他独立观察员列席审讯，使外界得到的信息非常有限。一些法律专家和人权组织纷纷质疑关门审判的合法性，他们认为，穆罕默德的最终认罪很可能是被屈打成招。
时至今日，关于“9·11”恐怖袭击真相的争论还远远没有平息。
难愈之伤
“9·11”事件已经过去九年，时间并不能完全消除美国人的恐惧。每年的这一天，他们在祭奠逝者、为亡灵祈祷的同时，还伴随着一阵阵噩梦般的紧张。一个小小的意外、一次轻微的惊吓都会使他们联想到恐怖袭击，这种精神上的摧残带给民众无休止的压力和痛苦，也许会延续到他们的后代。
以美国为首的“复仇计划”并没有完全扑灭恐怖主义的火苗，他们还在小范围地制造祸端，带给世界人民痛苦和灾难。同时，以利益和权威为目标的纷争还在世界各地上演着，枪炮过后，生灵涂炭，事实上，这些灾祸并不亚于恐怖主义造成的伤害。泪水背后，永远站着无辜的平民，他们才是真正的受害者，因为权力和金钱，永远和他们无关。为了他们，让战争走开，让恐怖走远，这不仅是一种祈愿，更是历史的必然。