考古学者夏鼐是傅斯年最倚重的人，自1947年即代理史语所所务。1948年3月21日，他在致傅斯年的信中称：“现下不比李庄，在李庄生活虽苦，尚无刺激，在首都则一切政治黑暗，皆映入目中，亦使人生反感也。”大陆易帜前夕，夏鼐屡屡得到赴台的函电，他的抉择是：“时局已如此，谁还走死路。”
语言学者丁声树的书箱已先运到台湾，但因夫人反对，也就没有渡海。
1949年12月18日，□□的炮火已威胁到成都机场，蒋介石不得不在匆遽之中搭乘专机离开。同天稍早，朱家骅率国府行政院官员飞离成都抵达台湾，继续以行政院副院长身份代理中研院院长。
随“国府”到台的院士只有九位：凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖、朱家骅、李先闻，另外去了美国的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等十二人，其余五十多位院士留在大陆。中研院共有五百多人，除了总办事处、史语所和数学所三个单位共五十余人以外，其余各所全都留在大陆。史语所原有四十一位研究人员，也仅二十位去台（另有两位赴美）。数学所原有研究和行政人员十八位，去台的也仅四位研究人员和一位行政人员，所长姜立夫完成播迁任务后，坚辞所长之职，返回广州任教职。
二
1949年6月9日，是中央研究院成立二十一周年，留下来迎接新生的一批研究人员在上海筹办了最后一次纪念会。此时的中研院暂时处于管理的真空状态。会议因等候军管会贵宾光临，推迟至九点以后开始。走进会场的是一身戎装的中国人民解放军华东军区司令员陈毅及其随从。
会议正式开始，先是竺可桢发言，报告中研院的历史，述及蔡元培、丁文江，尤其是杨杏佛的筚路蓝缕之功。讲了大约半个小时，颇有些山高水远的意味。余下时间，是陈毅将军作报告。一个小时后，宣传部冯定讲了贯彻陈毅报告的意见。这些内容，浓缩在竺可桢当天的日记中：“述理论对于革命之重要。谓共产党之成功，由于知识高于国民党。述共产党之虚心采纳，谓批评不妨严，而希望不能过大。谓□□之要义在于少数服从多数，而多数要尊重少数之意见。其言极为合理。”冯定讲，“马列主义为世界理论最高原则。谓无产阶级主观的意见比资产阶级客观的意见更为客观，言颇费解”。
6月17日，中研院被军管会接收。18日中研院联谊会请□□人士施复亮来讲演知识分子的改造。9月16日，气象学家竺可桢、社会学家陶孟和、物理学家吴有训等联名写信给旅居海外的学者赵元任等，告诉他们上海解放四个月来，“于人民政府领导下，各方面奋力建设均获相当进展”。动员他们回国参加“新中国建设”。