9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》，规定在政务院之下设“科学院”，为负责组织全国科学工作的行政部门。11月1日，中国科学院（以下简称“中科院”）在北京成立。首任院长郭沫若，副院长陈伯达，另外三位副院长分别是原中研院地质所所长李四光、社会所所长陶孟和、气象所所长竺可桢。中研院各研究所与北平研究院各研究所以及中国地理研究所等单位，被整合到新成立的中科院下设的地理学、物理学、化学、生物学、哲学、社会学等方面的十五个研究单位。原中研院的所长分别就任中科院部分研究所的所长，赵九章为地球物理所所长，吴学周任物理化学所所长，周仁任冶金陶瓷所所长，罗宗洛任植物生理所所长，王家楫任水生生物所所长，冯德培任生理生化所所长……
李四光还在英国。1949年12月，一位朋友打电话告诉他，国民党政府驻英大使已接到密令，要他公开发表声明拒绝接受职务，否则就要被扣留。李四光当机立断，只身离开伦敦来到法国。两星期之后，夫人许淑彬接到李四光来信，说他已到了瑞士与德国交界的巴塞尔。夫妇二人在巴塞尔买了从意大利开往香港的船票，起程秘密回国。1950年4月中旬莅临上海，中科院华东办事处各研究所人员热烈欢迎李四光，召开了座谈会。当时的情况，地方报纸作了报道：
下午，全体人员举行简单的欢迎会，由李亚农主席主持，他说：“我们中国科学院同人，每天都在热烈盼望李副院长回国。李副院长经过种种困难，尤其是国民党反动派深恐他回国增加人民的力量，不惜勾结英帝国主义阻挠，但仍阻止不住李副院长投向祖国的热情。这是值得敬佩的。相信他回国后对国家社会一定会有更大的贡献。”
李四光副院长报告了旅外观感后，分析了科学工作者的思想，认为“为学术而学术”、“中学为体、西学为用”等都是过去错误的观点，唯有为全人类谋幸福才是科学家正确的道路，他的演说给大家极大的启示。
史语所及中博院迁台，留在大陆的一些研究人员，如断线的风筝。他们与那些满怀喜悦准备大展宏图的同事相比，有些隐隐担心。
1949年10月，新成立的中央人民政府将文博工作归口文化部。郑振铎担任文化部副部长兼国家文物局局长。他在回中博院旧人王天木的信中，谈到对中博院的构想，及对王天木的希望。他写道：
天木兄：
连得两长信，我悉一切。关于中央博物馆事，我们的意见，都以为应该维持现状，即使暂时不能大加扩充，也绝对地不会缩小也。陶孟和先生今日南下，已将此意托他向曾小姐（曾昭燏）传达。我也许不久南下，不过，日期未能确定耳。