祖先崇拜最初表现为远古人类对母神的崇拜。中国母神崇拜大致源于女娲抟土作人之说。《山海经·大荒经》记载女娲的肠子化为十个神；汉末应劭的《风俗通义》佚文说女娲抟黄土做人；《淮南子·览冥篇》说女娲炼五色石以补苍天。这些较早的神话记载均体现了人们对女娲的崇拜。从考古发掘来看，中国发现最早的母神雕像是新石器时代红山文化中的“东山嘴母神”。辽宁牛河梁红山文化遗址出土有女神雕像，河北滦平县后台子新石器遗址下层也出土了六尊石雕女像。母伏羲女娲图神造型多体态丰满，且以简练而夸张手法着力渲染突出鼓腹、肥臀、丰乳、粗腿这些特征。她们多赤身裸体，面目不清，没有眼、口、鼻、耳等，两腿多合并为粗锥状，有的像棒状物，有的捂着肚子，给人以原始稚拙之美。这些母神雕像的形象体现人们对女性的生育功能的崇仰。这种对生命由来的探索、对母神的崇拜，是祖先崇拜的最初表现。
随着母系氏族社会发展为父系氏族社会，家庭中父权的进一步强化，对女性祖先的崇拜逐步转化为对男性祖先的崇拜。在中国古文献和传说中就记载过很多重要的男性祖先：有巢氏、燧人氏、神农氏、黄帝、炎帝、颛顼、帝喾、尧、舜等。据《韩非子·五蠹》记载：“上古之世，人民少而禽兽众，人民不胜禽兽虫蛇，有圣人作，构木为巢以避群害，而民悦之，使王天下，号曰有巢氏。”于是人们奉他为先祖；据《礼记·祭法》记载，舜时以颛顼为先祖，以尧为直接祖先；夏代也以颛顼为远祖，而以禹为直接祖先。
在这一系列的神话祖先中，黄帝是最具有影响力的一个，他被奉为整个中华民族的祖先。他不仅在远古时代被人们崇拜，直至现在还在接受人们的祭祀。据传说，黄帝的母亲在田野里看到闪电而怀孕，怀了整整二十四个月生下黄帝。黄帝在战胜了邪恶的蚩尤后成为诸神话祖先中第一个伟大的军事首领。同时，他也是一个伟大的发明家，据说水井、车船、铜镜、房屋、市场、法律、礼仪、音乐、货币、衣饰、炊具、弓弩和雨伞等都是黄帝发明的。和黄帝一样，颛顼和帝喾都是中国远古时代的祖先。黄帝、颛顼和帝喾为华夏民族的联合与统一做出了伟大贡献，历来受到炎黄子孙的敬仰和崇拜。据《山海经》、《离骚》等古书记载，夏、商、周各大部族和长江一带的楚人，都把他们看成自己的远祖。
《山海经·海内经》称：“颛顼，黄帝之孙，曰高阳。”黄帝主创业、颛顼重整治。传说他十二岁而冠，二十岁接替黄帝登帝位，在位七十八年，有文治之功。他着重内部治理，整合社会，促进华夏文化和精神上的统一。他“定婚姻，制嫁娶，研究男女之别，长幼有序”，制订系列社会规则。使得民众的生活井然有序，安定社会。他创制了历法，被尊为“历法之宗”，还创制九州，初定版图。在他的统治下，当时的华夏国力鼎盛，幅员辽阔，“曰月所照，莫不砥属”。据《史记》记载，舜、大禹和秦始皇都是颛顼帝的嫡系后代。
帝喾是黄帝的曾孙、颛顼的侄子。商人以帝喾为高祖。《史记》描述帝喾：“聪以知远，明以察微，顺天之义，知民之急，仁而威，信而惠，修身而天下服。”他继承颛顼的事业，政务严明，尤以讲信用著称。他的几个儿子后来都成为各个部族所崇拜的先祖：尧成为五帝之一，后稷是周部族的始祖，契则成为商部族的始祖。
夏、商、周三朝的民族信仰、政治传承、社会结构、经济结构都是在祖先崇拜中孕育成型的。祖先崇拜所维系的民族认同感在周朝得到了进一步的强化。祖先崇拜在周朝形成了从下至上、从上到下、从外到里的宗法制社会网络。这个网络使得祖先崇拜有强大的生命力，在国家的形成和巩固中成为中华民族的民族信仰、民族精神、民族凝聚力，代代相传。
祭祀祖先是祖先崇拜非常重要的表现形式。夏、商、周三代的祭祀祖先仪式表现出高度的等级化特征。他们基于辈分把祖先的地位和神权依次排列等级，人们只能祭祀那些与自己地位和等级相对应的祖先。最高统治者才可以祭祀天帝、神话祖先和王室祖先；王室贵族享有建立祖庙祭祀远祖的权利；普通民众只能在家中祭祀自己的父祖近亲。
昭穆
昭穆，本义是“一条明晰而又细小的裂纹”，这条裂纹是“相邻辈分之间的界限”。文献和考古资料显示，昭穆制起源于三千多年前的周朝初期，是周朝从天子到庶人普遍采用的一种宗法制度，广泛施行于周人的墓葬、祭祀、婚姻等生活中。它标示出宗庙的排列次序。始祖庙居中，以下父子（祖、父）递为昭穆，以左为昭，右为穆。《周礼·春官·小宗伯》：“辨祧之昭穆。”郑玄注：“父曰昭，子曰穆。”《国语·晋语四》记载宁庄子的话：“康叔，文之昭也；唐叔，武之穆也。”（意思是说：卫国的祖先康叔，是周文王的儿子；晋国的祖先唐叔，是周武王的儿子。）它也是坟地葬位的左右次序。《周礼·春官·冢人》：“先王之葬居中，以昭穆为左右。”另外，在祭祀时，子孙也按此种规定排列行礼。《礼记·祭统》：“夫祭有昭穆。昭穆者，所以别父子、远近、长幼、亲疏之序而无乱也。”可见，昭穆伴随祭祖活动而诞生，它在出现之初有敬祖敦宗的内涵。
周朝时从上到下都对昭穆制度非常重视。在墓葬制度、建庙制度、祭祀制度、族人宴会、立尸制度、命氏制度等方面都有广泛应用。
昭穆制用于墓葬。郑玄注《周礼·春官》云：“先王之造茔也，昭居左，穆居右，夹处东西。”上古时代墓地排列，始祖居中，二世、四世、六世位于始祖左方，称昭；三世、五世、七世位于始祖右方，称穆；昭辈居东，穆辈居西，“以昭穆为左右”。
昭穆也用来区分父子。《左传·僖公二十四年》：“管、蔡、成、霍、鲁、卫、毛、聃、郜、雍、曹、滕、毕、原、丰、郇，文之昭也。”这十六国始封之君是周文王的儿子，均为“昭”，文王则是“穆”。武王是文王之子，为昭。同一辈的人即兄弟相继为君，昭穆相同，体现了昭穆制度分突目铜面具别宗族内部长幼、亲疏、远近的功能。
昭穆用于庙制。《国语·鲁语上》：“工史书世，宗祝书昭穆。”（乐师和史官要记载世次的先后，宗伯和太祝要记载昭穆的次序）可见周王室有很强的昭穆观念。《诗经·周颂·载见》说：“率见昭考，以孝以享，以介眉寿，永言保之。”意思是：相率朝见武王庙，敬献祭品行祭享。祈求寿命能久长，永保子孙得安康。可知武王在周室庙制属于昭行。《尚书·周书·酒诰》说：“乃穆考文王，肇国在西土。”是说武王的父亲文王属于穆行。除了文献记载外，最近的考古调查报告也证明有关事实：如在陕西凤翔的马家庄发现的一处宗庙群（第一号建筑群），考察结果是春秋中期秦国建造的庙宇群，整体结构正像“品”字，学者们认为最上面的一栋是始祖庙，两边一排一排出来的庙宇各为该族群的昭行与穆行庙宇群。这样采用昭穆次序而建造的庙宇或坟墓，在社会的各个阶层都存在。
春秋战国时期，“礼崩乐坏”，作为宗庙和墓葬次序的昭穆制度发生动摇乃至消失。而它作为一种民俗，影响仍然广泛。作为宗法社会里祖宗崇拜的产物，昭穆具有了代表每一个家族子孙的辈序排行的功能。它多以四字、五字、七字一句的诗句为表现形式，每一字代表一辈。由族中贤达创作出来以后，举行隆重的仪式祷告祖宗，辑入谱中，并通告合族，以便子孙命名时遵行，使称呼不乱，世系有序。后世修谱时，昭穆必须入谱，以使后裔世代相袭，就是我们现在所说的“辈分”，或称“字沿”。凭着这个“字沿”，同一家族的子孙，哪怕迁徙再远，分离再久，也可以确认是否出自同一血脉的族人，并凭此辈序相互称谓。故先民对昭穆的重视程度，并不亚于修谱。即使是不识字的人，对族中昭穆也能琅琅上口；对自己属于哪一辈、“字沿”是什么，更是不会忘记。这种用以排行辈序的昭穆，是中华民族传统文化的一部分，全世界独有。作为昭穆的诗句，都含有忠君报国、尊祖睦族、显祖耀宗、耕读传家、承前启后之精义。如：诏安秀篆坝里炽昌堂黄氏昭穆：“元钦万国定封疆，亿庶超郡奕世昌。重义兴仁崇政教，荣华富贵耀宗祊。昭明日月乾坤春，珠玉田财大发芳。为官拜相朝天子，金榜标名永代扬。”表明了寄望子孙报效国家，封官进爵，光宗耀祖的思想。漳台清河堂张氏昭穆：“清河衍泽，谟弼有唐，青钱志庆，金鉴留芳。凤徽永式，世德绵长，曲江源远，宁化名杨。文章蔚起，诗书垂香，礽云奕棋，克绍炽昌。”突出了期望子孙勤读诗书，弘扬祖德，光大祖业的志向。漳台平和派翁姓昭穆：“明开昭奕世，礼仪振扬名。攒绪千秋业，延锦鼎显荣。”则把礼仪伦常作为家族传世之宝，教导子孙千秋万世发扬光大。
祭祀
祭祀，在中国人的生活中占有很高地位，尤其是古代中国。所谓“礼有五经，莫重于祭”。祭品的选择是祭祀活动中不可忽视的重要环节，《孝经》疏曰：“祭者，际也，人神相接，故曰际也；礼者，似也，谓祀者似将见先人也。”而祭品是实现“人神相通”的重要道具。
古代祭祀中，动物类的祭品统称“牺牲”。“牺”指动物的毛色纯，“牲”指动物的完整无缺。“三牲”特指由牛、羊、豕（猪）这三种“牺牲”组成的祭品，往往用在祭祀天地和祖先等比较庄严隆重的祭典中。由于在祭祀之前，必须将牲畜在栏圈中畜养一段时间，所以经过畜养的“三牲”称为“牢”。春秋以后，牛、羊、豕三牲兼用称“太牢”（也叫大牢），是最高等级的祭献；仅用羊、豕二牲称“少牢’（也叫小牢）；牛羊豕中单独用一牲称“特”。
祭祀用的“三牲”必须通过严格的占卜挑选和精心的饲养，在有些特别重大的祭典中，祭牲在祭祀前三个月就要在栏圈内专门喂养，而且非常讲究“牺牲”的毛色纯正和身体完整。《春秋·宣公三年》载：“春王正月，郊牛之口伤，改卜牛。牛死，乃不郊。”《春秋·成公七年》：“春王正月，鼷鼠食郊牛角，改卜牛。鼷鼠又食牛角，乃免牛。”“郊”就是“祭天”，文中的意思就是说，祭天用的牛，必须经过占卜来确定，如果在圈养的过程中，哪怕是牛角和牛口有了小伤，也要“改卜”更换，如果更换的牛死了或又伤了，则宁愿“不郊”，也不敢用有瑕疵的牛来祭祀。被挑选出来圈养的“三牲”，由于它们是用来供祖先和天地享用的，所以其地位非常高。平时必被穿上绣有图集的“衣服”，《史记·老庄列传》载：“养食之数岁，衣以文绣。”同时古籍中“君式齐牛”、“国君下齐牛”等记载，说明即使国君见到它们，也要对其致敬。由此可见，古人对于天、地、祖先怀有怎样的崇敬之情。
古代中国严格的等级制度，也显现在祭祀活动中。具体到祭品，则表现在对“牺牲”的选用和“分胙”上。根据周代礼仪，帝王、诸侯致祭宗庙，牛、羊、豕全备，用“太牢”，卿大夫致祭宗庙，用“少牢”，不得僭越。《礼器》上也说，大夫以上祭祀用“太牢”叫做“礼”，士祭祀用“太牢”就是“无礼”，这叫做“攘”。同时，应该有的礼数没有达到也不行，齐国的晏仲平祭祀自己的祖先，做祭品的猪腿小到了盖不住豆，穿着洗过的旧衣服参加朝会，君子说他太小气，称之为“隘”。“胙”指的是祭品中的祭肉，“分胙”就是分食祭肉。古人认为，祭祀用的“牺牲”可以通神，神灵和祖先享用之后，会把福祉寄寓在牲体之中。分食这些牲体，就会得到祖先和神灵的保佑。“分胙”由主祭者来掌握，既要求平均，又要根据等级尊卑确定受“胙”的次序和享用的部位。
在具体的祭祀中，不同朝代对祭牲的毛色和部位有不同的喜好。《礼记·明堂位》云：“夏后氏牲尚黑，殷白牡。夏后氏祭心，殷祭肝。”说明夏朝祭祀喜欢用黑色的祭牲，且爱用动物的心；商朝祭祀喜欢白色的公牛，且爱用动物的肝。而在周代天子祭天时，祭牲用骍，即黄赤色的牛。献牲时，天子要亲自牵牲。进入庙门，把牲系在石碑上。卿大夫坦开衣服宰牛，先取牛毛，以耳部的毛为好。再以鸾刀剖开牛腹，取出血和肠子间的脂肪，然后退下。等到生肉和熟肉都献上之后，天子才退下，以示对天的恭敬。同时，在不同的祭典中，对祭牲的处理方式也不同。比如，祭地时要把赤色小牛埋在坛下，祭四时之神时要把羊、豕埋在泰昭坛下等等。此外，对祭牲的生熟也非常讲究，一般来说，祭天用牲血，祭自然之神用生肉，祭祖先则用熟肉。但祭祀初祖则要用生肉，因为初祖生活在上古，而上古不熟食。
“三献”之礼，即三次进酒的意思，分为初献爵、亚献爵和终献爵。“三献”之礼是一项非常隆重的仪式。仪式开始前，要击鼓奏乐，主祭者要将手净、擦干。然后行初献爵礼，要在供桌上摆放筷子、盏碟等餐具。众人行三跪九叩之礼。叩首复位后，要读祝文。清代礼部颁发全国统一的《祝文》是：“维神迹著两垣，枢环北极。六匡丽曜，协昌运之光华；累代垂灵，为人文之主宰。扶正久彰夫感召，荐馨宜致其尊崇。兹届仲春、秋，用昭时祭。尚其歆格，鉴此精虔。尚飨！”读完祝文后，行亚献爵礼，上羹饭与肉等食物。众人再三跪九叩。终献爵时，上菜蔬、果品等时令食品。众人第三次行三跪九叩之礼。每次进献都要上香。三献完毕后，大家分食供品。
“三冥节”祭祖
三冥节即是清明节、中元节和十月朔，此三个节日的共同特点就是祭祀祖先。在二十四节气中，清明节是惟一一个既是节气又是节日的日子。清明节在每年阳历四月四日或五日前后，按农历，则在三月上半月。古人把一年分为二十四节气，依这种岁时历法来播种、收成，清明便是二十四节气之一，时在春分后十五天，按“岁时百问”的说法：“万物生长此时，皆清洁而明净。故谓之清明。”东汉崔寔《四民月令》说：“清明节，命蚕妾治蚕室，涂隙穴，具槌、持箔、笼。”认为清明是蚕事的开始。
清明节扫墓的习俗与寒食节有关。寒食节在清明节的前一天，约在阳历四月四日左右，是民间禁火扫墓的日子。扫墓的习俗古已有之，早在西周，对扫墓就已经十分重视，《周礼·春官·冢人》云：“凡祭墓，为尸。”为尸就是设立牌位的意思。古人把墓祭看得很重，认为是追思祖先的一种方式。除寒食节外，秦汉时还以晦、望、二十四节气、伏、社、腊日供饭祭墓。
唐代，寒食节祭祖成为定制。玄宗开元二十年（732年）正式将寒食节墓祭编入五礼，永为常式。唐代寒食节墓祭风俗在唐诗中多有反映：杜甫《寒食行》：“寒食家家出古城，老人看屋少年行。丘垅年年无旧道，车徒散行人衰草。牧儿驱牛下冢头，畏有家人来洒扫。远人无坟水头祭，还引妇姑望乡拜。三日无火烧纸钱，纸钱哪得到黄泉！但看垅土无新土，此中白骨应无主。”
由于日期接近，清明也开始出现扫墓的习俗。杜牧《清明》：“清明时节雨纷纷，路上行人欲断魂，借问酒家何处有？牧童遥指杏花村。”据《东京梦华录》所载，在宋代，从寒食到清明这几日，人们皆出城上坟。及至明代，寒食节逐渐并入清明节，扫墓便成为清明节主要风俗事项之一。嘉靖安徽《池州府志》记载：“清明扫墓：季春朔日，士女诣墓所墓扫，祭毕加土于冢，挂楮（chǔ）标其上，悛（jùn）余而返。”