新疆和田大清真寺随着汉文化影响的融入，内地的回族清真寺开始利用汉式建筑的技术、材料、工匠和传统布局，按照伊斯兰教的宗教思想内容，创造中国的回族伊斯兰教建筑。浙江杭州的凤凰寺始建于宋元时期，后经多次重修，其礼拜殿内有三个半球形穹窿顶，入口大门用圆拱，两边有小尖塔，显然受到阿拉伯建筑的影响；但三个穹窿顶上面覆盖着传统的八角、六角攒尖瓦顶，说明它也已经逐步接受了中国传统的建筑形式。至迟在明初，内地的伊斯兰教建筑从总体布局到单座建筑的形体、结构、用料，均已大量融进甚至完全接受当地的传统。
从某种意义上说，汉族的道观寺院等传统宗教建筑都是普通居住建筑的变种，延续着四合院式的布局。这类建筑的主要特征是中轴对称，布局规整，木结构、瓦屋顶、雕梁画栋，亦称宫殿式或庙宇式。后期的清真寺也是如此，在礼拜空间不足使用的时候，就沿中心轴线之后增加一进或多进。清真寺对信徒们来说只是做礼拜的场所，并不是供奉神的地方，因而它仍是世俗的，这可能是清真寺与佛寺道观最本质的区别。此外，由于礼拜的方向必须朝向麦加方向，在中国是西向，所以将汉族建筑的南北纵深旋转了一下，改为伊斯兰教要求的东西纵深。西安化觉巷清真寺就是采用多重院落最典型的实例。
大殿是清真寺主体建筑，“礼拜”就是在这里进行，因此它体量最大，坐西朝东，置于寺内的重要位置。殿内西侧麦加天房所在方向以一堵横墙表示，称“基布拉”；基布拉与清真寺主轴相交处，也就是它的中央位置上凿出凹壁，标志麦加所在的方向和位置，此凹壁称为“米哈拉布”。礼拜墙和凹壁是最重要的地方，因此一般采用阿拉伯习惯使用的砖石结构、穹隆结构、拱券结构，使这部分成为窑殿。窑殿内还设有带十级踏步的台阶，象征着穆罕默德讲经说道的座席，教长演说的时候也最多只能登上第三级，阿拉伯语称“敏拜尔”，即宣讲台。礼拜墙、凹壁、宣讲台是礼拜殿中不可或缺的三要素，往往装饰华丽。
窑殿前是主要的礼拜空间，礼拜空间前还有供礼拜者脱鞋靴的前廊。伊斯兰教不提倡偶像崇拜，礼拜时只要向西即可，因此平面形状极为自由，造型丰富。中国建筑受木构件尺寸影响，单座建筑的体量都不大，为了尽可能多地容纳信徒，大殿往往沿礼拜方向将几座建筑纵深联系起来形成一个大空间，这样如果用一个大屋顶就会形成空间的浪费，于是中国穆斯林将一个大屋顶分成几个小屋顶，四面坡连成一体，侧面看正脊高低起伏，富有变化，形成了中国伊斯兰教建筑特有的“勾连搭”。
邦克楼（塔），又叫光塔、唤醒楼或者宣礼楼，是登高呼唤教民做礼拜颂经的建筑。因为体形修长高耸、引人注目，也成了伊斯兰教特有的标志。广州怀圣寺的光塔式样独特，正圆形，不分节也不分层，上有平台，平台上再置小塔，除了小小的通气孔外完全封闭，与中原诸塔迥异，甚至在阿拉伯国家也很难找到相近的实例，只有公元848—852年建造的伊拉克萨马腊大清真寺的螺旋塔略为相似。因为这座特别的塔，怀圣寺又叫作光塔寺。
伊斯兰教规定每年九月必须守斋（白天不进食）一个月，而斋月的开始和结束都由观察新月来决定，由此又诞生了在寺内高敞处建造的高耸楼阁建筑——望月楼。明朝中叶，陕西回族教育家胡登洲（1522—1597）朝觐麦加归来，在清真寺内讲授经卷，开始出现了讲经堂建筑，并由陕西传播到全国各地。
伊斯兰教在中国曾译为清真教，就是因为它有严格的净身要求，具有清净、纯真的特征。穆斯林礼拜前必须按需要进行小净（清洗眼耳鼻舌手足等）或大净（全身沐浴），因此水池和水房等配套设施也必不可少。此外，清真寺中还有具中国特色的影壁、牌坊、碑亭、香炉等建筑小品。
伊斯兰教建筑装饰大多以蓝绿白黑等冷色调为主，这是与阿拉伯世界所处的干热环境有关，同时也符合伊斯兰教清净纯一的教义。中国的伊斯兰教建筑受此影响，都采用青砖、灰瓦，即使在屋顶上采用了琉璃瓦也多是蓝绿色琉璃，只有在受到皇帝敕封时才使用黄琉璃，像山东临清清真寺虽然采用了黄琉璃瓦，但还是用了绿琉璃剪边，以冲淡过于炫耀的气氛。
伊斯兰教建筑极重装饰。中国伊斯兰教的建筑装饰不像一般伊斯兰教建筑那样使用马赛克镶嵌或灰泥雕塑，而是在木结构、砖结构的基础上发挥彩绘和木雕、砖雕技法，许多著名清真寺都以精美的彩绘艺术见长。这些彩画的内容多是螺旋、菱花、牡丹、荷莲、石榴等植物纹样；动物纹样在伊斯兰教建筑中是限制使用或禁止使用的，后来受汉文化影响，在瓦饰上偶有出现。
阿拉伯世界的伊斯兰教建筑和中国伊斯兰教建筑在装饰艺术上的共同之处在于它们都运用书法文字所特有的装饰美为建筑艺术服务，这在其它建筑艺术体系中很难看到。中国伊斯兰教建筑中除了汉、阿两种文字的装饰纹样，还出现了以汉、阿两种文字写就的联额匾对，而这本来可能是汉族文化中所特有的。
清真寺大殿室内装饰重点突出，以米哈拉布为中心，或刻阿拉伯文的清真言：“万物非主，唯有安拉，穆罕默德是安拉的使者”；或做成各种装饰纹样，以引人注目又不失尊贵、高雅大方为原则。举例而言，北京牛街礼拜寺的凹壁极为精致华丽，由于处在皇都、天子脚下，为了适应这种氛围，殿内全部采用朱红，尤以大殿内柱及柱间欢门，火焰拱券上刻经文贴金箔，纵横交错，层层叠叠，营造出无限丰富的感觉。因此，牛街清真寺不仅在历史上向来就是北方首寺，就宏丽的规制而言在全国也是首屈一指。
值得一提的是中国伊斯兰建筑中的三层八卦墓庐，这是中国穆斯林对伊斯兰教陵墓建筑的一种创造。三层屋檐，是中国传统木构建筑的表现；八卦即八方，四面八方为天地之象征，在其内安置拱形坟体。由于只有正向辟门，给砖雕或泥塑留出了发挥的空间，这些砖雕泥塑题材丰富，形象生动，既有汉文化传统中颇具象征意味的梅兰竹菊、明月松风等意向，更有麦加天房、麦地那先知寺等建筑形象。
新疆维吾尔族清真寺
维吾尔族清真寺全部分布在新疆地区，从10世纪伊斯兰教在新疆传播开始，就在旧有的新疆传统民居建筑基础上创立了与回族体系不同的一类伊斯兰教建筑体系。
维吾尔族清真寺建筑布局虽为院落式，但总体无明确轴线，比较自由灵活。主体部分也是礼拜殿，有后殿（冬季用）和前廊（夏季用）之分，其中同样设有礼拜墙、凹壁和宣讲台，多采用木构多柱大厅式或土构穹隆结构式。坐落在喀什艾提尕尔广场上的艾提尕尔清真寺是新疆规模最大、最宏伟、最壮观的清真寺，至今已有500多年的历史。它的礼拜殿就是多柱大厅式，分内殿、外殿和侧廊三部分，殿内立有木柱140根。站在这个厅里，人们会不由得想起多柱大厅式的最高典范——西班牙科尔多瓦大清真寺。穹隆结构的大殿具有明确的中心性，呈集中式平面布局，莎车阿孜那清真寺大殿也是这种类型。
大门楼是清真寺的进出口，也是重要标志，通过大门楼的设置可以看出维吾尔族清真寺的身份等级和地位。最常见的形式是两座高高的光塔夹着屏风墙，墙正面开内凹式尖拱券，设有庞大而坚固的门扇，高大突出，牢固壮观，形同伊朗盛行的屏风门式的门殿。在维吾尔族清真寺中，光塔常常只是作为一种标志和装饰，甚至不能攀登。
装饰丰富是所有伊斯兰教建筑的特征，西班牙格拉那达阿尔罕布拉宫（Alhambra）的优美华丽就令人叹为观止。而新疆维吾尔族清真寺内装饰纹样之丰富，也几乎到了登峰造极的地步。建筑材料决定着装饰做法，木结构梁柱上施雕饰，密肋顶棚绘彩画；砖结构则以石膏雕花、拼砖、花砖、琉璃砖为主。
由于礼拜殿内没有崇拜的偶像，因此天花板、梁柱、墙面上都写满了经文，经文间饰以各种几何纹样或者植物纹样，如各种藤蔓、花卉、枝叶、果子。有的是彩绘，有的是石膏雕刻，有的用马赛克镶嵌，还有的用琉璃砖贴面或琉璃砖块砌筑。色彩多用淡雅的宝蓝、粉绿、深绿、孔雀蓝、白、黑等，在点缀上用少量的金粉、银粉，愈显得高雅。这些装饰共同的特征是花纹细小、细腻，不强调立体感，而是铺陈成一个平面或曲面；其次是不留空白，凡视线所及之处全部铺满。
基督教建筑
根据明代西安出土的“大秦景教流行中国碑”记载，景教（基督教）传入中国可追溯到唐贞观九年（635）。当时唐太宗执行开放的文化政策，对各民族文化及海外文化兼收并蓄，上海徐家汇天主堂为基督教提供了传播的机遇。那时候的教堂采用中式传统建筑形式，按中国习俗称“寺”。
唐末至北宋，景教在中国内地销声匿迹。元代基督教较为兴盛，当时的基督教堂——十字寺采取中国传统建筑形式，只是内部的宗教陈设不同。
明清两代对基督教时弛时禁，在清嘉庆禁教之前仍略有进展。天主教耶稣会士利玛窦（Matteo Ricci，1552—1610）于1583年来到广州，1596年就任耶稣会在华首任会长。继利玛窦之后，耶稣会传教士接踵来到中国。最初的教堂多沿用中国的民宅、寺庙，或者按中国传统建筑样式建造，稍加西洋装饰，简单的仅立十字架为象征。后来，一些西方传教士开始自行设计，基督教堂作为西方传入中国的一种建筑类型在中国普遍出现。
1860年以后，西方列强通过不平等条约，获得了在中国内地自由传教的权利。从此，基督教传教士大规模进入中国。这一时期的传教士是以征服者的姿态随侵略者的炮舰进入中国，不再执行利玛窦时代与中国传统文化相“调适”的传教方针，而是直言要以基督教文化改造中国文化。反映在教堂建筑上，主要以模仿或照搬西方教堂建筑的样式为特征，是19世纪末20世纪初世界建筑历史上出现的“折衷主义”在中国的反映。天主教堂的面貌相对于西方来说变化不是太大，新教教堂和东正教教堂则变化较多。总的来说，中国的教堂建筑主要受以下几种形式影响。
罗马风教堂。早期在中国出现的教堂多采用这种形制。1847—1853年建造的上海董家渡圣·方济各·沙勿略教堂为现存最早的一座西式教堂，以第一个来到远东，却始终未能进入中国而死于上川岛的耶稣会士方济各·沙勿略（St．Francis Xavier）的名字命名，这是一座罗马式与巴洛克式混合的教堂。1860—1861年在上海法租界四川南路建造的洋泾浜天主堂，原名圣·约瑟堂（St．Joseph’s Church），是较典型的法国罗马风教堂，侧墙上的彩色玻璃花窗尤其引人注目。
哥特式教堂。这种式样在中国天主教和基督教新教建筑中都很常见。1863—1888年建于广州的石室圣心教堂是中国近代最典型、施工建造最精细的法国哥特式天主教堂之一，尖塔高58．5米，居全国所有教堂之冠。最杰出的哥特式天主教堂当推上海最大的教堂——徐家汇天主堂，其正门两侧有高耸的塔楼，内部为哥特式的骨架券结构，整座教堂体形高大，色彩和谐，给人以神圣、崇高的印象，被称为“中国教堂之巨擘”。上海现存最早的基督教礼拜堂——圣三一教堂，采用英国哥特教堂式样，局部受罗马风格建筑影响。
仿自文艺复兴与巴洛克式的教堂在中国也为数不少。青岛浙江路圣爱弥尔教堂就是在哥特式与罗马风混杂风格中掺进了文艺复兴建筑的设计手法，是典型的折衷主义建筑。它位于城市中心的制高点观海山西小岭上，双塔耸立，成为青岛城市空间构图的重要组成部分，也成为城市景观的焦点。
哈尔滨是东正教堂建造最多的城市，受俄国教堂样式影响较深。俄罗斯建筑砖工精致，多采用清水砖墙，并用砖砌成各种花饰，这一特征在哈尔滨圣索菲亚教堂得到充分体现。圣索菲亚教堂始建于1907年，拉丁十字形平面，主体部分为纵横相交的筒拱结构，中央穹顶下有四个大砖垛支撑外径十米的圆形鼓座，鼓座上是巨大的洋葱头式穹顶，正面八边形钟楼上为帐篷顶尖塔，尖塔上亦冠以洋葱头式穹顶，其它三面同样处理，只是高度低于正面，以突出主入口。
传教士把西方建筑文化的影响从北京、上海、天津等近代主要城市向中国广大内地散播开来，甚至在偏远的城镇、乡村，也常常可以看到矗立在众多中国传统建筑中的西式教堂。不过修筑在这些地方的教堂在建筑形式上更为灵活，中国传统建筑中的塔、屋顶、牌坊、垂花门等构成要素，与西方教堂建筑中的塔楼、穹顶、柱式、拱券、玫瑰窗、十字架等随意组合，形成各种生动活泼、充满趣味的建筑形式，构成中国近代中西建筑文化交融史上一道独特的风景线。
为了更多地在中国吸引信徒，传教士们陆续在上海、南京、天津、北京、广州等地兴办了一批文化事业（译书、办报、教会学校）和慈善事业（医院、慈幼、救济）作为传教辅助工具，前后存在近百年。其中学校、医院是规模较大的建筑类型，其建筑形式既有西洋古典主义、折衷主义、中西混合式样，也有“中国式”。
最早中西合璧的校舍建筑是上海圣约翰大学（校址现为华东政法大学所在地）的怀施堂（1894）等一系列校舍，它的体量构成仍维持西方建筑式样，只是屋顶采用了中式的单檐歇山顶和重檐四角攒尖顶，塔楼屋顶还模仿江南传统建筑，四角高高翘起。20世纪初的中国民族主义运动对教堂建筑的形制虽然影响不大，却引起了教会学校和医院建筑探索中国建筑民族形式的趋势。20世纪20年代前后，出现了更多的中国式的教会大学及一些教会医院，如北京燕京大学（今北京大学）、南京金陵大学（今南京大学）、金陵女子大学（今南京师范大学随园校区）、广州岭南大学（今中山大学）、北京协和医院等。这些校舍及医院充分体现了西方建筑师对中国传统建筑的理解，以及用西方建筑设计手法处理过的中国传统建筑的形式构成要素（主要是屋顶）。虽然他们的尝试是建立在西方建筑形式构成观念的基础上，但他们对以后中国建筑师在这一领域的继续探索带来了不小的启示。