来的人确实是杨龙友，但是让李香君没有想到的是，随他而来的还有阮大铖和田仰，以及一大群官兵。门已经开了，李香君想将他们拒之门外已是不可能的事了，只能由着他们鱼贯而入塞满了整间院子。
李香君斥责杨龙友为什么背叛侯方域，与阮大铖和田仰这种乱臣贼子狼狈为奸。还没等杨龙友开口解释，阮大铖就已经示意手下将李香君擒住了。李香君一个柔弱女子，怎么可能从众多男人的手中挣脱，只能束手就擒。但她不甘心就这么不明不白的被阮田二人带走，她要他们给一个抓自己的理由。
李香君抬起头来，对阮大铖说道：“不知道小女子犯了什么罪，要劳烦阮大人你亲自出马来捉拿？”
没等阮大铖说话，一旁的田仰就插话道：“就算阮大人今天不来抓你，我也会来抓。上次让你从了我做我的小妾你不愿意，竟然还以死相逼。就算你逃得过上次，这次你肯定是逃不过的。”
李香君心知这次不同以往，对方人多势众，自己贸然反抗，恐怕也无济于事。稍加思考之后，李香君有了主意。她看着上次要轻薄自己的田仰，不仅没有半分畏惧，反而发出了一声冷笑：“嫁给你？你也不去照照自己长什么样，要嫁我也要嫁阮大人这种既有学识，官又做得大的男人。”
阮大铖可不是一般人，他看出李香君是在挑拨自己和田仰之间的关系，于是对李香君笑着说道：“李香君，我们今天来是来解救你的。你这样没日没夜地等侯方域，简直是在白白浪费自己青春。你根本不知道侯方域会不会回来，几时能够回来。实话告诉你吧，你这样等他也是白等。都知道你会唱曲会弹奏乐器，有一身的好技艺。当今圣上正在四处搜罗能奏善唱的歌姬，我已经奏请了圣上，让你去宫里面献艺。每天锦衣玉食，岂不是比你每日在这里空等一个根本就不会回来的人要好得多？”
李香君终于知道了他们的真正来意，既不是阮大铖要纳自己为妾，也不是田仰要收自己做偏房，而是要把自己献给当今的皇帝，送自己进宫当歌姬。如果是阮大铖或者田仰，她的抵抗可能还会有些作用，而现在却是高高在上的皇上，她再怎么抵抗也是无济于事。
李香君没有做出任何的反抗，但是她向阮大铖请求能够再给自己一天的时间，说还有些事情要处理，并向杨龙友使了个眼色。
虽然阮大铖和田仰是由杨龙友带进侯家院子的，但他其实并没有变节，他也是一个满腔热情的仁人志士，只是无奈被阮大铖抓住了自己的把柄，只能任由他摆布。于是，杨龙友在阮大铖耳边说：“大人给她一天时间也无妨，明日我定将她送至府上。”
阮大铖担心如果逼得太紧，会让李香君做出些自寻短见的事来，为了讨得皇上的欢心，他必须保证新送进宫的歌姬毫发无损才行。于是他答应宽限李香君一天。
阮大铖他们走了之后，李香君回到房间里失声痛哭。她没想到此前在渡口送别侯方域竟然会是最后一次相见。但她并没有完全失去理智，因为她要等一个人。而这个人就是杨龙友，她始终相信杨龙友还是侯方域的那个昔日好友。
果然，没过多久，杨龙友就折返了回来。他先是安慰了李香君，然后又向她诉说自己的苦衷。
李香君的心情虽然稍微平复了一些，但她仍然十分沮丧。面对进宫当歌姬的命运，她心中感慨万千。李香君对杨龙友说：“在这个危难关头，皇帝还沉迷于声色犬马，想必也不是什么明君。我这一去，恐怕再也回不来了，我与方域的缘分也算是走到了尽头。这柄桃花扇，是我和他的信物。我不想将它带进污浊的皇宫，还拜托你先替我保存，待到方域从扬州回来，再转交于他。”说完，一边哭一边将折扇递交给了杨龙友。
杨龙友心里也明白李香君一旦进宫很可能就一辈子也出不来了，也是嗟叹不已，却无可奈何。侯方域和李香君爱情道路上的见证者除了他，恐怕再无第二人了。从媚香楼里的初识，到梳拢所花的万两银票，再到后来的血染桃花扇，杨龙友早已被侯方域和李香君之间轰轰烈烈、坚贞不屈的爱情所折服。看到二人悲剧的结局，想到自己竟什么都帮不了，他又深深地自责起来。
杨龙友紧紧地握住桃花扇，信誓旦旦地对李香君说：“嫂子你放心，这把扇子我一定转交到方域的手上。你在宫中也要万分保重，现在皇宫里也十分动荡，你保重身子，说不定哪天就能从皇宫出来与方域重逢。”
李香君知道杨龙友是在宽慰自己，也不多言，只是暗暗地流下泪来。
第二天，李香君穿着一身素白的衣裳，在漫天飞舞的粉色桃花瓣的裹挟中，抱着那把心爱的琵琶，万般无奈地上了进宫的小轿。她原本是想服毒结束掉自己的生命，但转念又想到在宫中还可能与侯方域重逢，就打消了轻生的念头。她轻轻地拉起轿子的帘布，最后看了一眼曾经与侯方域生活过的旧宅院，又低头抚着怀中的琵琶，暗暗发誓即使要付出生命的代价，也不会将侯方域最喜欢的那曲《琵琶记》弹给其他人听。
朝廷偏安金陵，国库早已空虚，可是在这皇宫里，却仍是富丽堂皇。处处轻纱薄幔，呈现出一派歌舞升平的盛世景象。李香君刚进宫不久，朱由菘就命人教授她弹唱由阮大铖亲自谱写的新曲《燕子笺》。
一日，朱由菘正在欣赏着李香君的歌艺。忽然，一名宫人急急忙忙报告说清兵已经南下占领了扬州，直逼金陵。这句话一下子刺痛了李香君的心，她急切想知道侯方域的下落。而朱由菘却一心想着三十六计走为上，今天要是能够逃出金陵，说不定他日还能东山再起。但还没有等他们动身，叛变的部将就将他看押了起来，送给了清兵。
朱由菘被清兵拿下后，金陵也随之陷落了。清兵大肆搜刮明皇宫，李香君终于在一片纷乱中仓皇逃了出来。
然而，平日里熙熙攘攘的秦淮河畔现在却是火光冲天。李香君想要打听侯方域的消息，可人们连逃难都来不及，哪有人顾得上理会她呢。李香君踉踉跄跄地朝自己家里走去，可她一连几天没吃东西，实在没了力气，一头栽倒在了秦淮河边的长板桥上。
长板桥下的河水仍然在静静地流淌，而长板桥上却满是急匆匆的脚步声。昏迷中的李香君有幸遇到了曾经教她弹琴唱曲的苏昆生，她被苏昆生带离了金陵，投奔去了姑苏。
此时的侯方域听说皇宫已被攻破，也在四处找寻李香君。那天晚上，他在长板桥上发现一个香囊，一看上面的绣工，认准了它就是李香君遗落的。但是香囊在，人已去。侯方域对着眼前汩汩流动的秦淮河大喊了几声：“香君，你在哪里？”然而，秦淮河还是那样静静地流淌着，没有任何回音。
侯方域握住李香君留给他的桃花扇和香囊，悔恨自己既没能抵御清兵的南下，也没能保护好李香君的安全，致使两人现在天各一方，有情人不得眷属。
占领金陵后，清兵大举入关，山河破碎，侯方域无法继续在金陵找寻李香君，于是他启程奔赴了商丘老家。
姑苏城内的一间小楼里，李香君日夜守候在朝向金陵的窗户旁，她盼望着侯方域的身影能够在窗户外面出现。然而，这只是她的美好幻想，她哪里知道侯方域已经去了相反的方向。
因为李香君身体一向较为虚弱，再加上之前从金陵一路颠簸到姑苏，损耗了她大部分元气。这些天又因思念侯方域而郁郁寡欢、忧劳成疾。突然在一阵痛彻心扉的咳嗽之后，李香君将一团红色的鲜血吐在那绢洁白的手帕上。
没过多久，这样一位风华绝代的痴情女子终于在姑苏香消玉殒了。临终之前，李香君将一绺头发交给苏昆生手上，拜托他交给侯方域。
安顿好李香君的后事，苏昆生又回了一趟金陵。他在金陵找到杨龙友，终于打探到了侯方域身在商丘老家的消息。苏昆生赶忙带着李香君的那绺头发动身去了商丘。
侯方域果然还在老家，苏昆生将李香君的头发庄重地交给侯方域。侯方域听说李香君已经过世，他捧着那绺极为轻微的头发，心中却感到无比的沉重，眼泪禁不住夺眶而出。
侯方域感慨李香君对自己的忠贞，他想将李香君的那绺发丝埋葬在侯家祖坟中，却遭到了父母亲的反对。他只好将李香君留下的桃花扇、香囊和发丝埋葬于一个僻静的角落，在上面堆起一抔黄土，借以祭奠他们之间忠贞不渝的爱情。
每年春天，李香君坟茔前的那株桃树上的花总是开得格外的灿烂，好似在向人们诉说一个佳人已逝、香魂犹存的故事。