李自成从探子口中得知吴三桂欲攻入北京的消息，一直坐立不安，不知道哪一个环节出现了问题。不过他也不能坐以待毙，于是举兵亲征，倾巢出动，并押解吴三桂的父亲，意图再次威胁吴三桂。
陈圆圆见府里异常的安静，经下人打听才知道是大顺军与吴三桂的明军在山海关交战了。听到这个消息，圆圆的心猛然往下沉，整个人呆掉了。她想：大顺军与吴三桂的力量对比悬殊，吴三桂几乎没有什么胜算啊。陈圆圆在这期间打听到了冒辟疆的消息，听说他早已回到了金陵，又遇到了红颜知己董小宛，陈圆圆不觉心里一阵轻松。如今，她只剩吴三桂了，她再不能承受失去他的打击了。
这几日，圆圆总是走到院子中，望着远方的天空，仿佛看到了远方战火纷飞、互相厮杀的场面。每当这时，她都不觉皱紧眉头，心里紧缩成一团，像是被谁抓住了一般。
一日，陈圆圆见整个府上一下人多了起来，就随便抓住一个下人问发生了什么事。下人不在意地说：“听说李将军已回师了，好像杀了很多人，应该是旧臣吴三桂的一家，真是惨哪！”陈圆圆傻住了，她颤抖地问：“那吴三桂将军呢？”下人不耐烦地说：“肯定战死了！这还用得着问？”陈圆圆一下瘫坐在地上，她的心好像被掏空了一样。她想哭，可是连泪水都流不出来，她只能这样坐着。虽然她的周围有喧哗声、有鸟声，可是她什么也听不见。仿若天地间只有她一个人，过去一一闪过脑海：姨母、杜娘、冒辟疆，他们还在，可是她知道他们不属于她现在的世界。现在的这个世界是吴三桂给她的，而没有了吴三桂，她便认定如今什么都没有意义了。她艰难地站起来，行尸走肉般地走回屋里，毫不犹豫地用匕首深深地插到腹中，她不再悲伤，虽然心即将要停止跳动，但她能够感觉到它的温暖。
树林中，一匹骏马奔驰着，马匹上的人盔甲残缺不全，头发上、脸上、衣服上全部都是血，让人看不出他的模样，而这个人就是刚从战场上回来的吴三桂。他腿上还流着血，可是他管不了这些，他竭尽全力地往前赶，为了见那个日思夜想的人。很快，吴三桂看到了陈圆圆，不过却是一具尸体。吴三桂紧紧地抱住圆圆那没有了温度的身体，看着她那苍白如纸的脸，心想：他为了她背叛家人，联合清兵攻打大顺，如今胜利了，她却离开自己了。他无法控制地对圆圆大喊：“圆圆，是太晚了吗？你怎么就不能再等等我？你怎么可以丢下我一个人？”然后他将整个脸埋在她的胸前，一动不动，只是肩头微微抽动，偶尔伴着些啜泣声。吴三桂意识到了自己在哭泣，但他没想到他戎马生涯一生，却会为一个女人哭泣。
这时吴三桂的随从外面跑来，气喘吁吁地说：“将军，大夫来了，夫人应该还有救。”吴三桂如木偶般由着唐逸拉扯开，大夫为圆圆清洗伤口、止血、包扎，然后说：“将军，夫人流血过度，十分虚弱，不过暂时是救过来了。”
等陈圆圆醒来的时候，大顺已经灭亡了。
复归吴三桂，卒于滇池旁
经过大夫的及时救治，吴三桂又从各地找来稀世药材，终于把陈圆圆从鬼门关给拉了回来，可是她却一直昏迷不醒。在这种情况下，吴三桂每天都寸步不离地陪在她身边。
此时在去往南明的马车上，陈圆圆躺在一张看起来不太舒服的床上。吴三桂握着她的双手，累了一天的吴三桂扶着车窗，竟然就这样睡着了。陈圆圆迷迷糊糊的感觉到有些颠簸，她慢慢睁开眼，意识到这应该是一辆马车，她想：她不是死了吗？怎么感觉这么真实。再看看旁边，圆圆却笑了，看来是真的死了，自己看见了吴三桂，原来死是这么幸福的一件事啊。看他紧皱着眉头，定是伏窗的姿势令他感觉不舒服。不过圆圆喜欢看着这样的他，显得那样宁静和真实。
突然，一个颠簸，圆圆“哎哟”一声-颠簸扯动了她的伤口，她感觉一阵阵疼痛。而这一声也惊醒了吴三桂，他忙望向圆圆，见圆圆正睁着大眼睛看着他，他惊喜地抱住圆圆，激动地说：“圆圆，你终于醒了，我真怕你永远都醒不过来了！”说着，双手捧着她瘦瘦的脸，心疼不已。圆圆不敢肯定地说：“你的意思是我们还活着？”看着圆圆朦胧的表情，吴三桂解释给她听：“咱们还活着，并且现在已不在北方，清军已占领北京，我们正要去投靠南明。”
看到圆圆震惊的表情，吴三桂又告诉她自己怎样战胜李自成，清兵怎样攻入北京，以及自己正准备投靠南明的计划。圆圆听到这些，恍如隔世般，一时之间难以消化这些令人震惊的消息，同时也感到深深地自责，如果不是因为自己，清军不会这么快攻入北京吧。感受到了圆圆的自责，吴三桂不舍道：“最初我也接受不了大明灭亡的消息，可是清军多年进犯，农民起义各地兴起，大明实际上早已名存实亡。现在最重要的是要积蓄力量，准备反清复明。不过现在我还有更重要的事情，就是正式迎娶你。”圆圆听了吴三桂的话，忘了害羞，直直地看着他，心中又是感动，又是高兴，泪水在眼里打转，最终滴落下来，而她则轻靠在他怀里。
不久后，吴三桂携家带口终于到了当时的南明朝廷。到了这里，吴三桂第一件事就是正式迎娶了陈圆圆；接着，他开始招兵买马，重整他的兵团，准备抗清。在这期间，吴三桂给予了陈圆圆无限的宠爱，而陈圆圆也为他变成了一个温柔娴淑的夫人。陈圆圆突然感觉自己成熟了，每天只要看见他操兵累了，就给他擦汗、送水；看他在外面不如意了，就给予他温柔的安慰，甚至在抗清的斗争中，随军照顾，为他出谋划策。陈圆圆深深觉得：能这样拥有他，是多么的幸运啊！而吴三桂也为拥有这样美丽而聪慧的夫人而感到骄傲。二人的感情十分融洽，并不断升温。
可是，人总会变的。随着李自成失败，清军入关，不断南侵，南明的势力越来越弱。而吴三桂带领的兵团在反清的举动上，却越来越没有势头。加上清军不断诱降，吴三桂投降的趋势越来越明显。这些同样逃不过陈圆圆的眼睛，她不相信一直坚持反清复明的吴三桂会放弃，最终会投降于满清。于是二人有了几年以来第一次面红耳赤的争吵。
书房内，陈圆圆与吴三桂对峙着。或许是常年随军的原因，此时的陈圆圆不再娇弱，反倒有一股英姿飒爽的感觉，胆子也变得大起来。她虽面对着吴三桂的怒火，但仍旧坚决地说：“当初你还信誓旦旦地说要坚持反清复明，而现在却要第一个举旗当叛徒，这样的你很让我失望！”此时，吴三桂也火了，眼神凌厉地射向陈圆圆，用力大吼：“你怎么敢这样跟我讲话，不要利用我对你的好，就什么都想管，没有人能动摇我的决心。”说完愤然摔门而出。陈圆圆呆住了，不知道怎么反应才好，只觉得此刻好恨他。
两人已经好多天没有见面，这天陈圆圆坐在吴三桂的书房里，手上拿着吴三桂送给自己的匕首，看着周遭的一切发呆。心中想起那天吴三桂说的话，圆圆就忍不住落泪，同时又感觉很自责，觉得自己是不是真的太过分了，是不是真的不够理解他。而吴三桂这几天也是不好过，后悔自己那天说出那样的话，于是决定回去好好跟陈圆圆谈谈，然后就看到了在书房里默默流泪的陈圆圆。看到这情景，吴三桂更加恨自己，他用力拥住陈圆圆，向她道歉，并对她解释：如今两军交战，百姓生灵涂炭，人们过着水深火热的生活，如果由满清统治而天下太平，那投降又有何不可。最后陈圆圆再一次相信了他，两人重新燕好如初。
之后，吴三桂降清，继续携家带眷为大清王朝东讨南征。而吴三桂与陈圆圆的矛盾却随着他攻克的地方越来越多而变得越来越复杂。
陈圆圆随着吴三桂势如破竹的攻下南北数省，在此期间她看到了吴三桂勇猛的一面，也看到了他残暴不仁的一面。陈圆圆无法忍受，吴三桂每到一个地方便残酷镇压当地的抗清义军，如果有反动的，就全部烧杀，连老少妇孺都不放过，甚至他还下令绞杀那些曾经一起反清复明的义士。可是，陈圆圆却相反，每到一个地方，她主动关心当地穷苦的百姓，想办法帮助流离失所、无家可归的孩子、少女，她不想让他们走上自己所走过的道路。陈圆圆的举动一度惹恼了吴三桂，连他的随侍都看不过眼，来劝说吴三桂，而吴三桂却无奈地说：“只要她做得不要太过分，就随她去吧，终有一天她会明白我的用心。”陈圆圆多少也知道吴三桂的野心，可是每当听见外面的人喊“叛贼”的时候，她心里就极度不安，怕有一天他作茧自缚。每次陈圆圆想推心置腹地劝说吴三桂，可是看到吴三桂踌躇满志的样子，也只好作罢。
一天，陈圆圆看到丫鬟小银气喘吁吁地跑来，她忙问：“小银，发生什么事了？”
“是将军，将军……”
这下圆圆着急了：“将军到底怎么了？你快说！”
小银上气不接下气：“将军好像要杀什么榔的，还要当什么大王，具体我也不知道，我不知道是好事还是坏事，想着先告诉夫人您。”
陈圆圆听了丫鬟的话，心急如焚，来回在房间踱步，猜想吴三桂可能杀了大明的皇帝朱由榔，这下他真的把事情做绝了，把自己送到了悬崖边上，再没有回头路了。
这天吴三桂也兴冲冲地跑来找陈圆圆，并对她说：“圆圆，我这次算是立了大功，绞杀了全部的逆贼，平定了云贵，终于可以镇守一方了。”