萨缪尔曾读过赫恩顿上尉关于在亚马孙河探险的故事，他被赫恩顿上尉有关古柯叶的记载给迷住了。萨缪尔决心到亚马逊河的源头，去收集古柯叶，用它做生意发大财。
古柯是一种灌木，是美洲大陆的传统种植作物，是可卡因的主要原料。古柯树叶嚼起来是苦的，为当地的咀嚼者所喜爱。他们认为古柯可以使他们增加力量、驱除饥饿、减轻痛苦。因为古柯是一种高热能植物。当地人称古柯叶为“圣草”或“绿色的金子”。
古柯叶是提取古柯类毒品的重要物质，曾为古印第安人习惯性咀嚼，并被用于治疗某些慢性病，但很快其毒害作用就得到了科学证实。
抱着发财的梦想，在1857年春天，萨缪尔开始了他的旅行计划。他乘坐着破旧的“保罗·琼斯”号，缓缓地离开辛辛那提码头，沿密西西比河驶向远方。萨缪尔的生活从此翻开了崭新的一页。
还是在汉尼巴尔的时候，萨缪尔就对行驶在密西西比河上的各式船只及轮船上的船长、水手、领航员等羡慕不已。
在内战之前，美国中西部地区的货运、客运大都依赖于密西西比河。轮船到来的日子，对沿岸各镇来讲，都是一个隆重的节日。只要有人喊一声“班船——来——了！”刹那间，原来沉闷的镇子就会立刻喧闹起来。无论是老人、小孩、男人、妇女，还是流浪汉、酒徒，甚至连狗、马等，都欢快地朝码头上跑。
当然，小孩子们跑在最前面，为的是抢占有利的位置，迎接那远道而来的客人。萨缪尔9岁的时候，有一次他偷偷地溜到停靠在码头的轮船上，钻进驾驶室，正试图去摸舵轮时，马上被领航员发现，把他赶回到岸上。
轮船到岸后，只见船头旗杆上飘着旗子，所有锅炉的炉门都敞开着，炉工们使劲地往里抛煤块，一边投入一些松香，使得烟囱里冒出滚滚的黑烟，以庆贺轮船的靠岸。
旅客们纷纷挤在上层的甲板上，船员们站在前甲板上，船长则庄重严肃地立在大钟旁，发号施令。轮船在他的号令声中，稳稳当当地靠了岸。
舷梯一搭好，上下船的，装卸货的，都上上下下，真是拥挤不堪。这种场面大概持续几分钟后，船长便一声号令，轮船就收起了旗子，一阵轰轰声过后，又开始它新的航程。
在汉尼巴尔小镇，每星期都有轮船停靠，但每次轮船到来时，依然是全镇瞩目的焦点。童年的萨缪尔和伙伴们就在这样的兴奋与期盼中逐渐地长大了。
此时，长大后的萨缪尔为了见到心中的梦想，开始独自旅行，成为了轮船上的一名乘客。他想，作为一个乘客，他会像当年那样，令每个码头上的孩子们羡慕的。于是，每当“保罗·琼斯”号靠岸时，爱表现的他总是站在船上一个比较显眼的地方。一旦他知道有人在注意他，他就会装出一副厌倦于乘船旅行的样子。所以，对萨缪尔来讲，缓慢的旅行并不显得是那么漫长和无聊。
轮船在路易斯维尔附近撞上了河中的暗礁，耽搁了4天。也就是在此时，萨缪尔有了成为船上一员的想法。他对船上的大副那种与众不同的发布号令的方式很感兴趣，于是便试图引起大副对自己的注意，以便进一步同他接触，但是大副对他不屑一顾，比较冷淡，结果只能失败了。
过了几天，萨缪尔总算与船上的一名守夜者搭上了话。他向这位爱吹牛、扯谎的守夜者送上一支烟卷，对方很高兴地接受了。因为夜晚实在是比较单调，没什么意思，他正愁没个人跟他聊天呢，于是两个人就聊了起来。守夜者告诉萨缪尔那些岬角、岛屿的名字，并且还跟他讲一些荒唐的故事，萨缪尔饶有兴趣地听着。
渐渐地，善于交际的萨缪尔与船上的一些人混熟了。最终，他还博得了领船员霍雷斯·毕克斯比对他的信任。霍雷斯·毕克斯比此时35岁，脾气很大，但他是密西西比河流域公认的航道专家。毕克斯比白天值班的时候，萨缪尔就坐在一旁，有时还有机会操纵一会儿轮舵。在毕克斯比的指导下，萨缪尔学会了不少有关航行、领航和河道的知识。
这艘船航行得很慢，两个星期后，船才到达新奥尔良。萨缪尔下船后，四处打听开往亚马孙河的帕拉港口的轮船，但好几天都得不到确实的消息。而此时，他的口袋里只剩下10块钱了，他探险的信心也在逐渐消退。此外，有人还告诉他，10至12年内不会有船去那儿的。萨缪尔的发财梦想就此破灭了。没办法，他只好另想办法谋生。
此时，一个念头突然闯入了他的大脑：做一名令人羡慕的领航员。因为萨缪尔和他的朋友们从小就听说，轮船领航员的地位是至高无上的。因为只有领航员才能在变幻莫测的大河上从容指挥船只，连船长也无权干涉领航员的行动，只有领航员才能决定船只该走哪边，而不该走哪边。萨缪尔从小觉得，世界上没有什么职业能比领航员更棒了。
此外，领航员的生活很有保障，生活比较富裕。在整个密西西比河流域的劳动者阶层中，占有着特殊的地位。他们跟工厂里的一般工人的收入相差悬殊，领航员每月工资150美元至250美元左右。而领航员这一职业，是当时全美国薪资第三高的职业。
主意打定后，萨缪尔变得立刻兴奋不已来。他迅速跑到轮船上，找霍雷斯·毕克斯比，请他收自己为徒弟。起初，毕克斯比拒绝了，因为带徒弟既无聊又无利可图。但是他熬不过萨缪尔的软磨硬泡。而且，随着这段时间的交流，毕克斯比发现这个乡下小伙子品行端正，勤奋好学，既不酗酒也不好赌。于是，他终于同意收下这个徒弟。按照当时的惯例，学徒必须交纳500美元学费。
萨缪尔做了毕克斯比的徒弟后，驾着“保罗·琼斯号”回到了圣路易斯。他向姐夫威尔·莫菲特借100美元，莫菲特非常爽快地答应了小舅子的请求。于是，萨缪尔把借来的钱交给毕克斯比，正式开始了他4年密西西比河上的航行生活。
要当一位称职的领航员，必须熟知大河上的一切情况。由于当时的轮船是由很容易燃烧的木材建造的，因此在晚间也不可以开灯。领航员需要对不断改变的河流有丰富的认识，因而可以避开河岸成百的港口和植林地。
当时，密西西比河上没有灯塔，也没有浮标，领航员导航只能凭借自己那非常准确的记忆力和判断力，才能使船只平安地航行。他们必须记住整个航道中每一米河道的模样。甚至连被河水淹盖的树杈也不能掉以轻心。
当领航员需要具有惊人的记忆力，随时准备承担风险。他们不但要极为准确地记住河道的全长，而且要分别牢固记住每一段航线的具体里程，昼夜之间的变化情况以及有关的水文气象预测知识等。
毕克斯比机智勇敢，经验丰富。在学徒期间，萨缪尔看到他总是从容地引导轮船行驶，即使遇到紧急情况，在他脸上也丝毫找不到惊慌失措的神色。
在毕克斯比的批评、喝斥、吼骂声中，萨缪尔身上的那股傲气所剩无几了。萨缪尔在1859年得到领航员执照之前，他花了两年多的时间，一丝不苟地学习研究了密西西比河的河道。
毕克斯比是一位老练精干的领航员，在同行中极受尊敬，同时他也的确是一个出色的师傅。他将船所经过的每一个城镇、农场、岬角、沙洲、岛屿、拐弯处，都一丝不苟地告诉萨缪尔，并告诫他要准备个本子，将这些都清清楚楚地记下来。
在航行过一段过后，毕克斯比会突然问萨缪尔一些问题，如“新奥尔良上游的第一个岬叫什么名字？”或者“你知道梅树湾是什么形状？”之类的问题。
当萨缪尔回答不出来时，他那火暴的脾气便立刻发作了，在一阵咆哮之后，他会耐心地教导萨缪尔。他说，要像黑暗中走进自家的客厅一样，弄清楚这蜿蜒曲折、岸上水底都变化多端的长河的琐细形状才行。在任何这样的阴影里，你无法看清暗礁，可是你心中有数，分明知道它在哪儿，航道的形状会提醒你，快要靠近暗礁了。
而在漆黑的夜晚和在星空下，河道形状是大不一样的。此外，还有各种不同的月色也会使河岸的形状发生变化。在一年多的学徒时间里，毕克斯比给萨缪尔耐心仔细地作过无数次这样的指导。
萨缪尔随身携带着一个笔记本，详细记载有关航道的各种情况。比如，为了绕过急弯，轮船需径直朝浅滩驶去，那么在多少米的河面上，朝什么方向前进，轮船才能安全通过呢？这一切都必须准确无误。
萨缪尔总是将沿河大小的景物牢记在心里，无论黑暗、浓雾或月夜，都不再使他感到惊慌失措。在圣路易斯和新奥尔良之间有500个浅滩，每一处急流和渡口水深他都一一记在脑子里。
有时候，当轮船停靠岸边后，萨缪尔就跟着师傅毕克斯比一起沿着河岸慢慢走着，他们是在及时地观察航道的变化情况，测量停泊处的水深程度，判断奥列霍湾一带的水面是否变宽。
毕克斯比对萨缪尔要求严厉，不让徒弟有任何自满和松懈的情绪，也经常告诫他遇到挫折时不要灰心丧气。毕克斯比说：“你瞧，这都得学会才行，你想回避困难是不行的。”
多年之后，萨缪尔把师傅的这些教诲写进了他的长篇小说《密西西比河上》。
在一次又一次的航行之后，萨缪尔终于对密西西比河有了深刻的领会，他说：
那水面到时候便变成一本奇怪的书。……而且它不是读一遍就可以丢开的一本书，因为每天它都告诉你一个新的故事。在这漫长的1200英里之间，没有一页书是没有兴趣的，没有一页你可以弃之不读而无所失的，没有一页你要想把它越过，而想着你可以从另一件事上寻到更高的愉快。
艰苦的学徒生活磨炼了萨缪尔，使他养成了一种职业性的特殊敏感。后来，萨缪尔幽默地说，如果将一名领航员应具备的所有知识都装进脑袋里的话，那么他恐怕要拄着拐棍走路，才不至于使沉甸甸的脑袋掉落在地上。
在密西西比河上当领航员，不仅要有惊人的记忆力，而且眼睛要有本事读懂天空、河岸、水面、水下的各种隐秘的“文章”，还要有自信心，有足够的胆量和行事果敢的作风，才能在这条大河上自由地驰骋。
有一次，毕克斯比有意设下圈套，考验一下自己的徒弟萨缪尔。他让测水员谎报水深。
“深7米！5.5米！5.5米！4.5米！4米！4米！”萨缪尔一时间吓得不知所措。
船的吃水是2.5米！萨缪尔吓得连摇铃通知机械师停机的力气都没有了。他跑到通话筒上，哑着嗓子对机械师喊道：“呀，老本，你若爱我，使船后退！快，老本！退后保它的命啊！”
这时候，萨缪尔听见身后面关门的响声，回头一看是毕克斯比，只见他一脸温和、甜蜜的笑容。接着，上层甲板上爆发出一阵哄笑。萨缪尔一下子明白过来了。他觉得自己像是做了件最见不得人的事，恨不得旁边有个洞，钻进去躲起来才好。
毕克斯比教导他说：“你应在这次经历中学点什么。不应让旁人动摇了你在这段知识上的自信心。还有，当你走进危险地方的时候，不能慌张和胆怯。胆怯是无济于事的。”
当然，萨缪尔不会轻易忘记这件令他羞辱的事，因为在事后的几个月时间，他仍听到有人说起那句他深感耻辱的话：“呀，老本，你若爱我，使船后退！”
在当领航员的日子里，也有令萨缪尔十分开心的时候。在驾过的大船上，如“阿列克·司各特号”、“约翰·罗乌号”、“宾夕法尼亚号”等，常常都载满了客人。
此时，萨缪尔就是这个船上的统领。他高高在上，立于豪华的领航室里，叼着烟管，以一副王子般的派头打量着下面各式各样的活动。无论是船长、船员，还是大亨、小姐，都同他打招呼。在船上，他还可以听到发生在世界各个角落的大小事件。这一切让他感到很充实，很自豪。
每次航班结束后，萨缪尔就感到如释重负，他怀着轻松愉快的心情，在圣路易斯城休息几天。姐姐帕梅拉一家在这里购置了一栋宽敞的房屋，母亲和弟弟亨利也从基奥卡克镇搬迁过来，与姐夫一家住在一起。这样一来，每当休假的时候，萨缪尔就会和家人团聚。
1858年，萨缪尔的学徒期结束了，他成为了一名见习领航员，全家人都为此感到高兴。