1838年上半年，达尔文对他旅行期间所从事的动物学和地质学做了详细的总结。这时他感到身体不太舒服，便决定在剑桥住几天，同时会会他的那些朋友。晚上他住在汉斯罗那里，那里时常聚满了人。达尔文认识了教阿拉伯语和犹太语的李教授，并拜访了地质学家塞治威克。
在剑桥这段时期的休养对达尔文的健康起了很好的作用。在身体康复后他到苏格兰去旅行，他从格拉斯哥出发，到了英威涅斯山谷，八天里，研究了类似罗埃河谷的地质学上的阶地。这里的天气非常好，从浓雾弥漫的伦敦来到这里，达尔文置身于苏格兰的大自然中感到特别愉快，对那美丽的晚霞非常欣赏。他在给赖尔的信中说，当他来到罗埃河谷时，那种愉悦的心情是以前从来没有过的。
同年夏天，他回到伦敦之后，写了一篇关于这些阶地的论文，发表在伦敦皇家学会的《会报》上。他在这篇文章中得出的结论是错误的，后来达尔文一直为这件事感到羞愧。这篇文章，成了他在得出结论时用排他法的一个教训。在他之前的科学家如劳格、迪克和马卡洛克都认为，罗埃河谷的阶地是一些湖泊的沉积物，它是由一些山岩和冲积层构成堤坝后形成的。达尔文驳斥了“湖泊”理论，他认为岩石和水都不能截住水流，惟一可以解释的就是海的运动。后来对这些阶地形成的理由用冰川块构成的堤坝来说明。达尔文用这点进行辩解的理由是，在40年代，整个冰川的地质活动还很少被说明，至于在苏格兰所遇到的那些漂石，根据赖尔的解释，说它们是在漂浮的冰块上经过大海而被带到这里来的，由此就产生了“巨漂砾”这个名词。
夏天未过，达尔文就开始着手写《珊瑚礁》。他采用了赖尔的做法，把每天的工作分为两部分。工作完毕后，出去散一下步或者办点事，舒缓一下精神，回来后继续干活，然后去赖尔曾带他去过的“雅典神殿”俱乐部吃午饭。并且与那里的会员开心地畅谈他们所感兴趣的事。
1838年10月，达尔文读到了马尔萨斯的《人口论》。他感到惊奇的是，在某些情况下，有利的变异力求被保存下来，而不利的变异被消灭。其结果可能就是新物种的产生。于是他说：“在这里我终于得到一个有助我工作的理论。”在谈论关于鸵鸟的灭绝和保存时，他已经即将证明适者生存的理论了，也许，没有马尔萨斯，他也会创造出这个理论的。
婚事在伦敦的孤单生活使达尔文感到非常苦恼。他也希望过舒适的家庭生活，随着年龄的增长，达尔文希望有一个自己的家。他开始考虑结婚究竟有利还是不利的问题。他认为有利的是：“孩子、永久的伴侣、诱人的音乐和令人迷醉的同女人闲聊”；不利的是：“如果因孩子多而迫使自己去挣钱糊口的话，那就会花去很多时间摆脱社交的困难”。但是进一步思考下去，“如果得不到亲近朋友的同情，那工作还有什么意思呢？对一个老年人来讲，还有谁能比妻室儿女更亲近的呢？”于是，他得出结论说：“上帝呀！要是像一只无性别的工蜂那样，只知劳动，而一无所获地度过一生，那简直是不堪想像的。”不，不应当这样！于是在他的想像中出现了这样一幅情景：一位殷勤温柔的妻子坐在沙发上，一个美好的家庭，还有许多书籍，可能还有音乐……这种对个人幸福的憧憬在1838年年底实现了。
11月11日，他向表姐埃玛·韦季武德求婚，并得到了她的同意。无论是达尔文的父亲和姐妹们，还是乔斯舅舅和他的全家都满意这桩婚事。他们这两家的关系本来就够密切的了，埃玛的哥哥不久前同达尔文的姐姐卡罗琳·莎拉结了婚，现在则更为密切了。达尔文让赖尔夫妇分享了自己的幸福，因为他近来同他们相处得非常友好。
达尔文在给未婚妻的一封信中说：“任何人任何时候也没有像我这样幸福，或者说像您那样善良。我能使您真正地相信，在离开梅尔很久以后，我还认为，我没能畅快地表达我是多么感激您啊！这一点我是常常想到的。我发誓要使自己成为一个非常好的人，以便多少能够配得上您……我主要担心的是，在像梅尔那样众多而友好的伙伴中度过了您的全部生活以后……您会认为……我们安静的夜晚将使您感到枯燥乏味……我父亲一再重复乔斯舅舅的话：您得奖了。……我亲爱的埃玛，我怀着极其温顺而感激的心情吻您的双手，这种心情充满了我的幸福之怀，我最大愿望就是成为配得上您的人。”
埃玛的感情表现在她给她的姨母西斯蒙迪夫人的信中：
“当您向我询问查理·达尔文的为人时，我认为他好的地方，我连一半也没有告诉给您，因为我担心您会有所怀疑……他在上星期四又同姨母范妮回来了，并在星期日向我求婚，这完全出乎我的意料之外，因为我想，我们将保持像过去那些年彼此所具有的友谊，而不是像在此事之后将发生的情况。我太难为情了，整天都充满了幸福感，因为家里客人很多，除了父亲、伊丽莎白、卡罗琳外，我们谁也没有告诉。
噢！亲爱的爸爸，我希望您能看到我亲爱的爸爸他的快乐的眼泪，因为爸爸对查理一向评价很高……晚上我到了他们的房间，我们坐了很久，一直谈到很晚；我感到饿了，于是汉斯利到厨房去拿乳酪，找到了一块小白面包、两块牛油和一把小刀，还给我们做了一盘精美的小菜……我从前就知道，他(达尔文)是一个襟怀极其坦白的人，每句话都表现他的真正思想。他是一个令人非常喜爱的人，他对自己的父亲和姐妹们非常有礼貌，他的性格非常温和……我感到高兴的是，他是一个积极肯干的人……我感到我每天的生活都是幸福的。查理很喜欢梅尔这个地方：我相信，只要可能，他随时都准备到农村去……我并不像姨母萨拉那样，查理不喝酒，这点我并不在乎，可我认为，这一点倒是令人高兴的。对于我命运中这个真正的转折我本不想告诉您，但是我迟早总得让您知道……休息一阵之后，我本已动身去做礼拜，但我发现，我变成了一个白痴，于是又半路返回。”
达尔文这时候更忙了，每天早晨他都要写关于南美洲鸟类的生物学着作，他还得一个人单独或同哥哥爱拉士姆·
阿尔凡一起去逛伦敦大街，看看有没有出租的房子，以便他在同埃玛结婚后能够住在那里。赖尔夫妇当时特别关心此事。埃玛到伦敦去帮助达尔文寻找房子，同他一起去看戏。
最后在上高尔街选中了一套漆得很漂亮的房子，于是便把东西搬到了那里。这座老房子之所以吸引了这对年轻人，主要是因为它有一个小花园。
1839年1月29日他们在梅尔举行了婚礼，这对年轻人很快就去了伦敦。在婚后的最初一个时期，他们把很多时间用于接待客人的来访，到最亲近的人和熟人那里赴宴和回访他们的熟人。别人的这些拜访可能使达尔文比他的妻子更加激动。扎德教授在描写达尔文这位热情的主人当时给客人们留下的感觉时说：“我不知道有谁在同他接触时能不被他的个性迷住，谁能够忘记他见面时那种亲切的握手和在离别时那种温柔地、长时间地不断抚摸手掌的情景，而主要的是，谁能忘记他那引起面部整个表情变化的诱人的微笑……人们在回首往事时往往忘记哲学家深奥的哲理，而想起主人的热情好客。”
一般来说，达尔文夫妇几乎放弃了社交活动，过着非常安静、深居简出的生活。可是，达尔文的健康情况显然越来越坏了，因此他不得不到梅尔和希鲁兹伯里再次长期休息。
1839年底，达尔文添了一个儿子。