“非常法”被废除后，俾斯麦政府跟着迅速垮台，在这历史的转变关头，伯恩斯坦开始动摇。1890年至1892年间，德国资产阶级经济学家舒尔茨——格弗尼茨、沃尔夫等人发表了几本著作，全面反对马克思关于资本主义的理论以及否定由此得出的全部结论。1891年初，伯恩斯坦受《新时代》编辑部的委托，准备写文章评论格弗尼茨的《论社会和平》和沃尔夫的《社会主义和资本主义社会制度》。二月，他发表了《卡莱尔和英国的社会政治发展》，这篇文章一般地评论了他们的反动观点，却同意他们对马克思的有些指责，特别是同意他们宣扬的资本主义社会决不会像马克思所预言的那样走向“崩溃”的论点。后来，伯恩斯坦在自传中承认，他在当时无法抗拒格弗尼茨和沃尔夫的责难，对马克思的一些原则发生了怀疑。例如，他认为马克思在《资本论》第三卷中对资本职能的研究越深入，就越接近资产阶级经济学家的论断，而且在论述地租的篇章中就同自由主义经济学的激进派的观点几乎没有本质的差别了。这反映了伯恩斯坦在1890年至1895年间对马克思主义的政治经济学和社会主义理论已发生怀疑并表示异议。
1895年恩格斯逝世后，伯恩斯坦便公开站出来向马克思主义挑战了。
欧洲各国在巴黎公社失败以后，曾经有过一个“和平”发展时期，资产阶级也调整了统治方式。如，当时英国资产阶级政府感到自己的统治地位比较巩固，采取一些自由主义政策来缓解阶级矛盾，给群众言论出版和集会结社的自由，国会的选举制度也有所改革。90年代中期，德国出现了长期没有见到过的经济繁荣。修正主义形成的外部条件，已完全成熟了。
在这种情形下，伯恩斯坦于是想说服德国党的同志们，在决定政策时，最好完全抛开马克思关于资本主义制度即将崩溃的理论。为此，他于1896年秋天始至1897年，在《新时代》上以《社会主义问题》为总标题发表了5篇文章。在这批文章中，伯恩斯坦提出当前的时代已和发表《共产党宣言》的时代完全不同了，他要求社会民主党检查一下自己的精神武器。具体地讲，他反对暴力革命，主张与资产阶级政党合作进行社会改良，并认为“谈论资本主义社会的长入社会主义并不是错误的”。他特别在《崩溃论和殖民政策》一文中，集中反对马克思关于资本主义制度必然崩溃的理论，第一次明确提出了“最终目的是微不足道的，运动就是一切”的著名公式。
之后，为了系统阐述关于社会民主党的目的和任务的见解，伯恩斯坦于1899年1月发表了《社会主义的前提和社会民主党的任务》一书，就上述文章中的观点作了进一步的概括说明。他把辩证法说成是“马克思主义学说的最致命之点”，是妨碍对事物正确考察的“陷阱”，把历史唯物主义曲解成经济唯物主义。他不同意马克思关于上层建筑与经济基础二者间槽互关系的论述，认为二者对于社会发展的作用是相等的；他认为马克思的价值学说与边际效用论是一回事。伯恩斯坦还引用一些统计数字证明，资本并没有集中，阶级关系并没有尖锐化，并认为垄断的兴起甚至改变了危机的性质。伯恩斯坦认为政治自由、民主以及普选制度消灭了马克思阶级斗争学说的根据，资产阶级民主“在原则上是阶级统治的消灭”，它既是“争取社会主义的手段，又是实现社会主义的形式”，而无产阶级专政的思想则是“倒退”，“是政治上的返祖现象”。伯恩斯坦所论述的问题，涉及了马克思主义的哲学、政治经济学和科学社会主义理论的所有基本原理。伯恩斯坦还认为，资本主义制度是有生命力的，完全“用不着炸毁”，“只需要继续发展”，所以，社会民主党的全部实践活动要集中于“促成和保证现代社会制度在不发生痉挛性爆发的情况下，过渡到一个更高级的制度”。这就是说，不用打碎旧的国家机器，而用点滴的改良，即可以从资本主义“过渡”到社会主义。至于这些改良工作是否促使无产阶级“取得政权”，那就无关紧要了。
伯恩斯坦对马克思主义的修正，引起了许多人的不满，1889年，《新时代》编辑部就停止发表伯恩斯坦的文章。在1889年10月斯图加特召开的党代会上，蔡特金、卢森堡、倍倍尔等人对伯恩斯坦的修正主义都表示了反对的立场，但由于党内主要领导人之一考茨基的调和，大会没有对伯恩斯坦问题作出结论。
1900年11月，伯恩斯坦在《社会主义月刊》上，发表了《巴黎和美因兹》一文，替法国“独立社会主义者同盟”的领袖米勒兰参加政府内阁，担任工商部长的行为进行辩护，认米勒兰入阁“不仅没有损害工人的经济利益和政治组织”，反而使“工人阶级的权力和影响”得到了提高，伯恩斯坦号召各国社会民主党人都要学习米勒兰的这种做法。
1901年2月，伯恩斯坦在离开德国22年后，从伦敦返回祖国。五月，他在柏林“社会科学大学生联合会”发表题为《科学社会主义怎样才是可能的》演说，认为马克思主义理论并不具有科学性。
1902年3月，伯恩斯坦当选为德意志帝国国会议员，成为德国社会民主党议会党团的成员。不久，他在《社会主义月刊》上发表《党和阶级》一文，表现出一种超阶级的倾向。1903年4月，他又撰写了《马克思崇拜和修正的权利》一文，主张把“马克思崇拜”限制在“合理”的限度之内，并声明他要保卫“社会主义修正主义的科学”的权利。1904年，拉萨尔逝世40周年之际，伯恩斯坦又撰写了《斐迪南·拉萨尔及其对工人阶级的意义》一书，主张恢复拉萨尔在国际工人运动中的地位，“复活”拉萨尔“留给工人阶级的丰富的精神遗产”。
伯恩斯坦的修正主义观点，在德国社会民主党内产生了巨大的反响，许多人表示不满。继1898年的斯图加特大会之后，德国党又在汉诺威（1899）、卢卑克（1901）、慕尼黑（1902）和德累斯顿（1903）召开第四次代表大会，就伯恩斯坦的观点开展了辩论。辩论的主要问题是：“最终目的和运动”，关于资本主义发展的趋势，科学社会主义是可能的吗，党的原则和策略。汉诺威、卢卑克和德累斯顿三次大会通过了反对修正主义的决议案。这几次大会只是从思想上批判伯恩斯坦，未在组织上采取措施，伯恩斯坦还留在党内。
在德国党集中批判修正主义思想的5年间，伯恩斯坦始终坚持自己的观点和立场，写书或亲自出席为自己辩护，否认党内存在以他为首的修正主义派别，声明不能收回他所说过的任何有重要意义的论点。1900年4月起，他退出《新时代》固定撰稿人集团，和他的追随者一起为右翼社会民主党人约瑟夫·布洛赫编辑的《社会主义月刊》撰稿。在德累斯顿大会上，伯恩斯坦公开声明：“在许多方面，我对马克思来说的确是一个异教徒。”为此，卢森堡在会上曾提议，将伯恩斯坦以及投票支持他的人开除出党，一些地方集会也通过决议，要求把修正主义分子开除出党。可是，德国社会民主党的重要领导人之一考茨基却认为，伯恩斯坦是修正马克思学说的“最时髦的社会主义英雄”。