开化党人搞政变的时候，穆麟德趁乱跑回了清廷驻朝税务处，陈树棠则逃到清军大营，向袁世凯通报了开化党借宴会之机杀人放火的情况，袁世凯当即带上一队亲兵赶往邮局，大厅里一片狼藉却已空无一人；再去王宫，已是宫门紧闭，怎么喊也喊不开。
这时袁世凯得到消息，闵泳翊躲到了穆麟德那里，连忙带兵前往救护。到了税务处门前，只见一个中国青年端着枪站在门口，凛然不可冒犯的样子，坚决不许任何人进入。
袁世凯赶紧屏退左右，上前通报了自己的姓名职衔，那青年顿时一脸的喜悦：“原来是袁司马，你终于来了！”赶紧把大伙让了进去。
这个青年叫唐绍仪，字少川，广东珠海人，是清朝第一批官派留美幼童之一，毕业于耶鲁大学。留美幼童应召回国后，因为既没学过孔子孟子只知道西门子，更不会写八股文，这样的读书人在大清朝属于废物，自然不能受到重用。唐绍仪算混得好的，被派到朝鲜来当税务帮办，由此认识了袁世凯。
袁世凯很欣赏这个家伙，但此时哪有工夫跟他多聊？急急入内，见闵泳翊正躺在床上，一脸的沮丧。闵泳翊告诉袁世凯，这事儿是开化党人干的，估计已经政变了，请将军赶快入宫去保护国王和闵妃。
袁世凯不可能听他的，留下部分士兵保护税务处，归唐帮办暂时节制，然后带着剩下的人回到了大营，找吴兆有、张光前、陈树棠他们商量对策，大家一致认为，事发突然，不妨观望一下，等天亮再看情况。不过当晚袁世凯还是派出一队人马前往王宫外面，彻夜巡逻。
5日上午，朝鲜新政府名单正式对外公布，袁世凯他们几个一看，靠，这不反了吗？袁世凯当即表示要带兵平叛，吴兆有他们几个坚决反对，表示如此大事，必须要李鸿章李中堂才能拿主意。可是当时中国和朝鲜之间还未通电报，给李中堂的请示信必须先由军舰送往旅顺，再由旅顺电告北洋。李鸿章的回电也只能走这个流程。这一来一往的时间，开个奥运会都绰绰有余，把袁世凯给急的，真像个热锅上的蚂蚁了。
比他更急的是朝鲜幸存的亲华派官员，他们纷纷跑到大营来乞求清军前往平叛，为朝鲜做主，吴兆有一概回应：别急，要李中堂才做得了这个主。
到了6日，一大早开化党新政府就抛出了五条施政纲领，宣布朝鲜独立，不再是大清朝的藩属国了。“国五条”主要内容如下：
要求清廷立即释放大院君李罡应；
朝鲜独立后，不再向清朝朝贡，不再使用大清年号，而改用自己的年号；
所有朝鲜民众一律平等，严禁买官卖官；
改革地租制度，严打贪官污吏，贪官的家产将被没收并充国库；
废除太监、宫女制度。
在袁世凯看来，不管你的改革对不对，只要胆敢独立就得打。他是再也坐不住了，但吴兆有他们还是不急不忙，非要等李中堂的指示来了再说。袁世凯拍案而起，声明道：“不能再等了！必须马上进宫平乱！朝鲜的防务及外交，我有专责，如果因为挑起争端获罪，我一人承担，决不牵累诸公。”
话说到这份上，吴、张诸位不好再坚持，袁世凯当即指陈方略：袁自率一营及朝鲜新军左、右营为中路，入敦化门；吴率一营为左路，入宣仁门；张率一营为右路，负责策应。并立即联络朝鲜新军军官金钟吕、申泰照，相约发兵平叛。
紧接着袁世凯给日本公使竹添写了一封信，数其助贼叛乱、擅杀大清藩属国大臣之罪，并知会对方老子将要带兵入宫，护卫国王。这封信竹添没办法回，事实上也不容他回，因为他刚看完来信，中朝三路大军就已经打了过来。
平心而论，吴兆有、张光前曾经也是两员勇将，可惜承平日久，骄奢淫逸惯了，哪里还有决心和勇气打仗？结果是吴兆有那一路兵刚一入宫听到枪声便做了鸟兽散，张光前那路要勇敢一些，他们没有跑，而是全部躲在高墙下，一枪不发，直哆嗦。
好在袁世凯手下一营以及朝鲜新军两营都是他自己亲手训练出来的，打起仗来极其勇猛，一往无前，刚一接仗就打死打伤了几十个朝鲜叛军，另有几百叛军临阵倒戈。日军毕竟只有一个连，即使占据了地形优势，也根本挡不住联军的攻势，不过是几袋烟的工夫，就扔下十几具尸体大败而逃，金玉均、朴泳孝等新贵也跟着竹添跑回了日本使馆。
这时洪英植正劫持着李熙躲在汉城北门关帝庙里呢，缓过气来了就逼着李熙跟着他逃亡到日本使馆，结果袁世凯闻讯率清军赶到将洪英植乱刀杀死，并派部下茅延年带兵把李熙送到清军大营。等袁世凯回来的时候，李熙一见到他就哭了，断断续续地哭诉了这一番遭遇的来龙去脉。袁世凯忙说你别哭，这里是朝鲜最安全的地方，你就在这儿住着，我先去王宫替你主持工作，等安顿好了再把你接回去。
一天的时间足以安顿好了，袁世凯亲自把李熙迎入了王宫。现在，李熙又走向了前台，并组成了以沈舜泽为首的新政府。当然，背后坐着的，还是那个闵妃。
历史上有名的朝鲜甲申政变，到此算是告一段落。
12月8日，李熙召见各国使节，宣布平叛结束，朝鲜仍是大清的属国，年年朝贡绝不懈怠。与此同时竹添下令焚烧日本使馆，带着众人逃到了仁川。
战事结束后，袁世凯不再住在军营里，而是让李熙邀请他住进了王宫的偏殿，以便和国王夫妇随时沟通。其实哪里是沟通？分明就是太上皇，命令李熙做这做那，朝鲜大臣更是只有乖乖听命的份儿。
这时的袁世凯只有26岁，在朝鲜为所欲为，好不意气风发。但他毕竟只有26岁，太年轻，基本上还只会做事不会做官，所以麻烦随之就来了。
麻烦的导火索是袁世凯决定抚恤朝鲜死难大臣家属。朝鲜的钱都在贪官污吏家里，国库反而没钱，袁世凯就从清军的军饷里划出一部分做了抚恤金。这个事儿，他跟吴兆有打过招呼，但也只是打了个招呼，类似于知会一声，并不是征求意见。恰在此时，李鸿章李中堂的指示终于姗姗来迟，指示很简单：“以定乱为主，切勿与日人生衅。”而这时甲申之变已经平息了足有半个月。李中堂的指示当然是正确的，不过袁世凯既然打败了日本人并平定了乱局，也不好说他不对。但是，他竟然胆敢擅自抚恤朝鲜人，这就是个现成的题目。
吴兆有他们久混官场，最懂得怎么写报告，因此在给李鸿章的汇报信里，先是说明甲申之乱是袁世凯一意孤行挑起的，我们大家都是反对的；至于朝鲜乱局则经大家齐心协力业已平定，这完全是三军用命的结果，但吴兆有、张光前绝不敢贪天之功，因为这首先是因为李中堂的英明领导。只是，中堂“切勿与日人生衅”的指示并未落实，这绝对是因为袁世凯的鲁莽。这么说还意犹未尽，接下来便是控诉袁世凯挪用军饷收买人心的罪恶，这事事实清楚证据充分，李鸿章看了很生气，这就是先入为主的力量。
朝鲜大乱之后，百事待定，头绪纷繁，袁世凯既以监国自居，自然忙得不亦乐乎，26岁的青春年华居然长出了些许白发。但他忙的全是朝鲜的事，而忘了自己立下这么大的功，应该首先向李中堂报喜或者汇报才是，直到听说吴兆有写了告状信，他才急急忙忙给李鸿章写了封信，说明一切。
袁世凯那会儿太忙，没时间写得很仔细，几乎没怎么讲平乱经过，只说稍后会另写详细的报告。这封短短的信，重点只有两条：一是说明为了抚慰人心，自己调用了一部分军饷抚恤朝人，并希望中堂大人同意报销。二是因为李熙懦弱，而朝鲜即将成为各国的角力场，为了更好地维护大清的利益，建议中堂大人奏请朝廷，在朝鲜设立监国，统揽一切。袁世凯没好意思直接说应该由他自己来当这个监国，但他认为以李鸿章的老谋深算，应该不至于不解风情。
哪知此时中法战争正如火如荼，随着台湾被法军封锁，福建水师全军覆没，李鸿章所倡导的海防政策濒临崩溃，正是灰头土脸之际，所以明知设立朝鲜监国是件好事，却怕惹日本人不高兴，便把袁世凯这个建议搁在了一边，倒是对他申请报销军饷一事，给了明确的回复，要他自掏腰包赔偿所挪用的公款。
就在这时，日本政府向清廷发出正式抗议。他们一边指责袁世凯妄启衅端，应负甲申事件的全部责任，一边向朝鲜增兵。清廷生怕事情闹大，赶紧命李鸿章和会办北洋事务大臣吴大澂妥善处理，宗旨是“剖析中倭误会”、“免生衅端”。
李鸿章不敢怠慢，赶紧派吴大澂和续昌为特使，前往朝鲜调查处理此事。吴大澂也看过吴兆有的报告，对袁世凯充满恶感，所以此行早有打算，就是“诛世凯以谢日人”，李鸿章对此不置可否。
袁世凯危险了！消息传来，他哀叹一声“官运恶极”，心灰意冷之下，甚至要拔剑自杀，多亏被左右救下。
既然死不了，就要想办法挽回局面，因此袁世凯立即亲自动笔给李鸿章写信写报告。
吴大澂刚刚启程，袁世凯的第二封信就到了李鸿章的案头。信中简单说明了甲申事变始末，并说有一份更为详尽、长达万言的报告书现在马山浦，因为太长，不好发电报，所以稍后才能寄往天津。
李鸿章久经风雨，并不容易被蒙骗，当他把袁世凯的这封信和吴兆有的报告对照着看完后，对事情的真相已经有了大致判断，随即便给刚走到山海关的吴大澂发去一封电报，让他到马山浦后，务必先索取袁世凯的万言书，看完再往前走。
到了马山浦，吴大澂看完万言书后，对袁世凯的观感马上改变了。等到了汉城，袁世凯前来拜会，率直问道：“袁某领兵驻韩，负有保护的责任。如果朝鲜在我手里丢失，朝廷会否严谴？”吴大澂没想到这厮居然连官话都不会说，不由得好奇他这官究竟是怎么混上的。不过既然观感已变，此时竟觉得这样倒也可爱，便轻描淡写地回说：“定将严谴！”袁世凯激动了：“袁某擅自挑起战端，罪有应得，伏望朝廷依律惩处。不过，袁某此次拼死抗敌，方使得朝鲜的国家与国王俱存，自问无愧于人。”吴大澂忙说：“将军劳苦功高，大澂相见恨晚，定当以实情上达天听。”然后命令袁世凯赶快把驻扎在王宫里的清军卫队撤出来，以免给人留下话柄。袁世凯当即照办。
这时日本新任公使、特派全权大臣井上馨也已抵达朝鲜，并将在第二天举行日朝交涉会议。吴大澂与袁世凯一致认为按照体制，朝鲜没有资格和外国交涉，而必须由宗主国清朝出面，于是决定吴大澂以钦差大臣的身份前往谈判。
第二天一早，袁世凯亲自来接吴大澂、续昌二位，一行人坐着轿子往朝鲜王宫而去。行得不久，只见前面密密麻麻跪了一大片人，以老头妇女为主，更有无数的牌子立在路边，上书“袁青天”、“袁大人是我们的恩人”之类的文字，把路堵得水泄不通。袁世凯迅即下轿，喝令卫队赶紧把这些人撵走。“每次出门都这样，没有规矩了。不要让我再见到他们！”
事实上这些老弱妇孺本是袁世凯授意手下找朝鲜表演艺术家及群众演员临时拼凑而来，吴大澂宦海浮沉多年，岂会识不破这点小伎俩？心说：“小子，玩这个你还嫩。”遂不动声色地假装睡了过去。
进了王宫走到会议室门口，麻烦来了。井上馨以吴大澂虽贵为钦差，却没有“全权”官称，两人身份不对等为由，拒绝他入内。吴大澂顿时手足无措，这要是连会场都进不去，有辱国格事小，回去后没法向上交代那可怎么办啊？正在彷徨无计之时，袁世凯早推开身前的日本卫兵，拉着吴大澂就冲进了会场。吴大澂在大清朝也算是能员，这一折腾间已经镇定了下来，进去之后便朗声宣布：前次争端，罪不在我，愿中日双方和平解决，免生衅端。话未说完，井上馨早已起身离去。说完之后，吴大澂使命达成，在袁世凯陪同下，迈着轻松的脚步踏上了归程。
回去的路上，早晨被驱走的那些表演艺术家们又都回来了，众人依然跪在地上，举着牌子，堵塞交通。人心都是肉长的，尤其是刚才袁世凯硬闯会议室帮了自己天大的忙，吴大澂对他的印象又有了巨大的变化，这时便微笑着夸奖道：“袁会办真是深孚众望啊！”袁世凯赶紧谦虚地回答：“哪里哪里，都是大人的栽培！”