袁世凯是1899年12月26日到济南接任山东巡抚的。此时山东是全国最乱的省份，除去遍地拳会和民教冲突外，因德国修铁路、开矿而与沿线百姓的冲突也此起彼伏，局势完全处于失控的状态，袁世凯因此制定了“绥靖地方，消除乱源”的基本治理方针，应该说做起来并不容易。
在此之前，毓贤处死了朱红灯、心诚和尚等义和团首领，而当袁世凯抵达之时，济南正流传着一个说法，说是因为二哥袁世敦被革职，袁世凯发誓要诛灭义和团以泄私愤。这个说法被传得有鼻子有眼，使得老袁还没到任，就得了一个鬼子巡抚的绰号。
袁世凯倒也对得起大家的传言，到任第二天就颁布了《禁止义和拳匪告示》：“本署抚部钦承恩命，建军以来，统率重兵，弹压镇抚……倘再目无法纪，恃众抗官，大军一临，玉石俱碎。”“如敢拒捕，格杀勿论。”
接着再下《严禁拳匪暂行章程》，规定：
一曰正名以解众惑；
二曰宥过以安民心；
三曰诛首恶以绝根株；
四曰厚兵威以资震慑；
五曰明辨是非以息浮言；
六曰分别内外以免牵制。
就在这天，京中御史黄桂鋆上奏折为拳民辩护，并警告说袁世凯可能会因为袁世敦被革职一事而对义和拳进行报复；与此同时，山东籍京官纷纷上折表示了对袁世凯可能滥杀的忧虑。朝廷立即指示袁世凯要持平处理教案，不可轻易用兵。
其实袁世凯早已把一切看得清清楚楚，他认定山东的乱局根源在于山东地方官员。在他看来，教民冲突并不可怕，只要公正处理，法律自能震慑住所有人。问题是地方官员出于对洋人的恐惧，在冲突中处处为难民众，而一旦拳民不平则鸣愤而起事，官员们又出于对洋人的仇恨，暗中甚至公开支持、煽动拳民。自始至终，根本没法律什么事，何能不乱？
于是袁世凯再发公告，这次是针对全社会，强调教堂、传教士受条约保护，并告诫民众，在大清律例下，攻击教堂、传教士及教徒必定受到惩罚；教民也同样如此，不得恃教妄为，仗势欺人。同时警告地方官员，处理教案时，必须秉公执法，不得偏袒任何一方。
公告刚发出，考验袁世凯的事情就来了。
事情起于平安夜，那会儿袁世凯还在来济南的路上。当晚有许多教民欢聚在平阴县的白云峪教堂内，唱诗做弥撒，肃穆庄严。义和团对他们的活动规律已经很熟悉，凌晨时分对教堂发动了突然攻击。因为该教堂修得异常坚固，拳民们未能得逞，双方僵持在了那里。
消息传得很快，方圆几十里的拳民得知前方在攻打教堂，立即从四面八方赶来增援，结果到了12月30日，英国传教士卜克斯在逃往肥城的途中被打死，头被割下，死状极惨。
英国公使窦纳乐立即向总理各国事务衙门提出强烈抗议，要求大清政府必须采取有效手段保护在华英国传教士的生命、财产安全，并严惩山东暴力事件的凶手和相关责任人。山东地方当局组织的审判，英国驻上海副领事坎贝尔和教会代表必须出席旁听！
还未等清廷答复，窦纳乐即已派坎贝尔前往济南施压。此时袁世凯早已派人对平阴、肥城几个县进行搜查并抓获了五名领头的拳民，判处两人死刑，一人终身监禁，两人充军，四个当地地保被判鞭刑，知县撤职，真是雷厉风行。
另外，他赔付了白云峪教堂9000两银子，并在卜克斯遇害处立了一座纪念碑，以示哀悼。同时他还下令各州县派遣军队对所有教堂、传教士严密保护，又建议传教士集中居住，不要外出，以防不测；而一旦外出，当地官吏必须派兵保护。袁世凯的所作所为，可以说展现了最大的诚意，英国人对此很满意，也就没有再难为他。
义和团其实并不是一个组织严密的团体，事实上直到最后烟消云散，他们也从未形成统一的组织，只是打着一个统一的旗号各自为政而已。此时山东的义和团，在毓贤走后，就更呈一盘散沙之势，各有各的打算。
于是就有义和团想统战袁世凯。有个叫程文柄的提督，早已被义和团拉拢，对他们刀枪不入之类的装神弄鬼倾慕不已，这时便向袁世凯吹嘘义和团的神威，说只要能和他们合作，赶跑德国人英国人都不在话下。见巡抚大人不信，程文柄就说明天我请个大师兄来，大人可当面检验。所谓大师兄，是义和团里大一点的领导的尊称，到底是多大的领导这个无一定之规，可以很大也可以很小，大概相当于我们现在张总李总王总之类的级别吧！
第二天果真来了一个大师兄，大家来到校场站定，程文柄拔出手枪就是一枪，只见大师兄不躲不闪，纹丝不动，只傲慢微笑着。袁世凯叫一声好，说继续检验，周围程文柄早已布置好的士兵立即举枪射击，大师兄依然浑若无事，站在那里岿然不动。袁世凯赶紧走上前去，一顿夸奖，说定将禀报朝廷，予以重用。临走前双方约定，过几天巡抚大人将约齐手下的文官武将，大师兄则多带几个弟兄来，再表演一次，让大家都开开眼界。
过了几天大师兄他们真来了，袁世凯早有安排，手下先让大师兄们立下生死状，并请来同乡和地方官画押作证。袁世凯、胡景桂、徐世昌、王士珍、段祺瑞等坐在主席台上，还专门把姜桂题从沂州请了来观看，姜桂题一看这阵势，就说：“前些天他们到我营里来装过，被我一排枪打死了20多个，老四你怎么还信这个？”袁世凯只微笑着回答：“看看再说。”
表演开始，首先是程文柄带着一队士兵开枪，一排枪响过，对面站立的义和团众昂首挺胸，岿然不动。这时袁世凯站起身来，微笑着向义和团们走去，离得近了，突然掏出一支手枪，照着大师兄就是一枪，当时就给打趴下了。这是个信号，周围布置好的士兵立即开枪射击，十几个神棍登时挂掉。袁世凯善于做作，忙对着程文柄问道：“大师兄在开玩笑吧？他们刀枪不入，没事的没事的。”搞得甲午战争中表现英勇的程提督羞愧不已。其他人顿时哈哈大笑，开心得个个都跟中了500万似的，唯有胡景桂郁郁寡和，笑得很不自然。
胡景桂就是当年受李鸿藻指使，参劾袁世凯“嗜杀擅权；克扣军饷，诛戮无辜；性情谬妄，扰害地方”的那个监察御史，毓贤主政时期，老胡就已经当上了山东按察使，主管全省司法，是山东地盘上的第三号人物，日子过得逍遥自在。可是自从袁世凯上任山东巡抚，告诫他不许再像当初那样纵容煽动义和团后，胡景桂就自在不起来了。袁世凯知道他的心事，正好今天趁着大家开心，把胡景桂拉到一边，好言劝说，表示自己不计前嫌，老胡你要放下包袱，好好干！老胡将信将疑，但他清楚袁世凯是干实事的人，不好好干肯定过不了关。反正现在一天到晚战战兢兢的，吃喝嫖赌都没心情，索性一心扑在工作上，还真干出了起色。
袁世凯见这人有点真本事，很是喜欢，他是真的不计前嫌，不仅任命胡兼任武卫右军先锋营务处总办，并在向朝廷写的秘密考评中，给了他颇佳的评语：“该员诚朴亮直，能任劳怨。讲求刑名捕务，均能实事求是。”所有这些，把个胡景桂感动得老泪纵横，从此对老袁忠心耿耿死心塌地自不在话下。
统一好了全军上下的思想之后，袁世凯准备要大干一场了。
谁知就在这个时候，1900年1月11日，慈禧以光绪皇帝的名义发布谕旨，命令各省督抚严饬地方官，在办理教案时，必须实行区别对待的政策，“只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会、教不教”，表明清政府采纳了主“抚”派的意见。袁世凯虽不情愿，却也不敢违抗，决定将朝廷的诏令原文下发，并且附了个通知，要求全省各州、县遵旨办理。
幕府中有个叫徐抚辰的文案，是个候补道员，知道此事后急了，极力劝阻，说绝不能这么办。袁世凯只能苦笑着把他劝走，文件照发。徐抚辰也不多说，留下一封信即不辞而别，信中在分析完义和团的荒谬以及断言朝廷的纵容必将导致战争之外，更断言一旦开战，朝廷必败，到时赔款、逞凶是少不了的，大人你要为自己留一条后路啊！袁世凯看完大吃一惊，一面下令火速追回下发的通知，一面派人将徐抚辰从半路请回来，从长计议。
1900年1月13日，袁世凯给朝廷上了个奏折，先分析了民教冲突的原因，既不在于民，也不在于教，归根结底在于官员“不能持平办案”，一味袒护洋人和教民，此风绝不可涨。而义和团在他看来，不过是一群土匪流氓，绝不可恃，其宣扬的“刀枪不入”、“神灵附体”通通狗屁不是，而所谓“扶清灭洋”，往最好的方面来说，也就是一个美好的愿望而已。所以他的态度非常鲜明，就是对义和团必须痛加剿办，绝不留情，并提出了标本兼治的解决方案。
所谓治标很简单，“在于绥靖地方而已。而绥靖地方，又在于清除匪类，化导愚氓。”清除匪类，无非就是抓和杀，老子手下几千精兵良将，就是干这个的！至于治本，“在于调和民教而已。而调和民教，又在于颁示条约章程，整顿吏治。”
在很长一段时间里，慈禧对义和团的态度一直摇摆不定，恰好这个奏折里的阐述很对慈禧当时的胃口，所以虽然不断有御史上书弹劾袁世凯“长于治军，而性情太刚，杀戮过重，似于办理教案不甚相宜”，老佛爷却不为所动，直夸“所奏颇中肯綮”。
得到慈禧的夸奖，袁世凯的干劲就更足了，而这个阶段的重点，他放在了整顿吏治上。为了掌握真实的情况，他常会派员到下面去密查人或事，通常是先派一个人下去，然后再派另一个人去查同一件事，两人都直接对袁世凯本人负责，互相之间并不知道还有另外一个人。如果两人所查结果不一致，他会再派两人分头去查，直到查得真相为止。当然，隐瞒说谎者，会受到处罚。
这种工作方式对官场的震动极大，渐渐地大家在玩欺上瞒下的游戏时多少懂得了收敛。而在清明吏治之外，袁世凯不忘加强舆论宣传和引导，为这个，他特意让徐世昌再给写首歌。徐世昌此时写歌已经颇有心得，信手挥毫，写就《劝谕百姓各安本分勿立邪会歌》，歌中唱道：
本院抚此土，敬愿广皇仁，嫉恶如所仇，好善如所亲，
但论曲与直，不分教与民，民教皆亦子，无不勤拊循。
尔皆同乡里，还须免忿争，忿争何所利，仇怨苦相寻，
传教载条约，保护有明文，彼此无偏倚，谕旨当敬遵……
出示已多次，昏迷应早醒，如再堕昏迷，法网尔自撄，
首领惧不保，家产将尽倾，父母老泪枯，兄弟哭失声，
作孽自己受，全家共艰辛，扪心清夜思，梦魂惊不惊。
从此早回头，还可出火坑，倘能获匪首，指解公庭，
并可领赏犒，趁此立功勋。
袁世凯对这首歌甚为满意，徐世昌则趁机表示自己想回京捐一个道员，指省分发山东，有慰庭老弟的关照，不难立马补个实缺。袁世凯沉吟片刻，很坦白地说：“这个很容易，以咱俩的交情，山东的缺随大哥挑。不过这条路来得慢，你要想从道员熬到监司（即布政使、按察使，三品官，巡抚的主要助手），即使有我关照，也至少得好几年，若再想升侍郎或巡抚，那就更不知是猴年马月的事了。菊人兄，咱们都四十多岁的人了，玩不起这个论资排辈循序渐进的游戏，依我看，你不如销了这里的差，重回翰林院养足资格，外面有我你尽可放心。有朝一日等你脱颖而出，很可能就是一步登天。”一席话说得徐世昌感佩不已，挑了个黄道吉日，回北京接着当翰林去了。