义和团的前身是大刀会，其代表作是引发曹州教案的巨野事件。再往前，据说可以追溯到白莲教，那就远了，在此不细说。
曹州教案发生后，胶东半岛成了德国的势力范围，教民矛盾有增无减，民间出现了梅花拳这样的组织，后来又改名义和拳，高举“反清灭洋”的旗帜，后经高人指点，改为了“扶清灭洋”。
李秉衡被革职后，张汝梅继任山东巡抚，此时胶州湾刚刚丢掉。上任不久，1897年12月6日，张巡抚收到了袁世凯从天津发来的电报：“胶州湾地处要冲，自古都是兵家必争之地。倘若德军沿着北边的莱州太平湾登陆，占领平度县，则芝罘、莱州都将被隔离。”袁世凯的建议是，在莱州、平度、高邑、潍县一线加强防守，以防不测。
张巡抚新官上任，哪儿有工夫搭理八竿子打不着的袁世凯？袁世凯并不气馁，在德国与英国先后强行租借胶州湾和威海卫以后，他又给张汝梅拍了封电报说：“山东是南方通往京城的战略要冲，您应该好好练兵，大意不得。烟台是通商口岸，附近有德国驻军，我们没必要在此屯兵以免分散兵力，倒不妨在青州、潍县一带，集中优势兵力，则进可捍卫威海卫、胶州湾，退可保卫省城济南，一旦京城危急，还可北上勤王！”话说得不太客气，张巡抚心说你袁慰庭算个什么东西，居然也敢对我开口教训？自然更加不会理睬。
和前任李巡抚一样，张巡抚对义和拳一类的民间仇外力量多有同情，并于1898年6月上奏朝廷，称义和团本属乡团，建议“改拳勇为民团”，开创性地提出了“义和团”这个概念。
1899年4月，张汝梅下课，毓贤继任。毓贤是从山东地方官干起来的，当初曹州教案发生时，他就是曹州知府，以酷吏著称，对地方上的风土民情等很是熟悉，很清楚义和拳里是有土匪流氓，但大多还是普通农民，所以上任以后，提出“民可用、团应抚、匪必剿”的口号，主张剿抚并施，以抚为主。
剿的方面，毓贤颇有建树。比如当年10月，义和拳大首领朱红灯、心诚和尚及李长平等发动起义，先打败了平原县知县蒋楷，接着又打败了候补知府、统带袁世敦。袁世敦是袁世凯的二哥，吃了败仗反而报捷邀功，毓贤一怒之下奏请将他革职了事，再派清军游击马金叙带兵进剿，最终活捉了朱红灯、心诚和尚等人。
之所以要以抚为主，是因为毓大人后来了解到了京中大佬们的态度，因此抚的方面，毓大人做得更加起劲，正式将“义和拳”改为“义和团”，说起来貌似团练组织。而团练组织，那可是大清朝认可的合法武装力量。有了这重身份，义和团一下子就在山东全境燎原开来，甚至打起了“毓”字大旗，山东彻底乱了。
如前所说，义和团产生的原因，首先在于广大农民的孤苦无依，这是基础。还有一个至关重要的因素，则是外国传教士的进入，双方在文化、思想、习俗等诸多方面都有所冲突，搞得很不愉快，不过这些冲突基本都属于形而上的，本来不至于酿成大祸。但即使只是风俗、传统方面的对立，也经常会发展到告官，而一旦告官，官僚们怕得罪洋人，往往不惜让同胞受气以大事化小小事化无，农民无权无势，他们敢和洋人抗争却不敢对官爷说不，也就只能受这个气。
马上就有人看出门道来了：原来官爷怕洋大人！而洋大人正在不辞辛苦地发展教民，咱们入了他的教不就等于有了靠山了吗？于是教民就多了起来，有的是为了自保，有的就开始仗势欺人。抗战时的汉奸、二鬼子欺负起中国人来比鬼子还要凶狠，大清朝那会儿也一样，搞得农民和传教士、教民之间，渐渐地就势如水火。
于是就有了义和拳。现在义和拳变身义和团，大家干得更是来劲，烧教堂、毁铁路、杀洋鬼子二毛子（即假洋鬼子、教民），完全不亦乐乎，尤其在打击二毛子方面最是激情澎湃。义和团号称呼风唤雨刀枪不入无所不能，一眼就能看出谁是好人谁是坏人——凡是他们看不顺眼的或者家里有钱的，都成了二毛子，烧杀抢掠了事。
最极端的案例是，有一户人家因为家里被搜出一根火柴（所谓洋火），结果一家八口全被杀死，因为义和团最恨洋玩意，凡使用洋货如洋火、洋纸、洋烟、洋伞等等者，皆可杀之。
各国对此极为不满，外交交涉接连不断，德国更是以青岛为基地，不断派兵到日照、沂州等地侵扰，借口无非是你自己管不了乱民，我来帮你管。问题是沂州是南北交通的枢纽，此地若失，整个中原都将陷入险境。两江总督刘坤一识得厉害，接连给荣禄写了两封信，说明事态的严重性，建议从武卫军中抽调一军前往沂州，与他手下驻扎在徐州一带的部队互为犄角，拱卫山东。刘总督甚至表示，不惜和德国人决一死战，夺回青岛，但荣中堂应该尽快派一支队伍来。与此同时，袁世凯也接连给荣禄及直隶总督王文韶写信，表达了自己的忧虑，希望朝廷能有所作为。
朝廷也并非毫无作为，之前就有上谕要求毓贤加强防务布置，并命令登州镇总兵夏辛酉密切监视德军，“明为保护，暗为防范”、“相机因应，固不可过于激烈，亦不可稍涉畏葸”。刘坤一的接连催促，让荣禄下了更大的决心。1899年5月1日，以“弹压匪类，保护教民”的名义，荣禄命令袁世凯的武卫右军和聂士成的武卫左军，前往山东境内演习。
袁世凯早有准备，之前即已派王士珍带人跑了一趟山东，用将近一个月的时间，将山东沿海各要隘、军营情况全部勘察清楚，连驻兵计划也作了周密安排。接到命令，袁世凯胸有成竹，留下徐世昌驻守小站，亲自点齐8个营，做足必要的准备之后，武卫右军于5月5日分批出发。还在行军路上，他便给徐世昌连写了两封信，说自己“此行怦怦，颇有战兴，未知能如愿否”，兴奋之情溢于言表，继而表示“德人必有诡谋，岂聩聩者所能见及，姑俟至德州查看情形，再商办法”。其中“聩聩者”，指的当是毓贤。13日抵达德州之后，16日那天，他再给徐世昌写了一封信，说是得到可靠情报，青岛那边德军只有不到2000人，老子很想和他们干一仗！
朝廷及荣禄的目的在于示威而不是打仗，所以这仗不是谁想打就能打得起来的，袁世凯感到很窝囊，但他很清楚朝廷对老外的惧怕，无可奈何之下，干脆给慈禧上书，名为《时局艰危亟宜讲求练兵折》，直言“条约不可行，公法不可诘，情理不可喻”，原因只在于大清朝军力太弱太落后，落后就要挨打！所以，还是要练兵。但是练兵必须得其法，否则不如不练，因此，应该从“兵法”、“操法”、“军规”、“器械”等方面，仿照各国军制，“立定划一章程，请旨颁发各军一体遵照”。这对于编制混乱、操法各异、武器不一、章程不清的清军来说，确是一剂良药。
写完奏折还得对付毓贤。毓巡抚对袁世凯早已深具戒心，小心提防，处处作梗之外，甚至派人悄悄访查武卫右军有无违法违纪行为。老袁知道以后简直是怒发冲冠，在他眼里，毓贤不过是个昏聩老朽，居然也敢跟自己玩阴的？遂马上派人秘密调查这厮，把他的各种罪状整理清楚，直接就向荣禄告状，指责毓贤“甚无用，偏而且乱”，“又甚恶洋操”，武卫右军因此“久处不便”——袁世凯此时已经想清楚了，要成就大事业，光有兵不够，还得有自己的地盘。而平定山东乱局，必须依靠强大的武力，当地的兵勇肯定不行，那么只要能把毓贤赶走，就不愁山东不姓袁。
就在袁世凯和毓贤互相攻击的时候，1899年7月初，朝廷下令了，说军演结束，袁世凯和聂士成两军立即各回原驻地。
回到小站，袁世凯立即向朝廷上了一道奏折，名曰《强敌构衅侵权亟宜防范折》：“德人窥伺山东，蓄志已久，分布教士，散处各邑，名为传教，实勘形势。而构衅之由，亦即阴伏于此”；“且东省居海北要冲，海程陆路悉由于此……利害所关，殊非浅鲜。现筹防之策，似莫若先自经理，不资以可藉之口，不予以可乘之隙”。
袁世凯不是艺术家，他不仅提出问题，还给出了切实的解决方案，方案共分四条。
其一，“慎选牧令”，让“谙练约章明达时务者”充任山东地方官。就是说要必须严格甄选山东地方官员，不要让毓贤之流的“聩聩者”在此为官，祸害一方。
其二，“讲求约章”，把各国的条约、公法和办理内地华夷的案例，装订成书，发给官员，“奉为准则”。要求山东官员尊重并遵守朝廷与列强签订的条约，不要惹是生非。这是毓贤的毛病，袁世凯不动声色地给他扎了一针。
其三，“分驻巡兵”，为了不给德国扩大侵略留下口实，在“胶州各邑及勘察铁路经过各处”，“分驻巡兵”。这是要加强防务，防备义和团搞破坏，并做好打仗的准备。
其四，“遴员驻胶”，选择熟悉洋务的官员进驻胶州，宣示主权，明确德国人须持护照才能进入山东。
这个奏折，阴损毓贤之外，更有毛遂自荐之意，因为说得头头是道，慈禧很是喜欢，下令抄送给毓贤，责令他“查明办理”。谁知毓贤并未理会其中深意，反而因为端王、刚毅的倾心支持以及清流派的鼓噪，一味仇外，对义和团采取了更加纵容的态度，甚至煽动他们闹事，一时间义和团发展迅猛，整个山东更加混乱不堪，搞得老外的态度愈加激烈，以至于到了11月2日，就连欧洲小国意大利都派出军舰跑到烟台海面宣示武力，想趁机浑水摸鱼，其他国家更不用说。总之，局势已经到了非常危险的地步。
刘坤一是真急了，马上给新任北洋大臣裕禄写了一封信，建议于武卫军袁世凯、董福祥、聂士成、宋庆中间“拨一军赴沂，方为力势雄厚，可支劲敌”，望裕禄与荣禄“熟筹之”。
11月10日朝廷颁布谕令，命袁世凯“抽调武卫右军一部进驻沂州，就近防范外敌”。袁世凯立即命令左翼翼长姜桂题率领步军2营、骑兵2队、炮兵1队共3500人分别于11月30日和12月1日，从小站出发开赴沂州。
这次不再是演习，有可能真要和德国人打仗，不管怎样，反正武卫右军名正言顺地进入了山东境内。命运女神似乎已经开始向自己微笑，想到这里，袁世凯颇感得意。
到这个地步，毓贤依然执迷不悟，继续纵容义和团，搞得各国公使忍无可忍，频频向清政府施压。1899年12月5日，美国公使康格干脆直接向总理各国事务衙门提出，要求朝廷撤换毓贤，换个能人去当巡抚，以平息山东无处不在的民教纠纷。康格知道大清朝的军队无能，还提出了具体的方案，说假如现有武力不足的话，不妨把天津的精兵调去协助。
天津的精兵尽在袁世凯掌握之中，所以康格的话等于是明目张胆的推荐。其实也不只是康格这么想，他的意见，在各国公使中很有代表性，因为他们认为，袁世凯掌握着大清朝最精锐的军队，足以震慑山东的义和团；而且，袁世凯是一个能力突出、倾向洋务的开明派。
我们不妨看看英国公使窦纳乐写给本国外交大臣的信，说得相当透彻：“关于今后山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是由袁世凯出任巡抚。这位官员曾担任多年的中国驻朝鲜大臣的职务……同时，他性格果断，在必要的时候不惮于使用武力。所以，人们可以期望，在他所管辖下，可以迅速地平定叛乱。”
美国公使的提议和荣禄乃至慈禧的想法不谋而合，于是清政府展现出了比为慈禧修颐和园还要高的效率，第二天（1899年12月6日）即召毓贤进京陛见，而任命袁世凯署理山东巡抚。此时的袁世凯刚刚40岁，40岁就坐上了巡抚高位，不得不说是个异数。
任命下达之后，康格立即给美国国务卿海约翰写了一封信，兴奋地说：“我很高兴地向您报告，昨日武卫军袁世凯将军受命出任代理山东巡抚。他是个能干、勇敢的人，与外国人交际甚广。相信扰乱即可停止，秩序马上就能恢复，我们希望如此。”