在明清时期，是我国封建社会发展的高峰时期，科技方面不乏集大成者，而中兽医学领域在继承和总结前代成果的同时，在某些方面也取得了十分丰硕成果。这些兽医学成果是祖国兽医学宝库中一个重要组成部分。
在这一时期，编著刊行了许多中兽医学的著作，形成了我国古代中兽医学术体系。在中兽医方剂学、传统兽医针灸学、家畜传染病和寄生虫病的防治、兽医外科等方面颇有建树。
明朝廷对兽医学的发展给予较大的重视。《永乐大典》有汇编成的《兽医大全》，成化年间兵部编纂了《类方马经》6卷，后来太仆寺卿杨时乔主编了《马书》14卷和《牛书》12卷。
明朝廷由于政治军事上的需要，大力开展在长江下游六府二州养马，并几次规定要培训基层兽医，名兽医喻本元、喻本享等就是在此条件下出现的。
喻本元、喻本亨兄弟二人合著的《元亨疗马集》、《元亨疗牛集》，于1608年刊刻问世，由兵部尚书丁宾作序。书中的理论体系和临床实践紧密结合，以指导临床实践，成为自明以后马疾治疗学的经典著作，影响深远。
朝鲜人赵浚等根据元代中兽医书编成《新编集成马医方》和《新编集成牛医方》，成书于1399年，现存版本为1633年版。此书罕见，可谓一套珍贵资料。
此两部医方是赵浚等集体用汉文编写的。著书中引证了不少我国的古兽医经典著作，约7万字，全书共为64小节，附图47幅。内容包括马医方及牛医方两大部分，内容丰富。
比如马医方内容，有良马相图、良马旋毛之图、相马捷法、相齿法、养马法等畜牧方面的内容，还有放血法、点痛论、姜牙论、十八大病、五劳论等兽医方面的内容。
清代初期，由于农耕需要牛，牛病学得到较大发展。1667年重刻《元亨疗马集》时，将《水黄牛经合并大全集》和《驼经》并入成为一书，就是适应当时的时势要求。
后来重编时加上《安骥集》等古书的部分内容，删去《碎金四十七论》中的21论，编成马经大全6卷，牛经大全2卷，驼经1卷，命名为《马牛驼经全集》，近代流行的多是这部书。因由许锵作序，内容主要来自《元亨疗马集》，简称“许序本”。
1758年，清代医药学家赵学敏编著的《串雅》，分《串雅内编》和《串雅外编》。是我国历史上第一部有关民间走方医的专著，揭开了走方医的千古之秘。其中的《串雅外编》还特列出医禽门、医兽门和鳞介门。
清乾隆时期兽医学家郭怀西，于1785年著《新刻注释马牛驼经大全集》。这本书对《牛经大全》进行全面的修改和补充，虽名“注释”实际上是新作。此书继承并发展了《元亨疗马集》的内容，在我国畜牧兽医史上占有重要地位。
《新刻注释马牛驼经大全集》是对《元亨疗马集附牛驼经》的注释本，简称《大全集》。纵观两书全貌，可以看出，《大全集》是作者结合50余年医疗实践，对《元亨集》进行大量删改、补充。综合了以前丁序、许序等版本的内容，又增列、贯注了《黄帝内经》、《通元论》、《渊源塞要》、《疗骥全书》、《安骥全集》等内容，从而在深度和广度上发展了《元亨集》，反映了清代兽医学发展概貌。
清乾隆朝太仆寺正卿李南晖编写的《活兽慈舟》以黄牛、水牛病为核心，且选编了马病篇、猪病篇、羊病篇、狗病篇、猫病篇。
清代嘉庆初年，著名中兽医傅述风于1800年编著的《养耕集》问世，对牛体针灸术有进一步的补充和发展。全书着重记载了作者数十载的实际诊疗经验，并继承和发扬了中兽医的传统思想和方法，不论在理论上或在临床经验上均有独到见解，对当时及后世兽医学发展都产生了较大影响。
《养耕集》分上下两集，上集讲针法，下集备录方药。针不能到者，以药到除病；药不能及者，以针治病；针药兼施，相得益彰。
《养耕集》上集中对牛体针灸穴位图作了修正和补充，并分述40多个穴位的正确位置、入针深浅和手法，以及各穴主治的病症。
还分别论述了吊黄法、破牛黄法、火针法、烫针法、透火针法、皮风发表针法、出血针法、咳嗽针法、失中腕针法、治拓腮黄针法等20余种对应的特殊针灸方法。
在此书问世前，我国仅有一幅“牛体穴位名图”，缺乏文字叙述，本书填补了这个空白，使牛体针灸学形成一完整体系。
《养耕集》下集列病症98种和各症的方药治法。方中常选用几味当地的草药，并根据鄱阳湖地区气候变化开列四季药物统治的处方。
在《养耕集》之后，《牛医金鉴》、《抱犊集》、《牛经备要医方》、《大武经》、《牛马捷经歌》等方书相继出现。随着当时养猪业发展的需要，《猪经大全》也编成刊行。
至此，我国中兽医的医疗对象已扩展到各种家畜和家禽。中兽医学的特有理法方药体系和辨证施治原则且得到进一步的深化和发展，并形成了我国古代完整的中兽医学术体系。
明清时期，除了编著刊行许多中兽医学著作以外，在中兽医方剂学、传统兽医针灸学等方面也颇有建树。
中兽医方剂学在明清两代发展到了高峰。乾隆以后，中兽医诊疗对象由马转向牛，以治疗马病为主的马剂方书衰落了，代之而起的是以治疗牛病为对象的疗牛方剂书的大量涌现。
比如《新编集成马医方》，这是目前人们所知的第一部由朝鲜人编集的中兽医著作，作为中朝两国人民文化交流的价值远超其学术和史料价值。
再如《新编注释马驼经大全集》，其中“临时变通”的处方方法是兽医方剂学理论的一大突破，在兽医方剂发展史上占有重要的地位，对后世处方药产生了很大影响，发展和完善了中兽医方剂理论。
在传统兽医针灸学方面，明清时期达到鼎盛，从理论到实践有明显的突破和较大的发展。马体针灸在明代发展较突出，牛体针灸在清代发展较突出。
比如《元亨疗马集》，其中的针灸治疗方法已采用组穴，有协同作用和相辅相成。再如《养耕集》，它对各穴位置和主治病症均有明确记载。对多种病症设立针法，并对牛的特有病设立针法。
对家畜传染病和寄生虫病的防治，明清时期也有很多成就。我国传统医药学在明代进入全面总结和创新时期，有许多著名著作问世。
兽医对家畜传染病的认识有进一步发展，虽未形成专论和专著，但对那些能获得治疗效果或痊愈的传染病，有独到的见解和治法。
清代，中兽医对马病的防治经验由于内地保留一定数量的马而被延续。由于牛耕的发展，对牛病的医疗和防治较前有了明显的发展和提高。
明代时期对寄生虫的认识发展不大，仍以肉眼可见的外寄生虫为主。明清时期主要对蜏鳖、牛眼虫、胃肠道寄生虫以及虱的研究有所发展。
至于明清时期的兽医外科，兽医本草学在明代仍然与人医不分。兽医外科学在明代仍以针刀巧治12种病为主，对各种家畜家禽的雄性去势，对母畜摘除卵巢术，特别是大小母猪摘除卵巢术已普遍施行。
明代的兽医外科在元代的基础上有进一步的发展和成就。关于外科手术，明代总结出12种巧治法，即12种外科手术疗法。
在明代始见的有腹腔3种手术疗法，肛门、尿道两种手术疗法。古人把兽医外科手术列在针灸疗法中，反映兽医外科学的发展当时尚未达到成熟阶段。
清朝于1905年始建的京师大学堂的农科大学，当时在专科专业设置方面，有兽医寄生虫学与寄生虫病学、兽医内科学、兽医外科学、兽医病理学、传染病学与预防兽医学、兽医药理学与毒理学、中兽医学等。
其中的兽医外科学，主要包括兽医外科手术和兽医外科疾病两部分内容。可见较明代已有显著发展。
此外，明清时期的兽医已经有较为成熟的养马保健意识。比如明代实行“看槽养马”的保健制度，每群马配一名专职兽医。兽医首先须鉴别马群中的病马，并将其剔除出来，然后辨别是何病何症，对症下药。