三焦辨证是清代温病大家吴鞠通针对温病的辨证治疗所创立的，其辨证体系渊源于《内经》。《灵枢·营卫生会篇》中说：“上焦出于胃上口，并咽以上，贯膈而布胸中。中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕也，蒸津液，化其精微，上注于肺脉，乃化而为血，以奉全身。”“下焦者，别回肠，注于膀胱而渗入焉，故水谷者，常并居于胃中，成糟粕而俱下于大肠，而成下焦。”从中可明确看出，上、中、下三焦涵盖了从口腔到肛门的整个消化道，因此抓住三焦辨证规律，治疗消化道疾病具有一定的科学性。
中焦内含脾胃，为足阳明胃与足太阴脾所属的部位，它所表现的病变以脾与胃为中心，邪气内结中焦，如以阳明胃经病变为主，如《金匮要略·脏腑经络先后病脉证》曰：“吸而微数，其病在中焦。实也，当下之则愈；虚者不治。在上焦，其吸促，在下焦其吸远，此皆难治。呼吸动摇振振者，不治。”如以太阴脾经病变为主，多表现为寒湿。如以胃中湿热为主，中焦主证多见面色俱赤，语声重浊，呼吸俱粗，大便闭，小便涩，恶热，日晡加剧，舌苔老黄，脉浮洪或沉数有力。由于中焦脾胃多气多血，所以其发病较快，如不及时予以控制和截断，即会导致病邪向纵深发展，使病情日趋严重，所以，治疗根据喻嘉言所言：“中焦如沤，疏而逐之。”“治中焦如衡，非平不安。”具体施治时，如属阳明燥热，以清阳明胃热为务，“无形热邪”用白虎汤，“燥热”用承气汤之类；如属太阴脾湿，以祛湿为主，用加减正气散、白虎加苓术汤，清热佐以除湿，则可调和中焦脾胃升降功能，恢复其平衡。总之，治疗中焦病，始终抓住一个“衡”字，无论清热泻火、攻下热结、护养胃阴、清化湿热，都以达到脾胃升降平衡、斡旋运化为目的。由此，著名老中医颜德馨教授创立的“衡”法值得借鉴。“衡法”是通过治气疗血来疏通脏腑气血，使血液畅通，气机升降有度，从而祛除各种致病因子，因此对疑难杂病的治疗有着积极的意义，尤其在治疗胃肠病时，强调脾胃为气机升降的枢纽，脾主升清，胃主通降，为化生之本。若脾气失健而不升，胃气失和而不降，气机升降失常，湿、痰、瘀诸邪内生，则心下痞满，腹胁胀痛，形体消瘦等症叠起。施以升降气机法，药用苍术气香而性燥，统治三焦湿浊，质重而味厚，以导胃气下降，配以升麻质轻而味薄，引脾气上腾，二味相配，清气得以升发，浊气得以下泄，临证加入诸方中，治疗慢性胃炎、胃下垂、胃肠功能紊乱、慢性肝炎、胆囊炎、胰腺炎等，颇多效验。
如中焦兼有上焦病，兼见胸闷气短，咽中窒或头眩，应根据“治上焦如羽，非轻不举”，在用药时，加用质地轻，药味薄，性辛凉的药物如二花、桔梗、元参、竹叶之品，清宣透达，上入于上焦，见效甚捷。
如中焦兼有下焦病，症见心烦、盗汗、失眠、腰膝酸软、乏力，加用酸咸之品，其气厚味浓，直取下焦，如龙骨、牡蛎、代赭石、石决明、乌梅等，此乃“治下焦如权，非重不沉”。
总之，理解吴氏治疗上、中、下三焦之证，使用轻、平、重三种用药法则，是根据三焦的不同病理特点而采用不同治疗方法的概括，临证应灵活化载，不能绝对化、公式化，而应根据症情，因势利导，灵活掌握。
《杂病源流犀烛》对于三焦的论述亦有一定的临床指导意义，书中云：“经曰：上焦出于胃口，并咽以上，贯膈而布胃中；中焦以并胃中，出上焦后；下焦别回肠，注于膀胱。而于阳明胃之脉，则曰：循喉咙，入缺盆，下膈属胃，其直者从缺盆，下乳内廉，其支者起胃口，下循腹里，下至气街。此于三焦通行在前，故知三焦者，实胃之上下之匡廓，三焦之地，皆胃之地，三焦之所主，即胃之所施，其气为腐熟水谷之用，与胃居太阴脾之前，为相火所居所游之地。故焦也者，固以熟物之义也。然则三焦虽有上中下之分，而所由以分者，布局从胃言之欤！古人云：上焦如雾者，状阳明化物之生气也；云中焦如沤，又云如沥者，状化时沃溢之气；云下焦如渎者，状挤泌流水之象也。”很有见地，值得研究。