胃肠道疾病最终会导致胃肠功能的降低及胃肠系统的破坏，所以，在用药过程中，首先要考虑到是否损伤胃气，因为胃气是人体之根本，如《医学正传》说：“其清者倏焉而化为气，依脾气而上升于肺，其至清而至精者，由肺而灌溉乎四体，而为汗液津唾，助血脉，益气力，而为生生不息之运也。”所以在用药过程中“轻药”宜重用，“重药”宜轻用，如代赭石可用4～5g，黄连则用1～2g，因重剂有碍脾胃之运化，量多则适得其反。如证候寒热互存，虚实异见，选方用药，孰轻孰重，最为关键，效与不效，常在一二味之取舍、一二钱之增减。临床组方一般不超过十味药左右，用量单味在3～9g之间，成药入煎剂不过9～18g，量轻配巧，此为“轻可去实”之法。
在胃肠病的治疗过程中，治法应以调和为主，疏和、调和、清和相机而用。由于和法适应症广泛，用之得当，收效颇佳，且和法类药物，药性平和，用之稳妥，在药物选用上，柴胡一药，在治疗本病各证中无不用之，盖取其升散开郁作用。实证胃脘痛，柴胡能疏利开达；虚证胃脘痛，柴胡可轻调气机。用药讲究轻灵快捷，轻可去实，四逆散仅四药，质轻药简，常收效显著，盖取其轻扬调和之力。凡质重味厚之品，慎用重剂，以免加重脾胃负担。柴胡用量常在6～10g之间，而代赭石不过12g，且收效即止，转用它药调理。
药量宜轻，药性宜平，药味宜甘，如宜多选药性较为平和的苏梗、陈皮、川朴花、佛手及药轻气薄的绿梅花、代代花等，慎用香燥辛辣、破气攻下、苦寒滋腻之品，如有胃热仅加一味黄连或蒲公英。性味偏重的黄连、吴茱萸、乌药、良姜仅用2～5g。对虚证胃脘痛，甘能缓急，甘味药物，最为适当。此外，虚证胃脘痛要慎用丸剂，因患者脾胃运化力弱，难以消化吸收，既硬且实的丸剂药物，徒增胃的负担，故以散剂、易丸剂为佳。
具体处方时还应注意轻重搭配，升降相依，攻补兼施，如养阴有碍于脾，用石斛、麦冬时须加醒脾之品川楝子、佛手；用破气的三棱、莪术，须与补气的黄芪相伍，变破气为行气；用升提的麻黄、柴胡，须加酸收的白芍、五味子，以防升散太过。