丘吉尔终于同意从克里特撤退。5月28日夜，英军开始撤退。
但是，要将2.2万名战斗人员从克里特岛运出并非易事。希特勒和墨索里尼的空军已严密封锁了克里特岛周围的海域。登陆地点叫斯法基亚，是南部海岸一个小小的渔村，位于高达500英尺的峭壁下，只有一条羊肠小道可以通行。部队必须隐匿在峭壁边缘附近，等到召唤再出来登船。
5月18日，英国地中海舰队再次从亚历山大港出发，前往克里特岛营救守军。
当天深夜，阿利斯海军上校指挥4艘驱逐舰从克里特岛运出了7000人。
英国这次出动了3艘巡洋舰，6艘驱逐舰。在返航途中，从斯卡潘托岛起飞的敌机不断地猛烈轰击该舰队。在离亚历山大港不过100英里的地方，“希尔伍德”号驱逐舰首先遇难，被一颗炸弹击中，不能与护航船队同行。紧接着，巡洋舰“代多”号、“猎户星座”号和驱逐舰“诱敌”号都被击中。“猎户星座”号除了船员外，还有撤出的克里特守军1100人，一颗炸弹穿过该舰舰桥，落到了拥挤不堪的下甲板上，约有260人被炸死，280人受伤。舰长巴克海军上校遇难，船受重创并起火燃烧。
5月30日，丘吉尔发出命令，要不惜代价继续救援仍在岛上的守军。地中海舰队再次出击，前往克里特岛。阿利斯海军上校率领2艘驱逐舰又一次闯入了斯法基亚，从那里运出了1500余名士兵。在返航途中，德军飞机仍然在追击轰炸。这两艘驱逐舰都差一点被击沉，虽受了重伤，还是驶抵了亚历山大港。
两天后，希腊国王历经艰险，与英国公使一起离开了该岛。6月1日，克里特岛守军司令费赖伯格将军也乘飞机最后离开了克里特岛。
没有救出的5000人，除了少数叛敌外，绝大多数被法西斯匪徒杀害了。
希特勒付出了极大的代价，终于占领了克里特岛。克里特岛的攻击使德军的地中海运输大有改观，同时对马耳他岛也构成了威胁。