在广州政变尝试之后五年，中国革命的时机更趋成熟。对日战争带来了灾难性的后果。从1894年起，中国政府被迫把关税、厘金和盐税的一部分收入抵押给外国银行家，最初是为了偿付战争费用，后来是对日本赔偿。1898年，连续七次的借款，使中国的外债差不多达5500万英镑，几乎等于中央政府岁入的三倍。与此同时，德国在1897年攫取胶州，引起了各国对租界和租借地的激烈争夺，这似乎是列强瓜分中国的先声。
一个变成了外国利益看护人的王朝，是很难得到臣民对它的尊敬的。但是，倘若盗匪、走私者以及流离失所的农民利用朝廷的虚弱而作乱，其具体原因往往是外界的干涉和外国对中国财政的加紧控制。具有讽刺意味的是，那些喋喋不休地声称需要和平与稳定的入侵者，他们的所作所为恰恰使和平与稳定在中国成为不可能。
成千的传教士的到来（他们是靠武力取得传播福音的权利的）尤其令人难以忍受。不过，反基督教的骚乱，主要还不是起因于宗教上的偏见，而是由于对外国人的愤恨，因为他们的特权侵犯了当地官绅传统的特权。而那些下层阶级，那些饱尝帝国主义强加给他们的经济负担之苦（抵付外债而提高了的税率，便宜的加工商品的流入，以及平底船被汽船所取代）的特殊受害者，无需鼓动便都起来向传教士和教徒进攻，因为后者象征着入侵者对国家日益加紧控制。
传教士的破坏作用，通过四川余蛮子（余栋臣）的英雄传奇得到了说明。余栋臣当了土匪，是因为他同中国天主教徒发生了土地争执，后者得到了一位法国神父的支持。1890年，他发动了一个长达十年的、主要是针对天主教徒的恐怖运动和抢劫运动。趁官员们舍此他顾的时候，余栋臣便同哥老会合作，建立了一支近万人的武装。这就是一位史学家称之为会党的第一次大规模反帝起义。
1895年夏，叛乱者攻击了成都和重庆的新教布道团。据约翰主教说，敌视并不是宗教上的原因引起的，而是由于官方对排外进行鼓励所造成。这次骚乱的直接原因有：长江上游对汽船航行开放，谣传成都将成为通商口岸，以及传教士有权在未同当地官员商量之前就可购买土地和租借房地产等。
英国的观察家也宣称，1899年4月，当英国人扩大其香港租借地时，官方对这种排外主义的鼓励，导致了广东新安地区的武装抵抗。英国人曾被告诫说，三合会在一个名叫钟书云的人（可能是孙中山的信徒）的统率下，准备在新安举行叛乱并洗劫香港。据说叛乱者有这样的口号：“既然皇帝已把我们的领土出租给英国人，那么，我们弟兄们的义务，就是自己来守住它，招兵、收税，全由我们自己来管理。能够这样做的人就是国家的主人。”虽然钟书云被免除了导致中国人遭到重大伤亡的抗英的责任，但新安余留的部分和邻近的归善地区，却为次年孙中山的追随者同清军的冲突提供了有利的场所。
1898年，汉口的民众起来抗议用税款抵付外债，焚烧和毁坏了成百万美元的财产。英国商人抱怨说，由于厘金进款全用来偿付1898年英德债款的利息，使得地方当局连实施法律的钱也没有了。这恰恰是总督张之洞想要转告给贝思福勋爵的意见，他对贝思福说，失去了税款，使他只能用不足额的军队去平息叛乱了。当人们问张之洞，为什么他这样害怕骚乱时，他回答说：“老百姓认为向他们抽税，是为了付给外国人。这就激发了中国人对外国人常有的那种内在的仇视情绪。”对于这种处境，尽管英国商人已得到女王陛下政府将会保护他们的答复，但意味深长的是，18个月以后，当英国兵舰要开进张之洞的辖区时，他已有足够的军队来维持秩序了。
这件事表示中国官员正在试图维持那种微妙的平衡。为了证明外国干涉造成了无政府主义的后果，他们允许甚至鼓励群众闹事。但是当这种混乱失去控制，威胁到他们自己的衙门，并招致进一步的干涉时，他们便不遗余力地对骚乱进行镇压。
1900年夏，当反动的清朝统治者和当地的一些官绅对义和团反对外国机构的运动进行投机时，华北“受控制的叛乱”就变成了一种排外运动。如果张之洞、李鸿章和其他稳健派势力看到有任何成功的可能时，他们是会支持义和团的。然而，他们却袖手旁观，竭力保持自己所在省份的安宁。但是，群众闹事并不总是那么顺从官绅的操纵的。义和团运动的口号起初是反清灭洋，以后变为扶清灭洋，但当联军入侵华北，从而暴露了清朝统治者的软弱无能时，反清的口号又很快地恢复了。
即使在义和团运动发生以前，农民的秘密结社也往往倾向于同政府作对。广西不是一个富裕的省份，但却分摊了由于举借外债而造成的赋税负担的很大一部分。官僚政治的腐败和自然灾害，是引起1898年李立亭在那里领导的三合会数千人骚乱的原因。据平山说，这次广西起义的规模，仅次于太平军起义。孙中山的三个追随者想加入李立亭的行列，但来得太迟了。
迄今为止，革命者的领导能力和组织能力同农民的爱好暴力还不相称。然而，到1900年，孙中山和他的副手们终于根据他们所期待的起义的需要分派了任务。郑士良代表革命党人，已着手在广东沿海建立基地。杨衢云、陈少白、李纪堂、福本和平山在香港致力于筹措经费和后方接济。孙中山由宫崎和清藤协助，在日本进行策划。虽然李纪堂（他在香港与孙中山初次见面）给了孙中山2万元，但孙中山的经费显然还很短缺。
这种长期的穷困已在上海引起很大的失望。在那里，长江流域会党的头目已由毕永年训练好，正在等待孙中山的指示和款项。这些哥老会的龙头，都是花钱的能手，听说有大量金钱由康有为交给湖南人的领袖唐才常使用，便都离开毕永年，加入湖南活动分子的行列，因而使毕永年感到灰心丧气。毕一直在努力争取他的湖南朋友站到孙中山这边来，但唐并不真正关心改良派和革命派之间纲领的差别，而只是认准康有为和保皇会能拿出更多的金钱。毕永年情绪沮丧，隐姓埋名当和尚去了。在写给平山（他是毕永年在一次鼓舞人心的巡视哥老会分会的旅伴）的告别信中，毕永年谈到自己的忧虑。他认为中国命定要受人奴役，所有那些要拯救它的人只不过是被自私的愿望驱使而已。当这个消息传到横滨的孙中山那里时，他感到“如失左右手”。没有毕永年，孙中山同长江流域各省的联系就中断了。5年后，他同这个地区的接触才开始恢复。
然而具有讽刺意味的是，没有接到大肆吹嘘的保皇会的军事活动经费，是唐才常在汉口密谋失败的原因之一。檀香山领事的干预，华侨因该地唐人街失火而造成的经济困难，都使梁启超不能及时汇寄他曾保证过的款项。而康有为（他控制着最大的独一无二的赠款人邱菽园）看来不愿意给在大陆上的追随者以充分的支持。他大概不完全信任湖南的叛乱煽动者，因为后者的做法是矛盾的：既谴责清政权而又要使光绪帝复位。如我们曾指出的那样，梁启超非常重视广东起义。总之，他们没有及时汇来大笔钱，而使唐才常将起义一再延期，最后导致他的密谋败露，遭到了镇压。8月11日，由秦力山领导的安徽小组被破获，其重要成员两星期后在汉口被张之洞枪决。
张之洞同自立会的关系和李鸿章同兴中会的暧昧关系呈现出有趣的相似之处。孙中山希望李鸿章把其管辖的两个省从清王朝的统治下分离出来；唐才常对张之洞也寄以同样的希望。两湖总督像他的南方同僚那样，通过唐才常的一个日本同情者去打交道，自己不先表态，而宁愿等待整个政治形势发展的结果。如果皇族成员，或者至少是西太后，在北京的战斗中未能逃生，那么，同改良派势力进行联系的独立活动，可能对张之洞是有吸引力的。可是到8月底，当皇帝和西太后安全撤离和李鸿章被授权吁请和平时，张之洞就不敢有什么动作了。
另一个更为重要的因素，是英国这个在长江流域有着最大利益的外国势力的态度。这同南方的情况又极相似，所不同的只是反政府的密谋者发现这里的英国代理人比香港的卜力爵士远为缺乏同情心。早在1月份，上海的改良派就已通知代理总领事，除非恢复皇帝的帝位，否则他们就要发动全国的会党，从而迫使外国进行干涉。他们又警告说，民众起义很可能破坏贸易，毁坏教会设施。沃伦领事拒绝接见他们，并通知说，他们提出的方针会疏远列强。但是改良派坚持他们的要求。1900年3月底，容闳（他在他们的上海会议上居于领导地位）问一个新加坡警官，英国政府是否愿意支持起义。容闳是来找康有为商议的，他坚决认为改良派不能被看成造反者，因为他们是支持皇帝的。英国不是通过容闳就是通过别的渠道获悉，这次起义计划在三个月之内举行，密谋者还自称已招募了500个美国人（可能是梁启超或荷马李引起了这个期望）。
但是，在三个月后，义和团运动爆发了。英国对长江流域的任何动乱都极为敏感。虽然自立会的战略家们摆出了擅长外交的姿态，想利用北京同列强的争吵，但当哥老会和大刀会投入战斗时，英国并不打算袖手旁观。梁启超及其朋友尽管除去会党的排外口号，但英国却喜欢采用镇压这种更为实际的措施。张之洞生恐外国人采取主动，便保证要进行合作。6月17日，他通知汉口英国代理总领事，他将维持秩序和保护外国人，并且要求英国军舰在长江口外停泊。其他的保证，包括不承认北京的宣战，答应偿付外国债款，也很快从张之洞那里传来，张之洞是和李鸿章以及其他一些反对义和团的官员采取一致行动的。
为了信守约言，张之洞在8月21日晚上和22日清晨对汉口的密谋者进行了突然袭击，这比密谋者最后决定的起义时间早一天。密谋者的一个躲藏处设在英租界，代理总领事傅磊斯便指示巡捕同张之洞的军队合作，于是密谋者的首领很快被捕。在警察发现的密谋者随身携带的物品中，有傅磊斯领事所称的“两个难以理解的英文文件”，他把它附在他的报告中。这些是自立会纲领的抄本，它明确地声明要对外国人持友好的态度。也许是为了尊重外国人的思想感情，改良派的领导人（他们有20人，包括唐才常和林圭在内，在被捕的当天就被砍头）还保证“俘虏将按照文明国家的法律来对待，决不用野蛮的方法杀害他们”。
张之洞对英国人的帮助表示感激。按傅磊斯的解释，英国之所以帮助，这是因为，即使这一运动是一个真正的“改良”运动，没有一个行动是针对外国人的，但如果推翻了合法当局，这三个城市所有目无法纪的暴民便会对我们放肆起来；还因为现在的当局，迄今还在这里努力维持秩序，它比起一个自命的、有着堂皇目标的、但其经验与能力令人怀疑的政府来，是更可取的。
这就是为什么密谋者热情的亲西方声明不被接受的一些原因。这些原因在以后集中体现为外国对中国的“稳定”和“合法”统治的偏爱。
唐才常的那些已经逃跑的伙伴，包括先在安徽后又跑到日本的秦力山，都因这场灾难而谴责保皇会的领导人。秦力山前往新加坡，要求康有为说明捐款的用途。由于他的告发，康、梁的捐赠人邱菽园断绝了同改良派的关系。这是康有为、梁启超同孙中山的策略进行竞争的头一回尝试。他们无效地支持自立会，使湖南、湖北的知识分子转而反对他们。哥老会的首领们在中途换马后，结果并未得到彩头，在几年后甚至想暗杀康有为。密谋的失败，尤其是所受到的责难，使梁启超感到沮丧，他威胁说要退出政界去当和尚。虽然过去6个月来，他主张武装起义，但剧烈的内部争吵和许多学生的牺牲（其中有许多是他从前在湖南和东京的追随者）挫伤了他的战斗精神。梁启超一开始就指出，只有在特殊的情况下（威胁到皇帝和希望国际支持）使用暴力才是正当的。他认为武装起义不是闹着玩的，不能随便运用。1900年夏，他看到一个“千载难逢”的机会，然而却证明只不过是个错觉而已，于是他逐渐恢复他原来的面目——学者、编辑、教师和思想评论家。
长江地区的失败，使改良派暂缓考虑有关广东的计划，而使孙中山可以自由行动。但是，孙中山只有在得到金钱和军火之后才能起事。然而，行动的最初阶段——在中国领土上进行集结，还是按计划实行了。
在以前的秘密计划中，密谋者曾企图在牵制性攻击的援助下以正面的突然进攻来夺取广州。现在，他们决定在该省东部的惠州府建立基地，从东南向广州进逼。他们选择了三洲田作为军队的集合和出发地点。三洲田是归善（现在的惠阳）县的一个村庄，在大鹏湾北五英里，距英属新界东部边界不到十英里。正如代理总督德寿描绘的那样，惠州是“强悍”的人——惯匪、盐枭、海盗和会党分子聚居的地方。
即使把官方的歪曲考虑进去，这个县确实是非常难以控制的。归善和海丰东南多山的沿海地区，通常是海盗和走私活动的地方。约在十年前，政府军曾倾其全力对付归善东部三合会众的抢劫活动，但从未净绝根除。客家人（他们曾发动了太平天国运动）的大量集中，在惠州的局势中构成了另一个爆炸性的因素。此外，英国人近来侵入新安地区也成了产生新的怨恨的根源。
在战略上，这个地区也处于有利的地位，由于它靠近海边，从这里孙中山可以期待来自海上的增援。由于它又靠近英属新界，从而提供了两条可以通向外面的交通线。三洲田这个主要的革命基地，则有丛林和峻岭掩护，这里的隘口提供了许多进攻的可能性。它的西南是新安（现在的宝安）县，西北是东莞县，从这里到广州不到70英里；正北是东江和州府惠州城，该城也是归善县所属府的府治；东边是海丰，也是个著名的叛乱中心，云集三合会徒和海盗，这些人随心所欲，“出没无常”。
选择惠州作为第二个革命战役的场所，大概是由于郑士良的影响。郑士良是那个地区理想的野战总指挥。他是归善当地的客家人，长期以来是个三合会会员。虽然战士都是从广东各地包括香山招募来的，但大多数来自惠州，并且是客家人和三合会会员。为了使分散的三合会会员统一行动，郑士良请来了一位名叫黄福的三合会显要人物，黄福也是归善本地人，他是从北婆罗洲的山打根回来的，在郑士良从香港到来之前一直担任大元帅。事实上，军队的大多数军官，除郑士良外，原来都不属于兴中会，而是当地的土匪头子或三合会首领，这些人控制着效忠于他们的各种武装集团（据说其中的一个首领是去年才从惠州的一个监狱中逃出来的）。三合会会员只有在他们自己的称作“草鞋”的密使从黄福那里得到信号时才能行动，而黄福则是从郑士良那里领受命令。这种间接指挥的方法是从1895年延续下来的。
在广州，从夏威夷来的兴中会老战士邓荫南和郑士良一样，是孙中山的追随者，但不是正式的指挥者。当时，史坚如以其强烈的自我牺牲精神来激励他的小组。他们和新吸收的成员一起，打算对这个省城发动突然袭击，以支持郑士良从东面的大举进攻。史坚如在北江、西江、东江联络土匪头子，他希望一俟郑士良的主力在惠州的战役打响后，能有数千人集中于广州。由于广州政府只有两万人的军队，且大部分被拴在惠州，因此估计广州经不起一次突然的袭击。
在广州，造反的领导权被基督教徒所控制。在广州格致书院里，参加者和同情者包括史坚如和他的一些同学以及中国教员。它的姐妹学校，即培英书院，也是革命的温床。两位中国天主教神父胡氏兄弟，一位中国长老会牧师和一位皈依基督教的绅士，都是重要的密谋者。左斗山是长老会教徒，他的书店在1895年曾是革命者的藏身处，现在又恢复了活动。这次他是通过另一个教徒苏复生接头的，后者是左斗山的新书店——大光观书楼的司事。普通船工出身的练达成，是一个教会学校的毕业生、担任重要角色的虔诚的基督教徒。在惠州城北面的县府博罗的兴中会新成员中，李植生是个化学教师、巴塞尔布道团的皈依者。巴塞尔布道团在粤东的客家人中间特别活跃。李植生参加过惠州战斗，后来他到日本，在留学生的革命密谋者中传授有关制造炸药的专门知识。
按一种估计，惠州战役（包括广州方面）的参加者，30%系基督教徒，70%系三合会员（这些数字大概只算最初的参加者，而不包括后来参加战斗的数千农民）。然而，这两个团体并不相互排斥——像郑士良和李植生这些人，既是基督教徒，又是三合会成员，都是客家人，他们的结合看来似乎很奇怪，特别是在义和团起义期间，当皈依者成为主要的迫害对象时尤其如此。这种合作是在孙中山的领导下进行的，它重复了1895年的经验，表明会党并不是一成不变地反基督教的。显然关键在于领导：当受到官绅的煽动时，兄弟会为反对基督教而横冲直撞；当它是由布道学生所组织时，则扮演了历史上的反满角色。
摩根也积极参与了这次密谋。他由邓荫南资助，住在广州外国人居住的沙面，侦察清统治当局在广州三角洲的防御，找出虎门和其他炮台的位置。由此可看出外国同盟者的巨大价值：他们可以通过边境，访问战略要地，而不会引起中国警察的怀疑。
与此同时，在内地的三洲田基地，郑士良的副手数月来已集中了600人。他们虽然通过一个广州的军官购买到了一些武器，但总共也不过300支来福枪，每支枪30发子弹。夏末，他们控制了所有山口，突击队也已准备就绪，只等孙中山发来信号了。
可是，没有钱和军火，使起事一再推迟，从而削弱了士气。头一批倒楣者是史坚如的三合会会员，这些人的胃口原是受洗劫广州的欲望刺激起来的，现在他们带着失望情绪又回到乡下去了。史坚加因而着了慌，提出变卖自己的财产以筹措款项，然而在这个动荡不安的时期，那些富有的广州人却宁愿把他们的资金转移到香港和澳门去。
孙中山也不能提供有效的援助。经费问题还未解决，而香港的关卡又使交通问题变得复杂起来。宫崎和清藤也被禁止进入这个至为重要的基地。再加上新的挫折，即在这次密谋中被充当重要角色的其他一些日本人，现在也无能为力。汉口的失败使得人心沮丧，从而减少了全国起义的机会。福本和内田之所以感到犹豫，看来是孙中山在南方行动迟缓所致。内田甚至想通过刺杀李鸿章和刘坤一来扫清行动的道路。李鸿章和刘坤一是有名的总督，象征着和平与稳健。孙中山很担心西方对此举会有所反应，8月底他去上海时（他大概停留在港口内，而不愿冒上岸的风险），成功地阻止了这种暗杀图谋。内田（他手下有40名战士）对此大为不满，便把注意力转向朝鲜去了。福本也退了出来，致力于中部各省的活动。
但是，孙中山在上海还有别的事。正如前面所指出，他同刘学询还是不绝往来，刘学询是李鸿章的一个幕僚。李鸿章这位年老的国务活动家确是不急于前往北京，自7月21日以来一直在上海滞留。尽管此间曾有李鸿章回广州的谣传，但认为他仍然在孙中山的计划中扮演角色是值得怀疑的。孙中山要的是刘学询的钱，他派平山送信给刘学询，邀他来船上商谈。和他们先前的交易那样，这次会谈也是秘密进行的，可以断定，刘学询曾多少给孙中山一些鼓励，但并没有承担义务，他大概是要等着瞧瞧孙中山的计划会有什么结果。毫无疑问，一个星期之前张之洞对汉口密谋的残酷镇压，使刘学询有所顾虑。
然而，不管怎样，这次旅行还是给孙中山带来新的前景。在上海期间，他同平山及山田良政举行了重要的会谈，后者是与内田有关系的着眼于中国的另一些冒险家中的一个。山田和内田不同，他仍然赞成孙中山的计划。而且提出建议，要孙中山争取台湾总督儿玉源太郎的帮助。他们商定，山田（他带有日本扩张主义者给儿玉的信件）从厦门去台湾，孙中山回长崎，然后同山田会合。孙中山回日本的目的，可能是为了同过去的捐助人平冈浩太郎联系，后者对儿玉源太郎是有影响的。
在这期间，郑士良的活动都是在孙中山的指示下进行的。他曾试图把自己的人都集中起来，但因给养不足和斗争前途渺茫而难以办到。到10月初，他原有的600人已减员到80人。正当孙中山在台湾谈判的时候，清政府自己却促使了令人震惊的惠州起义的爆发。
造反者的活动越过了边界，他们的准备工作终于引起了广州当局的注意。谣传说，有一支“数万人”的队伍，运入不少武器，在三洲田地区掘壕据守。新近被揭露的长江流域的密谋，和这次对广东的新的威胁，被认为是孙中山、康有为通力合作的重大阴谋的一部分。面对着这种看来是大规模的起义和非同寻常的盗匪骚扰，代理总督德寿小心翼翼地部署他的军队。鉴于造反者占有险要的地形和得到农民的同情这些有利条件，他决定不长驱直入，而徐缓地进行包围。由于造反者的营地距新界只有几英里，德寿便猜想他们打算制造边界事端，从而使英国军队也卷进来。
水师提督何长清从他设在虎门的指挥部率领几千士兵出发，于10月3日占领深圳。这个城镇在新安县境内，与新界隔河相望，位于三洲田西南20英里处。这一着不仅使政府军处在可以攻击造反者的距离之内，而且还可以守卫边界，防止可能出现的挑衅事件。在西北面，一支陆军部队占据了归善和东莞之间的交界处，另一支部队则从潮州调到造反者防区以东的海丰一带。陆路提督邓万林及其指挥部则在惠州，他派部队到镇隆（在县城西南）和淡水（在郑士良的指挥部东北60英里处）以封锁造反者。同时，巡逻船则在靠近骚乱地区的海面上进行警戒。
由于清军逼近，郑士良打电报给在台湾的孙中山，要求紧急运送军火。孙中山对此大吃一惊，答复说，他在台湾的布置尚未就绪，命令革命军的队伍暂时分散，避免同敌人接触。可是郑士良固执己见，又打电报说，如果能够把军火送到广东沿岸，他就能够坚持下来。在此期间，水师提督何长清的200人先头部队已占领了沙湾集镇，离三洲田不到8英里，骑兵巡逻队甚至逼近造反者的营地。郑士良仍在等待着孙中山的答复，可是他的副将黄福却不知道孙中山有关撤退的命令，决定率冲锋队80人袭击沙湾，把三洲田的营地交给好友照管。
惠州战役开始的这一仗（它在10月6日打响）所取得的主动局面和令人鼓舞的发动，都是未曾料到的。黄福的勇猛的战士把政府军打得落花流水，杀死了40人，缴获了他们的枪支和几箱子弹。还抓了30个俘虏，这些俘虏的辫子统统被剪掉了。在这次战役中，黄福和他的勇士们仿效太平军的做法，暂时让俘虏充当杂役来帮他们做事，虽然据一种说法，只有广东人才能得到这种宽待，而落入他们手中的湖南人则很快就被处决了。政府军的指挥官由于得到情报，发现造反者的实力即使不在数量上占优势，也在士气上占优势，他们就不再向前推进了，而是守在坚固的阵地上，等待敌人下一步的行动。沙湾的居民在战斗期间持中立的立场，这就使造反者坚信清军是得不到农民的支持的。
按原来的计划，郑士良的军队应该继续向西推进，控制新安其他地区，包括南头和县城。在新安和北边的虎门，包括可能由史坚如招募来的一些新兵在内，有几千支持者正在等待他们。当他们的内应在城内活动时，他们和这些人相互配合可以从珠江口威胁广州。眼前的障碍是水师提督何长清在深圳的具有实力的军队，这些部队警戒着造反者从西南方面向该县的接近。但是，造反者首次同何长清的士兵遭遇的后果，并未引起其对手的重视。
第二天，郑士良带着孙中山最近的电报来到这里，使这个战略突然放弃了。虽然孙中山最后批准他们前进，但并不是他们所期望的方向。孙中山要他们朝东北向闽南的海滨城市厦门进发，而不是向广州进逼。
在厦门建立一个据点，以便迎接从台湾基地来的远征队，这是共谋者7月份在香港争论时就已提出的。那时，宫崎及其同事（他们不像孙中山那样信任日本政府）提出立即发动进攻，不要等待日本人从台湾来的援助。据宫崎说，孙中山觉得只要郑士良在惠州的兵士有一半抵达厦门，他就能使从台湾来的远征队登陆成功，然后会合其他部队一齐向广州进攻。当时英国已经拒绝他们进入香港，孙中山所持的要等日本人前来援助的论点，显然是胜利的保证。可是共谋者后来所有的军事准备证明，他们并没有选定厦门作为直接的目标。道理是显而易见的。因为厦门离他们在三洲田的基地约有250英里，抵达那里要穿越难走的山岳地带，而当他们长途跋涉返回广东时却面对一支已有戒备的清军。此外，他们的一切努力都集中在广东招募新兵，并没有听说兴中会在福建有什么进展。参加起义的绝大多数是广东人，广东正是他们唯一熟悉的省份，在那里可以指望得到友好的接待。无论如何，他们这样做看来是合乎逻辑的，那就是他们希望夺取广东东部沿海地区，以便得到国外的援助。孙中山这时仍打算使用为菲律宾人购买的军火，台湾是最便于装载的港口，但为此目的远道前去厦门是不必要的。三洲田距海岸只有几英里，他们很自然地会想到派一批人到海丰或陆丰去接应从台湾来的远征队，同时部署他们的主力逼进广州。但孙中山却命令把所有的纵队直接开往厦门，这突如其来的做法，用孙中山自己的话来说，是“改变了他们原来的计划”。
在10月初的那些日子里，孙中山在台湾的确切经历是不清楚的。但可以肯定，他突然改变战略是由于他同该岛的民政长官后藤新平谈判的结果。后者是按总督儿玉的指示行动的。这时，平山周和山田良政同孙中山在一起，对于谈判的过程，山田良政的弟弟山田纯三郎有过生动的描述。据他说，儿玉亲自劝告孙中山，既然他们打算从惠州东北部出发，顺道占领厦门和福建，而且最终要夺取整个国家，所以不要一开始就征服广东。至于他本人，则是很愿意看见他们从海丰和陆丰得到军火补给的。接着，孙中山要求借一笔钱，答应俟革命成功后连本带利一起归还。后藤回答说，在这个基础上借款是冒险的，而且重新偿还也太麻烦。他倒有一个较好的主意，就是一俟海丰和陆丰的革命者全都武装起来，应去夺取厦门，他透露，在那里，台湾银行的地方分行手头有几百万元。为什么不去抢这个银行，然后在革命胜利后中国只做“道义上”的偿还呢？他本人可以保证，日本对这个抢劫事件是不会过于追究的。（后藤和这个银行有密切的联系，这一点对日本扩张主义者在福建的计划显得非常重要。对于银行的资产以及银行对设想中的抢劫所持的态度，以他所处的地位，他是有资格这样说的。）
这个记述可能不够周详。首先，儿玉这时大概在东京，而让后藤去进行谈判。此外，孙中山在没有首先巩固广东基地的情况下，不大可能接受从厦门向北进军的计划。而更为可能的是，日本人对厦门的骚乱比对广东的骚乱更感兴趣。8月和9月，他们全都做好了接管厦门港的准备。倘若孙中山来接管，特别是如果他擅自取用这个银行的金库，那么他们就会处于有利的地位。对孙中山来说，几百万元将强烈地引诱他去攻打这个城市，然后再打回广东。
在孙中山自己的记述中，没有提到这些细节。他只是说，儿玉答应在革命军起义后给予帮助，并指示过后藤相机行事。在这个援助计划中也包括了日本的军官，孙中山希望这些人跟他一起渡海到大陆。不管怎样，日本的建议所具有的吸引力足以使孙中山撤销他给郑士良的命令，从而扭转革命攻势的方向，推迟同惠州西部和广州周围地区的支持者的汇合。虽然这个新的计划模糊不清，但它却是在绝望的情况下设想出来的。孙中山为他在大陆上束手无策的战士着急，他非常需要援助，像常言那样，只好饥不择食了。
孙中山在台北时，在与儿玉和后藤达成协议之前，曾做了最后一次努力，以争取刘学询并取得他那难以确定的收入，听说李鸿章终于在9月16日离开上海赴天津，刘学询未陪同，孙中山便派平山带一封信到上海给他。尽管孙中山作出勇敢的样子，并因有着占领广州的机会（他还未放弃原来的战略）而欢欣鼓舞，但他向刘学询描述的这个计划只能说纯粹是绝望的产物。显然，这封信是他同刘学询在8月31日商谈的继续。孙中山现在提醒刘学询，那时候他曾提出两个可供选择的行动方案：一个适用于清廷迁回北京的情况，另一个则适用于清廷迁西的情况。孙中山没有透露选择了哪一个，只说唯有后一个才行得通（孙中山在上海同刘学询会面后不几天，朝廷便从大同迁往太原）。他所概述的可能是第二个方案，即用侧翼的机动攻击和内部起义双管齐下的办法攻占广州（他力戒用炸药炸开城墙的做法，因为这种做法破坏性太大，使该城不能作为基地了）。孙中山透露，惠州军队既然已经起义（他显然指的是郑士良建立基地，而不是指战斗的爆发），北江和其他各地的援军就会很快参加进来，清政府将不得不从城里派出部队，这样从内部起义夺取该城就易如反掌了。孙中山以非常自信的口吻详细地说明了他的安排，他还透露说，有关登陆的秘密安排，已同澳门当局谈妥，他即将前往荷属东印度，大概是去招募新兵。
在要钱之前，孙中山极力劝诱刘学询。目前——他写道——一个五人的政府就行了，不管这个政府的领导者叫做“皇帝”或称“总统”，这个职位一定留给刘学询，因为孙中山已经决定刘学询应该得到这个职位。孙中山自己则掌管兵政，其余三个内阁成员由刘学询挑选，负责掌管内政、外交和财政。不过孙中山建议，这三个职位可分别给盛宣怀、杨衢云和李纪堂，而像何启和容闳这样的人可派作驻外使节。孙中山继续写道，由于同联军冲突，国家面临着被瓜分的直接威胁，保持中国的完整，已经刻不容缓，孙中山希望刘学询同杨衢云、李纪堂（他们在香港负责财政）一起，尽快给他100万元，这些钱可通过平山转交给他。
在信的末尾，孙中山重申了他的提议：因为原来的候选人李鸿章已决定接受议和全权大臣的使命，刘学询肯定是新政府的首脑了。他声称，刘的任命已对革命军宣布，以后将公之于世。孙中山还提到同刘坤一、张之洞合作的可能性，要是他们和革命者结盟，就能阻止外国的入侵。假如他们不同意，孙中山建议在占领广州后，前去江苏和湖北会见这两位总督。孙中山对多年来怀有皇帝野心的人进行最后的劝诱，他的努力很了不起，显示出他纵横捭阖的才能。但是，刘学询这个人太精明了，不会依靠孙中山来作为拥他为王的人，他宁愿紧紧地抓住他的100万元不放。此后不久，儿玉带着他的建议前来，孙中山也就把刘学询忘掉了。
与此同时，还有另一个更为现实的援助郑土良的希望：即把失败了的菲律宾独立军留下的军火送给他，当孙中山最初计划这次远征时，他可能还记得这些武器，并曾委派已于7月份从香港回日本的宫崎办理此事。10月，郑士良的军队急需这些军火，孙中山便命宫崎火速送去。但是他的朋友在答复中告诉他，这笔专用于菲律宾军火的款项已被他们的日本代理人鲸吞，他们所得到的只是一堆毫无用处的废铁。
在过去的两三个月中，孙中山差不多什么都尝试过了。他建议李鸿章在两广独立；请英国人充当全国监护人的角色；对刘学询，则许给他一个王国。现在只剩下日本人了，我们不能确知他到底许给他们什么。
正当他们最后的命运被儿玉和他的同僚决定之际，郑士良和他临时凑成的军队却获得了意外的成功。1900年10月6日占领沙湾后，他们得到从邻近城镇来的千余士兵的补充并挥师北上，向离惠州城不到15英里的镇隆推进，尽管许多战士只有梭镖，但他们夺下山头，在该城附近击溃了一支清军，从而取得了第一次重大胜利。他们抓到了几十个俘虏，其中有归善县的县丞。还缴获了700杆枪和12匹马。这次战斗发生在10月5日，当晚他们就占领了镇隆。
同时，他们在博罗和惠州城的支持者也投入了战斗。当清军向南增援时，革命军从甘蔗地里进行伏击，这两个城镇都被革命军包围了。惠州——这个曾抵抗过太平军猛烈进攻的设防城镇——将被占领的威胁，使官场一片惊慌。如果该城陷落，东江这个通向广州的门户就被打开了。粤督现在倾其全力防守惠州和博罗，武器低劣的革命者被迫退却和溃散。由于政府有2万士兵可供调遣，便集中力量来消灭郑士良的主力。
这支革命军没有倾其全力于县城的战斗。按孙中山的新命令，它向东朝着下一个目标永湖前进。经过小规模的战斗，造反者打败了清军，在推进中没有遇到多大障碍，并招募了几千农民，友好的村民给他们吃喝。10月17日，他们离开水湖，向白芒花挺进，在路上，他们只有一千杆枪，却打败了一支有五六千人的清军，又一次获得了令人惊讶的胜利。陆路提督邓万林在这次战斗中丧失行动能力，造反者抓了几百名俘虏，缴获了五六百杆枪和大量弹药。至此，白芒花已无防御，当晚就被占领。现在，造反者的队伍已超过1万人，由于有归善农民的热烈响应，他们沿着东江的支流西江流域向东推进。
在这次战斗的头十天里，清军曾有效地清除了造反者对惠州和博罗的威胁。但是，只要郑士良的主力部队不仅完整无损，而且显著地加强，这次起义就会成为一次严重的叛乱，大有夺取全省之势。外国人对造反者的纪律，以及他们争取当地群众同情的才能有着特别深刻的印象。刊登在《士蔑西报》上来自东江地区的报道说，造反军队“所到之处禁止抢劫和强奸，只满足于得到刚好够用的粮食，以及尽可能多地收集武器。因此，人民到处都对他们表示友好，不把他们的到来看作灾难，像清军经过时的情形那样”。外国人也高兴地获悉，造反军队的旗帜上除了有郑士良和孙中山的姓氏外，还有保洋灭满的口号，这是同义和团相反的。战斗开始时，他们占领了沙湾，但李朗村仍完整无损。村西头仅几英里远处，有一座巴塞尔布道团的耶稣受难像还保留着。那时，在广东的反基督教骚乱已有所缓和——从前，布道团、教堂和教徒曾遭洗劫——外国人对新的农民暴动感到忧虑是可以理解的，现在，郑士良的军队不但打消了他们的这种忧虑，而且还赢得了他们的赞赏。
没有迹象表明曾对惠州平民搞过什么精心策划的宣传运动，这本来也是不需要的。因为地方上的不满情绪和由于联军在北方胡作非为引起的民族耻辱感，已足以煽起人们对省当局和朝廷的愤恨的火焰了。革命者的立宪建议、教育改革和行政机构改革的纲领，这些对于外国同情者都是好的读物。可是在造反军队席卷粤东的村镇时，他们却要人们仇恨官吏，说这些人一方面剥削他们，另一方面又向外国人让步。这种广泛的爱国呼吁（它使人想起兴中会的宣言）成为造反宣言的特点，这个宣言在他们所占领的村镇到处张贴。
从他们的宣言来看，郑士良的运动与典型的反朝廷的农民暴动是没有区别的。虽然革命者在他们的海外宣传中据说曾自称“中国合众政府协会”，但没有听说他们在国内曾宣扬过任何共和的主张。实际上，在整个运动期间，兴中会这个名称是否公开过都是值得怀疑的。卜力总督从未提到过它。战斗发生的当天，在给《士蔑西报》的一封信中，革命者是以三合会的名义吁请外国支持：
某等并非义和团党，乃大政治家大会党耳。即所谓义兴会、天地会、三合会也……我等在美洲夏威夷澳洲实得力……专候号约期举事。我等本为欲兴中国之人，若将来成功设立更革之事，开通中国，与世界通商……古史所载之事，行将复见于今日。我等欲造成三百年前所未竟之志，料英、美、日三国亦必守中立之义，且或资助之……
这位无名氏作者——他把他的住址写成惠州府附近的归善县——在信的末尾回忆说，1862年，英国曾把戈登将军的部队借给清政府，败坏了三合会的志向。他接着说，戈登对其援助清政府感到后悔。这位作者希望，这种错误不应重犯。
换言之，这些造反者是作为武装的革新派、明王朝的复辟派、三合会会员和爱国者的面目出现的，而不是作为反对君主的政治党派的成员出现的。但是，孙中山的策略并不要求依靠土生土长的着重于意识形态的政治运动，而往往是依靠外部的因素：背叛的官员，外国的干预，或者二者兼而有之。郑士良的军队甚至有可能成功的少许机会，如果它一开始就集中力量攻打广州的话，在那里，这支坚强的军队会使这个省会惊慌，引起该省清军背叛。但是在事实上，孙中山把赌注压在日本人的援助上，迫使造反军队转入内地进行战斗。此举他们缺乏准备，也超过了他们的能力。
正当他们向福建边缘艰苦跋涉的时候，郑士良的由农民扩充起来的部队于10月18日或19日到达崩岗墟，当晚在同约有7000清兵的战斗中获得了胜利。但是缺乏子弹，使他们不能追击敌人。当他们耗费精力横越人烟稀少的粤东山脉时，敌人却能以逸代劳地等待他们。10月20日，造反军队已到达归善东面的三多祝，离厦门150多英里，这似乎是他们曾到达的最远的地方。他们的下一站应该是梅林，还有四五天的行程。可是由于村庄很少，没有补充给养的机会，他们的粮食越来越少了。表明这种困境的一个迹象，是据报他们在这个地区的一个村庄抢劫，这是整个战役期间关于这种事情唯一的报告。一支清军已逼近，据清军的消息说，20日在三多祝附近竟日的战斗中打败了造反者。据说在这一仗中，几百名造反者被打死，清军救出了大量俘虏，其中包括上周被俘的县丞。尽管郑士良的军队还未被击溃，而且可能还有两万之众，但它原来的势头已被刹住，它不能再引起惊慌了。与此同时，邻县海丰三合会重新集合了几千士兵，但也被清军驱散。一种说法是，当郑士良受困时，这些三合会并没有给予有效的援助；另一种说法是，会党不愿冒不必要的危险，他们在投入战斗前总是先谨慎地估计成功的可能性。
正在这个时候，10月20日，或是在这次战斗开始后约两星期，孙中山的一位信使带来了不好的消息，说即使郑士良能成功地到达厦门亦无所助益。日本人也断定，从这个密谋中退出来，是最符合他们在中国的利益的。在两个星期之前，儿玉曾轻率地想利用革命者来挽救他心爱的厦门计划，但由于担心俄国的反对（这也是英国采取温和政策的一个重要因素），他采取了节制的态度，何况现在已经很清楚，革命党人是不能到厦门来了。这是孙中山着重于依赖外援的战略上的一个错误。没有一个外国强国认为自己强大到能挡开所有其他帝国主义强国，独自驾驭中国。义和团运动表明，“瓜分中国”的代价是高昂的。尽管郑士良干得不错，而且他的主力仍然完整无损，但这对日本人来说是不够的。不仅救援的远征队被取消了，而且孙中山和平山周也在台湾被驱逐出境。孙中山不但没有钱援助被围困的郑士良，连他自己也没有足够的旅费返回日本，为此不得已向他的旅馆老板借了100元钱。
孙中山派去惠州军中的使者山田良政经由香港、海丰带给郑士良一面革命旗帜——陆皓东的青天白日旗，它是以用于学校运动会为借口在日本秘密缝制的。这面旗帜第一次飘扬在中国土地上了，但是由于没有更多的物质援助，郑士良是难于让它长期飘扬的。一些士兵想恢复他们原来的战略：返回西南方向约60英里的三洲田基地，与新安和虎门的三合会汇合，从这里向广州发动进攻。据清统治当局方面的消息说，水师提督何长清拖拖拉拉的军队终于采取了行动，于10月20日占领了三洲田。现在郑士良面对着的是一支全省充分动员起来的清军，这支军队从不小看造反者的威胁，做好了全力以赴投入战斗的准备。召来指挥战斗的清军指挥官之一是台湾有名的黑旗军头目刘永福。按国际标准衡量，广州清军的装备是低劣的，但它对郑士良的军队却占了压倒的优势，后者不足2000杆枪，弹药供应越来越少。组织进一步的抵抗已无意义，鉴于孙中山已把战斗的处置权交给了他的战地指挥官，所以郑士良发布了解散的命令。大多数士兵回到家乡，首领和受雇的新兵则到达海岸，乘舢板去香港。
香港当局没有找这些退却军队的麻烦。在战斗进行期间，卜力总督曾写了倾向于革命者的报告给张伯伦，并拒绝了广东政府在这个殖民地购买军火的要求。然而，尽管有卜力个人的同情，但造反者没有利用这个殖民地作为基地的事实，与他们的失败无疑是有关系的。
从进行闪电式的小规模战斗及几次重大的战斗看来，造反者的损失是非常小的。清统治当局声称打死了他们几百人，但据革命者的消息说只有四个将领阵亡。一位牺牲者是山田良政，这位忠诚的使者在完成其使命后，在三洲田附近被清军捉住。如后来孙中山的记述所说的那样，“此为外国义士为中国共和牺牲者之第一人也”。
在广州，发出了对内地战斗虽然响亮然而无用的回声，这回声亦即是在这次革命运动中刚刚升起的一颗明星的丧钟声。史坚如对沙湾遭到突然袭击虽感到意外，但当这个消息传到广州时，他不是持袖手旁观的态度。他认为，在省会采取一个突然的、戏剧性的行动，也许会减轻对惠州战斗者们的压力并挽回局势。如果重要官员被刺杀，广州就会陷入混乱，从而很容易成为北江和西江三合会的囊中物。在该省大部分清军陷于东江地区之际，对省会的一击，会使胜负大不相同。虽然史坚如没有足够的钱按原计划武装他的土匪士兵，但他和他的哥哥终于变卖掉他们继承的约值3000元的财产，用来购买几百磅德国甘油炸药。这些炸药都是邓萌南和其他几位同志从澳门或香港走私来的。
他们选了代理总督德寿这个广东统治集团中最强有力的人物作为第一个牺牲品。但是史坚如的侦探发现，由于惠州战斗的爆发，总督已采取了特别的防卫措施。他的督署戒备森严，他本人也很少冒险外出。靠近他的后花园，有一片私人住宅，史坚如以他的朋友——一个旗人和长老会教徒的名义，租了其中的一间。到10月23日，在他朋友的妻子于这里暂住以减少人们的怀疑之后，史坚如和几位同谋者便搬了进去。甘油炸药、导火线和其他装置都用轿子穿过市区秘密地运了进来。虽然惠州战斗已经结束，但消息大概迟迟才传到省城，所以还有许多士兵从这里源源不断往东开。但是，倘若史坚如知道了这个消息，他也会觉得在道义上他不能气馁。经过10月26日通宵的工作，密谋者挖了一条地道，把装进一只桶里的炸药安放在离督署50至100码的地方。次日凌晨，点燃了导火线后，他们便向澳门进发，随时等候一声巨响把德寿送上“西天”。可是当他们到达码头时，什么事也没有发生。史坚如让哥哥和另一个同谋者留在船上，独自回去查看，发现毛病出在那潮湿了的导火线上。自从甘油炸药运到以来，史坚如几天未曾合眼，这时又独自干了一个通宵，直到10月28日黎明才把药线重新接好。按计划，史坚如应立即离开这里前往澳门或香港，可是他记起了上次的教训，便决定留下来等待炸药爆炸。当他正在一个长老会的小教堂休息时，终于听到了爆炸声。这爆炸声震动了清晨还在酣睡的城市。头一次谣传说，德寿已被炸死，但很快就证实爆炸并没有击中目标。六个人被炸死，附近住宅有五个人受伤，德寿仅仅自床坠地，对督署造成的唯一破坏是后围墙等处坍塌数丈。
德寿竟能幸免于难，这似乎难以置信，史坚如忍不住又转回去查探究竟。事实是由于他对爆炸知识的无知，使用了过小的雷管，只有一部分甘油炸药爆炸了。他已经想好一个新的主意，便去拜访他的朋友胡氏兄弟。这两位天主教神父催他急速离开这个城市，可是那天正是星期日，渡船已经停驶。史坚如只好等到第二天，但被在码头上监视的营勇认出。一个证人看到史离开寓所，一个叛徒指引官府调查。当从史坚如的衣服里搜出一张用德文写的有关如何配制炸药的说明书时，对他不利的判决便完备了。
德寿命令把俘虏交南海县知县审讯。鉴于史坚如年轻并出身于仕宦之家，官吏们只把他看成一个从犯，并企图通过优待来争取他的合作。他们命史坚如抽鸦片烟，诱胁他供出为首者的名单。当史坚如坚持说这完全是他一个人干的时候，知县便转而采用传统的审讯方法，他被拷打，受烙刑，手指甲和脚趾甲都被拔了出来，但他拒绝在40名嫌疑犯中指认他的同谋者。
当史坚如备受折磨之际，他在广州格致书院的老师尹士嘉牧师、博济医院的嘉约翰博士和一位中国基督教朋友，到沙面恳求美国领事出来干预。但这位领事了解到史坚如实际上不是教徒而只是格致书院的学生，便告诉来访者，他对此无能为力。他说，迄今为止他的干预权限只是涉及教徒而不是学生。
当然，中国政府对这种权限是非常尊重的。1895年，孙中山的几位同谋者因为是宗教人士，被从警察当局手中解救出来。现在，正是义和团运动之后，中国基督教徒得到更强有力的保护。这次被捕的另一个基督教徒刘锦州，据说此人是个牧师，是史坚如租后楼寓所的担保人，当他口诵耶稣新约不已时，中国官吏认为他是个白痴，由嘉约翰博士保释出来。左斗山第二次卷进了革命密谋，被捕后也获释。杨香甫（他受过现代医学的训练）因书写反对朝廷的口号，被捕后判处死刑，但因他是个基督教徒，该判决遂减为监禁，光复后始获释。
可是，史坚如除了没有受洗的证明书外，自己又承认比任何其他嫌疑犯更多地参与了这次密谋，所以逃脱不了陆皓东那种即使外国干预也无济于事的命运。11月9日他被砍头，死时年仅21岁。虽然他没有出卖他在广州的任何朋友，但据清统治当局的原始资料说，他曾提到杨衢云是他加入兴中会的介绍人，并且指派他在广州担任密谋的首领。
这时，孙中山已回到日本避难。惠州起义杰出的战士，除了郑士良留在香港外，大多数逃到东南亚，在那里帮助提高华侨的政治觉悟。另外，像1895年那样，密谋的失败使兴中会在广州的活动暂时全部停止。在香港，兴中会的组织活动主要限于出版《中国日报》。
但是，广州政府并不打算让谋反的领导者得到安宁。到目前为止，他们的功劳只不过抓到了史坚如和几个惠州起义的领导人，他们期望抓到更多的罪犯，便把注意力集中到杨衢云身上。杨衢云不仅被史坚如的供词所牵连，而且自己也吹牛说他曾在幕后为惠州起义出谋划策。事实证明，他是香港基地的关键人物。当广州当局出示悬赏3万两银购杨衢云的首级时，朋友们曾劝他暂避东南亚，但他坚持留在香港，靠教授英文维持家庭生活。1901年1月10日，一个持枪的歹徒闯进杨衢云的教室——这是他在结志街住房的一部分，当着学生的面向他开枪射击，此时他的妻子和女儿正坐在隔壁房间。第二天早上，杨衢云临死前在医院发表了一个声明，谴责中国政府事先为这次暗杀定了赏格。感到愤慨的香港官员进行了深入的调查，两年后，一个罪犯（他们共有四人）回到香港被捕，经审讯后判处死刑。在审讯时，检察当局指控这次暗杀是由李家焯组织的。就是这个广州官员，1895年曾受德寿之命紧紧地追捕过兴中会的密谋者。供词证明，那三个罪犯除了分得赏银外，还被授以五品官服。但是，1901年9月，广州当局自己将这个主要的刺客砍头，这大概是为了灭口。因为发现了他保留的一封香港警察长写给他的信。
1901年8月下旬，郑士良——惠州起义的真正英雄和孙中山的老朋友也不幸过早去世。他在香港避难后，曾去日本接受孙中山进一步的指示。回到香港后，有一次他与朋友一起吃饭时突然病倒，很快就死去。经警察调查，验明系中风所致。但也有人说，他是被清吏收买的凶手毒死的。由于失去三个忠实可靠的信徒——史坚如、杨衢云和郑士良，孙中山所抱的恢复香港——广州地区活动的一切希望破灭了。
这样，在1900年下半年的这段时间里，孙中山体验到了所受挫折的程度。康有为已不理睬他，梁启超背叛了他，李鸿章仍不想和他拉关系，刘学询继续捉弄他，自立会不买他的账，哥老会出卖了他。卜力爵士曾在香港为他开了门，但张伯伦又把它关上。日本的骗子使他损失了军火，而正当他最需要帮助的时候，东京政府却将他弃之不顾。
但是，孙中山专心致志于反朝廷的密谋并非没有补偿。1895年，当他在广州的行动还处于策划于密室之时便失败了。可是在惠州，他的人员冲向战场，而且坚持了相当长的时间，足以证明群众是支持革命的。孙中山的运动头一次触及到农民骚动的根柢，并发现它比它在通商口岸的枝蔓更加茁壮。孙中山和他的副手证明，即使在义和团运动期间，只要有适当的指导，武装的农民是不会变成盗匪或排外的狂热者的。
惠州起义还表明，孙中山的策略和方法对于充分利用人民的这种广泛的不满情绪还是很不适应的。虽然孙中山已确立了他作为最重要的革命倡导者的地位，但他还未跳出老一套的公式。靠从香港和海外进行点滴的渗透，这是实现不了颠覆的。革命也不能靠外国的支持坚持下去。革命要有纲领和组织，在国内要有组织者、宣传者和进行颠覆的力量。
知识分子能够充当这些角色，能为孙中山提供一种更为持久和坚固的政治工具，但迄今他们仍不理会他。当孙中山在横滨满足于现有的成就时，在离此地几英里远的东京，新型的民族主义知识分子却正在积聚力量。这些中国学生已找到他们自己的政治活动的目标，并相互调整，在孙中山来到他们中间之前，他们是民族主义革命情绪主要而又杰出的倡导者。