1896年以后的几年中，孙中山勤奋地学习政治戏法的艺术，这是一种比他过去尝试过的更为复杂的把戏。改良派知识分子、会党头目、守旧的绅士、菲律宾的独立战士、帝国主义的代理人、反帝的叛乱煽动者——所有这些人都成了孙中山孜孜不倦地进行纵横捭阖的对象。他经常是双管齐下、多头并进，不容易理出个头绪来。但是，从1897年他来到日本算起，至少到1900年为止，他的活动和计划的可靠线索还是可以从那伙日本浪人的活动中找到，他们不仅参与他的一切策划，而且往往是这些策划的发起人。
当孙中山不在东京时，陈少白发现，那些有影响的日本人，不是受理想主义就是受沙文主义的驱使，或者是两者兼而有之，他们一直在寻找一位中国“英雄”，以便在他们的帮助下，把中国从西方帝国主义手中拯救出来。通过菅原传和其他熟人的介绍，陈少白会见了宫崎弥藏，后来又会见了他的弟弟宫崎寅藏。这两个泛亚主义的浪人，都献身于由日本人领导的把黄种人团结起来的理想之中。宫崎弥藏不久即去世，但他的弟弟宫崎寅藏受著名的自由主义政治家犬养毅的委托，前去试探中国的革新派，因而对兴中会发生了兴趣。陈少白急于造成一个印象，给宫崎看了《伦敦被难记》，并试图掩盖国内组织的真实情况。由于宫崎将去中国与其他日本使者会合，陈少白就告诉他几位在香港、澳门和广州的同情者的名字。一俟与在中国的平山周取得联系后，宫崎就按陈少白的指点行事。起初，一个名叫何树龄的人不愿与之合作，但区凤墀牧师却欢迎日本人的帮助，并透露孙中山将在第二天到达横滨。这两个日本人渴望会见这位革命领袖，当即启程回国。
孙中山约在1897年8月10日到达横滨。同陈少白亲切相会后，他们决定，由孙中山接管同日本人的联系事宜，而他的朋友则去台湾碰碰运气，台湾新近被日本吞并，可能是一个进行革命鼓动的适当地方。一个日本朋友邀请陈少白到该岛去，在那里，他还找到了杨心如，后者逃离广州后新近在此地经商。杨心如是杨鹤龄的一个堂兄弟，孙中山学医时，杨鹤龄在香港的商店曾是他们进行政治讨论的中心场所。陈少白在日本滞留了差不多有两年的时间，急于有所行动。这样，当一个共谋者准备把自己置身于日本人保护之下的时候，另一个共谋者则准备去联络不满于日本侵略的受害者。这种结合，和孙中山试图与英国人合作一样，丝毫也不矛盾，而英国人还处在帝国主义者进攻中国的最前列呢。
孙中山搬进了陈少白在横滨的住所，1897年秋，宫崎就是在这里找到了他。宫崎已久闻孙中山的大名，很想深入探索并估计一下他作为中国革命和泛亚主义领袖的能力如何。尽管语言不同，交谈有困难，但在会面时，孙中山总是态度诚恳，对答随和。当宫崎问及孙中山的纲领和策略的细节时，孙答称，他把自治视为政府的最高原则，但是，只要中国还处在“异族”（满人）的统治之下，革命就不可能只限于单一的宪政问题。三百年来，清廷欺骗和压抑汉族，终于使这个国家陷于目前的虚弱境地。
为了支持自己的论点，孙中山提醒人们注意汉民族固有的进取精神。和那些声称中国还太原始、不适于共和主义的人们相反，孙中山坚持认为，共和主义的精神实质，早已为中国古代的贤哲所预示，并在夏、商、周三代有过体现。人们至今仍然尊崇这些先贤的学说，就是他们的进取精神和理想主义的证据。他们的地方机构，证明了人们管理自己和促进普遍幸福的能力。这些难道不都是近代所谓共和政体的特征吗？他宣称，“苟有豪杰之士，起而倾覆清虏……，代敷善政，约法三章，慰其饥渴”，那么人们的“爱国之志”就可以奋兴，“进取之气”就可以振作。
然后，孙中山试图说明，在以往历次改朝换代中，唯一缺少的因素就是共和主义的概念，特别是联邦之类的概念。军阀乘乱世而起，他们之间的竞争使中国长期得不到统一，最后导致野蛮的入侵者或盗匪取得政权。他宣称，避免过去这种灾难的办法，就是实行“迅雷不及掩耳”的革命，颁布共和宪法。授予地方上的豪强以联邦内的自治权，使他们得到安抚，同时一个强大的中央政府将足以控制他们当中的任何一个。
显然，孙中山一直在思考中国历史上的先例，在探索从过去王朝兴衰的老方式中摆脱出来的方法。他断言，联邦共和制这个新方案，将代替旧的方式，中国人能够迅速地吸收新式的政治制度。他的这种自信反映了他的乐观主义，在他后来的思想上，这种乐观主义成了一个显著的特点。
在宫崎看来，这充分证明孙中山不是一个一般的反满主义者，而是具有领导近代政治运动能力的受过教育的知识分子。当孙中山把泛亚的反帝国主义情绪添进他的反满主义后，宫崎就被完全争取过去了。孙中山悲叹：“我国土之大，人民之众，而为俎上之肉，饥虎取而食之。”大国不是利用他们的财富来维护“人道”，给世界带来秩序，而是威胁别人。孙中山宣称，他作为一个相信“人道”的人，不能对此无动于衷，何况受害的是他自己的国家。他“不得不自进而为革命的先驱，而以应时势之要求”。如果天兴其业，竟有更有才华的领袖来相援，那么，他当即“让渠独步，而自服犬马之劳”；不然，他唯有自己肩负起这艰巨的重任。最后他断定，在日本人的帮助下，他的党将完成中国革命，从而“拯救中国四万万众之苍生，雪亚东黄种之屈辱，恢复宇宙之人道”。他说，一旦革命成功，“其余问题即迎刃而解”。
在这次与宫崎的恳谈中，孙中山对西方表露了更为严厉愤懑的情绪，这是他从未有过的。夏威夷的英国圣公会主教和香港传教士的门徒，前不久刚对英国人的公平正直表示过感谢，现在却向宫崎吐露了对欧洲人的不满，认为黄种人都是一家。他这样做的明显动机，无疑是为了求得日本人的支持，在调整自己的目标时，孙中山具有雷达一样的敏感性。然而，在实质上，他仍然是个中国的民族主义者，要引起反欧洲人的大发作是不难的，特别是当他对西方的信任正受到严重考验的时候。因为当他同日本人接触之际，英国政府正在向他在伦敦产生的欣快情绪泼冷水，孙中山仍然非常想运用舆论力量来打破英国当局的抵制，所以最近曾就驱逐他一事，向香港辅政司史超活洛克提出一个愤怒的抗议：
据若干可靠消息说，因为我要吊民伐罪，为解除国人备受鞑虏专制暴虐之羁绊，香港政府便将我驱逐。我问了在伦敦的许多朋友，是否确有其事。他们说，英国的法律和惯例都并非如此。但是，我在香港的中国朋友却肯定地回答了这个问题。请你告诉我，此事是否属实？果真如此，我就要诉诸英国公众和文明世界。
这是孙中山第一次公开承认他与1895年的反王朝密谋有共谋关系。然而，他的大胆，只不过使英国当局更加厌恶他的态度，1897年10月4日史超活洛克直率的答复，表明对孙中山的威胁满不在乎：
兹奉上峰命函复先生：本政府雅不愿容许任何人在英属香港地方组织策动机关，以为反叛或谋危害于素具友谊之邻国。兹因先生行事，诚如来书所云：“吊民伐罪，为解除国人备受鞑虏专制暴虐之羁绊。”凡若所为，有碍邻国邦交，自非本政府所能容许者。如先生突然而来，足履斯土，则必遵照一八九六年所颁放逐先生出境命令办理，而加先生以逮捕也。
虽然不能确定英国当局的这个断然的拒绝先于孙中山和宫崎的谈话，但很可能是如此。孙中山在伦敦的成功之后所受的这个挫折，却使日本人的泛亚团结的呼吁更加诱人了。然而，这并不意味着，孙中山忽视了改变英国当局态度的可能性。在他的策略的回旋中，向新的方向运动很少是不可逆转的，而这一次倾向日本，是服从于他一贯的实用主义考虑的。但诚如宫崎的报告所表明的，孙中山愿意接受日本人作为同盟者，还不能说是出于权宜之计。他向他们的呼吁有着异常的热情，最重要的是，其坦率是在向英国人作类似要求时所未有的。康德黎和孟生认识孙中山已有多年，但他们和他的关系，是否有过像宫崎和他第一次会见之后那样的亲密，是很可怀疑的。和宫崎交往，就不需要卑鄙的欺骗、遁词、惹人注目地上教堂和其他一切为了证明他的基督教徒身份所必需的手段，也不需要（正如《德臣西报》所期待的）在赞成向贸易和基督教这些行善的势力“开放中国”时走向极端。宫崎是亚洲人，对中国的灾难有共同感受，看出需要采取激进的解决办法。
他和宫崎与和欧洲朋友之间的关系显著的不同，也说明了他对日本与对欧洲态度的不同。他对欧洲的信念，主要基于他认为包括基督教在内的西方文明具有较高的价值这一理性的信仰。但是，无论欧洲或日本都一再使他失望。西方所以使他失望，是因为它表面上的无理态度，它没有按照它自己的（也是孙中山的）价值标准来看待他。他之所以依恋日本，更多是感情上的；尽管日本积极参与了帝国主义对中国的进攻，但它总是得到孙中山特别的体谅和宽恕。对孙中山来说，日本是个“天然的同盟者”，有着共同的东亚文化遗产，又同样受西方的欺凌。即使日本与欧洲一起侵犯中国的主权，这也不过是由西方先例的引诱而产生的暂时过错。孙中山认为，欧洲是必须经过说服才能帮助他的；而日本，他认为，这样做是出于它的天性。
他和宫崎的关系迅速加深，不仅是因为趣味相投而已。这个日本人被孙中山的品质吸引住了，在孙中山的身上宫崎看到了武士英雄的自我牺牲精神。虽然政府的政策不如他自己的那样理想，但是，宫崎不仅扮演了东京强权政治工具的角色，而且成了孙中山忠实的战友。因此，他集中体现了孙中山对日本的种种期望。
热情的宫崎和平山周一起，带着他的发现很快回到东京，去接受他们的领袖犬养毅的仔细检查。孙中山再次胜利地通过了考验。由于受到有权势的犬养毅的赞助，孙中山遍访了东京重要的政治派系，他的熟人的名单等于是日本政界的“名人录”。他会见了受尊敬的国会议员尾崎行雄，寡头政治的支持者副岛种臣，以及极端民族主义者的领袖头山满和平冈浩太郎。甚至令人敬畏的自由主义者的领袖和外相大隈重信也屈尊接见他。
然而，大隈比犬养毅更谨慎，他不是把对中国的希望放在被放逐的革命党人身上，而是倾向于支持由康有为领导的、正在兴起的改良主义者。而犬养毅在为他的对华政策争取支持时，则仍注视着孙中山。孙中山是1897年底来到日本的，当新年开始之际，大隈便去职了。由于政局处于不断变化之中，犬养毅就更想让他的极端主义同盟者保留孙中山作为后备。
在沙文主义的扩张主义者中，关键人物是著名的头山满，他在幕后指导着他的福冈追随者的战略。在这些人中，有一个是平冈浩太郎，他从前是个士兵，现在则是极端民族主义组织玄洋社的领导人。平冈因有一大笔财产供自己支配——他继承了他家在九洲煤矿的股权——从而进入了政界，并同犬养毅-大隈派结盟。他应犬养毅的请求，为孙中山提供住宅和他所需要的一切。由于孙中山对东京不熟悉，所以稍懂英语的平山周被指定同他做伴，他们在自己的家里接待了许多日本政治家。为了说明孙中山来日本的理由，孙的朋友让他充当宫崎和平山的华语教师，而孙自己也抓紧学习日语。在东京的第一夜，孙采用了他此后一直使用的别名：孙中山。“中山”是两个汉字的中文读音，意为“中央的山脉”，日文读作“那卡亚马”，这个名字是他们路过一所房子时，在这所房子的姓名牌上看到的。
此后直到1900年6月的3年中，孙中山从未离开过日本，在此期间，他的革命计划无不得到他的日本伙伴的集体帮助或个人的帮助。他们联合进行的第一件事，是试图使孙中山的革命派和康有为的改良派合并，按其潜力来说，这也许是最重要的。
革命派与改良派的首次接触
1892年至1894年孙中山在广州行医时，据说他的住所距康有为（1858-1927）和梁启超（1873-1929）的住所不到半英里远。但是他们的接近仅仅是地理上的。地位的悬殊，排除了他们之间建立真正的亲密联系的可能性。康有为的书院万木草堂靠近左斗山的书店，由于这个书店有翻译书，所以康有为常来光顾。这是孙中山曾借其一隅当作诊所的同一家铺子。当他得知康有为对西方文献感兴趣后，便打算安排一次会见。康有为通过一个中间人回答说，如果孙中山想见他，就应当首先呈上门生帖子。虽然受到冒犯，孙中山在1895年准备发动广州起义时，还是再试了一下。他和陈少白拜访了康有为的书院，适值主人不在。同年晚些时候，在成立农学会时，孙中山再次求助于康有为及其学生，甚至成功地引起了康有为的一个得意门生陈千秋的兴趣，但后者却遭到老师的反对。
在这个时期，唯一同康有为有过接触的革命党人是陈少白。1895年上半年，陈少白在上海为孙中山执行一项任务，住在一家主要是前往北京会试的广东举人住的旅馆里。因为听年轻的举子们提到“康圣人”已经来了，陈少白便抱着姑且一试的侥幸心理去见这位躲躲闪闪的文人学士。敬畏康有为的那些人曾警告说，他们所崇拜的对象是不好接近的。但是，使他们惊讶的是，陈少白竟被接见了。据陈少白的记述，康有为承认，在清王朝统治下的中国既不能改革，也不能从危亡中得到解救。陈少白还说，康有为对革命党人的计划感兴趣，并想了解他们的力量有多大。谈话中间，梁启超也参加进来，他也是去北京赶考的。他们三人的讨论持续了几个小时。
康有为是否像陈少白所说的那样，倾向于赞成反满的起义，是非常值得怀疑的。不过在作出判断之前，我们可以为此简短地总结一下他的作用和成就。实际上，康有为对中国危急局势的反应，和孙中山的反应相类似。1879年孙中山进意奥兰尼书院时，康有为也开始对西方的制度发生兴趣；对香港的一次访问，给他留下了同样的感受：钦佩西方的成就，对中国的落后感到沮丧。这是孙中山在这个殖民地住了几年之后也体验过的。两个人都得出了这个结论：中国要免于沦亡，就必须进行激烈的改革。但是，即使他们都展望同样远大的目标，但他们的努力在中国社会里却互不通气，各不相属。
作为一个出身豪绅家庭并且有功名的人，康有为可以很方便地进入发表意见和作出决定者之流。如果他有什么想法，即使是激进的也罢，那是不难找到听众的。在家乡，他有学生和同事；在北京，他曾几次同数千赶考的人在一起，他能够引起这些孔门中的精英的注意。当孙中山不得不沿着一条曲折的道路走向李鸿章的衙门时，康有为却能够大胆地向皇帝本人上书。这就是一个在信徒中宣讲的文人学士与一个设法叫人听取自己意见的没有地位的人之间的差别。
他们在地位和身份上的悬殊，也反映在各自对改革的态度上。孙中山作为西方化了的中国人，唯一关心的是通过建立近代的西方式的制度来提高自己国家的政治地位。康有为虽然也觉悟到需要进行广泛的改革，但却去干一种孙中山完全不能胜任也不喜欢的事业：对儒家学说作一番新的激进的解释，从而使他能借助于圣人之名，证明制度上的改革是正确的。孙中山对儒家学说一窍不通；而康有为则把它歪曲并加以利用。孙中山是政治上的民族主义者，而康有为除此之外还是文化上的民族主义者。对康有为来说，“维护儒家学说同维护帝国一样重要”。正如肖公权所指出的那样，康有为把西学与中学并列，和首先由冯桂芬提出而后由张之洞推广的公式，只是在程度上而不是在本质上有所不同。但是，为了在中国完成法律、行政和经济结构上的改革，促使康有为阐述了一种从未得到传统认可的中学。他假设有一种能动的儒家学说，这种学说虽是建立在不可改变的道德价值的基础上，却力图改革和改进人类的各种制度。这样，康有为就挑起了两副担子：他不仅想要改造中国，而且还想改造儒家学说。孙中山想通过将政权授予像他那样有才干的新人和西方专家来拯救国家，而康有为的目的则在于使包括皇帝在内的传统知识界皈依一种新的、革命的、变革的哲学。在这种情况下，儒家的修正者就承担起一项巨大的任务，它与崛起的革命党人的任务相比，并不更容易。
这就导致了1895年春发生在上海的陈少白与康有为、梁启超之间有趣的会见。陈少白代表革命党人，意在武装广东的乌合之众；康有为和梁启超则希望用他们的请愿书、奏折和汉代的董仲舒以及今文经学的论点接管北京。孙中山及其追随者极想同知识界联系，这是不难理解的。但是，康有为可能持有反朝廷的观点吗？尽管他未必考虑过与革命党人休戚与共，但我们有理由同意陈少白的这种看法，即康有为对革命的前途表示出某种好奇，甚至是同情。这个时候，他有十足的理由感到辛酸和沮丧。因为不仅和日本的战争变为一场灾难，而且他自己这八年来也是怀才不遇。康有为与孙中山一样急不可耐，虽然他有许多不寻常的机会可以发表意见，但这些都远未给他带来他所追求的全国承认和影响。在广州，他吸引了一些像陈千秋和梁启超那样年青有为的学者。但是，他不仅没有被当作近代中国的新圣人和救星来被人欢呼，而且因其对古典传统进行破坏性的解释，招致学界的憎恶并引起保守的文人学士的怀疑。1888年，北京的官僚拒绝转呈他给皇帝的变法上书。尽管他的第一本著作《新学伪经考》于1891年出版时在知识界引起了一场“飓风”，但三年后此书便遭禁锢，连印版也被焚毁了。同年，即1894年，由于他的异端邪说使主考官感到震惊，他也就没考上进士。
这些失意的事，再加上新的外部危机，有可能驱使他在1895年上半年在路上和革命党人相遇时，向他们含情脉脉地瞟上一眼。然而，在此后的几个月中，当孙中山的同谋者在广州大难临头之际，康有为终于成功地在士大夫的殿堂上得到了立足点。如果说在不远的将来有什么传奇故事的话，那就是康有为在北京的突然成功轰动了全国，扩大了他同革命党人之间的鸿沟。
在上海和陈少白分手之后，康有为及其随行人员于1895年3月来到北京。一个月之后，他们就利用对和平条约的强烈抗议来为自己谋利。这个条约是4月17日日本当局在马关强加给李鸿章的。5月，他们的抗议运动达到高潮。当时，康有为起草了一篇14000字的请愿书，有1200多名来自全国各地的应试者签名。他要求抵抗日本人，并极力主张把首都迁出北京，以便能够较为安全地开创一个激进变法的时代。他所提的措施，实际上包括了政治、经济和社会组织等各个方面，其中还包括设立类似议院的顾问团以供皇帝谘询。他的建议在精神与内容上同何启在此之前代表兴中会提出来的建议相似。这篇上书又被主考官扣压了，但它的内容却广为传播，康有为遂跨到爱国变法运动的前列来了。他终于考中了进士，为了庆祝，他又第三次上书皇帝。鉴于和平条约已被批准，所以他取消了先前的抵抗日本人的建议，而集中谈变法计划。6月，这篇上书被转呈给皇帝，据说它终于引起了皇帝的注意。
康有为对授给他的低级官职不予理睬，开始组织改良运动。他在北京创办了一份报纸，并于1895年8月建立了“强学会”。很快在上海和其他中心地区成立了分会，达官贵人和有影响的外国人，像李提摩太和英国公使欧格讷都保证给予支持。总督张之洞、刘坤一和王文韶（李鸿章在直隶的继任者）捐银5000两作为该组织的经费。袁世凯，这位正在青云直上的年轻官员，也加入了变法的行列。但是，李鸿章提供的援助遭到了拒绝，因为在爱国的改良派眼里，他在马关犯了叛国罪。不管怎样，李鸿章的权力看来是越来越小了。
在取得这个令人眼花缭乱的成功后，康有为自然就对孙中山10月在广州揭开的序幕漠不关心了。当广州的密谋者带着他们有赏格的脑袋四处躲藏的时候，康有为正在同中国社会的精英亲切交谈。次年，顽固派耍阴谋迫使康有为在上海和北京的组织解散，改良运动的势头受到一点压抑，但并没有停止。繁荣起来的新闻事业，如梁启超主办的上海《时务报》，康有为的弟弟康广仁和另一个弟子广东人徐勤主办的澳门《知新报》，都如实地传播着变法的消息。
1896年初，革命党人试图再次与体面的改良主义者取得联系。这是早期的兴中会会员谢缵泰主动进行的，他于1896年2月21日在香港会见了康广仁，又于10月4日会见了康有为本人。据谢缵泰（他不是一个顶可靠的编年史家）说，康有为“在双方秘密地交换了意见之后，同意合作”。这个简短的谈话，证明没有得到什么确定的结果，但有一点是很清楚的，即孙中山将被排除于任何可能的合并之外，谢缵泰作为杨衢云的支持者，对这个条件并无异议。特别是在伦敦事件之后，对康有为来说，把自己的名字与孙中山联在一起，是太冒险了。他的弟子麦孟华把孙中山斥为“盗匪，会党分子，使中国丢尽了脸的人，因为他是通过沙士勃雷伯爵的干预才从中国使馆获释的”。虽然改良派公开地拒绝与孙中山来往，而私下里又拉拢他在革命阵营中的敌手，但是，为了扩大在日本华侨中的影响，他们还是极愿接受孙中山-陈少白派的邀请。
孙中山来日本之前，陈少白已决定改进横滨华侨教育的可怜状况。在那里，只有一所旧式小学，根本没有中学。那些想要受更好教育的人，只好进外国学校，例如谭有发的弟弟和冯自由就进了法国天主教学校。他们在几百个欧洲少年和一些日本少年中，是仅有的两个中国人，自然就成了学生恶作剧的对象。冯自由回忆说，那些欧洲人常常以叫喊“中国人最脏”来侮辱他们，在受了“西方帝国主义压迫”4个月后，冯自由便决定退学回家。
冯自由的父亲、孙中山的支持者冯镜如，和其他几个有影响的华侨，非常赞同陈少白在横滨开办一所新式华人学校的建议。1897年孙中山从西方回来以后也赞成这个计划。但是，由于兴中会的成员既无教学的能力，又找不到合适的教员，陈少白就建议由梁启超来担任此职。对于梁启超管理一个新式学校的资格，那是无可怀疑的，而且孙中山也欢迎得到一个接近改良派的新机会。这样，陈少白在去台湾之前，就给梁启超写了一封信。当他们的使者邝汝盘到达上海后，才发现请不到梁启超，不过康有为推荐了他的另外几个信徒。康有为坚持要把孙中山提出的校名中西学校改为大同学校，以符合他对儒教的偏爱，虽然这在当时是一件小事，但可以看出他对一个哪怕是表面上的联合事业也采取专横的态度。
这所学校将由徐勤管理，招聘的教师于1897年抵达，他们没有给孙中山的追随者马上造成惊恐。虽然一些中国基督教徒对每个星期天要在孔子像前叩头表示不满，也有少数非广东人反对教师的地方主义，但总的还是赞许该校在激励爱国主义方面所取得的成就。革命党人与徐勤及其同僚的关系是友好的，对于思想上的分歧如该校对清王朝的态度并不在意。他们乐于和改良派联合，赞成“救国”的主要目标，由于这年下半年德国占领胶州引起一个外国侵略的新高潮，这个口号得到了人们的热烈响应。
但是，1897-1898年的危机导致康有为在国内地位的惊人变化。由于有更多的知识分子以及皇帝本人都反抗这一空前的威胁，改革的障碍似乎消除了。康有为赶紧又上了两次书并成立了“保国会”，于是在1898年6月，他得到了皇帝接见的莫大荣誉。此后，皇帝连续颁布了有着康有为激进变法计划的印记的上谕，目的在于把这个国家变成一个现代的君主立宪国。
由于他们的老师站在皇帝一边，主持了著名的“百日维新”，康有为在横滨的追随者发现与孙中山共事非常尴尬。据陈少白说，他们接到康有为的命令，叫他们断绝同革命派的联系。这样，这所已经成为华侨文化活动中心的学校，便对孙中山及其影响关上了大门。孙中山和他的追随者曾发起创办这所学校，为它筹措经费，聘请教师。现在，校门上挂了一块禁止孙中山入内的牌子，这个与改良派首次合作的计划，得到完全相反的结果。就横滨的兴中会会员而言，康有为迅速而耀眼的兴起已使孙中山黯然失色，甚至像冯镜如这样忠实的追随者——分会的领导人，也准备改变其忠诚。在此期间，宫崎一直在香港寻找机会，中途又在广州停留，徒劳地斡旋于兴中会支持者和康有为一派之间。
然而，1898年9月，以西太后为首的反动派，在一些前改良派（他们觉得康有为走得太远了）的支持下，进行了猛烈的回击，“百日维新”倏然结束了。六位改良派人物——包括康有为的弟弟和圣徒般的谭嗣同（1865-1898）——殉难，康有为、梁启超和他们的许多追随者也都逃命去了。
此时，日本人企图指引中国历史的航向朝着它自己的目标前进，改良派也抛弃了他们先前对接受外国援助的谴责。在日本政界一些最有权势的人物——伊藤、大隈和犬养——的策划部署下，平山被派去天津接梁启超，而宫崎则被派去香港，康有为在英国的保护下已到达那里。接着，两位改良主义者被陪送到日本，他们的恩人希望促成两个阵营之间的和解，从而使他们在指导中国的复兴中能支配这一不可忽视的工具。至于孙中山，则准备忘掉过去所受的侮辱，欢迎这些同他一样从清王朝暴政下逃亡出来的避难者。他认为，他们之间的隔阂已经消除，终于可以实行在平等基础上的合并了。在台湾，陈少白召集兴中会会员为死难的改良主义者举行追悼会。
尽管康有为诅咒过那些领导群众起义的“叛徒”、“土匪”，现在他自己也给推上这条卑贱的道路了。他所爱戴的君主实际上已成了囚徒；他要恢复权力，保证自己的政治前途，唯一的希望就是采用孙中山的策略——在华侨中募捐，在国内招兵。但是，正如陈少白所指出的，康有为这个人是不肯“居第二”的，而孙中山除了自己的雄心壮志外，不能给他什么，对此康有为又断难满足，除非他放弃自己的野心。因此，在紧接着的谈判中，康有为寻找一切借口避而不见和他对等的那个人，总是派手下的人去替代他；只有当孙中山不在场时，他才参加讨论。
1898年11月，康有为到达日本后，孙中山试图通过宫崎与他会见，但遭到拒绝。日本人对被放逐的两派都支持，仍然希望把他们拉到一起，犬养在自己的家里安排了一次两派的会见。康有为又谢绝了，让梁启超代表他。代表革命党人的是孙中山和陈少白，后者第二次访问台湾刚回来。会见变成了通宵的会议，犬养因不懂中国话，便中途退场，由他们自行交谈。这三个中国人谈得很融洽，对于未来的合作问题进行了讨论，梁启超声称，他要把此事同康有为商量后再作答复。
两天后，孙中山派陈少白和平山到康有为的住处去拜访，相信能达成一项协议。除了康有为和梁启超外，还有其他三位改良主义者在场，他们是：徐勤、梁铁君和王照。王照是前北京政府礼部主事。会见一开始，陈少白就宣布清王朝的破产，指出，非革命不能救国家。现在，康有为本人已成为北京政府的暗杀目标，陈少白希望这位改良派的领袖认识到，企图凭借朝廷来工作是毫无意义的。康有为在回答中表明，他对当今皇上的忠诚仍然是不可动摇的；他曾得到皇上的恩宠，因此在皇上处于危难之际他决不忘记他；他的目的是筹建一支军队，把皇帝从他的敌人手中解救出来。陈少白指出，革命党人对皇帝没有私怨，他们唯一关心的是拯救国家。如果革命取得成功，皇帝也赞成的话，他们是不会对不起他的。但在讨论了三个小时之后，事情很明显，康有为仍无动于衷，可见梁启超关于合作的建议，他的老师一点也不同意。
康有为和年轻皇帝的私人关系，是他的一张王牌，一旦正统王朝被推翻，这张牌也就一钱不值了。所以他坚持认为，他仍是以皇帝的名义行事的，是皇帝授意他继续向那些破坏变法、剥夺他的权力的篡权者进行斗争的。
在这个节骨眼上，上面提到的改良主义者王照的态度很重要，因为他曾经是皇帝的心腹。他从北京出逃，也是由日本人策划的。但在东京，他更像是康有为的囚徒，而不像是他的支持者。由于王照从前在宫廷中的重要地位，所以他是逃亡者中唯一能证实或反驳康有为所谓皇帝给了他衣带诏的人。康有为说，皇帝的衣带诏命他起兵，把皇帝从西太后的控制下解救出来。王照显然知道所谓衣带诏纯系捏造。因此康有为极力阻止他在日本传播这个消息。梁铁君是康有为追随者中的打手，被委派对王进行监视，不让他说话。
然而，就在与革命党人开始会谈时，王照突然强烈抗议对他的待遇，抱怨他被剥夺了自由说话的权利。康有为于是勃然大怒，命令梁铁君把他拉出去，并对别人解释说，王照已经疯了。这个插曲没有逃脱陈少白的注意，他示意平山留心照看那位康有为不喜欢的客人，找出王照对康有为不满的原因。几天后，趁康有为及其同伙对自己的囚徒不加防备之机，平山偷偷把王照带到犬养的住所，在那里王照揭发衣带诏是假的。康有为悔恨交加，知道陈少白对揭发他这件事起了作用，于是把革命派看成是他不共戴天的敌人。他们之间的裂缝就更大了。他拒绝把他所谓的衣带诏拿给东京的任何人看，声称他在逃离北京时不得不把它烧掉了。日本人和孙中山的一帮人当然清楚这是怎么回事。但是康有为的这一招在轻信而又教育程度不高的华侨中却大获成功，康有为开始向他们讨好。
康有为与王照的冲突，使他和日本人的关系冷淡了，日本人开始把他看成是外交上的一个难题。1898年底，一个对改良派不那么热情的新内阁在东京执政，同时由于清政府对给予康有为帮助提出强烈抗议，日本人就决定康有为必须离开日本，由他的东道主提供旅费（据一个资料说，总计达9000元）。康有为于1899年夏天前往加拿大，同年7月在这里成立了保皇会，这个组织几乎毁了孙中山在华侨方面的计划。但是，日本人并没有把改良派从他们的名册中勾销，也没有放弃最终使他们与革命派言归于好的希望。
显然，改良派并不是铁板一块的。在文章和言谈中，康有为的许多门徒对君主制度和清王朝表现出不尊敬，其激烈程度并不亚于革命党人。湖南的改良主义者毕永年是个有功名的人，他是谭嗣同的亲密伙伴，已经与孙中山结盟。1899年夏天，不是别人，正是康有为最得力的学生梁启超，成了异端邪说的带头羊和革命思想的主要阐述者。
梁启超的主要宣传工具是报刊，他到日本后不久创办了《清议报》，继续他在上海《时务报》开始的工作，向中国读者介绍西方的思想和历史。甚至当康有为在场的时候，梁启超也危险地转向反满主义，以致有一次他的老师认为有必要毁掉他的一篇特别具有煽动性的文章的印版。但是，当康有为在加拿大时，梁启超和另一个闹独立的改良主义者欧榘甲便利用《清议报》宣传共和思想。
次年，梁启超还忙于在东京建立横滨大同学校的高等分校。这所新学校除招收若干初级学校的毕业生外，还吸收了十几名从前长沙时务学堂的学生，早先，在湖南改良运动处于高潮期间，梁启超曾在该校任教两年。这些年轻的湖南人先前曾表现出对激进思想的爱好，在梁启超的继续指导下，他们和来自横滨的广东人一起学习外国史以及日语和英语。他们研究希腊的哲学家以及孟德斯鸠、伏尔泰、卢梭、达尔文和华盛顿等人的学说。不久，他们就开始把自己和这些外国人等同起来，年轻的广东人郑贯一称自己是“中国的摩西”。
在中国近代史上，梁启超开始在这些年轻的知识分子（他们是20世纪初前往日本的大批留学生的先驱）中间起着种子的作用。他通过对欧洲哲学、历史和科学的日译本的大量译述，最后成了整整一代中国知识分子的良师益友。孙中山自称是干革命的，而梁启超则的确是讲授革命的。尽管孙中山曾在伦敦的图书馆进行过研究，但关于民族主义、民主和社会主义方面，他还有大量的东西需要从他的改良派对手那里学习。
由于康有为不再是个障碍，孙中山和梁启超似乎可以结束他们的对抗了；改良派和革命派的群英会聚，使密谋者和学者之间的意见取得一致。梁启超不仅仇恨西太后、荣禄、袁世凯和九月政变的其他恶棍，而且通过自己的研究，彻底放弃了拥护王朝的立场，转向拥护共和主义。在他与孙中山会谈时，据说他同意做革命旗帜下的副统帅。为了打消他对康有为命运的顾虑，孙中山说：“弟子为会长，为之师者，其地位岂不更尊？”据说，梁启超自己曾宣称，康有为可以从事著述，如果他不赞成革命纲领，他们只好不去管他了。梁启超与孙中山的关系已经密切到他们开始联合出版一种反满的期刊《中国秘史》。1899年下半年出版的两期，都强调了宋、明和太平天国时期的种族问题。
至少有五年之久，梁启超把自己置身于一个自认为是孔子的继承人——康有为的庇荫之下，他这时的背叛，至少可以部分地归因于他想要自己做主的愿望。像“南海圣人”的其他门徒一样，梁启超早期曾用“厂”字作为他的别号的第二个字，这个“厂”字与康有为的姓相似。这成了康有为门徒的一种标志。意味深长的是，当时他在《清议报》上赞美革命，与孙中山策划密谋时，他废去了这个对康有为表示尊敬的标志，自称“任公”，而不是“任厂”。他的行为的许多方面，都这样反映出他努力想摆脱康有为的精神统治。
梁启超和其他12个觉悟了的改良主义者一起，给康有为写了一封信，肯定了共和主义的原则，并建议老师退出政界。他还要求陈少白和改良主义者徐勤坐下来谈判，拟出一个初步的协议。可是徐勤反对与革命派订约，向康有为告发了梁启超的背叛。康有为这时已回香港，立即发了一封措词严厉的信斥责这13个“惹是生非者”，并命令梁启超和欧榘甲这两个主要的肇事者离开日本，分别前往夏威夷和旧金山，为保皇会执行任务。送信的使者带来了旅费。
现在摆在梁启超面前的抉择是，要么和康有为分裂，要么作为一个悔过者回到他那儿去。他选择了后者，但他以宣称忠于合作事业，甚至以谋求孙中山对他在国外工作的支持，来表示他对康有为的顺从是有保留的。像往常一样，在与改良派学者打交道时，孙中山的反应可说是容忍的模范。1899年底，当梁启超前往夏威夷时，孙中山曾给梁一封介绍信致其哥哥孙眉，从而保证了梁的成功。既接受康的使命，又恳求孙的帮助，梁的这种做法虽然常被指责为口是心非，但看来很明显，由于这两者实在是相差不远，他是勉强地作出这种抉择的。他大概对把领导权托付给孙中山这样的人还有所疑虑。孙中山虽然有爱国主义和反满的战斗精神，但很可能给了他一个乡巴佬的印象。他认为孙中山不尊重中国的传统和学术成就，也不是特别有才华的西方学术的解说者。
梁启超没有消除对通商口岸西方化了的中国人的这些怀疑，很快就被孙中山的同事杨衢云看出来了。杨衢云于1898年来到日本，他与改良派建立的关系，不像孙中山那样天真幼稚。人们还记得，推崇杨衢云的谢缵泰，多年来一直在香港与改良派进行单独的谈判，杨衢云到日本后，与之相应的努力配合起来了。杨衢云是1899年夏天与梁启超谈判的参与者。当时，梁启超在和孙中山的通信中，曾坚持邀请杨衢云参加他们的会谈。但在6月，关于在横滨冯镜如的营业所同梁启超举行会谈一事，杨衢云却送出了一份悲观的报告：
梁不愿早事联合，只言各宜先向自党运动，以待时机。要之康党素来夜郎自大，常卑视留学生及吾党，且欲使吾党仰其鼻息。究其实学，尚远不如胡礼垣著之新政安衡……我也听几位博学的湖南人对他们亦有同样的评论。
杨衢云提到的“湖南人”，肯定是指从前的长沙学生，他们和梁启超不同，不是康有为的私人门徒，并不感到非要和他一起顽固地保卫清朝皇帝不可。显然，1898年的失败，加上康有为在同事中专横的作风，使改良派内部有了分歧。在日本，孙中山首次和非广东人交往，他发现这些人都是受过中国传统教育和具有革命热情的人。
在利用这个机会时，孙中山并没有表现骄傲的态度。有一次，他甚至告诉毕永年和另一个湖南人——谭嗣同的学生唐才常，假如康有为愿意解散保皇会和拥护革命，不但两党可以联合，而且他将说服他所有的同志接受康有为的领导。孙中山为了联合而情愿付出这么高的代价，尽管这是不大可能的，但这个姿态却反映了他希望和解的心情。此外，孙中山为了争取毕永年的富有战斗精神的朋友——唐才常和林圭是他们当中的领袖——甚至在他们策划1900年长江流域起义时，与之勉强合作。这些湖南的积极分子，从前一味地推崇康有为，一直在“勤王”与反满的共和立场之间摇摆，现在当他们准备在自立会的旗帜下拿起武器时，便构成一种不稳定的因素了。
清廷并没有把孙中山所鼓吹的革命看作是比康有为的改良运动更大的威胁。对于西太后和那些与她共享权力的人来说，康有为曾发誓要向他们报仇，无疑是两个人中更使人感到不安的一个。虽然他们害怕孙中山，但认为康有为用儒家的学说掩盖他的“野心”，是个更直接的威胁。孙中山充其量不过是像太平天国那样的造反者，利用下层阶级的不满，但康有为作为一个奸猾的文人，曾经成功地渗入宫廷，把皇帝变成同盟者，并且威胁着西太后本人。一个是闯入者，人们都知道他是个什么人；而另一个——以及他在知识界的追随者——则是从内部侵蚀传统组织的癌。因此，朝廷的外交应变能力几乎全用来对付改良派而不是革命派的威胁。对康有为的煽动计划和他的邪恶信念的一再谴责，像雪片似的飞向英国外交部，要求它禁止康有为利用其殖民地作为通向中国的跳板。中国驻伦敦公使甚至指责康有为在加拿大曾企图强奸他的一个华侨东道主的妻子。
据一个记载说，中国驻东京公使李盛铎承认康有为在北京政府的黑名单上名列前茅，企图以此争取孙中山对清廷的效忠。1899年底，据说李盛铎曾提议给孙中山以厚禄，作为他放弃革命、效忠清廷的报酬。果真如此，这种做法的动机大概是想把所有反颠覆活动的目标都集中到康有为身上，争取孙中山的支持者的帮助，以设法制止康有为在海外的煽动。据说，孙中山明确地拒绝了这个表示，它是通过一个日本人为中间人作出的。
然而，如果说康有为的改良运动变成了一个以海外为基地的颠覆势力增添了清王朝的麻烦的话，那么，它也使孙中山的处境复杂起来了。为了加强与改良派讨价还价的力量，或者独立地坚持下去，他必须发展壮大自己的运动，而这个运动迄今还未从1895年的广州灾难中恢复过来。幸运的是，为了这个事业，他的日本合作者准备提供计划和经费，甚至准备冒生命的危险。
菲律宾插曲
还在1898年改良主义者逃出北京前，孙中山和日本人已决定了一个引人注目的计划，这就是和菲律宾独立战士结盟。他们的想法，是帮助把这个群岛从美国人手中解放出来，然后使之变为反对清王朝的辅助基地。假如这似乎是一种进行中国革命的迂回曲折的方法，那么，人们就不应忘记，在这里起作用的是一些非常富于想象力和浪漫色彩的人。就在他们首次会见时，孙中山曾以忠诚泛亚主义的热烈主张使宫崎深为感动，而现在实施这种想法的时机比他们预期的来得还要快。
在西班牙人统治下产生的菲律宾解放运动，当1895年兴中会在香港成立时已很活跃。它最初想谋求日本人的援助，但失败了。后来，运动的新领导人阿奎那度成功地在吕宋获得了一个立足点。但是，在1897年底，当阿奎那度的山区共和国陷入困境时，他接受了西班牙人的现款，退隐香港。他留在这里直到1898年春，当美国人为反对西班牙而罗致他的帮助时才离开。后来，当美国决定保持它的新征服地时，原来的运动又重新恢复了，从此就一直抵制美国对菲律宾的接管。宫崎此时正去中国执行任务，在他们的香港总部会见了菲律宾的造反者。阿奎那度请求外援，6月，他的一位使者彭西到达日本，发现日本人虽表同情，但不愿卷入同美国人的纠纷，彭西就向孙中山求助。孙抓住这桩冒险事业作为发泄中国革命能量的机会。1898年秋，宫崎和平山回到日本，孙说服了他们，使之相信把中日革命轴心放在帮助阿奎那度的反美游击队是适宜的。犬养表示赞同，但避免得罪美国人，他要孙担任谈判的首席代表。
这些菲律宾人有资金，但需要帮助其购置和运送军火。这是孙中山和日本人要做的事。通过有名无实的领袖和中间人用尽一切复杂的办法，最后雇了三井会社一艘废弃了的船，燃料由平冈煤矿捐赠，装载一船军火前往菲律宾。这些枪支弹药是从日本军队那里买来的，他们暗地里襄助这桩冒险事业。从最好的方面来说，可以成功地挫败白种人最近的帝国主义暴行；从最坏的方面来说，也可以留下日本是亚洲保护人的美名。
1899年初夏，包括平山在内的六个日本冒险家作为军事顾问先行，另外几个日本战士乘军火船布引丸号于6月19日离开日本。孙中山、杨衢云和另外几个在香港的革命党人，要与宫崎、彭西一起尽快去同独立军会合。但是，这艘船在浙江海面遇到暴风雨沉没后，这个计划便落空了。军火全部损失，13个人（其中有3个日本人）都淹死了。孙中山手中还有75000比索可供支配，他又装备了一艘军火船，试图于1900年1月从台湾开出。然而这时美国已有警觉，日本人没有别的选择，只好取消这次航运，把军火卸下来。
这些没有使用的军火，不久便被孙中山考虑进另一次起义计划之内。但是，这样的一个计划，在国内没有更多密切联系的战斗组织参加，是不可能实现的，同时，有争议的兴中会领导权问题仍有待于解决。
自从1895年会员大量逃离香港以后，这个问题便被搁置下来。凭他新近的出名和日本人对他的承认，孙中山事实上已取代了杨衢云，但在杨衢云回来之前他不能正式撵走他。杨衢云离开香港后的两年间，于1897年初在约翰内斯堡定居之前，他曾在许多地方停留过。在约翰内斯堡，他受到当地富裕的粤籍华侨的热情接待。杨衢云寻找的主要是避难所而不是政治上的支持，不过他还是成功地建立了一个由12人组成的兴中会分会。这年秋天，他收到谢缵泰关于和改良派谈判的令人鼓舞的报告后，便决定回香港去。孙中山成功的消息还给他留下了深刻的印象，不论是真实的还是想象的。据陈少白说，杨衢云曾从外国报纸上看到，孙中山在日本已积累了一笔几百万元的军事经费，将要发动另一次起义。至于杨衢云自己的不大的贡献，是从南非华侨中筹得的几百镑。1898年3月，杨衢云在香港与家人和谢缵泰重新会合后，便去横滨见孙中山和陈少白。
会见的气氛是紧张的，杨衢云在与孙中山密谈后，立刻离开了。陈少白急欲知道这次见面的细节，孙中山向他描述他如何使杨衢云就范，必定作了很多的渲染。孙中山说，他回顾了广州事件，责备杨误了事：“你要做总统，我就让你做总统。你说要最后到广州，我就让你最后到广州。你为什么到了时期，你自己不来，那还罢了。随后我打电止你不来，隔一日，你又不多不少派了六百人来，把事情闹糟了……”据孙中山说，杨衢云完全被慑住了。后来，杨听说孙中山已为新的图谋筹集了经费，要求恕他前过，容他重新归队。孙中山见他可怜，也就宽恕了他。
虽然在孙中山的想象中他已制服了杨衢云，但领导权问题仍没有解决。这就是对上述孙中山和杨衢云的谈话产生怀疑的一个理由。这种说法与我们所知杨衢云的火爆脾气也很不相符。假如在这次对抗之后，杨衢云还未能从孙中山那里夺回主动权，其中可能另有原因。当孙中山和陈少白享受着他们的日本东道主的慷慨赠与之际，杨衢云却必须为维持生活而工作。他要维持家计，没有一个有钱的兄弟来替他分担。正如陈少白所说，杨发现他这次回来是很轻率（并没有什么大得不得了的党的金库可资依靠）之后，就开始在横滨当英文教师。尽管杨衢云仍是名义上的领导，但孙中山却继续无形地控制着复活了的密谋集团。
在所办的新事中，有一件是兴中会创办了第一份报纸。在日本，陈少白越来越不耐烦，遂于1899年秋返回香港。当他发现英国人不会找他的麻烦后，便请求孙中山从日本送铅字去。铅字很快就来了，因为孙中山从菲律宾的军火交易中得到一些好处。到这年的年底，第一期《中国日报》出来了。兴中会的老支持者区凤墀和何启也曾给予帮助，6个月后，当义和团骚乱使英国人对反对清王朝的活动更加宽容的时候，该报就能在反对保皇会海外宣传的斗争中采取好战的立场。这是孙中山对改良派独霸新闻领域的首次挑战。
随着陈少白恢复了兴中会香港分会，郑士良继续加强与当地会党的联系，孙中山与国内就越来越接近了。至于宫崎和平山，已于1898年开始分别在华南和华北观察动静，他们成了孙中山的两个非常得力的代理人。除了1894年短暂的北方之行外，孙中山从未走出过广东地区，他对哥老会一无所知，平山实际上是使兴中会与这个重要的战斗后备力量建立联系的第一个人。但是，湖南的改良主义者毕永年（现已加入孙中山的行列）和哥老会的头目十分友好。孙中山希望通过毕永年把他的基层组织扩大到长江流域，为此于1899年派毕回国，毕在国内用了约一个月时间把湖南、湖北的哥老会头目集合拢来。兴中会的另一个新的鼓动者史坚如和毕永年相遇在一起，史坚如是一个非凡的年轻人，出身书香门第，他断定中国的未来将掌握在孙中山和会党的手里。
史坚如的事迹是革命狂热的一个例证，这种狂热从1898年起开始感染年轻的贵胄们。史坚如是广东人，生于1879年，他的祖父是个著名的翰林院编修，他的父亲在年轻时就死去，他的母亲鼓励她的儿子们继承诗书人家的传统。然而，史坚如从小就厌恶“八股文”，喜欢历史和新学。中日战争和1898年对改良运动的镇压，使他成为一个激进分子。他向一个日本人学剑术，想使身体健壮起来，以便能为祖国做伟大的事业。1898年，他进了广州格致书院，这是陈少白上过的同一个教会学校。这个事实也是值得注意的。到本世纪末，不但像孙中山那样的农家孩子，而且连绅士子弟也喜爱外国学术（史坚如的一个妹妹在广州学医）。物理、化学、地理和其他学科他都能很快掌握，所以该院的掌教尹士嘉牧师认为他是第一流的学生。
但是，史坚如不满足于学校的作业，即使它们是新的学科也罢，他渴望的是行动。1899年，他听说东亚同文会广东支部长高桥谦是一个可以使他与革命同情者接触的人。这个组织于1898年建立，表面上是为了促进中、日、朝三国之间的团结，实际上却是一直支持孙中山推翻清王朝的一些日本人组成的冒险集团。它的发起人除高桥谦外，还有原口闻一和孙中山的密友宫崎寅藏及平山周。中国人在其中起重要作用的，是从夏威夷来的孙中山的同志邓荫南。
在高桥谦的指引下，史坚如闻知孙中山，并得以和陈少白、杨衢云及其他在香港的兴中会会员接触。临近1899年底，他会见了宫崎，后者深为这个清秀的年轻人的革命热情所感动。在这个场合，史坚如告诉宫崎，他的哥哥可能要来拜访，假如来访的话，请宫崎告诉他哥哥，你将带坚如同去日本。宫崎不知其中缘由，就答应了。然后陈少白加了进来，解释说，史坚如急于要同湖南、湖北的哥老会一起活动，可是他的母亲和哥哥都不赞同。然而，史坚如的母亲和哥哥信任宫崎，知道他和康有为有联系，愿意把坚如托付给他照料，相信这孩子在日本会与受尊敬的改良派来往。
宫崎对史坚如的计谋很赞赏，他问及史的政治观点。史说，他钦佩孙中山的“高尚品质”，愿为实现他的主义而工作。虽然他还未见到孙中山，但幸运的是他见到了陈少白，陈与孙有共同的信仰，并且决心追随这位革命领袖。史坚如听说三合会和哥老会都已加入兴中会，现在则希望了解长江流域的会党如何行动。他接着说，他的哥哥在原则上和他是一致的，但他哥哥“太胆怯”而不敢行动。他自知对母亲和哥哥说谎，犯了不孝之罪，但他认为在这种情况下他这样做是为了使他们放心，实际上是表现子女的孝。然后他告诉宫崎他的革命思想的来源：“我是基督教徒，信仰上帝。全世界的人都是上帝的儿女。因此，我要为实现人人自由平等的原则而工作。”为了把中国人的思想从文人和科举制度令人窒息的影响下解放出来，非进行革命不可。
杀人者罪当死。但那些扼杀人们的思想和聪明才智的人该当何罪？应是罪该万死！这就是现政府的官员们之所为……有一种考试任官的制度。学生读书是为了猎取高位，借此压榨人民致富。他们没有一个人抱有管理国家的任何思想。源不清而流浊，只要现政府由这些腐败的官员组成，中国就仍将衰微破败……唯有革命才能使这个社会得到改善。否则，这只不过空谈而已。
当史坚如焦虑的哥哥来访时，宫崎按照他所答应的做了。不久之后，宫崎与陈少白前往日本，史坚如陪同他们到了上海。在这里他会见了熟悉长江流域会党情况的老手毕永年。他们二人一起前往汉口，在那里，史如愿以偿地结识了哥老会基层组织的一些人。后来史坚如返回上海，前往日本，在这里会见了孙中山。在对革命方略经过详细讨论之后，孙中山把他新收的信徒派回中国，起初史坚如在长江流域继续从事既往的工作，后来回广东联络三合会和本省军队。
可能在这个时候，孙中山认识到把长江流域的会党合并起来，可以一举解决两个问题。除了可以把活动范围扩展到中部各省，使运动具有全国性之外，还可以为他从杨衢云手中夺取兴中会的合法领导权提供借口。毕永年曾对哥老会的首领们谈到在孙中山领导下的一个新联盟。1899年下半年，孙中山使杨衢云面对这样一个事实，即长江流域会党的首领们已“公举”他为“会长”。于是杨衢云便面临一个抉择，要么对孙中山让步，要么使运动分裂。显然，孙中山有强有力的支持者，杨衢云只好顺从了，在新的联合组织中接受一个次要的位置。但是，在正式辞职之前，他于1900年初去香港征求过谢缵泰的意见。他的朋友赞成他为了运动的利益而作出的正确决定。至于谢缵泰自己，他认为独自进行活动收效更大些。
杨衢云虽然把领导地位让给了孙中山，在日本又受到排斥，但回到香港后却急于活动。他在香港向陈少白报到时，曾带了孙中山的一封信，内称“请照从前一样，大家一块办事”。但私下孙中山却告诫陈少白，“机密事情”不要告诉杨衢云，对杨仍要加以提防。然而，没有迹象表明杨衡云有闹独立的意思，据陈少白自己承认，杨衢云的到来，极大地加强了香港总部。通过杨衢云的介绍，富有的李纪堂加入了运动，成为《中国日报》的重要支持者。李纪堂在支持各种革命活动的过程中，终于把一笔财产耗费殆尽了。
和会党的合作
与此同时，加强了的香港兴中会总部一直审慎地和南方的会党进行联系。当然，在这里与会党的接触，要比在长江流域容易得多。而且也有必要扩大这种私人关系，它为同会党达成协议打下了基础。在促使会党行动起来方面，有些个别安排，也许还包括现金补贴，比单从思想上着手更见成效。
在这个地区，陈少白得到了陈南的宝贵援助。陈南是一个来自夏威夷的广东客家人，于1894年加入这个组织，并参与次年的广州密谋。他从客家地区请了一位年老的三合会首领来香港，正式介绍陈少白加入会党。按惯例，入会时，要求全体成员参加一种精心设计的、有象征性的流血仪式，喝一口掺和了几滴新入会者的鲜血的酒。陈少白显然没有采用会党这方面的玩意（他只对他们著名的战斗精神感兴趣），由于受到特别豁免，他只在一个简化了的个人仪式上，对着那位年老的客家人宣誓。他还被授予“白扇”的职位，这是一个相当高的领导职位。仪式结束后，陈少白给了那位老人百把块钱，以便让其他成员吃顿便餐以庆祝他的入会。
与此同时传来了消息，说毕永年已把长江流域会党的头目集中在一起。1899年底或1900年初，一个由几位“龙头”，其中包括重要的“金龙”和“腾龙”的首领组成的代表团来到香港。通过孙中山的代理人的居间调停，三合会和哥老会的首领们第一次被撮合到一起。根据毕永年的提议，这两个会党的代表同意与兴中会建立一个在孙中山领导下的庄重的联盟。代表们饮过鸡血酒，发誓忠于他们名为“兴汉会”的反满联盟，这个“汉”字，强调了他们加入的是汉族的结社。因为孙中山被推选为领导人，所以专门铸了个印章，由宫崎和陈少白前往日本送给他。
有趣的是，没有任何关于兴中会曾经发布过这样一个印章的记载，在传统习惯上，这个图章是反叛的象征，表示不再承认皇帝的权威了。在当时，这种做法也许是为了迎合老脑筋的会党头目们，他们喜欢按老方式向朝廷的权威挑战。然而，这个新的联合组织只不过是个松散的军事联盟；没有一个会党放弃自主权，也没有共同的政治思想使它们紧密结合在一起。协议的目的，是要为孙中山的反王朝起义提供三个中心地点：广东——广西、福建——浙江和长江流域。但是，这些会党首领的忠诚——特别是那些从北方来的——是很令人怀疑的。宫崎就怀疑一个哥老会的首领暗中与康有为勾结。在此期间，几个哥老会的首领由陈少白资助，前往日本与孙中山举行战略会议；会后，他们被送回国，等待进一步的指示。
尽管如此，宫崎对事情的结果甚为满意。他认为这次与会党首领在香港的会见是值得纪念的，虽然有着关于菲律宾远征队的坏消息，他感到他和陈少白已用他们发自香港的报告鼓舞了孙中山。宫崎得意洋洋，当一个老同志问他有什么“预定的计划”时，他说，他要“把穆勒的自由思想在中国付诸实现”（这大概是因为这种自由思想在日本不那么容易实现吧？）。他希望为即将到来的行动弄到1000支枪。如果不成的话，他将加入中国的一个匪帮。然而，九洲煤矿股权的代理人中野德次郎答应捐款5000元，增强了他的信心：第一次中日革命冒险将获得成功。不过，孙中山还有一些非军事方面的事情要做，他的更为谨慎的态度，缓和了这个日本人的急躁情绪。