深化改革需要正确认识现阶段经济改革面临的问题。中国的改革与发展无疑取得了辉煌而巨大的成就，但是，我们也应当清醒地看到，改革与发展的任务并没有完成，我们面临的矛盾和挑战依然严峻，其中比较突出的问题有以下方面：
1.经济增长成本过高，资源不足日益严重，生态环境不断恶化，要素价格严重压低或扭曲，产业结构不合理，自主创新水平低，核心竞争力不强，技术依赖问题突出。这种高投入、高消耗、高污染和低质量、低效益、低技术的粗放式增长模式缺乏可持续性，也很难把中国的经济发展导向世界经济强国的前列。
2.社会不公问题突出，居民之间、城乡之间和地区之间的收入差距持续扩大，贫困人口大量存在，就业、医疗、教育和司法等方面的公平还没有得到充分保障，公平竞争的市场秩序还有待形成，对大量非法收入缺乏有效调节。上述问题既破坏了社会主义的公平原则，又不利于经济和社会的持续和谐发展。
3.社会主义市场经济还不完善，主要表现在，国有企业改革任务繁重、生产要素市场化相对滞后、市场秩序还不完善、分配关系尚未理顺、社会保障体系还不健全、权钱交易的腐败现象严重，特别是在如何把社会主义与市场经济有机地结合起来，保证市场经济的社会主义性质，实现以人为本和共同富裕的目标方面，还缺乏成熟的经验。
随着中国经济转型进入后期，上述矛盾和问题似乎也有加剧的趋势，以至于有不少人担忧中国会不会掉进经济停滞、失业严重、腐败盛行、贫富分化和社会动荡等问题并发的“拉美化陷阱”，会不会出现权力与资本相互渗透、转化、控制和结合的所谓“权贵资本主义”。那么，应当如何看待中国渐进式改革中出现的这些问题呢？这里存在着两种截然对立的观点。一种观点是，既然腐败和两极分化来源于市场化，因此应当停止和放慢市场化进程，强化政府管制；另一种观点则相反，认为腐败和两极分化是政府管理和双重体制的产物，因此应当实行激进的市场化和自由化路线，尽快减少和取消政府调节。前者取消了市场经济和改革的必要性；后者则取消了社会主义和国家主导的作用。这两种思路都实际上否定了社会主义市场经济和渐进式改革的合理性，然而，正是社会主义市场经济的改革目标和渐进式改革的路径造成了中国改革开放持续高速的增长和繁荣。因此，问题的关键仍然是：中国经济改革的目标是什么，如何判断改革的成败得失，以及由此决定的改革道路的选择问题。
应当认识到，中国改革道路的形成从根本上来说取决于社会主义宪法制度的约束，而宪法制度的形成和演进则是社会经济、政治、文化等各种因素长期作用和累积的产物，并不取决于人们的自由选择。中国能不搞市场经济吗？能不参与经济的全球化吗？当然不能。无论经济生活中出现多少问题，市场经济的大方向是不可能否定和改变的。另一方面，中国能不搞社会主义吗？中国能不坚持“四项基本原则”吗？当然也不能。因为，离开这些原则，中国的经济社会必然会陷入混乱。因此，在以完善社会主义市场经济为目标的经济转型的后期，已有的改革模式仍然是中国经济改革的基本形式，符合中国的国情，有利于经济与社会的持续发展。但是，对于经济转型中出现的各种问题，我们也必须高度重视，切实加以解决。
当前中国经济转型中出现的问题是多种因素造成的，主要有以下三个方面：一是发展的问题，如科技水平落后、自主创新能力低、城乡二元结构等；二是改革的问题，如企业制度不完善、市场体系不健全、政府职能不到位等；三是政策的问题，如，国有股的流通、公共产品定价、行政性垄断等。上述三个方面的问题都既有客观的不可避免的因素，也有主观的经验和认识上的原因。
因此，对于改革中出现的问题应当用统筹协调综合治理的办法加以解决。有一种流行的观点认为，市场化中出现的问题只能用市场化的办法加以解决，这种观点显然是片面的。当前中国经济生活中出现的问题有些是由于市场化改革不彻底造成的，如政府行政干预过多、市场体系发育不全等，这些问题必须用市场化的办法加以解决。而有些问题则是由于市场化本身带来的，如失业增多、两极分化、公共服务缺位等，这些问题属于市场失灵问题，需要通过加强政府和社会的调节加以解决。还有些问题则是由于发展水平不高和政策与管理不到位造成的，需要通过进一步的发展和完善政策与管理加以解决。