为了开发出决策支持系统的问题管理系统，通常需要解决一系列理论与技术问题。就系统的开发而言，首先需要对DSS的问题管理（问题处理）子系统或者人机交互子系统进行分析设计，以确定其功能、结构和处理流程。
在功能方面，从工程的角度看，不同的DSS，其PMS的功能不尽相同。有些侧重于决策问题的分析，有些侧重于人机交互的管理，有些则侧重于问题求解知识与模型的管理，从而需要进行专门的分析设计。但从理论的角度看，都需要研究PMS的一般功能。
在结构方面，从通用的问题管理系统看，需要研究PMS各功能模块的组成结构，问题库的组织结构，问题管理系统与模型管理系统、知识管理系统、数据管理系统等DSS其他子系统的关系结构，以及问题库与模型库、数据库、知识库和方法库的关系结构。
在处理流程方面，为设计出合理的PMS内部处理流程和PMS与DSS其他子系统的交互处理流程，以实现PMS的各种功能和形成所需的结构，有一系列方法问题需要解决：
1.决策问题的描述方法
计算机本身不会自动解决问题，任何决策问题在计算机中的求解都需要通过一定的程序来完成。决策问题描述方法解决的是如何将用户所需求解的决策问题转变成计算机可识别的形式以供相应的程序处理。问题的描述方法与问题的提交方式有密切的关系。所谓问题提交方式，是指用户将决策问题输入到计算机或决策软件系统的表述方式。表述和描述的不同在于，表述只是把问题输入到计算机，而描述则需要对决策问题的一些性质（如决策目标、决策条件、问题背景、求解状态等）进行表达。一般来看，决策问题的提交分为显性和隐性两种方式。显性方式就是将决策问题以计算机程序可以处理（或识别）的方式输入到计算机。隐性方式则不直接把问题输入计算机处理，而是将问题隐含在系统的分析功能或待求参数中，例如一些专门针对某种决策问题而开发的DSS，并不需要输入相应的决策问题，只需要输入决策所需的控制参数，因为这些系统所用的模型、算法是专门针对同一类问题设计的，不同的问题只是所用的数据、具体模型或参数不同。因此，用隐性方式提交决策问题的DSS并不需要专门的问题管理子系统，只有对用显性方式提交问题的DSS，才需要考虑用什么方法在计算机中描述决策问题。而这种DSS对决策问题有更强的适应性和灵活性。
在此，存在一个矛盾性的事实使得决策问题的描述方法值得深入研究，即如果用人们最熟悉的自然语言方式描述并提交决策问题，问题将不能被计算机直接处理，因为目前的计算机尚不具备模糊和综合思维的能力，它只擅长处理非常结构化的输入信息，采用这种方式描述决策问题将大大增加计算机处理的难度，为此，需要建立较为复杂的问题的描述方法。而采用计算机便于识别的结构化表述方式，虽然相应的提交方式较为简单，但用户需要具备较强的计算机信息处理专业能力，这无疑大大降低了系统使用的简便性和灵活性。因此，一个DSS采用何种决策问题描述方法，首先取决于采用什么样的问题描述与提交方式。问题描述方法和相应的提交方式将直接影响面向问题求解的DSS的功能结构与处理流程的复杂性和用户使用的便捷性。不同的描述方法和不同的提交方式使得DSS对决策问题的处理方法不同，故又会带来一系列需要研究的方法问题。其中，对于基于自然语言表述方式的决策问题描述方法，有更多更复杂的问题需要解决。
2.决策问题的处理方法
决策问题的处理包括问题的分析理解与问题的求解两个主要部分。其中，问题的分析理解是根据问题的表述找出问题求解方法，而问题的求解则是根据求解方法，调用模型、知识、数据、算法等决策资源来求解问题，并将求解结果呈现给用户。
如前所述，决策问题的处理方法与其表述方式有密切的关系。当采用自然语言的方式来表述问题时，对决策问题的分析理解就涉及问题的识别研究，即研究如何从决策问题的自然语言表述中找出问题的求解目标和给定条件。这其中又涉及自然语言识别中的词义和语义分析。特别是对中文这类非自然分词的语言而言，还涉及语句分词的问题。同时，还要研究如何根据问题的目标和条件，找出问题的类型，以便根据问题的类型找出合适的求解方法。这又涉及决策问题分类方法与决策问题类型的研究。一旦找出决策问题的类型，还需要根据类型匹配模型查找知识甚至构建模型或创造知识，以获得问题求解的方法，如果这一过程主要交由DSS来完成，就涉及模型和知识的智能搜索以及智能建模和知识构造等方面的研究。但是，如果一个DSS具有完整的模型管理和知识管理功能，模型的构造和知识的创建可交由相应的子系统来完成，则这部分内容可归属模型管理与知识管理研究的范畴。
另外，在决策问题的求解目标、已知条件和问题类型分析中，由于很多决策问题都是由一系列子问题组成的复合性问题，因此如何找出决策问题的子问题以及如何根据子问题的求解结果再求解其上层问题也是需要研究的内容。
在非结构化的决策问题表述前提下，整个问题处理过程实际上是一个将非结构化的描述变为结构化描述，将非结构化的决策问题变为结构化或半结构化问题的过程，其中涉及的各种分析、识别方法又都需要对决策问题本身的结构、特征和求解规律进行深入的研究。
而对于结构化的决策问题表述，相应的问题处理要简单得多，一般只涉及问题类型分析、求解方法匹配和子问题分析等问题。
3.问题库的管理方法
为了更好地分析与求解决策问题，调用决策资源与控制决策过程，通常在PMS中要设置问题库。问题库的管理方法除了前面提到的问题库的组织结构和问题库与其他决策资源库的关系外，还涉及问题库的信息存放内容与信息存放形式、决策问题在问题库中的存取方法和问题库的检索方法和问题相似性的判定方法。其中，问题相似性的判定与问题库的检索有关。当用户输入决策问题时，PMS应该可以通过问题库的检索找出其中是否存在相似的问题，特别是已经求解过的相似问题，这就需要用到问题相似性的判定方法。
4.决策方案的管理方法
决策方案是由决策问题及其子问题的求解结果所形成的集合，以便启示或直接告诉决策用户针对决策问题应采取的行动方案。在PMS中设置决策方案的管理功能主要有三个作用：第一，根据求解结果形成用户更容易理解的决策方案。第二，对决策方案进行验证和评价以利于完善决策问题的处理过程和方法。第三，将已求解的决策问题结果连同问题分析和求解过程信息进行组织存储，供以后求解同类问题调用或参考。而要通过相应的流程设计实现这些功能，需要研究解决的技术方法包括：决策方案的信息组织方法、决策方案的生成方法、决策方案的评价方法、决策方案的检索查询方法以及调用方法。
此外，由于PMS是DSS的一部分，PMS的开发不能独立于DSS之外，因此，有关DSS开发方法的研究在PMS的研究中也会涉及。
接下来介绍和分析一下国内外学者在这些问题上的研究进展。