理论分析表明，大股东和小股东之间的利益冲突是产生代理问题并导致公司价值降低的主要原因，国别经验研究也发现了大量代理冲突导致公司价值降低的证据。从第三章制度背景的分析可知，我国证券市场具有新兴和转轨的性质，国有企业本身就缺乏自生能力，剥离改制上市的方式又使得母公司和上市公司之间必然存在大量的关联关系，为大股东实施“隧道挖掘”行为提供了天然的通路；民营上市公司普遍采用的金字塔控制方式导致控制权与所有权的分离；股权分置的制度安排则进一步加剧了大股东和小股东之间的利益冲突，恶化了代理问题。
如第二章所述，国外学者从股权结构与公司价值之间关系的角度对此多有研究，国内学者在实证研究方面也做了大量的工作，比如，XU和 WANG（1997）选取了1993～1995年上海及深圳证券交易所上市公司数据分析了股权结构、公司治理与公司绩效之间的关系，发现，股权集中度与公司绩效正相关，法人股股权集中度比国家股股权集中度对公司绩效的正向影响更为显著；对于混合型公司，作者发现公司绩效与法人股比例正相关，与国家股比例负相关，与流通股无相关关系；孙永祥和黄祖辉（1999）发现我国上市公司的股权结构与托宾Q值之间存在倒U型关系，并且法人股为第一大股东时，公司托宾Q值和公司治理要好于第一大股东为国家股的上市公司；陈晓和江东（2000）发现，在竞争性较强的行业，国有股比例与公司业绩负相关，法人股和流通股比例与公司业绩正相关；而在竞争性较弱的行业则没有发现这种结果；陈小悦和徐晓东（2001）的研究表明，在公司治理对外部投资者利益缺乏保护的情况下，流通股比例与企业业绩之间负相关，在非保护性行业第一大股东持股比例与企业业绩正相关，国有股比例、法人股比例与企业业绩之间的相关关系不显著；朱武祥和宋勇（2001）以竞争激烈的家电行业上市公司为样本，发现国家股、法人股和流通股与企业价值并无显著相关性；徐晓东和陈小悦（2003）的研究表明，第一大股东为非国家股股东的公司有着更高的企业价值和更强的盈利能力；白重恩等人（2005）的研究发现，第一大股东的持股量与托宾Q值之间是非线性关系，政府控制的公司经营上缺乏效率，除第一大股东以外的其他大股东持股比例越高，企业的市场价值也将越高。
从现有文献来看，国内关于上市公司股权结构与公司价值或绩效之间关系的实证研究未能取得一致成果。究其原因，可能在于：第一，研究者所采用的业绩衡量指标不尽一致，很多研究直接采用会计指标如净资产收益率衡量公司业绩，而在我国现有监管环境下会计指标容易受到人为操纵，用其作为研究变量的结果有效性就值得怀疑。第二，研究存在的一个缺陷在于普遍以行政划分的国家股、法人股和流通股为分类标准来进行研究，但正如TIAN（2001）所指出的，“这种分类标准是用来帮助管制股票交易行为的，而非真正是对投资者的分类”。刘芍佳等人（2003）也认为，现有的统计股权分类方式的一个重要缺陷是它没能清楚地表明法人股本身的所有权属性，这就导致相关研究误入歧途。第三，由于简单地以与上市公司有直接关系的股权结构为研究对象，而没有追踪到上市公司的最终控制人，导致研究无法揭示某些更深层次的关系，比如不同类型的国有股东控制对公司价值的影响，民营企业的金字塔控制结构导致控制权和现金流权发生分离及其对公司价值的影响等等。
国外学者的诸多研究均发现，大股东可能通过更隐秘的途径来掌握权力，公司的实际控制人有可能隐藏在幕后，通过一种间接的方式而保持对公众公司的控制，比如，对于家族企业而言，公司的最终控制人经常利用金字塔结构（PYRAMIDSTRUCTURE）来建立一个控制的链条，上市公司的股权被一家公司所掌握，这家公司又被另一家公司所控制，而后者的控股份额又可能直接或间接地通过类似的链条而落在某个终极所有者的手中。因此，仅仅通过分析直接掌握上市公司股权的所有者的资料并不足以了解这些企业真正的所有权与控制权，必须追溯到企业的终极产权所有者，才能够更深入地理解现代企业中所有权、控制权与公司价值之间的关系。
为了探究股权结构与公司价值之间更为深层次的关系，本文沿袭了LAPORTA、LOPEZ－DE－SILANES、SHLEIFER和VISHNY（1999）的研究方法，通过追溯层层所有权关系链来找出我国上市公司中谁拥有最终的控制权，以此为依据来对公司的最终控制人按照所有权性质进行分类并在此基础上展开相应的实证研究。