然而，这种虚假繁荣是不能持久的，在中国经济持续增长的情况下，股市却无法体现经济晴雨表的作用，其走势往往与宏观经济发生背离，这种现象在近几年尤其显著。显然，扭曲的制度结构和低水平的公司治理是问题的根源所在。
首先，正如之前本书所分析的，国有企业由于不具备比较优势，本质上是不具有自生能力的，它们是为了国家发展重工业的战略而建立起来的，需要政府的扶持和保护才能生存，这是其承担的战略性负担；而且，由于国有企业主要分布在重工业部门，创造的就业机会很少，因此，只能把一个工作岗位分给更多个人来做，企业有不少冗员；同时，企业推行的是低工资制度，工人的工资中并没有养老金的成分，职工退休后依然由原企业承担相应责任，这被称为社会性负担，这两者共同形成了国有企业的政策性负担。虽然为了上市，国有控股母公司会把冗员和退休职工从要上市的子公司剥离，由母公司承担起来。但不少上市的子公司缺乏自生能力的战略性负担问题并未解决，而且，即使从母公司剥离出来上市的子公司所在的行业是符合我国的比较优势，其母公司由于背负着巨大的人员和不良资产的包袱，仍然普遍是缺乏自生能力的公司。显然，母公司之所以愿意为上市子公司承担社会性负担，并花大量的资金为其包装上市，目的不仅仅在于建立一个合乎现代企业制度规范的股份公司，其将子公司作为一个融资工具，以“圈钱”为目的，在实现这个初步目标后或者直接侵占，或者大量非法挪用上市子公司的资产、资金和经营收益，甚至直至“掏空”上市公司，恐怕才是其更重要的目的。这也就是为什么我国证券市场母公司与上市公司之间关联交易屡禁不绝的主要原因，而相当部分关联交易是以侵害小股东的权益为代价的。上述的实例可谓比比皆是，如ST猴王、济南轻骑、东方锅炉、三九医药等。这是导致代理问题恶化的第一重原因。
其次，股权分置的制度设计导致了大股东和小股东利益在更大的程度上发生分离，更加剧了代理问题的恶化。我国将公司发起人的股份认定为非流通股，而将对外公开发行的股份认定为流通股，由于非流通股每股持股成本远低于流通股每股持股成本，而非流通股与流通股相比不具有公开的流通性，所以大股东的利益与小股东的利益就发生了本质上的背离。第一，大股东每股持股成本远低于流通股每股持股成本，导致其一般所持大量股份却只需付出比小股东少得多的资本额，这种制度设计非常类似于双重股权（DUALCLASS），其结果是大股东的所有权和控制权发生了分离，其对小股东的侵害就更加严重；因为大股东的种种机会主义行为（包括过度融资、分派高额现金股利、关联交易等）所导致的成本大部分由小股东所承担，而其收益则大部分被大股东所占有；第二，由于非流通股不参与市场流通，大股东对二级市场的股价走势并不敏感，大股东的侵占行为和管理不善即使降低了二级市场股价，但却丝毫不影响其所持非流通股的价格，这也导致大股东不会关心公司其他小股东的利益。
再次，我国上市公司所有权非常集中；XULIPING（2004）研究表明，超过半数的上市公司只有一个大股东，第二大股东的平均持股比例低于5%。控股股东通常持有出席股东大会全部股份中的84%，这意味着控股股东拥有足够的投票权来实施对上市公司的有效控制。胡天存、杨鸥（2003）以我国上市公司2002年1066家样本考察了股权结构，发现我国上市公司中第一大股东绝对控股的比例为40.08%，第一大股东控股比例在30%以上的有71.97%，在20%以下的只有0.94%。鉴于我国流通股股东持股份额较少且较为分散，其对上市公司治理的影响还很微弱的事实，作者又以非流通股为基数，考察了控制权的配置情况，发现72.62%的上市公司大股东掌握绝对控股权，大股东控股30%以上的比例高达96.04%。从第一大股东与其他非流通股股东持股比例看，第一大股东平均持股44.5017%，是第二大股东平均持股比例8.6561%的5.14倍，是第二至第五大股东持股总和的2.984倍。这表明，上市公司控制权基本上掌握在第一大股东手里。集中的所有权结构导致大股东和小股东的力量高度不对等，大股东基本垄断了公司经营管理及内部信息，小股东没有渠道参与到公司的重大事项决策当中来，“搭便车”行为也导致其没有动力去监督大股东，甚至投票反对它。信息不对称问题非常严重，导致广泛的会计信息失真和内幕交易猖獗，小股东利益因此受损。
随着经济体制改革的深入，民营企业也终于叩开了证券市场紧闭的大门，尽管道路曲折，但民营上市公司仍逐渐增多，截至2004年底，深沪两市共有336家民营上市公司。民营上市公司的增多反映了市场化改革的不断深入和民营经济在我国经济生活中的地位已越来越重要，并且许多民营企业的确是比较优秀的，它们相对独立、不受行政干预、对市场非常敏感、坚持以利润最大化为导向，从而很有效率。但是，由于我国是新兴市场经济国家，家族企业的共同特征在我国也有反映，甚至还有过之而无不及。杨兴君、宗长玉和江艺（2003）发现，错综复杂的“系”———由民营企业控制多家上市公司的现象越来越普遍，比如著名的德隆系、复星系、格林柯尔系和万向系等。截至2002年底，我国控制上市公司市值最高的民营企业（新疆德隆）所控制的5家上市公司的总市值为190.01亿元，占市场总量的1.52%。张华、张俊喜和宋敏（2004）考察了中国民营上市公司的现金流权、控制权以及二者的分离对企业价值的影响，发现金字塔结构在我国民营上市公司中非常普遍，而且现金流所有权和控制权的分离程度与东亚诸国（地区）相比也是偏高的，而东亚是世界上公认的家族企业通过金字塔结构侵害小股东程度最严重的地区。显然，民营上市公司的这种控制结构会导致严重的代理问题，从而不利于公司价值，德隆系的最终崩盘和格林柯尔系掌门人顾雏军最近事发并非偶然事例。
由上述分析可知，制度的扭曲和低水平的公司治理制约了我国证券市场的健康发展。数据表明，我国上市公司缺乏持续的增长潜力，而代理问题的恶化甚至已经导致了证券市场的部分边缘化。比如孙永祥（2002）发现国有上市公司通过发行新股而导致负债率显著降低，但在随后的发展过程中，它们的资产负债率却几乎逐年不断上升。到1999年，平均资产负债率已达53.37%，比1993年上升了10个百分点以上，这可能表明国有上市公司即使有了资本市场融资的新渠道，但由于其缺乏自生能力，无法持续融资，只能回复到依赖银行贷款维持生存的境况。李维安等（2003）发现，上市公司整体经营业绩并未随着上市公司数量的增加、上市公司资产规模的迅速扩张而同步增长；从上市公司个体来看，按1998年中期数据统计，每股收益、净资产收益率指标随着上市时间的延续而不断递减；上市公司首次出现亏损距其上市日平均间隔为34.97个月，即不到三年时间，民间所言“一年绩优，两年绩平，三年绩亏”得到了实证数据的有力支持。
朱武祥、姜昧军、杜丽虹和丁世艳（2004）发现我国股市融资能力持续下降，体现在再融资总额、再融资公司家数、IPO家数等指标的逐年递减。
2001年再融资总额较上年同期下降了43%，2002年又较2001年同比下降了23.2%，2003年与上年同期相比则下降31.6%。
不仅再融资总额在下降，每种融资方式的融资能力也呈抛物线发展历程，在经历了最初几年的繁荣之后就转入衰退期。配股和增发，在经历了短时期的繁荣后，都走上了衰退之路。取而代之，可转债作为一种新的再融资工具，一度经历了当年配股和增发的繁荣，在2003年成为主要的再融资方式，但很快也陷入危机。
焦津洪、丁丁和徐菁（2006）也研究了我国上市公司和证券市场的发展状况，发现近几年来新上市公司数量出现了相当程度的萎缩，上市公司总市值占GDP的比例在2000年达到顶峰之后不断下滑，股票市场交易的活跃程度不断降低。
这表明，低水平的上市公司公司治理和扭曲的制度结构已经损害到这个市场的长远发展，小股东的权益在这样的市场中是无法得到保障的，即使有中国宏观经济的持续增长作为后盾，也无法持续吸引小股东将自己的资金投入到不能获得预期回报的市场之中，证券市场有被边缘化的危险。
国际市场的数据进一步验证了这一观点。数据表明，截至2004年底，国内沪深两市可流通市值总和不到12000亿元人民币，而我国在境外上市公司的可流通市值已超过22000亿元人民币，国内市场规模已经远小于海外中国股票市场。2004年全年共有84家中国企业在中国香港、美国和新加坡上市，其中69家为非国有性质的企业，仅有15家为国有企业。非国有性质的企业海外上市数目远远超过当年在上海证券交易所以新股发行和买壳方式上市的34家民营企业。这些都表明，劣质的上市公司和低效的市场相互强化，阻碍了其进一步发展，而且也阻碍了本国公司在这个市场上市的意愿，它们宁愿去远离本土、但流动性好、监管规范的发达国家证券市场上市，这不但有可能导致我国证券市场的边缘化，而且很可能会导致本国公司的离心化。如果这种倾向持续下去，后果将不堪设想。