在上海和章士钊一起办了大半年的报纸，对陈独秀后来的职业选择发生了很大的影响。
1904年春天，陈独秀常去桐城学堂坐坐。这是从日本考察教育回国的吴挚甫（吴汝伦）前年创办的新式学堂，房秩五、吴守一任学长。陈独秀和他们商量，为了让安徽人通达时事，长点见识，一起办一份《安徽俗话报》。当时，全国已经出了好几种这样的报纸，如《中国白话报》（上海）、《杭州白话报》、《绍兴白话报》、《宁波白话报》、《潮州白话报》、《苏州白话报》，陈独秀都看见过。安徽省地面大，念书的人不多，急需一份俗话报！
大家都说好，决定吴守一编小说、诗词，房秩五编教育，陈独秀是主笔，编辑论说、新闻、实业、来文。
陈独秀给绩溪人汪孟邹的老师胡子承写信，请他给汪孟邹写信，自己也给汪孟邹写了一信。收到陈独秀的来信，胡子承立即给汪孟邹来信推荐，信中说：“陈君重甫拟办《安徽俗话报》，其仁爱其群，至为可敬、可仰……此事应如何应付，本社诸同志与拣老会面时当可妥商也。”信中所提“拣老”，即周拣臣，其女周物婉与汪稀颜子汪原放已定婚。收到胡子承的信，汪孟邹给陈独秀回信说：“芜湖没有印刷条件，最好能在上海印出，再运回芜湖发行。”于是，陈独秀请章士钊帮助联系了上海东大陆印刷所。
3月21日，编在安庆，印在上海，发行在芜湖的《安徽俗话报》第一期问世。陈独秀写《开办〈安徽俗话报〉的缘故》，谈到读报的好处：
教书的人看了，也可以学些教书的巧妙法子。种田的看了，也可以知道各处年成好歹。做手艺的看了，也可以学些新鲜手艺。做生意的看了，也可以晓得各处的行情。做官的看了，也可以明白各地的利弊。当兵的看了，也可以知道各处的虚实。女人孩子们看了，也可以多认些字，学点文法，还看些有趣的小说，学些好听的歌儿。就是有钱的人，一件事都不想做，躺在鸦片烟灯上，拿一本这俗话报，看看里边的小说、戏曲和各样笑话儿，也着实可以消遣。做小生意的人，为了衣食儿女，白天里东奔西走，忙了一天，晚上闲空的时候，买一本这俗话报看看，倒也开心，比到那庙里听书、烟馆里吃烟，要好得多了。
不久，吴挚甫随桐城学堂迁徙去桐城，房秩五打算去日本留学，陈独秀决定将报纸移到芜湖去编。盛夏，他背着包袱，只身到了芜湖。和汪孟邹一起，住在芜湖长街中段科学图书社阁楼上，过着每天只有两顿稀饭的清苦日子。
清代末年，安庆人喜欢年年做会，如雷神会、火神会、关帝会、观音会、土地会，陈独秀反对做庙会，于7月13日在《安徽俗话报》第七期发表《恶俗篇》，说：
安庆城隍菩萨穿的袍，常时被庙官的儿子，偷着去当银子过鸦片瘾，城隍都不能制住他，你看城隍有什么灵验呢？若到了兵荒扰乱的时候，大家弄得妻离子散，平常那一个不敬重菩萨，也不知受了多少香烟，到了这个时候，那些鸟菩萨，可能来帮助一点儿么？
陈独秀认为，中国人信菩萨，菩萨并不保佑中国人。西洋人不信菩萨，反而国势富强，专欺负中国这些敬菩萨的人。陈独秀的结论是：“菩萨是断断敬不得的了。”他主张把烧香的钱，去办学堂，去开垦、工艺、矿务等事。
在芜湖期间，陈独秀应章士钊邀请，跑了一趟上海，住暗杀团的秘密机关——英租界新闸路余庆里。陈独秀来了后，见到了杨笃生、陶成章和爱国女校校长蔡元培、教员钟宪蓖、俞子夷等。在一长帘高挂的房间，正面墙上临时挂着一纸黄帝神位字样，神位下面是一张八仙桌，一束香余烟燎绕，桌下摆着两个草垫子，盛酒的器皿滴入鸡血，陈独秀随杨笃生跪在草垫上，宣读加入暗杀团的誓词。随后几日，陈独秀和杨笃生一起向钟宪鬯学制造炸弹。这次参加暗杀团，陈独秀瞒着胆小的汪孟邹，只说到上海和章士钊谈印刷《安徽俗话报》的事。
二十年后，陈独秀做了中国共产党的领袖，反对暗杀。他于1923年1月写文章说：
暗杀者之理想，只看见个人，不看见社会与阶级，暗杀所得之结果，不但不能建设社会的善阶级的善，去掉社会的恶阶级的恶，而且引导群众心理，以为个人的力量可以造成社会的善阶级的善，可以造成社会的恶阶级的恶，可以去掉社会的恶阶级的恶，此种个人的倾向，足以使群众之社会观念、阶级觉悟日就湮灭。
秋天，房秩五由安庆去日本，顺路到芜湖科学图书社的小阁楼，与陈独秀叙别。陈独秀见房秩五来了，特别高兴，晚饭请汪孟邹加了两碟菜。“留人别馆三秋雨，送我晴江万里波。”房秩五来了后，秋雨淅淅沥沥下了三日，两人纵谈天下事，一连谈了三日。第四天，云开日出，陈独秀帮房秩五提着包袱，送他上船。
半个世纪后，陈独秀已经去世十五年。1956年秋的一天，一位友人从旧书摊中检得《安徽俗话报》四册，拿给房秩五看。房秩五怆然有感，写诗追悼三爱（陈独秀笔名）：
君是降龙伏虎手，拈花微笑散诸天。
苍茫五十年前事，贝叶重播益惘然。
季子音容犹彷佛，诸孙头角各峥嵘。
藏书楼址依稀认，忍过山阳听笛声。
“季子音容犹彷佛”，指陈松年言语笑貌酷似其父。“诸孙头角各峥嵘”，指松年子女四人，其长女璋已入北京钢铁学院。“忍过山阳听笛声”，源于庾信“莫待山阳路，空闻吹笛悲”。
这时，桐城人（今枞阳黄羹乡李兰庄人）李光炯、无为人卢仲农将安徽旅湘公学移到芜湖，改为安徽芜湖公学（安徽公学）。李光炯1870年生，比陈独秀大九岁，这年三十五岁。他追随吴汝伦到保定读书，随吴汝伦一起考察日本教育，回国后协助吴汝伦创办桐城学堂。安徽公学迁徙芜湖后，受聘在安徽公学讲课的有柏烈武、陶成章、张伯纯、刘师培等人，陈独秀办报之余，兼任国文教师。
陈独秀上课，不拘小节，有时一边上课，一边因为身的虱子，举手搔痒。什么纲常名教、师道尊严，全不放在眼里。堂下鸦雀无声，学生个个听得津津有味。受陈先生影响，学生写作业时也常冒出“新”思想。一日，陈独秀批改作业，见一个学生作诗“屙屎撒尿解小手，关门掩户圈柴扉”，不禁哈哈大笑。他用毛笔在一旁批了“诗臭尿腥”四个字，然后又加了两句诗：“劝君莫做诗人梦，打开寒窗让屎飞。”
年底，胡子承因为陈独秀宣传自由婚姻，反对敬菩萨等，给汪孟邹写信，希望改良《安徽俗话报》，说：“鄙人甚敬此报，甚爱此报，而又不敢随声附和此报，意欲更图改良，立定宗旨，可乎？请与重翁等商之。”“重翁”，即仲翁。徽州方言，陈独秀一句不懂。安徽省有安庆、庐州、凤阳、颍州、池州、太平等府，最难懂的是徽州、宁国二府的话。汪孟邹说，这两府十二县，这一县又不懂得那一县的话。因此，汪孟邹和陈独秀说话，不得不撇普通话。
见了胡子承的信，陈独秀不高兴了。陈独秀办《安徽俗话报》时立下宗旨，让皖人通达时事，长点见识。胡先生叫他改变宗旨，如何肯答应？汪孟邹忙劝解，生怕陈独秀甩手不干了。《安徽俗话报》当时销路宽广，已经是盈利报纸。
不久，《安徽俗话报》因刊载一则反英消息，触怒了英国驻芜湖的领事，该领事协迫芜湖地方当局勒令停办《安徽俗话报》。陈独秀不得不停办《安徽俗话报》，汪孟邹唉声叹气，毫无办法。
1922年4月9日，陈独秀写《芜湖科学图书社廿周纪念》，回忆这段生活说：
二十年前，孟邹以毫无商业经验的秀才，跑到芜湖开书店，实是盲目的行动，然当时为热烈的革新感情所趋使，居然胡胡涂涂，做到现在的状况。我那时也是二十几岁的少年，为革新感情所趋使，寄居在科学图书社楼上，日夜梦想革新大业，何物臭虫，虽布满吾衣被，亦不自觉。当日社中朝夕晤谈的好友，章谷士、曹复生，可怜如今都没有了！