1904年4月上旬，陈独秀、邹容、张继乘船到上海。邹容要写《革命军》小册子，陈独秀急着要回家，张继留在《苏报》编辑部，帮助章士钊编辑稿件。
站在船头，老远就看到了迎江寺内高耸的古刹。这个长江第一塔，几百年来成了安庆的标志。塔的飞檐翘角上的风铃在初夏的江风吹拂下，发出清脆悦耳的丁当声。塔的上方，一群鸽子在蓝色的天空中盘旋，振翅高飞的拍击声响成一片。此塔系明万历己未，邑绅阮自华（阮大铖的祖父辈）等募建。
陈独秀回来时，长子延年六岁，刚入私塾，女儿筱秀三岁，惟有不到半岁的小五子，他是第一次见到。这天，堂侄陈遐文从乡下送来豆腐，饭桌上，陈独秀津津乐道讲在日本的事，讲到剪姚昱的辫子事，大人吓得脸色一变。小四子在一旁听了，睁着亮闪闪的眼睛，觉得十分新鲜。父亲的话，使他联想到岳飞、杨家将等小人书上古代英雄的故事。
5月17日下午，陈独秀冒雨往藏书楼（今安庆孝肃路拐角头、姚家口）发表拒俄演讲，并效仿上海爱国学社，成立“安徽爱国会”。南水关陈家大屋离藏书楼，只有十几分钟的路。陈独秀到时，楼里楼外已挤满了三百多青年学生。不少学生穿着淋湿的衣服，焦急地向前台张望。陈独秀登台，首先宣读北京师范及其他省学堂拒俄公函，他在演讲中提到自己在东北的见闻说：
仆游东三省时，曾目睹此情形。中国人坐火车者，虽已买票，常于黑夜风雨中无故被俄兵乘醉逐下，或打死于车中，华官不敢过问。沿铁道居民时被淫虐者更言不胜言。前年金州有俄兵奸淫妇女而且杀之，地方老绅率村民二百人向俄官理论，非徒置之不理，且用兵将二百人全行击毙。俄官设验疫所于牛庄，纳多金者则免，否则虽无病者亦置黑狱中，非纳贿不效。其无钱而囚死狱中者，时有所闻。
如何拒俄，陈独秀特别提出三要件，第一消息，第二思想，第三体魄。陈独秀演讲完毕，掌声雷动。接下来，卫国桢、潘晋华、潘旋华、葛光庭等人也发表了演讲。演讲结束，当场签名参加“安徽爱国会”会的有一百二十六人，连十六岁的朱蕴山也签了名。
会后，安庆起了学潮，学生不上课，要求停课训练，准备开赴前线拒俄。两江总督闻讯，密令安徽巡抚密察为首者，务求早早缉拿归案，早日平息安徽风波。他在电令中称为首者“名为拒俄，实则革命”。安庆知府桂英接到两江总督电令，惶惶不安，指责陈独秀等“干预国事，蛊惑人心”，查封了藏书楼，以“议论拒俄，煽动是非”罪名，将闹事的为首分子开除学籍。
风声闹大后，陈独秀趁夜色乘船往上海。这次回安庆，在家呆的时间不过一个月。今后的路是怎样的一条路呢？前途像黑黝黝的江边护堤柳、芦苇丛一样，模糊一片。
陈独秀到上海后，直奔《苏报》编辑部，和张继一起，帮助章士钊编辑报纸。在上海期间，陈独秀认识了利用暑假由保定高等学堂到上海的同乡吴越和马鸿亮、金慰农、金燕生等人。哥哥庆元的妻弟张啸岑和他们是同学，陈独秀和大家一见如故。
1903年6月30日，上海警方因《苏报》刊登章炳麟写的《革命军》序，逮捕了章炳麟。第二天，作者邹容愤而到巡捕房投案。7月7日，《苏报》因发表《革命军》被封闭。
陈独秀和章士钊、谢晓石等人在新闸新马路梅初里出版了《国民日日报》。梅初里房子分楼上楼下两层，楼下是印刷场地，编辑住楼上。主笔是章行严，陈独秀、张继协助，撰述有何梅士、陈去病、金天翮、林解、谢无量、郭湛波等人。靠近窗台，有两张木桌，上面堆满了稿件和各种报纸。进门靠墙一边有张木床。编辑室来客，常常坐卧于床，和章士钊、陈独秀等纵谈一切。谢无量（1884-1964），四川乐至人。原名蒙，字无量。1901年与李叔同、黄炎培等入南洋公学，清末任成都存古学堂监督。
9月初的一日，苏曼殊（子谷）来了。苏曼殊（1884～1918年），原籍广东香山县，出生在横滨。原名玄瑛，改字子谷。1895年入广州长寿寺为僧，法名博经，号曼殊。苏曼殊脸型瘦削，身材单簿，因为衣食无着，留在编辑部翻译雨果的《惨社会》，经过陈独秀修改，在《国民日日报》上连登。他们翻译《惨社会》（《悲惨世界》），常常加上自己的话，不讲信、达、雅。
一天，苏曼殊突然要学做诗，但平仄和押韵都不懂。他做了诗，拿给陈独秀改。陈独秀改了几次，苏曼殊便渐渐的能做了。
在新闸新马路梅初里的楼上，陈独秀迟睡迟起。他外罩竹布蓝衫，内穿老布衬衣，领口上不时有点点白色东西蠕动，密集无数。章士钊诧异地问：“何耶？”陈独秀说：“虱尔！”并不当一回事。
年底，上海的黑势力投诉上海地方当局，指责《国民日日报》“扰害大局”。销售部经理李少东以报纸卖不出去为由，停发了大家薪水。没有办法，只好停刊。这个短命的报纸只办了三个月零二十三天。
不久，苏曼殊去香港投靠兴中会陈少白，陈独秀回安庆过春节，大家再次分手。章士钊在《初出湘》一文里，回忆了这段历史，写诗道：“我与陈仲子，日期大义倡。国民既风偃，字字挟严霜。”
就在陈独秀过着贫苦的日子时，他的嗣父遇到了发财的机会。
1904年2月8日，为了争夺我国东三省，日俄战争爆发，清廷宣布“局外中立”。当时，日俄双方都需要马匹，商人便从蒙古贩运大批马匹到奉天（辽宁）出售，牟取暴利。地方官趁机大抽牲口税，私落腰包。陈昔凡当时任辽阳州过班升道，趁机捞了一把。日俄战争后，陈昔凡在奉天购置田地二百亩；在北京琉璃厂附近投资一万两银子（折算当时硬币一万三千元），开了一间“崇古斋”古玩铺；在奉天设了一间“崇古斋”分店；在安徽贵池乌沙购地八百亩；在安庆四牌楼开有近十家铺面。
嗣父有了钱后，家庭的经济也逐渐好了起来。不仅可以经常吃上乡下送来的豆腐，偶尔也能吃上猪肉。遇到节庆，还能看上一两台戏，如《长坂坡》、《卖胭脂》、《荡湖船》等。只要有戏看，高晓岚总抱了小五子，带上小四子、筱秀，一起去看。小五子活泼好动，但看戏时眼睛一眨不眨。那时，还有不少戏，谈男女私情的，如《小上坟》、《双摇会》、《翠屏山》、《庙会》等，陈独秀认为这些戏伤风败俗，不主张小孩子看。