1928年3月，中央派人通知陈独秀，请他参加6月在莫斯科召开的中共“六大”。陈独秀仍然享受中央政治局的待遇，被大会直接点名出席大会。享受这种待遇的人并不多，如蔡和森、罗章龙、张国焘、邓中夏、彭述之等人。
春天，张国焘常到陈独秀处坐坐，发发牢骚。张国焘在南昌起义部队打散后，逃亡香港，于去年10月中旬到上海。张国焘在南昌起义时反对暴动，临时中央政治局于11月上旬作做出《关于处分张国焘的决议》，开除其临时政治局候补委员和中央执行委员会委员资格。张国焘谈建议陈独秀发起组织一个工农党。陈独秀觉得，这个计划实行起来很难。因为共产国际不会平心静气的考虑这个建议，也难得到西欧各国共产主义者的支持。而且，没有经费。
陈独秀想，八七会议在武汉举行，那时自己在武汉，没有让自己参加；11月中央临时政治局在上海开扩大会议，那时自己在上海，也不让自己参加；如果到了莫斯科，说不定还不让自己参加六大，那时，自己没有脸面，中国共产党中央也没有脸面。最后，陈独秀以生病为由，拒绝去苏联参加六大。
6月，中共六大在莫斯科郊区兹维尼果罗德镇附近的一坐乡间别墅举行，参加会议的有瞿秋白、周恩来、蔡和森、李立三、王若飞、项英、关向英、向忠发、邓中夏、苏兆征、张国焘等人。
6月21日，一些大会代表问陈独秀为什么没有来，在周恩来解释他生病请假后，王若飞忍不住补充了几句。他说：“现在说到过去失败的责任问题，整个的指导机关都应负责……不过独秀同志为总书记，当然他的责任要负得多一点。同时还要注意的，即历来派到中国的共产国际代表之幼稚与糊涂，中国同志是最迷信国际指导的，过去所以不能忠实执行国际的策略，由于国际代表之错误解释与错误应用有严重关系。”
王若飞身材魁伟，1926年冬任中共中央秘书长，在大革命最后阶段，与陈独秀共事。他谈大革命失败的原因时，直接指出与共产国际代表有关。这个观点和斯大林的观点截然相反，而与新反对派的观点巧合。
瞿秋白在大会上代表上一届中央委员会作报告，说：“关于过去的事，或者国焘是对的，秋白对的，独秀对的，这些问题讨论起来是有意义的，但不能同我们目前任务相比。”瞿秋白口头报告有七万字，讲了很长时间。
张国焘因是陈独秀机会主义路线代表，在大会上受到批评。但他批判瞿秋白盲动主义说：“你一个人讲了九个钟头，七七八八讲了一大批。”两人常大争特争。布哈林说：“就是你们这两个大知识分子在吵架，再吵就把工人干部提拔起来代替你们。”
布哈林在中共六大上作报告说：“加入国民党是否一个错误呢？是否后来机会主义错误的根基就在这一点呢……我想对于这问题，下一个否定的回答……把国民党变成一个很大的收集我们自己共产党力量的源泉。这种条件是曾经有可能的……但是这希望的现实，是曾经以共产党方面一定的政治手腕能力当先决条件的。然而这种政治手腕的能力，在共产党方面却差得很远，机会主义的根源恰恰就在这里。”
布哈林批评陈独秀没有政治手腕，并强调加入国民党没有错的同时，也顺带批评了鲍罗廷几句，但他说“不过这是另一问题”。他不愿意扩大鲍罗廷的错误，给反对派抓住把柄。
瞿秋白、张国焘发言后，6月22日，蔡和森《在党的第六次代表大会上讨论政治报告时的发言》。每个代表的发言时间，限在四十分钟，他发言前声明，“万不得已时，再请求大会延长发言时间”。谈到大家什么时候开始犯错误，蔡和森不同意瞿秋白的观点。他说：“可是另方面如独秀、马林等在理论上也实在犯了些原则上的错误。不过这也还说不上是固定的，有系统的，继续一贯的机会主义。秋白认为从那时就是有系统的继续下来了，这是我不同意的。”蔡和森认为，系统的错误不是发生在中共三大，而是三·二〇事件以后。他说：“总括一句，这些以前的错误还未成系统。系统的机会主义错误是在三月廿号事变前后起来的。”
王若飞第一天的插话发言，因为替陈独秀说话，受到“向忠发同志激烈的非难”。甚至有人问他，陈独秀不来，是否你代表他？过了几天，王若飞正式发言时，附带对“陈独秀同志问题说明几句”。他说：
常有同志来问我：你是否代表陈独秀同志？独秀为何不来参加大会？他为什么说国际牺牲他，是不是他反对国际？我回答说：这此问题我都在大会时声明。第一，我先声明我不是独秀的代表，我不能代表他发表什么政治的意见，现在我说的话完全是我个人的意见。第二，独秀同志之不来，据我的观察，因在“八七”前后受大毛子严厉的处置，不许他参加“八七”会议，十一月的会议也不要他参加，又逼他速走，当时俄国党内又是与反对派争论最厉害时候，独秀同志以为国际是决定牺牲他以维持中国党指导机关威信，又不放心他在国内，恐他发表议论产生不好影响；他以为到了国际横竖是无用的人，或者还附加一个“托洛斯基派”的名号更辨别不清，所以表示不来，且坚决声明不发表什么政治意见，使党内发生影响。此次国际要他来，他又联想“上两次不许他参加会议”，联想到“维持中国党中央威信问题”，以为到莫亦未必能到大会。第三，所谓“国际牺牲他的问题”，大家不单纯从坏的方面去推想，试从这几人同志们对于过去武汉中央错误的批评意见来说，假使没有一个办法，怎样能维持以后中央的威信及指导呢。现在，我们都知道国际对于独秀同志的希望，并不如独秀同志自己所想象的一样。独秀同志知道这种实际情形后，就看他能否接受国际的政治路线，若果接受，国际自然不拒绝他回党工作，若不接受，当然不客气地要他出去……党内潜伏发展的上层同志间意气之争是于党非常有害的，我很痛心我们同志的攻击不向着敌人而向着自己内部，我并不是故意要袒护过去犯错误的人，而对反对勉强的分化，反对无教育的纪律，总要使这般做过错事的人有革命的出路，有工作表现的机会，我们蓄积政治经验的人是太少了。敌人已杀了我们不少，我们自己不好再乱糟蹋。
“现在，我们都知道国际对于独秀同志的希望，并不如独秀同志自己所想象的一样。”说明王若飞知道，陈独秀如果来参加六大，共产国际并的打算牺牲他。王若飞认为，应该给犯错误的同志出路。在选举中央委员会时，王若飞提名陈独秀为新的一届中央委员候选人，但他的观点没有被大会采纳。六大后，陈独秀没有再分配工作，仅保留了党籍。
六大选举时，向忠发任总书记，蔡和森任宣传部长，李立三任秘书长，他们回国主持国内工作。瞿秋白、张国焘重新选入中共中央政治局任。瞿秋白为中国共产党驻共产国际代表团团长、中共驻农民国际的代表王若飞以及张国焘、邓中夏、余飞等留在莫斯科。